쟁점토지의 양도가 공익사업용토지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

OOO세무서장이 2014.9.15. 청구인에게 한 조세특례제한법 제77 조에 따른 양도소득세 감면 적용의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2009.2.13. OOO대 221㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO수용을 원인으로 양도하면서 총 보상액 OOO중 OOO(이하 “대토신청보상금액”이라 한다)에 대하여는 대토보상계약을 체결(계약체결일: 2009.2.12.)하고 양도소득세 신고를 하면서 대토신청보상금액에 대하여는 조세특례제한법 제77조의2 에 따라 과세이연을 신청하였다가, 사업시행자인 OOO도시계획 결과 각 개인에게 대토보상을 할 수 있을 만큼 토지를 작은 단위로 분할하는 것이 불가능하여 대토보상을 할 수 없음을 회신함에 따라 대토보상을 철회하고, 청구인과 유사한 상황에 있던 7인과 공동으로 OOO(가지번) 대 2,786㎡(이하 “분양토지”라 한다)에 대하여 청구인이 보상으로 받을 금액(당초 대토신청한 OOO에서 OOO현금으로 보상받고 그 동안의 발생이자 OOO에서 원천징수세액 OOO을 제외한 OOO합한 OOO)을 분양선수금으로 하여 OOO매매계약을 체결한 다음 2013년 7월 양도소득세 수정신고를 하였는데, 청구인은 이에 대하여 해당 수정신고 당시 조세특례제한법 제77조 에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면을 적용받지 못하였음을 이유로 2014.8.18. 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 당초 대토신청에 의해 공급받지 못한 토지를 대신하여 8인이 공동으로 새로운 토지에 대해 계약체결을 한 것이고 현금으로 보상받은 내역이 확인되지 아니하므로 이러한 경우는 조세특례제한법 제77조 에 의한 감면 대상이 아니라 하여 2014.9.15. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 OOO2009.2.12. 대토계약을 체결하였으나, OOO도시계획상 사업대상토지를 개인에게 대토를 해 줄 만큼의 작은 단위로는 분할할 수 없다고 하면서 개별적으로 대토를 해주는 것이 불가하다고 하였고, 대신 여러 사람이 공동으로 도시계획상의 토지분할단위를 분양받으려고 한다면 우선적으로 분양을 해주겠다고 하였다. 이에 청구인은 분양토지에 대해 매매대금 OOO매매계약을 체결하여 청구인이 받을 OOO분양선수금으로 OOO귀속되었고, 발생이자에 대하여 2014년 5월 금융소득에 대한 종합소득세를 신고‧납부하였다. 청구인은 쟁점토지가 수용된 후 그 대가를 OOO에서 조성한 토지로보상받기로 하였을 뿐 수용 당시에는 대토예정지의 위치나 면적이 구체적으로 확정되지도 않았고 공급계약도 체결되지 아니하였다. 따라서, 수용 당시에는 대토보상을 신청하기만 하였을 뿐 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고, 매매계약 당시에도 OOO현금보상시 지급하는 발생이자에서 원천징수세액을 제외한 나머지 금액을 청구인의 지분으로 하여 매매계약을 체결한 것이지 대토보상을 받았다고 볼 수 없다. 그리고, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제2항에 의하면 토지로 보상하는 면적은 상업용지일 경우 1,100㎡를 초과할 수 없다고 규정하고 있는바, 청구인 외 7명은 분양토지를 매수하는 계약을 체결하였으므로 이는 공익사업 목적의 수용에 대한 토지보상면적을 초과하는 것이고, 이러한 점을 보아도 청구인은 현금보상받은 금액으로 새로운 토지의 매수계약을 체결한 것이다. 또한, 소득세법 제130조 에서 이자소득은 “지급하는 때에 원천징수한다”라고 규정하고 있는바, OOO2013.5.20. 청구인에게 당초 대토신청한 금액과 발생이자에서 원천징수세액을 차감하고 남은 금액은 분양선수금으로 대체한다고 알려 왔으므로 이 시점에 OOO청구인에게 보상금을 지급한 것으로 보아야 한다. 비록 직접적인 현금 이동이 없었고 해당 금액이 다른 토지 매수를 위한 분양선수금으로 대체되었다고는 하나 세법상 원천징수시기는 이자소득을 지급하는 시점이기 때문이다. 이와 같이 청구인은 쟁점토지를 OOO양도하고 현금으로 보상받아 그 금액을 OOO토지의 매매계약을 체결한 것이므로 조세특례제한법 제77조 의 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다.

