사업자등록 전 매입세액은 불공제 대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2013.12.4. 주식회사 OOO의 분양수탁자인 주식회사 OOO으로부터 OOO 소재 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 매입하기로 약정 하고, 수탁법인은 청구인으로 부 터 2013.12.4. 및 2013.12.31. 수취한 매매대금에 대하여 공급하는 자를 OOO, 공급받는 자를 청구인으로 하여 공급가액 OOO원 상당의 위수탁전자세금계산서(총 19매, 이하 “쟁점전자세금계산서”라 한다)를 발급하였다.
• 나. 청구인은 2014.2.6. 부동산업으로 사업자등록을 신청하는 한편,

전자세금계산서는 청구인에게 정상적으로 교부되지 아니하였다고 보아 2014년 5월 OOO로부터 공급가액 OOO원 상당의 종이세금계산서(이하 “쟁점종이세금계산서”라 한다)를 발급받아 2014.5.30. 쟁점종이세금계산서의 관련 매입세액을 공제하고 2014년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점전자세금계산서는 정상 발급된 세금계산 서이고, 청구인이 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청하지 아니하였으므로 쟁점전자 세금계산서상 매입세액은 등록전 매입 세액에 해당한다고 보아 2014.6.27. 이를 거부하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.11. 이의신청을 거쳐 2015.1.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법상 쟁점부동산 매매계약과 같이 계약금을 지급하 기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 미만인 경우에는 그 권리가 이전되어 이용가능하게 되는 때를 공급시기로 보고, 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하면 그 세금계산서를 발급하는 때를 그 재화 또는 용역의 공급시기로 보는데, 이 경우 공급받는 자에게 세금계산서가 교부되어야 적법하게 발급된 선발행세금계 산서인 것으로 볼 수 있으나, 수탁법인은 청구인이 매매대금을 지급 하는 시점에 쟁점전자세금계산서를 선발행하면서 사업자등록번호 또는 이메일 등의 필수기재사항을 기재하지 아니하고, 이를 청구인에게 교부하지 아니하여 청구인은 쟁점전자세금계산서가 발급된 사실을 전혀 인지하지 못하였으며, 처분청은 부가가치세법 시행령제68조에 따라 전자세금계산서를 수신할 있도록 국세청장이 구축한 전자세금계산서 발급 시스템에 전자세금계산서가 입력된 때에 재화나 용역을 공급받는 자가 그 전자세금계산서를 수신한 것으로 보았으나, 전자세금 계산서 발급 시스템은 비사업자인 경우 주민등록번호 기재분 전자세금계산서가 발급되었는지 여부를 조회할 수 있는 방법이 없으므로 위 규정을 비사업자에게 적용하는 것은 부당할 뿐 아니라, OOO은 2014년 5월 청구인의 거듭되는 요청에 응하여 쟁점종이세 금계산 서를 다시 청구인에게 발급하여 교부하면서 2014.6.9. 청구인에게 교부한 쟁점종이세금계산서에 대하여 2014년 제1기 예정분 부가가치세를 수정신고 하였으므로 청구인에게 교부되지 아니한 쟁점전자세금 계산서를 적법한 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법상 사업자등록을 신청하기 전에는 주민등록번호로 세금계산서를 발급할 수 있고, 전자세금계산서의 발급은 매입자의 승인여부와 관계없이 매입자가 전자세금계산서를 수신할 수 있도록 거래처에 지정하는 수신함에 입력된 때, 또는, 국세청장이 구축한 전자 세금계산서 발급 시스템에 입력된 때에 재화나 용역을 공급받는자가 그 전자세금계산서를 수신한 것으로 규정되어 있는바, 쟁점전자세금계산 서는 청구인의 주민등록번호가 기재되어 전자세금계산서 발급 시스템에 정상적으로 입력되었고, 쟁점전자세금계산서는 청구인이 2014년 제1기 부가가치세 조기환급을 신청한 공급가액 OOO원 상당의 전자세금계산서와 동일한 형식(청구인의 주민등록번호로 발급되고, 이메일이 기재되어 있지 아니함)으로 발급되었으며, OOO은 2014년 5월 쟁점종이세금계산서를 발급하고 2014.6.9. 2014년 제1기 예정분 부가가치세를 수정신고한 사실은 있으나, 그 신고내용을 보면, 쟁점종이세금계산서에 대한 세금계산서 미발급가산세(2%)에 대한 것으로 과세표준은 변경하지 아니하였고, OOO이 2014.5.15. 작성일자를 2014.1.17.로 하여 OOO원의 음(-)의 수정전자세금계산서를 다시 발급하여 쟁점종이세금계산서를 취소한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점전자세금계산서는 정상발급된 것으로 보이고, 쟁점전자세금계산서 가 공제받을 수 있는 등록전 매입세액에 해당하기 위해서는 청구인이 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 하였어야 하나, 청구인은 쟁점전자세금계산서가 2013년 12월 발급된 후 2014.2.6.에서야 사업자등록을 신청하였으므로 쟁점 전자세금계산서상 매입세액은 등록전 매입세액에 해당한다고 보아 매입세액을 불공제한 이 건 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점전자세금계산서의 매입세액이 등록전 매입세액에 해당한다고 보아 매입세액 공제를 하지 아니한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 " 재 화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

