쟁점유보는 기업회계기준에 의한 취득가액이 세법상 취득가액과 달라 발생한 유보이므로 이를 법인세법상 합병법인이 승계할 수 있는 세무조정사항에 해당하는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 쟁점유보가 합병법인에 승계되는 유보사항에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음
쟁점유보는 기업회계기준에 의한 취득가액이 세법상 취득가액과 달라 발생한 유보이므로 이를 법인세법상 합병법인이 승계할 수 있는 세무조정사항에 해당하는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 쟁점유보가 합병법인에 승계되는 유보사항에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음
OO세무서장이 2014.6.5. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 0,000,000,000원 의 경정청구 거부 처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 2000.12.29. 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 의 개정취지를 고려할 때 쟁점유보는 청구법인이 승계할 수 있어야 한다. 2000.12.29. 대통령령 제17033호에 의해 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 제3호가 개정됨으로써 합병시 승계 가능한 유보에 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련된 유보가 포함되었다. 위 조문 의 개정 이유에 대해서 ‘2000년 간추린 개정세법(구 재정경제부)’에서는 “합병 또는 분할시 유가증권의 평가손익이 청산소득으로 조정되지 않고 미실현손익을 세무상 인정하기도 곤란하므로, 합병법인 또는 분할신설법인이 이를 승계한 후 실제 유가증권을 처분하여 손익이 실현되었을 때 과세 또는 손금인정토록 하기 위함”이라 해석하고 있는바, ｢ 법인세법｣상 유가증권과 관련된 손익은 취득 후의 평가로 인한 것인지 취득 시의 평가로 인한 것인지와 관계없이 양도시점에 실현되어야 하는 것 이고, 이러한 손익의 귀속시기를 합병으로 승계한 유가증권에도 동일하게 적용토록 하기 위하여 관련 시행령을 개정한 것임을 고려하면 쟁점유 보는 청구법인에 승계되어 양도 시에 실현되는 것으로 보는 것이 타당하다. 쟁점유보가 피합병법인의 청산소득 계산에 반영되어 소멸할 사항이라는 처분청의 의견은 2000.12.29. ｢법인세법 시행령｣의 개정취지에 부합하지 않을 뿐만 아니라, 합병과 관련된 과세특례제도의 전체 취지가 몰각되는 결과를 초래한다. 즉, ｢법인세법｣ 제44조 제1항 의 과세특례요건을 충족한 합병시에 합병 평 가차익의 과세이연(합병법인), 청산소득금액의 미산출(피합병법인), 의제배당의 비과세(피합병법인 주주) 등의 과세특례를 적용하고 있는데, 피합병법인에게 과세된 쟁점유보가 합병법인에게 승계되지 않으면 청산소득금 액에서 조정되지 않는 결과가 발생하여 합병 관련 과세특례제도의 전체 취지가 몰각되게 된다. 유보가 승계되지 않을 경우에 발생하는 과세문제를 해결하기 위하여 ｢법인세법｣이 점차적으로 승계대상 유보항목을 추가하는 방향으로 개정되었고, 현재는 적격합병시에 모든 유보항목을 승계하고 있는 점도 고려하여야 한다.
(3) 쟁점유보가 승계되지 않을 경우에는 납세자의 회계처리 방식에 따라 승계 여부 및 과세소득이 달라지는 부당한 결과가 발생한다. 쟁점유보는 아래 <표1>과 같이 쟁점유가증권의 ｢법인세법｣ 상 시가인 1주당 000,000원으로 취득가액을 계상하였다가 기업회계상 공정가액 평가액인 1주당 000,000원으로 평가손실을 인식했을 경우와 동일하다. <표1> 청구외법인이 쟁점유가증권의 ｢법인세법｣상 시가인 1주당 000,000원으로 취득가액을 계상하였다가 기업회계상 공정가액 평가액인 1주당 000,000 원으로 평가손실을 계상하는 회계처리를 하였다면 해당 유보를 청구법인이 승계할 수 있음에는 이견의 여지가 없을 것인바, 기업의 결산상 재무제표의 기업회계 위반 여부는 과세소득 산정에 영향을 미치지 않는 것이 원칙임에도 불구하고 처분청의 의견대로라면 납세자의 회계처리 방식에 따라 과세소득 및 유보의 승계 여부가 달라지는 부당한 결과가 발생할 뿐만 아니라, 오히려 기업회계기준을 성실히 준수한 납세자보다 기업회계기준을 위반한 납세자가 더 우대되는 문제점이 발생한다.