(2) OOO당시 공문에 “대토”라고 표기하였고 청구인 외 7명이 사업을 시작하면서 OOO이라는 이름으로 사업자등록을 한 점을 들어 처분청이 해당 매매계약을 토지보상이라고 주장하는 것은 경제적 실질을 고려하지 않은 것이다. 또한, OOO지급유예보상금에 대하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제9항 제2호 가목에 따라 현금보상시 지급해야 할 이자율대로 그 이자를 지급하였는바, 이는 OOO공문에 “대토”라는 표현을 사용하였다고 하나 경제적 실질은 현금보상이기 때문이다. 토지보상일 경우 이자를 지급할 의무가 법률로 정해져 있지 아니하고, OOO실질이 현금보상임에도 형식을 대토보상으로 표기하였기 때문에 현금보상에 따른 이자를 지급한 것이다.

• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제77조의2 제3항 은 같은 조 제1항에 따라 양도소득세를 과세이연받은 자가 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령이 정하는 사유가 발생하는 경우에는 과세이연받은 세액 및 이자 상당액 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있다. 청구인은 2013년 7월 수정신고 당시 과세이연받은 세액에 대해서만 신고․납부하고 이자상당액 가산액은 납부하지 않았고, 청구인을 포함한 8인이 공동으로 새로운 토지에 대해 계약을 체결하여 OOO이라는 상호로 사업자등록을 내었으며, 이는 대토보상권을 공동개발사업에 현물출자한 것으로 판단되는바, 현물출자시에는 조세특례제한법 제77조 제1항 각 호 어느 하나에 해당되지 않아 이자상당가산액 부과대상이 아니고, 청구인 역시 수정신고시 이자상당액가산액을 납부하지 아니하였다. 이와 같이 대토보상에 대한 과세특례규정에 의해 과세이연을 받은 후 대토를 철회하고 공급받을 토지를 대신하여 새로운 토지로 계약을 체결한 것은 실제로 현금으로 보상을 받은 것이 아니므로 조세특례제한법 제77조 제1항 의 감면규정을 적용하지 않고 이에 대한 경정청구에 대해 거부처분한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제77조 의 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면 적용 대상 해당 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지와 관련하여 2009.4.30. 양도소득세 신고시 총 보상액 OOO중 대토신청보상금액을 과세이연되는 것으로 하고 나머지 OOO대하여 양도소득세 감면대상으로 하여 감면세액을 OOO자진납부할 세액을 OOO으로 산정하였으며, 그 후 2012.12.31. 양도소득세 수정신고시 대토신청보상금액 중 현금으로 보상받은 OOO양도소득세 과세대상으로 보아 감면세액을 미산정하고 자진납부할 세액을 OOO으로 산정하였다. 또한, 2013.7.31. 양도소득세 수정신고시 대토신청보상금액 중 기 현금보상액 OOO제외한 OOO양도소득세 과세대상으로 보아 감면세액을 미산정하고 자진납부할 세액을 OOO으로 산정하였다. 한편, 청구인은 2014.8.18. 경정청구시 각각 2012.12.31., 2013.7.31. 양도소득세 수정신고하면서 대토신청보상금액과 관련한 감면세액을 미산정한 것에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제77조 에 따른 감면규정을 적용하여 OOO환급하여 달라고 하였다. 처분청은 이에 대하여 OOO확인한 바에 따르면 대토보상받기로 한 대토신청보상금액 중 OOO현금보상으로 전환되고 OOO대토보상에 따른 토지공급계약을 체결하였음이 확인되어 OOO환급결정한다고 2014.9.15. 통보하였다.

(2) 쟁점토지는 OOO고시 제2008-393호(2008.8.5.)로 개발계획이 승인된 OOO사업부지에 포함된 토지로서, 청구인은 OOO수용에 의해 이를 양도하면서 총 보상액 OOO중 OOO(대토신청보상금액)에 대하여는 대토보상계약을 체결(계약체결일: 2009.2.12.)하였다. 청구인은 대토보상을 신청한 OOO대하여 양도소득세 신고를 하면서 조세특례제한법 제77조의2 에 따라 과세이연을 신청하였다가 대토보상신청을 철회하고 2013.5.20. OOO등 7인과 공동으로 분양토지에 대하여 OOO매매계약을 체결하였는바, 대토보상신청을 철회한 이유에 대하여 청구인은 OOO도시계획 결과 각 개인에게 대토보상을 할 수 있을 만큼 토지를 작은 단위로 분할하는 것이 불가능하여 대토보상을 할 수 없음을 회신하였기 때문이라고 설명하고 있다.