(2) 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급 (부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우 에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자 가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서 (이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. (4) 부가가치세법 시행령 (2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제68조 【전자세금계산서의 발급 등】

⑥ 법 제32조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 기한"이란 전자세금계산서 발급일의 다음 날을 말한다.

⑩ 재화 또는 용역을 공급받는 자가 전자세금계산서를 발급받을 수신함을 가지고 있지 아니하거나 지정하지 아니한 경우 또는 제4항 제4호의 시스템 등 수신함이 적용될 수 없는 시스템을 사용 하는 경우에는 제4항 제3호에 따른 전자세금계산서 발급 시스템을 수신함으로 지정한 것으로 본다.

⑪ 전자세금계산서가 재화 또는 용역을 공급받는 자가 지정하는 수신함에 입력되거나 제4항 제3호에 따른 전자세금계산서 발급 시스템에 입력된 때에 재화 또는 용역을 공급받는 자가 그 전자세금계산서를 수신한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 수탁법인 간에 2013.12.4. 체결된 쟁점부동산 매매계약서와 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구인은 2013.12.4. 수탁법인으로부터 쟁점부동산을 OOO원에 매입하기로 약정 하고 매매대금을 아래 <표1>과 같이 지급한 후 2014.1.17. 청구인 명의로 소유권이전등기를 하였다. (2) 국세청의 국세통합시스템 조회자료 등에 의하면, 청구인의 쟁점부동산 취득과 관련된 세금계산서 발급 및 전송(발급일과 동일)내역은 아래 <표2>와 같은바, OOO이 작성일자를 2013.12.4., 2013.12.31. 및 2014.1.17.로 하여 2014.1.6., 2014.2.5. 발급한 전자세금계산서는 청구인의 주민등록 번호로 발급되었고, 청구인의 이메일이 기재되어 있지 아니하며, OOO이 2014.5.15. 발급한 공급가액 OOO원 상당의 음(-)의 전자세금계산서는 작성일자를 2014.1.17.로 하여 발급된 것으로 나타난다. (3) OOO의 2014.6.9. 2014년 제1기 예정분 부가가치세 수정신고내역에 의하면, OOO은 쟁점종이세금계산서에 대하여 전자 세금계산서 미발급가산세(2%)를 적용하여 부가가치세 OOO원을 추가 납부세액으로 하여 수정신고를 하면서 과세표준은 변경하지 아니한 것으로 나타난다.

