「조세특례제한법 시행령」 개정 전에 세액감면요건을 충족하였으므로 쟁점토지 양도 당시의 개정된 위 시행령을 적용함하여 과세처분의 적정여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2014.12.19. 및 2015.1.29. OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도(수용)한 후, ｢조세특례제한법｣ 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고하였고, 처분청의 양도소득세 조사기간 중인 2015.6.1. 쟁점토지가 ｢조세특례제한법｣ 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 해당하지 않는 것으로 하여 양도소득세를 수정신고하였다.
• 나. 청구인은 2015.10.22. 쟁점토지가 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 해당한다고 보아 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.11.2. 이를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.11.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지를 2000년 초부터 취득하여 유실수 및 다년생 채소, 벼농사 등을 자경해 오던 중 산업단지 조성으로 인하여 주변 토지가 2012년부터 수용되기 시작하여 쟁점토지도 2014.12.19. 및 2015.1.26. 두 차례에 걸쳐 수용되었다. 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 농민을 보호하고 투기를 억제하는 등 농업의 실제적 육성을 위한 정부의 정책이라고 판단되는바, 법령에서 정한 요건을 충족하면 감면을 적용하여야 하고, 정부가 세금징수 및 조세행정의 편의만을 위하여 법령을 개정하는 것은 타당하지 않다. ｢헌법｣ 제59조에서 조세법률주의에 따른 소급과세금지의 원칙을 규정하고 있는바, 청구인은 정부의 정책에 의하여 강제로 쟁점토지를 수용당하였으므로 당초 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청의 양도소득세 조사기간 중 쟁점토지는 관련 법령의 개정으로 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라는 의견에 따라 2015.6.1. 양도소득세를 수정신고하였다.

(2) 처분청은 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣에서 2014.7.1. 이후 양도분부터는 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 제외하도록 규정하고 있어 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 이는 조세법률주의에서 따른 소급과세금지의 원칙에 위배되고, 어느 일방에 의하여 강제로 행해지는 강제수용의 경우까지 개정된 규정을 적용하는 것은 부당하며, 청구인의 경우 2013.7.25. 쟁점토지에 대한 모든 권리 및 의무가 사실상 이전된 상태이므로 쟁점토지의 양도에 대하여 개정된 규정을 적용한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 2014.2.21 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항 이 개정되기 이전에 이미 세액감면의 요건을 충족하였음에도 불구하고, 쟁점토지의 양도에 대하여 개정된 법령을 적용하여 세액감면을 배제하는 것은 소급입법금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항 은 2014.7.1. 이후 양도분부터 적용되고, 청구인은 2014.12.19. 및 2015.1.29. 쟁점토지를 양도하였는바, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정 전에 세액감면요건을 충족하였으므로 쟁점토지 양도 당시의 동법 시행령을 적용하는 것은 부당하다는 청주주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구인은 세무사이고, 연도별 소득현황은 아래 <표1>과 같은 것으로 나타난다. <표1> (단위: 백만원)

○○○ (나) 청구인은 2015.10.22. 쟁점토지가 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 해당한다고 보아 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.11.2. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항 에 따라 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간을 청구인의 경작기간에서 제외하여 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항 은 2014.2.21. 신설되었고, 부칙 제1조 및 제2조 제3항에서 위 규정은 2014.7.1. 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2014.12.19. 및 2015.1.29. 쟁점토지를 양도하였으므로 위 규정이 적용된다고 보이고, 위 신설규정이 소급과세에 해당한다고 보이지 아니하는 점, ｢헌법｣ 제107조 제2항에서 대통령령이 헌법이나 법률에 위배되는지 여부는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 이 건 심리일 현재 대법원에서 위 규정에 대하여 위헌·위법 여부를 판단한 사실이 없는 점 등에 비추어 ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정 전에 세액감면요건을 충족하였으므로 쟁점토지 양도 당시의 동법 시행령을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 헌법 제13조 ② 모든 국민은 소급입법에 의하여 참정권의 제한을 받거나 재산권을 박탈당하지 아니한다. 제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다. 제107조 ② 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

(2) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(3) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 부칙 <대통령령 제25211호, 2014.2.21.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.