(4) 쟁점유보가 승계되지 않을 경우에는 이중과세의 문제가 발생한다. 과세관청의 경정으로 이미 청구외법인에게 과세된 쟁점유보가 청구법인에게 승계되지 않으면 해당 금액만큼 청구법인의 취득원가로 인정되지 아니하여 쟁점유가증권 처분시점에 이중과세가 되는 결과가 초래된다. 처분청은 청구법인이 청구외법인을 흡수합병함에 있어서 청구외법인의 순자산가치를 ｢상속세 및 증여세법｣에 의한 비상장주식의 평가방법에 따라 평가하였으며, 동 평가에 따라 산출된 청구외법인의 자산 가액에 상당하는 대가를 지불(청구법인의 주식)하고 청구외법인의 자산을 취득하였으므로, 청구법인의 쟁점유가증권의 취득가액이 청구외법인의 장부가액(유보금액이 포함된 장부가액)이 아닌 쟁점유가증권에 대해서 합병시점에 평가하여 지급한 금액이므로 이중과세가 아니라는 의견이나, 청구법인이 청구외법인의 순자산가치를 ｢ 상속세 및 증여세법｣에 의한 비상장주식의 평가방법에 따라 평가함에 있어서 쟁점유가증권을 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제54조 제3항 에 따라 1주당 000,000원으로 평가하였는바, 처분청의 주장에 따른다 하더라도 쟁점유가증권의 취득원가가 1주당 000,000원이 되기 위해서 쟁점유보는 청구법인에게 승계되어야 한다.
(5) 쟁점유보가 승계되지 않을 경우, 동일한 조건으로 쟁점유가증권을 같이 처분한 다른 채권금융회사들과의 형평에 어긋난다. 청구외법인은 OOO 주식회사에 대한 대출금을 보유하고 있던 16개 채권금융회사(이하 “채권단”이라 한다) 중 하나로서 다른 채권금융회사들과 같이 쟁점유가증권을 증여받았고, 2010년 5월에 쟁점유가증권의 상장 과정에서 채권단의 쟁점유가증권이 구주매출방식으로 일괄매각되었는바, 쟁점유보가 승계되지 않으면 동일한 주식을 증여받고 동일한 조건으로 같이 처분한 다른 채권금융회사들보다 더 많은 과세소득이 산정되어 형평에 어긋나는 결과가 초래된다.
(6) 불합리한 과세문제를 해결하기 위하여 승계불가능한 유보도 승계가능한 효과가 발생하도록 한 다른 사례도 고려할 필요가 있다. ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 제3호 에 의한 “그 밖에 세무조정”에 해당하는 부채성충당금(마일리지충당부채, 복구비용충당부채, 판매보증충당금, 공사손실충당금 등) 관련 유보와 관련하여, 부채성충당금 유보는 피합병법인의 청산소득금액 계산시 자기자본총액에 가산되어 소멸되어야 하며, 합병법인이 합병시 승계하여 장부상 부채로 계상한 경우 그 시점에 손금불산입(유보)하고 이에 대응되는 금액을 합병차익으로 익금불산입(기타)한 후에 실제로 비용이 지출되어 부채성충당금이 상계되는 시점에 손금산입(△유보)하도록 함으로써 사실상 유보금액이 승계되도록 한 사례가 있음을 고려할 필요가 있다.
1. 내국법인이 2010.6.30. 이전 합병하는 경우 ｢법인세법｣ 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 에 따라 감가상각, ｢법인세법｣ 제42조 의 규정에 의한 평가 그 밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니하나, 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립, 유가증권의 평가 및 대손충당금의 적립과 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인이 이를 승계할 수 있다. 이는 기업회계와 세무회계의 차이에 따라 발생하는 세무조정사항을 승계할 수 있도록 허용함으로써 합병․분할을 통한 기업의 원활한 구조조정을 지원하기 위함이다. 합병법인이 유가증권의 평가와 관련하여 합병시 승계한 유보금액에 대해서는 해당 유가증권의 처분시에 세무조정이 필요한바, 유보사항은 추인(손금산입), △유보사항은 환입(익금산입)으로 처분손익에 반영하고, 합병시 승계되지 아니한 세무조정금액은 피합병법인의 청산소득금액 계산시 자기자본 총액에 포함되는 잉여금에서 유보금액은 차감하고, △유보금액은 가산하여 소멸된다.
