10년의 국세부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2014.8.11. 및 2014.8.8. 청구인에게 한 부가가치세 합계 OOO(2007년 제2기분 OOO및 2008년 제1기분 OOO)의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 OOO에서 2007.3.30. OOO라는 상호로 부동산개발업을 개시하여 사업을 영위하면서 OOO로부터 OOO외 2필지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 토목공사용역을 제공받고 부가가치세 공급가액 2007년 제2기분 OOO및 2008년 제1기분 OOO(합계 OOO이며, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 상당하는 매입세금계산서를 발급받아 관련 매입세액 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급받은 후 쟁점토지를 2009.12.29. 양도하고 쟁점금액을 필요경비에 포함하여 2013.6.12. 양도소득세 기한 후 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 기한 후 신고 내용을 결정하면서 쟁점금액을 필요경비로 인정하였으나, 청구인이 사기 기타 부정한 행위를 하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제한 것으로 보아 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제1항 제1호 및 같은 법 제47조의3 제2항 제1호에 따라 10년의 국세부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하여 청구인에게 2014.8.11. 및 2014.8.8. 부가가치세 합계 OOO(2007년 제2기분 OOO및 2008년 제1기분 OOO)을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2003년 매입한 쟁점토지상에 건물을 신축․분양할 목적으로 OOO계약을 체결하여 토목공사를 시작하였으나, 건물을 신축하지 못하고 수용당하게 되었다. OOO청구인에게 발급한 세금계산서를 보면 업태에 ‘건설’, 종목에 ‘토목공사, 골재 외’라고 되어 있고, 적요란에 ‘석축공사와 부대공사’ 또는 ‘근린생활공사 외 부대공사’라고 적혀있어, 국세공무원이 조금만 관심을 가졌다면 발견할 수 있는 부분임에도 처분청에서 소명서와 세금계산서에 기록된 내용만으로 사기 기타 부정한 행위로 보아 이 건을 과세한 것은 국세공무원의 재량의 한계를 넘어선 행위라고 볼 수밖에 없다.

(2) 국세부과제척기간 10년을 적용하기 위해서는 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제1항 제1호 에서 납세자가 ‘사기 기타 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급, 공제받은 경우에 한하며, 그 외의 경우 5년으로 보고 있다. 또한 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과 또는 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하며, 국세청 유권해석에서도 부당과소신고가산세가 적용되기 위해서는 ｢조세범 처벌법｣ 제3조 제6항 에 해당되어야 한다고 하고 있다. 이 건 쟁점매입세액은 청구인이 토지와 건축 관련 부분을 사전표시 없이 매입세금계산서를 신고대행 세무사 사무실에 전달하여 부가가치세 신고를 하였는바, 사기 기타 부정한 행위가 전혀 없이 단순한 세법적용 오류일 뿐이고, 세금계산서 및 소명서에 기술된 내용을 살펴보아도 사기 기타 부정한 적극적인 행위라고 할 수 없다.

• 나. 처분청 의견 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 결정시 쟁점금액의 필요경비 여부에 대한 청구인의 소명서에 따르면, OOO에게 하청을 주었으나 토목공사를 하면서 부담한 매입부가가치세가 불공제될 것을 우려하여, 적요에 ‘근린생활시설 및 부대공사’로 하여 매입부가가치세를 공제받은 사실이 있습니다”라고 기재되어 있고, “당초 토지관련 공사만 이루어졌고 건물과 관련한 공사는 전혀 이루어지지 않았으므로 공제받은 매입부가가치세를 납부하겠습니다”라고 진술하고 있어 청구인은 당초 부가가치세 신고당시부터 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액에 해당되어 공제받을 수 없음을 인지하였음에도 이를 공제받았다고 시인하고 있다. 청구인은 조세를 면탈할 목적으로 고의적으로 세금계산서를 조작(토지관련 매입세액을 감추기 위해 ‘적요’란에 근린생활시설 및 부대공사로 기재)하여 ｢조세범처벌법｣ 제3조 제5호 를 위반하였고, 양도소득세 등을 면탈할 목적으로 기타필요경비를 인정받는 과정에서 당초 부가가치세 신고시 공제한 쟁점매입세액에 대해 수정신고․납부할 것을 약속하였으나, 그에 따른 어떠한 조치도 행하지 아니함으로써 ｢조세범처벌법｣ 제3조 제7호 를 위반한 사실이 있다. 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당하므로 쟁점매입세액을 불공제함에 있어 국세부과제척기간을 10년으로 보고 부당과소신고가산세를 적용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제한 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하지 아니하여 10년의 국세부과제척기간 및 부당과소신고가산세 적용 대상이 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관계법령

(1) 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제47조의3(과소신고가산세) ① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고가산세액”이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미달한 때에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 차감한 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제47조의2 제3항·제5항 및 제6항의 규정은 과소신고가산세의 부과에 관하여 준용한다.

