종합부동산세의 공제할 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세(이하 “종부세”라 한다) 과세기준일(2013.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 종부세 계산시 공제되는 재산세액 상당액으로 종부세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2014.11.21. 청구법인에게 2014년 귀속 종부세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인의 종부세에서 공제되는 재산세액 산정시 종부세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하였는바, 이와 같이 공정시장가액비율을 두 번 적용하는 것은 종합부동산세법의 문언해석에 부합하지 않고, 종부세에서 공제되는 재산세액은 실제 공제되어야 할 재산세액 중 종부세 공정시장가액비율 상당액에 한정되는 결과로 이중과세 문제가 발생되며, 재정경제부의 종부세 관련 설명자료(2009.9.3.)에서 지방자치단체에서 과세한 재산세는 전액 공제된다고 공적 견해를 표명하였고, 헌법재판소 2008.11.13. 선고 2006헌가112 결정에서 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종부세를 납부하는 것이 아니므로 종부세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않는다고 하였는바, 이를 반대해석하면 재산세로 부과된 세액을 전액 공제하지 않는 것은 이중과세 문제를 야기할 수 있어 이 건 부과처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종부세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종부세의 과세표준으로, 지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3의 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액” 및 “종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종부세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종부세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 볼 수 있으며, 이 건과 동일한 사건(서울고등법원 2011.12.15. 선고 2011누21593 판결)에 대하여 조세법률주의와 이중과세금지 원칙을 위반하지 않는다고 판결한 바 있으므로, 이 건 부과처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세 부과시 공제할 재산세액을 계산함에 있어 공정시장가액비율을 이중 적용함으로써 재산세액의 일부가 공제되지 않았다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법률 (1) 종합부동산세법 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법 제112조 제1항 제1호 에 따라 종합(별도)합산과세 대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 X 종합(별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합(별도)합산과세대상인 토지를 합산하여 종합(별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2014.11.21. 청구법인에게 2014년 귀속 종부세 OOO원을 결정·고지하면서 ‘⑥ 공제할 재산세액’으로 아래 <표1>과 같이 OOO원을 공제하였다.

(2) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 ⑥ 공제할 재산세액으로 ③ 종부세 공정시장가액비율을 적용하지 아니한 OOO원을 공제해야 한다고 주장한다. (3) ｢종합부동산세법 시행령｣ 제4조의2 및 제5조의3 제1항 및 제2항과 같은 법 시행규칙[별지 제3호 서식 부표(2)] 종합부동산세 과세표준 계산명세서 작성방법에 의하면, ⑦ 과세표준 표준세율 재산세액을 계산할 때 주택․종합(별도)합산과세대상 주택․토지분 과세표준(=④)에 주택․종합(별도)합산과세대상인 주택․토지분 재산세 표준세율을 적용하도록 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢종합부동산세법｣상 재산세액의 공제 규정은 종부세 과세표준에 대하여 해당 과세대상 종합·별도합산과세대상인 주택․토지에 부과된 재산세액을 납부할 종부세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자함에 그 제도적 취지가 있는 점, 문리적으로도 종부세 과세표준(과세기준금액을 초과하는 공시가격 × 공정시장가액비율)에 대한 “재산세액”을 계산하여야 한다는 것으로 해석되고, ｢지방세법｣ 제110조 제1항 및 제111조 제1항에서 “재산세액”은 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 과세표준에 표준세율을 적용하여 산정하도록 규정한 점, ｢종합부동산세법 시행규칙｣ 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 “과세표준 표준세율 재산세액: (감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”이라고 설명한 점 등에 비추어 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제4조의2 및 제5조의3 제1항․제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액” 및 “종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종부세 공정 시장가액비율을 곱하여 산정한 종부세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 할 것(조심 2013서3463, 2013.11.21. 외 다수, 같은 뜻임)이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.