(2) 쟁점유보는 기업회계기준상 공정가액과 세무상 시가와의 차이를 익금산입한 것으로 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 제3호 에 따른 합병법인에 승계되는 유보사항이 아니다. 청구법인은 합병시 피합병법인이 보유하던 쟁점유가증권이 기업회계기준에 따른 공정가액과 세무상 시가가 달라 그 차액에 대해 유보로 세무조정하였던 것이나, 합병시 피합병법인의 세무조정사항은 법령에 열거된 사항만 승계가능하고, 유가증권에 대하여는 기업회계기준에 의한 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액만 승계가 가능하다. 이는 유가증권은 세무상 원가법만 인정하고 있는 반면, 기업회계는 결산시점에 공정가액 평가(시가법)를 하여야 하므로 유가증권평가손익에 대해 기업회계와 세무회계의 차이를 불가피하게 세무조정하여야 하는 점을 감안하여 합병법인이 이를 승계한 후 실제 처분되는 시점에 소득금액에 반영하도록 한 것이다. 따라서, 쟁점유보는 “기업회계기준에 의한 공정가액 평가”로 발생한 것이 아니라, 기업회계기준에 따른 공정가액이 세무상 시가와 달라 발생한 것이므로 승계대상 세무조정사항에 해당하지 아니한다. 청구법인은 쟁점유보가 유가증권의 평가로 인한 것에 해당한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는 것인바, 법령은 “기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액”이라 하여 유가증권 평가손익에 대한 익금불산입 또는 손금불산입 항목만이 승계가 가능한 것으로 명시하고 있기 때문에 기업회계기준에 따른 공정가액과 세무상 시가와의 차액에 대한 익금산입항목은 승계대상이 아니며, 이는 피합병법인인 청구외법인의 청산소득금액 계산시 반영하여야 할 사항이다.
(3) 청구법인은 쟁점유보금의 승계를 인정하지 않는 것이 청구외법인과 청구법인에게 이중과세하는 것이라고 주장하나, 청구법인은 청구외법인을 흡수합병하면서 청구외법인의 순자산가치를 ｢상속세 및 증여세법｣에 의한 비상장주식의 평가방법에 따라 평가하였고, 이에 따라 산출된 피합병법인의 자산가액에 상당하는 대가를 지불(청구법인의 주식)하고 피합병법인의 자산을 취득하였는바, 쟁점유보는 합병 평가시점에 이미 반영되었다고 보는 것이 타당하므로 청구법인의 쟁점유가증권의 취득가액은 피합병법인의 장부가액(쟁점유보가 포함된 장부가액)이 아닌 쟁점유가증권에 대해 합병시점에 평가하여 대가를 지급한 금액이 청구법인의 쟁점유가증권 취득가액에 해당한다. 따라서, 청구법인이 쟁점유가증권 처분시에 인식할 손익은 양도가액에서 합병시 평가하여 대가를 지급하고 취득한 가액을 차감한 금액인바, 합병시 지급한 대가 이외에 추가로 쟁점유보를 취득가액으로 인정한다면 오히려 쟁점유보에 상당하는 금액이 손금으로 과다계상되는 결과를 초래할 것이므로 청구외법인과 청구법인에게 이중과세하는 것이라는 청구주장은 이유없다.
① 내국법인이 매입・제작・교환 및 “증여” 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조・생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 더한 금액
3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 제42조(자산·부채의 평가)
① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 제49조(합병 및 분할시의 자산·부채의 승계 등) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 “피합병법인등”이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산·부채의 합병법인 등에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제72조(자산의 취득가액)
① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득 당시의 시가 제73조(평가대상 자산 및 부채의 범위) 법 제42조 제1항 제3호에서 재고자산등 "대통령령이 정하는 자산 및 부채"란 다음 각 호의 것을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권 등
① 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권(이하 이 조 및 제85조 제1항 제3호·제85조 제2항 제3호·제86조의2에서 "유가증권"이라 한다)의 평가는 다음 각 호의 방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.