(4) 청구인의 사업자등록 신청내역에 의하면, 청구인은 2014.2.6. 개업일을 2014.1.17.로 하여 부동산업으로 사업자등록을 신청한 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 쟁점전자세금계산서가 청구인에게 정상적으로 발급되지 아니하였다고 주장하며, 다음과 같은 증빙자료를 제시하였다. (가) OOO의 확약서(2014년)에 의하면, OOO은 청구인이 쟁점부동산의 잔금을 2014.1.17. 완납하였음을 확인하였고, 청구인이 계약금 및 잔금 일부를 지급한 시점마다 수탁법인이 세금 계산서를 발급하였으나, 청구인에게 세금계산서를 전달하거나 교부하지 않은 절차상 하자가 있음을 확인하였으며, 쟁점부동산에 대한 대금이 완납된 시점인 2014.1.17.이부가가치세 법상 공급시기이므로 2014.1.17.을 작성일자로 하여 계약금․중도금의 건물분에 대한 세금계 산서와 계약총액의 토지분에 대한 계산서를 대금 완납 월의 익월 10일 까지 발행할 것을 확약하면서 다만, 세금계산서․계산서 발행기한 전일 까지 사업자등록증을 제시하지 못할 경우, 청구인의 주민등록번호로 발행되오니 반드시 확인하여 주기 바란다고 기재되어 있다. (나) OOO이 2014년 4월 청구인에게 송부한 ‘쟁점부동산 매입에 대한 세금계산서 발행 및 사실확인’ 관련 문서에 의하면, OOO은 전에 보내드렸던 확약서와 같이 세금계산서 및 계산서를 발행하기로 하였고, 수탁법인이 매매대금 관리 및 세금계산서 발행업 무를 진행하고 있는바, 당초 전자세금계산서가 청구인에게 교부가 되지 않아 절차상 하자가 있음을 수차례 설명하고 수정 할 것을 수탁법인에게 요구하였으나 수탁법인은 내부적인 이유로 세금계산서를 수정하거나 재발행할 수 없다고 거부하고 있는 실정이고, OOO은 2014.1.25. 세금계산서의 발행을 확약한 책임 있는 당사자로서 세금계산서 및 계산서의 발급업무가 절차상 하자가 있음이 명확하고 이에 대한 업무처리 미숙을 깊이 사과하며, 청구인이 요청한 세금계산서에 대하여 수탁법인과 협의한 대로 붙임과 같이 발행하여 교부하고, 첨부된 계산서 및 세금계산서는 OOO이 정상적으로 발행한 세금계산서임을 확인하며, 청구인이 요청한 내용 중 부가가치세 신고 서는 OOO의 영업상 비밀이 포함되어 있어 이를 받아들이기 어려우므로 신고서를 대신하여 접수증을 교부 하기로 하였고, OOO은 앞으로 청구인이 제기하는 법률적 손해 배상에 대하여 더 이상 책임이 없음을 명확히 한다고 기재되어 있다. (다) OOO의 사실확인서(2014년)에 의하면, OOO이 2014년 5월 청구인에게 발행하여 교부한 쟁점종이세금계산서(작성일자 2014.1.17.)는 쟁점부동산의 양도에 따라 추가 교부한 세금계산서이며, 동일 발행한 수정전자세금계산서는 2013.12.4.(9건), 2013.12.31.(10건)에 대하여 발행한 수정전자세금계산서임을 아래 <표3>과 같이 확인한다고 기재되어 있다. (6) 부가가치세법제32조 제1항에는 세금계산서를 발급하는 경우 공급받는 자의 등록번호를 필요적 기재사항으로 기재하도록 하면서 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번 호를 기재하도록 되어 있고, 같은 법 제39조 제1항 제8호에서는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하지만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제68조 제10항 및 제11항에서는 재화 또는 용역을 공급받는 자가 전자세금계산서를 발급받을 수신함을 가지고 있지 아니하거나 지정하지 아니한 경우 또는 제4항 제4호의 시스템 등 수신함이 적용될 수 없는 시스템을 사용 하는 경우에는 제4항 제3호에 따른 전자세금계산서 발급 시스템을 수신함으로 지정한 것으로 보고, 전자세금계산서가 재화 또는 용역을 공급받는 자가 지정하는 수신함에 입력되거나 제4항 제3호에 따른 전자세금계산서 발급 시스템에 입력된 때에 재화 또는 용역을 공급받는 자가 그 전자세금계산서를 수신한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 인은 쟁점전자세금계산서는 청구인에게 정상 교부되지 아니하였으므로 효력이 없고, 새로 2014년 5월 발급된 쟁점종이세금계산서가 적법한 세금계산서이므로 쟁점종이세금계산서의 매입세액을 공제해야 한다고 주장하나, 부가가치세법상 전자세금계산서의 발급은 공급받는 자가 전자세금계산서를 발급받을 수신함을 가지고 있지 아니하거나 지정하지 아니한 경우 등에는 국세청장이 구축한 전자세금계산서 발급 시스템을 수신함으로 지정한 것으로 보고 전자세금계산서가 위 시스템에 입력된 때에 재화 또는 용역을 공급받는 자가 그 전자세금계산서를 수신한 것으로 규정하고 있는 점, 청구인은 OOO이 쟁점전자세금계산서를 정상교부하지 아니하였다는 내용의 확인서 등을 제시하였으나, OOO은 2014.6.9. 쟁점종이세금계산서를 발급한데 대하여 전자세금계산서 미발급가산세를 적용하여 부가가치 세를 수정신고하면서도 과세표준을 변경신고하지 아니한 것으로 나타나 OOO이 쟁점전자세금계산서의 발급을 취소하였다고 단정하기 어려운 점, 쟁점전자세금계산서는 공급시기가 도래하기 전에 대가의 일부를 지급하고 선발행된 세금계산서로서, 관련 규정에 따라 정상발행된 쟁점전자세금계산서가 청구인에게 교부되지 아니하였다고 볼 만한 객관적인 증빙이 달리 제시되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점 전자세금계산서는 2013년 제2기(작성일자: 2013.12.4. 및 2013.12.31.)에 정상발급된 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 청구인이 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청하지 아니하였으므로 쟁점전자세금계산서의 매입세액은 등록 전 매입세액에 해당된다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.