실제운송거래가 있었는지 여부를 재조사하여 과세표준을 경정해야 함.

OOO세무서장이 2015.0.00. 청구인에게 한 2010년 귀속 종합소득세 OOO부과처분은 청구인이 OOO상당의 운송비를 실제 지급하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1989.7.1.부터 OOO에서 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 발전기 제조·임대업을 영위하는 사업자로서, 2010연도에 OOO(대표자 OOO)로부터 공급가액 OOO(이하 “쟁점운송비”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 쟁점운송비를 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고하였다.
• 나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)이 OOO대한 거래질서 관련 조사를 실시한 결과, 2010년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 OOO쟁점사업장 등에 운송용역을 제공하지 않고 공급가액 OOO백만원 상당의 매출세금계산서를 발급한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점거래를 가공거래로 보아 쟁점운송비를 필요경비 불산입하여 2015.0.00. 청구인에게 2010년 귀속 종합소득세 OOO경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.0.00. 이의신청을 거쳐 2015.0.0. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 2010연도에 OOO주식회사(이하 OOO이라 한다)에 발전기를 임대 및 판매한사실은 OOO직원의 확인서, 세금계산서 등에 의하여 확인되고, 쟁점사업장에는 4.5톤 화물차가 있지만 이들 차량은 500kw 이상 대용량 발전기를 운반할 수는 없는 점, OOO대표자인 OOO쟁점사업장에 대한 실물거래가 있었다고 확인서를 작성하였던 점, 청구인의 2010연도 매출액 및 매출원가 대비 운송비의 비율은 다른 해보다 낮아 청구인이 가공의 운송거래를 계상할 아무런 이유가 없었던 점, 그 밖에 OOO세금계산서 내역, 쟁점사업장의 일일업무보고서 및 운임요율표 등에 의하여 실물거래가 있었음이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점거래를 가공거래로 보아 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 실물거래가 있었다고 주장하며 제출한 증빙들은 쟁점사업장에서 발전기가 출고된 기록일 뿐 쟁점거래, 즉 OOO와의 운송거래가 있었다는 점에 대한 객관적인 증빙이라고 보기 어려운 점, OOO세무조사 당시 청구인으로부터 공급가액을 제외한 부가가치세 상당액인 OOO천원만을 수령한 OOO계좌는 가공거래를 통한 부가가치세 및 수수료를 수령계좌라고 진술한 사실이 있는 점, 2010연도의 경우 청구인의 장부에 계상한 운송비 OOO백만원 중 OOO백만원을 개인사업자인 OOO에게 맡겼다는 청구인의 주장은 설득력이 부족한 점 등에 비추어 쟁점거래를 가공거래로 보아 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점운송거래를 가공거래로 보아 필요경비 불산입하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제27조 [사업소득의 필요경비의 계산] ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 작성한 청구인에 대한 종합소득세 과세자료처리보고서(2014년 12월)에는 쟁점거래와 관련하여 “실물거래를 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료가 없어 실제 지출없이 필요경비를 과다계상한 것으로 판단된다”라고 기재되어 있고, 조사청의 OOO대한 거래질서조사 당시 OOO전말서(2013년 4월) 주요내용은 아래와 같다.

(2) 청구인은 쟁점거래와 관련하여 실물거래가 있었다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제출하였다. (가) 쟁점사업장의 2010년 장부상 매출액 및 매출원가 대비 운송비 비율은 각 6.9% 및 8.1%이고, 이 비율은 2009년부터 2013년까지의 비율 중에서는 가장 낮은 수치이다. 쟁점사업장의 2009년부터 2013년까지 매출액 및 매출원가 대비 운송비 비율 내역은 아래 <표1>과 같다. (나) 쟁점사업장의 2010년 7월부터 12월까지 건별매출세금계산서 내역에는 거래처가 OOO로 기재된 항목이 다수 나타나고, 특히 2010년 7월에만 20건 이상의 OOO대한 매출이 있었던 것으로 나타나며, 쟁점사업장의 2010.6.25. 일일업무보고서에는 OOO경유탱크 출고’ 등이 기재되어 있다. (다) 쟁점사업장의 고정자산관리대장에 의하면 트럭 종류 중에는 4.5톤 트럭만이 있는 것으로 나타난다. (라) OOO대표자 OOO작성한 확인서(2015.6.5.)에는 “쟁점사업장 운송건 관련해서는 실제로 발생한 건임을 확인한다”라고 기재되어 있다. (마) 그 밖에 청구인은 OOO선상지원반장 OOO확인서(2013.9.5.), 화물운송 요율표 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 입증되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결, 같은 뜻임)인바, 조사청이 2010년 쟁점거래 중 일부가 가공이었음을 인정하는 OOO진술 등을 토대로 쟁점거래를 가공으로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보한 것은 사실이나, 쟁점거래를 가공거래로 보는 경우 청구인이 제출한 장부상 2010년의 매출액 및 매출원가 대비 운송비 비율이 다른 해보다 현저하게 낮아지는 점, 청구인이 제출한 증빙에 의하면 청구인이 OOO발전기 등을 임대 또는 판매한 사실은 있었던 것으로 보이고, 쟁점사업장의 트럭만으로 쟁점거래의 모든 운송을 담당하기 어려웠을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 객관적인 증빙을 제출하지 못하였다는 이유만으로 쟁점거래 전부가 가공거래에 해당한다고 단정하기 어려우므로 쟁점거래와 관련하여 실물거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.