1. 개별법(채권의 경우에 한한다)
② 제74조 제3항 내지 제6항의 규정은 유가증권의 평가에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제74조 제4항 중 "선입선출법"은 "총평균법"으로, 동조 제6항 중 "재고자산평가조정명세서"는 "유가증권평가조정명세서"로 본다. 제85조(합병 및 분할 시의 자산·부채의 승계 등)
① 내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호에 의한다.
1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.
2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로 한다.
3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그 밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 다음 각목의 규정에 의한 금액은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.
(3) 기업회계기준(2002.1.25. 기업회계기준서 제8호 "유가증권"으로 대체되기 전의 것) 제4장 자산·부채의 평가 제55조(자산의 평가기준)
① 재무상태표에 기재하는 자산의 가액은 당해 자산의 취득원가를 기초로 하여 계상함을 원칙으로 한다.
② 교환·현물출자ㆍ증여 기타 무상으로 취득한 자산의 가액은 공정가액을 취득원가로 한다. 다만, 토지·건물을 제외한 동종의 유형자산간의 교환시 취득가액은 양도한 자산의 장부가액으로 할 수 있다. 제56조(유가증권의 평가)
① 유가증권중 주식 및 채권은 매입가액에 부대비용을 가산하고 이에 총평균법·이동평균법을 적용하여 취득원가를 산정하고, 공정가액을 재무상태표가액으로 계상한다.
② 유가증권의 단가를 산정함에 있어서 총평균법 또는 이동평균법은 유가증권의 종목별로 적용한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어 시가를 공정가액으로 보는 경우에는 보고기간종료일 현재의 종가에 의한다. 다만, 보고기간종료일 현재의 종가가 없는 경우에는 직전 거래일의 종가에 의한다.
④ 유가증권중 주식과 채권의 장부가액을 각각 구분하여 주석으로 기재한다.
(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 항변서 등에 의하면, 청구외법인이 쟁점유가증권을 취득하고, 청구법인이 쟁점유보를 승계하기까지의 경위는 아래와 같은 것으로 나타난다.
1. 청구외법인은 OOO 주식회사에 대하여 대출금채권을 보유하고 있었으나, OOO 주식회사의 경영악화로 1994년경 회사정리절차가 개시되어 채권을 회수하지 못할 상황에 이르자, OOO 주식회사의 대주주인 OO그룹 회장은 1999년 8월 24일에 청구외법인을 포함한 채권단에게 쟁점유가증권을 증여할 것을 약정하는 합의서를 작성하였고, 청구외법인은 해당 합의서에 따라 2000.6.29.자로 쟁점유가증권 00,000주를 증여받았다. 2) 청구외법인은 쟁점유가증권을 증여받은 날이 속하는 2000.4.1.～2001.3.31 사업연도의 기업회계기준에 의한 재무제표를 작성함에 있어 쟁점유가증권의 공정가액을 1주당 000,000원으로 평가하여 00,000,000,000원 의 자산수증이익을 계상하였고, 동 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 쟁점유가증권의 ｢법인세법｣상 1주당 시가와 기업회계기준에 의한 1주당 공정가액이 동일한 것으로 판단하여 별도의 세무조정하지 아니하였다.
3. 처분청은 2004.11.1. 쟁점유가증권의 수증시점의 ｢법인세법｣상 시가를 1주당 000,000원으로 보아 청구외법인이 재무제표에 반영한 기업회계상 취득가액과의 차액 00,000,000,000원을 익금산입(유보)하는 증액경정처분을 청구외법인에게 하였고, 이에 따라 청구외법인은 00,000,000,000원의 쟁점유보를 ｢법인세법 시행규칙｣ 별표 제50호 서식(을)에 계상하였다.
