양도소득세 부과처분에 대한 소송 진행 도중 국세 부과제척기간이 경과한 본세를 직권취소하고 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1986.4.8.에 취득한 OOO소재 주택을 멸실하고, 다세대 주택을 신축하여 2006.12.29. 이를 양도하였으며, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용하여 양도소득세 OOO감면신청하고 농어촌특별세 OOO납부하였다.
• 나. 처분청은 2012.4.19. 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않는 것으로 보아 감면신고한 양도소득금액 중 종전주택에 해당하는 부분을 감면 배제하여 양도소득세 OOO부과처분하고, 농어촌특별세 OOO환급결정하였으며, 청구인은 이에 불복하여 이의신청, 심판청구를 거쳐 서울행정법원에 소송(2013구단11898)을 제기하였다.
• 다. 동일한 쟁점에 대한 소송이 대법원에서 반복패소함에 따라 OOO지방국세청장은 처분청에 직권취소를 지시하였고, 이에 따라 처분청은 양도소득세 OOO부과처분을 취소하였으며, 2015.1.19. 청구인에게 농어촌특별세 OOO경정․고지하였다
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.3.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세는 신고기한으로부터 5년이 경과하면 부과하지 못하는 것이고, 청구인은 당초 농어촌특별세 OOO정당하게 신고․납부하였으며, 중간에 환급을 요구한 사실도 없는데, 처분청이 임의로 일부를 환급하였다가 8년이 지난 시점에서 다시 세금을 부과한 것은 부과제척기간을 경과한 위법한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 결정 또는 판결이 확정되거나 상호합의가 종결된 날부터 1년 이내에 판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 것이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결 참조)한바, 양도소득세 결정취소 처분은 정당하고, 또한 양도소득세를 결정취소하면서 농어촌특별세법제3조에 따라 감면세액에 대해 필수적으로 부가되는 농어촌특별세를 부과처분한 것은 새로운 처분으로 볼 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 양도소득세 부과처분에 대한 소송 진행중 신고기한으로부터 5년이 경과한 후에 본세를 직권취소하고 농어촌특별세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 처분청은 OOO지방국세청장의 신축주택감면 관련 양도소득세 행정소송 진행중인 사건 중 5년 이내 양도분에 대하여 양도소득세를 직권취소하고, 농어촌특별세를 증액경정하라는 내용의 공문에 따라 청구인의 2006년 귀속 양도소득세 감면세액을 OOO으로 증액하여 양도소득세 기결정세액 OOO환급경정하고, 농어촌특별세를 OOO을 증액경정한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능한 점(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결, 같은 뜻임), 처분청이 양도소득세 부과처분과 관련한 소송 진행중 당해 부과처분을 직권취소하는 경우에는 그 날을 국세기본법제26조의2 제2항의 판결이 확정된 날로 볼 수 있고, 그 날로부터 1년이 지나기 전까지는 직권취소에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 볼 수 있는 점, 농어촌특별세법제8조 제2항 제1호에서 농어촌특별세는 해당 본세의 결정․경정 및 징수의 예에 따라 결정․경정 및 징수한다고 규정하고 있어 양도소득세의 감액경정에 부수한 농어촌특별세의 증액경정은 가능할 것인 점 등에 비추어 소송 진행중 2006년 귀속 양도소득세를 직권으로 감액경정하면서 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.