(3) 청구인이 제출한 “매매계약서(2013.5.20.)”에 의하면 청구인을 포함한 8인은 2013.5.20. OOO로부터 분양토지를 총 매매대금 OOO매수하는 내용의 매매계약을 체결한 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 “토지대금납부확인서”에 의하면, 납부일이 2013.5.20.로 기재된 부분의 대금(0회차～5회차 해당 대금)은 이미 납부가 완료된 것으로 나타나는바, 이에 대하여 청구인은 대토신청한 금액이 분양선수금으로서 해당 매매대금 납부로 대체되었기 때문이라고 설명하고 있다.

(4) 청구인은 공동매수자 7인과 공동사업을 추진하면서 OOO협의에 따라 최소한의 분양선수금만 유지하고 나머지 금액은 현금으로 수령하여 운영비로 충당하였다고 하면서 공동매수인 OOO“통장사본”을 제출하였는바, 청구인은 공동매수인 중 OOO가장 많은 지분을 보유하고 있었기 때문에 OOO대표로 일부 분양선수금을 반환받아 전체 공동매수인의 양도소득세 등 운영비로 사용하였다고 설명하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 공익사업용 토지를 공익사업의 시행자에게 양도함에 따라 발생하는 양도소득과 관련하여 조세특례제한법 제77조 제1항 은 양도소득세의 감면을, 같은 법 제77조의2 제1항은 대토보상을 받은 부분에 대하여 양도소득세 과세이연을 각각 규정하고 있어 공익사업을 위한 토지의 양도라는 동일한 과세대상에 대하여 그 양도대금의 지급방법에 따라 감면 등을 달리 적용하고 있는바, 공익사업의 시행에 따라 수용된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하고 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토 예정지의 위치나 면적이 구체적으로 확정되지 아니하고 그에 대한 공급계약도 체결되지 아니하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없는 상황에서 사정변경으로 대토보상을 현금보상으로 전환하여 양도소득세를 신고·납부하는 경우 납세의무자로서는 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연의 혜택을 포기하고 같은 법 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면의 혜택을 선택할 수 있다고 할 것이다. (나) 이 건의 경우, 심리자료에 의하면 청구인은 OOO의 수용에 의해 쟁점토지를 양도하면서 총 보상액 OOO 중 OOO대해 2009.2.13. 대토보상계약을 체결하고 조세특례제한법 제77조의2 에 따라 양도소득세 과세이연을 신청하였다가 대토보상을 철회하고 2013.5.20. OOO등 7명과 공동으로 OOO로부터 분양토지를 총 매매대금 OOO에 매수하기로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였으며, 동 매매계약서상 약정된 계약보증금 및 1회 ～ 4회 할부금 전액 및 5회 할부금 중 일부는 매매계약일인 2013.5.20.에 납부완료된 것으로 나타나는바, 청구인이 대토보상 신청에 따른 토지를 확정적으로 취득하지 못한 상태에서 대토보상을 철회하고 2009.2.13.자 대토보상계약과는 별개의 토지매매계약을 2013.5.20. 분양토지에 대하여 체결한 것이며, 대토보상을 현금보상으로 전환함에 따른 현금보상액은 이를 분양토지의 매매대금으로 지급한 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 청구인은 공동매수자 7인과 공동사업을 추진하면서 OOO협의에 따라 최소한의 분양선수금만 유지하고 나머지 금액은 현금으로 수령하여 운영비로 충당하였다고 하면서 공동매수인 OOO“통장사본”을 제출하였는바, OOO대표로 일부 분양선수금을 반환받아 전체 공동매수인의 양도소득세 등 운영비로 사용하였다는 주장이 설득력이 있어 보이고, 이러한 측면에서도 분양선수금으로 대체된 금액은 청구인이 현금보상을 받은 금액으로 볼 수 있다고 할 것이다. 그렇다면, 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고 현금보상액을 분양토지 매수에 대한 매매대금으로 전환할 당시에 현금보상만 받은 것으로 볼 수 있으므로, 청구인이 비록 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서 과세이연을 신청하였다고 하더라도 청구인으로서는 대토보상 신청을 철회하고 현금보상을 받은 이상 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연금액에 상당하는 양도소득세액을 신고·납부하면서 같은 법 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다고 할 것이며, 이러한 경우는 이미 같은 법 제77조의2 제1항에 따른 과세이연의 효과는 사라지는 것이므로 이를 두고 같은 법 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면과 같은 법 제77조의2 제1항에 따른 과세특례를 중복적으로 받는 것이라 할 수는 없다 하겠다. (다) 따라서, 청구인이 현금으로 보상받은 내역이 확인되지 아니한다 하여 조세특례제한법 제77조 에 의한 양도소득세 감면 적용을 배제하고 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.