연도별 총급여가 3,700만원을 초과하는 기간은 자경기간에서 제외하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2003.7.3. 매매로 취득하여 약 11년간 보유한 후, 2014.7.15. OOO에 양도(공공용지 협의취득)하였고, 쟁점농지에서 8년 이상 자경하였다 하여 2014.9.30. 조세특례제한법 제66조 에 따라 양도소득세 감면 대상으로 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 1984.10.4.〜1994.7.1. 기간 동안 OOO(113-12-*)의 대표자로, 1992.1.3.〜2011.6.30. 기간 동안 주식회사 OOO(113-81-2****)의 대표이사로 재직하면서 2006년～2010년 기간 동안 급여소득이 OOO원을 초과하여 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제14항의 감면 요건에 해당되지 않아 8년 이상 자경에 따른 양도소득세 감면을 배제하고, 취득가액은 실제 거래가액이 확인되지 아니한다 하여 환산취득가액을 적용하였으며, 쟁점농지에 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2015.2.9. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.3.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1975년 OOO에 정착하여 1977년 OOO으로 도장업을 시작하였고, 1992년 법인으로 사업을 전환하였으나 외환위기 등으로 사업이 부진하였으며, 1994년 12월 최초로 농지OOO를 구입하여 채소 등을 경작하며 지내왔고, 쟁점농지도 2003년 7월 구입하여 직접 농사를 지어오던 중 OOO 농지는 2009년에, 쟁점농지는 2014년에 OOO에 수용당하였다. 청구인은 외환위기 이후 사업의 적자속에서 금융기관의 채권회수가 두려워 흑자로 세무신고를 하면서 대표이사 급여는 실질적으로 청구인의 생활비가 아니고 은행이자에 충당하였으며, 정신적으로 피곤하여 회사일은 아들과 조카에게 맡기고 청구인은 쟁점농지에서 직접 농사를 경작하면서 지내왔고, 쟁점농지와 회사가 인접하고 있고 집에서 쟁점농지까지 도보로 10분 정도이므로 청구인이 직접 경작할 수 있었으며, 청구인의 근로소득은 금융기관 이자정리를 위한 불가피한 정리였을 뿐이고, 그보다 정신적인 스트레스 해소를 위하여 쟁점농지에서 농사를 지었다. 청구인이 쟁점농지를 구입할 당시에는 자경의 개념이 자신의 계산 하에서 농사를 지으면 되는 것이고, 2006년에는 1/2 이상의 노동력을 요구하여 실제로 청구인이 직접 경작하였으므로 문제될 것이 없었으며, 2014.7.1. 시행된 규정에 의거 과거의 급여소득을 소급적용하는 것은 과거에 누적된 사실을 새로운 규정에 의하여 부인하고 과세하는 것으로서 국민은 모든 일에 대해 앞으로 어떤 규정이 생길지 몰라 전전긍긍하게 될 것이므로 국세기본법 제18조 제1항 및 제3항에 따라 2014.7.1. 이후 매매분이 아니라 발생 소득 기준을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점농지를 2003.7.3. 취득한 후 2014.7.15. 양도(수용)하였으나, 청구인은 1982년부터 2011년까지 개인사업 및 법인의 대표이사로서 사업을 운영하면서 OOO원의 급여 등을 지급받은 사실이 국세청 전산망을 통하여 확인되는바, 자경농민에 대한 지원 취지에 맞도록 8년 자경농지 양도소득세 감면 요건의 자경기간 계산방법을 보완하여 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 총급여 등이 OOO원 이상인 경우 경작기간에서 제외하도록 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 을 2014.2.21. 신설하였다. 청구인의 사업이력 및 급여 수령 내역에서 확인되듯이 쟁점농지의 총 보유기간 11년 중 급여소득이 OOO원 이상인 5년을 제외하면 청구인이 실제 자경하였다는 주장에 따르더라도 감면요건에 해당되는 경작기간은 6년에 불과하여 자경농민에 대한 과세특례를 적용할 수 없는 것이다. 한편, 청구인은 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 에서 OOO원 이상인 경우 경작기간에서 제외하는 것을 소급 적용으로 부당하다고 주장하고 있으나, 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라고 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2008두2736 판결 등 참조)인바, 양도소득세는 일정한 자산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득을 과세대상으로 하는 소득세의 일종으로서 자산의 양도가 이루어져야 과세요건이 완성되는 것이고, 개정 법령 조항은 2014.7.1. 이후 양도하는 분에 적용될 뿐, 이미 발생한 과거의 양도소득에 소급하여 적용되는 것이 아니다. 또한, 청구인은 해당법인으로부터 받은 급여는 금융기관 이자정리를 위한 불가피한 정리였을 뿐으로 실질소득이 아니라고 주장하나, 국세청 전산망 및 청구인이 제출한 근로소득 원천징수 영수증을 통하여 확인된 2006년∼2010년 기간 청구인의 급여소득은 OOO원 이상이므로 해당 연도는 경작기간에서 제외하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구인의 연도별 근로소득 중 OOO원을 초과하는 해당연도를 자경기간에서 제외하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.(각 호 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. (3) 조세특례제한법 시행령 부칙 <대통령령 제25211호, 2014.2.21.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.