④ 부당과소신고수입금액의 계산 등 과소신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세범처벌법 제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호 에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합시스템상에 나타난 바에 따르면, 청구인은 OOO에서 2007.3.30.부터 현재까지 OOO는 상호로 부동산개발업을 영위하고 있으며, 쟁점토지 토목공사와 관련하여 OOO(주)로부터 공급가액이 2007년 제2기분 OOO2008년 제1기분 OOO쟁점매입세금계산서를 발급받아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 부가가치세를 신고하여 환급세액을 받았다. 처분청은 이에 대하여 쟁점매입세액을 토지에 관련된 매입세액으로 보고 쟁점매입세액을 공제한 것을 ‘사기 기타 부정한 행위’로 보아 다음 <표1>과 같이 부가가치세 합계 OOO각 경정․고지하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지에서 2005.10.14. 제2종 근린생활시설(사무소) 신축 목적으로 OOO군수로부터 토지형질변경허가를 받았으며, OOO군수는 2006.10.4. 청구인에게 건축신고 수리 통지를 하였으나, 쟁점토지가 주거용지인 이주단지 내 진입도로로 지정되어 2007.6.13. 공사중지지시를 하였음이 청구인이 제출한 ‘개발행위(토지형질변경)허가서’, ‘건축신고수리 통보서’ 및 ‘건축신고관련 공사중지 지시서’에 의해 확인된다.

(3) 쟁점토지 등기부등본 및 국세통합시스템에 따르면, 청구인은 쟁점토지를 2003.12.22. 취득하여 2009.12.29. 국토해양부에 양도(수용)하였으며, 쟁점토지 취득․양도 상세내역은 다음 <표2>와 같다.

(4) 청구인은 OOO토목공사용역 대가 OOO원을 기타필요경비에 포함하여 2013.9.27. 양도소득세 기한 후 신고를 하였으며, 그 당시 청구인이 OOO토목공사용역과 관련하여 제출한 소명서의 주요 내용은 다음과 같다.

(5) 청구인이 제출한 쟁점금액 관련 세금계산서상의 공급가액을 보면, 2007.7.15. OOO2007.9.30. OOO2007.11.5. OOO2008.2.25. OOO이며, 동 세금계산서에 기재된 청구인의 업종은 서비스/부동산개발로 되어 있고, ‘품목’란에 ‘쟁점토지 내 근린생활시설 및 부대공사’ 또는 ‘쟁점토지 석축공사 및 부대공사’로 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국세기본법 제26조의2 제1항 에 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 부과제척기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없는 것을 원칙으로 하면서, 제1호에서 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년을 적용하도록 규정하고 있는바, 같은 항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다고 할 것(대법원 2013.12.26. 선고 2013두7667 판결, 조심 2010중2301, 2011.1.18. 같은 뜻임)이다. 이 건의 경우 청구인이 건물을 신축하여 분양할 목적으로 OOO(주)로부터 건설용역을 제공받기로 하였고, 해당 건설용역을 제공받기 위한 일환으로 토지 관련 공사를 진행하던 중 쟁점토지가 도로로 지정되어 중단됨에 따라 쟁점매입세액을 착오로 건물에 관련된 매입세액으로 보았다는 청구주장이 신빙성이 있는 점, 이 건 세금계산서상에 ‘석축공사와 부대공사’ 또는 ‘근린생활공사와 부대공사’로 기재되었다고 하나, 동 기재내용은 쟁점토지에 대한 건설용역을 제공하는 OOO작성하여 청구인에게 발급하여 준 점, 청구인이 양도소득세 기한 후 신고시 쟁점금액을 필요경비로 인정받기 위하여 제출한 소명서 내용만을 증거자료로 받아들이기에는 불합리한 점 등에 비추어 청구인은 단순히 신고를 사실과 다르게 한 것으로 보이므로 처분청이 청구인에게 사기 기타 부정한 행위를 한 것으로 보아 10년의 국세부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.