4. 청구법인은 2009.2.1.을 합병기일로 하여 청구외법인을 흡수합병하면서 청구외법인이 보유하던 쟁점유가증권을 승계하였고, 쟁점유보를 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 제3호 가목의 “기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액”에 해당되는 것으로 보아 이를 승계하여 합병등기일이 속하는 2009사업연도의 ｢법인세법 시행규칙｣ 별표 제50호 서식(을)에 계상하였다. (나) 금융감독원 전자공시시스템에 공시된 청구법인 및 청구외법인의 주요경영사항 신고내용에 의하면, 청구법인과 청구외법인간 합병과 관련하여 합병비율의 산정 및 합병신주의 종류와 수는 아래 <표2>와 같고, 청구외법인에 대한 OO회계법인의 주식가치산정보고서에 의하면, 합병비율을 산정하기 위한 청구외법인의 1주당 평가액을 산정함에 있어 청구외법인의 순자산가치에는 쟁점유가증권이 쟁점유보를 포함한 1주당 000,000원으로 반영된 것으로 나타난다. <표2> 청구법인과 청구외법인간 합병비율 및 합병신주 (다) 청구외법인의 청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서에 의하면, 청구외법인의 청산소득금액 계산 내역은 아래 <표3>과 같고, 청구외법인의 합병등기일 직전 대차대조표에는 자본잉여금 00,000,000,000원과 이익잉여금 00,000,000,000원 등이 존재하나, 이를 반영한다 하더라도 청산소득금액이 부(△)의 금액이 산출될 것으로 보아 ‘⑥ 잉여금’의 금액을 ‘0원’으로 기재한 것으로 나타난다. <표3> 청구외법인의 청산소득금액 계산내역 (라) 구 재정경제부가 발간한 “2000년 간추린 개정세법” 책자에는 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 및 제2항의 개정이유가 “합병 또는 분할시 유가증권의 평가손익이 청산소득으로 조정되지 않고 미실현손익을 세무상 인정하기도 곤란하므로 합병법인 또는 분할신설법인이 이를 승계한 후 실제 유가증권을 처분하여 손익이 실현되었을 때 과세 또는 손금인정토록 하고, 퇴직급여충당금 한도초과액의 경우도 피합병법인의 종업원이나 분할법인의 종업원에게 퇴직금을 중도지급할 수 없는 현실적인 어려움을 감안하여 이를 승계되도록 함으로써 합병 또는 분할을 통한 구조조정을 지원하기 위함”으로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구외법인이 쟁점유가증권을 취득할 당시의 기업회계기준(2002.1.25. 기업회계기준서 제8호 "유가증권"으로 대체되기 전의 것)에 의하면 유가증권의 취득가액 산정에 대한 기준을 제4장(자산․부채의 평가)의 제55조(자산의 평가기준) 및 제56조(유가증권의 평가)에서 규정하고 있고, 청구외법인은 증여를 통하여 쟁점유가증권을 취득하였기 때문에 별도의 거래가액이 없어 기업회계기준 제55조 제2항에 따라 공정가액으로 평가하여 이를 취득원가로 장부에 계상한 것으로 보이는 바, 쟁점유보는 청구외법인이 계상한 기업회계기준에 의한 취득가액이 ｢법인세법｣상 취득가액과 달라 발생한 유보이므로 이를 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 제3호 가목의 ‘기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액’에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구외법인이 쟁점유보를 반영하기 이전의 청산소득금액은 이미 부(-)의 금액으로 쟁점유보가 사실상 청산소득금액의 산정에 반영되지 아니하였는바, 청구법인이 쟁점유보를 승계하지 아니할 경우 쟁점유보에 해당하는 금액이 쟁점유가증권의 처분손익에 재차 반영됨으로써 쟁점유보에 대한 법인세를 청구법인이 중복하여 부담하는 결과가 발생되는 점, 2000.12.29. ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 을 개정하여 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액을 합병법인이 승계할 수 있도록 허용한 취지가 합병시 유가증권의 평가손익이 청산소득으로 조정되지 않고 미실현손익을 인정하기도 곤란하므로 합병법인 또는 분할신설법인이 이를 승계한 후 실제 유가증권을 처분하여 손익이 실현되었을 때 과세 또는 손금인정토록 하고자 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점유보를 ｢법인세법 시행령｣ 제85조 제1항 제3호 에 따라 합병법인에 승계되는 유보사항에 해당되지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.