위탁사용료에서 공사비상환액을 차감한 금액으로 세금계산서를 발행할 수 없다.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1986.10.1.부터 현재까지 OOO에서 OOO 소유 체육시설을 관리하고 있는 법인으로, 2008년부터 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)와 OOO 위․수탁협약(이하 “쟁점협약”이라 한다)을 체결하여 위탁사용료를 받고 OOO을 사용하도록 하던 중, 청구법인은 OOO 시설개선을 위해 OOO 전광판교체공사(이하 “전광판공사”라 한다) 및 OOO 내야 관람석 교체 및 스텐드 방수공사(이하 “환경개선공사”라 하고, 위 공사를 합하여 “쟁점공사”라 한다)를 OOO로부터 선지원 받아 완료하였다.
• 나. 청구법인은 2010년 제2기～2013년 제2기 부가가치세 신고시 OOO 연간 위탁사용료에서 OOO에게 상환할 쟁점 공사 대금을 차감한 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 한 결과, 청구법인이 쟁점협약 및 관련 법령에 따라 산정한 위탁사용료로서 OOO 로부터 수취할 위탁사용료에서 공사비 상환액을 차감한 순액에 대해 세금 계산서를 발행한 것이 부당하다고 보아 2015.6.15. 청구법인에게 2010년 제2기 ～2013년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 법령에 따라 정부용역 원가계산 기관에서 산정한 위탁사용료에서 청구법인과 OOO간 합의로 쟁점공사비 상환액만큼 감액한 위탁사용료 납부대상금액을 공급가액으로 보아 세금계산서를 발행한 것은 다음과 같은 이유로 정당하다. 첫째, 청구법인과 OOO의 쟁점협약은 일반적인 부동산 임대차 계약과는 성격이 상이한 특수한 형태의 계약이다. 둘째, 위탁사용료 납부금액은 관련 법률 및 당사자간 합의에 의해 산정된 적법한 공급가액이다. 셋째, 청구법인은 2007년 이후 환경개선공사 감면액을 차감한 위탁사용료 납부대상금액을 공급가액으로 하여 신고․납부하여 왔고 2011년 청구법인의 부가가치세 경정청구시 처분청은 환급결정을 한 사실이 있는 점에서 신의성실의 원칙에 위반되며, 처분청의 새로운 해석 이전의 거래에 대하여 과세하는 것은 소급과세금지원칙에도 반한다. 넷째, 쟁점협약은 공공적인 측면이 반영된 지방자치단체와의 거래이며, 부가가치세 탈루도 존재하지 않았고, 어떠한 세수의 일실이나 거래질서의 훼손도 없다는 점이 고려되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 OOO로부터 수취할 위탁사용료에서 쟁점공사비 상환액을 차감하고 세금계산서를 발행한 것은 다음과 같은 이유로 부당하다. 첫째, 쟁점공사금액은 원가계산시 OOO의 지출비용(통상적인 시설 개․보수 비용)으로 인정받을 수 없는 금액임에도 위 금액을 반영하여 당초 결정된 위탁사용료를 당사자 간 합의로 감액한 것은 부당하다. 둘째, 당초 위탁사용료에서 쟁점공사비 상환액을 차감한 금액은 위탁사용료 재산정이 아닌 당사자 간 순수 납부 및 수령금액을 임의로 산정한 것에 불과하다. 셋째, 처분청은 이 건 심판청구 쟁점과 관련하여 공식적인 의견을 표명한 사실이 없고, 새로운 해석이나 관행을 적용하지 않고 청구법인이 부가가치세 과세표준을 과소신고한 것에 대하여 과세한 것 뿐이 므로 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙을 위배한 사실이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점공사비 상환액만큼 감액한 위탁사용료 납부대상금액을 공급가액으로 보아 세금계산서를 발행할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 (2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것) 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제29조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. (2) 공유재산 및 물품 관리법 제27조 【행정재산의 관리위탁】

① 지방자치단체의 장은 행정재산의 효율적인 관리를 위하여 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방자치단체 외의 자에게 그 재산의 관리를 위탁(이하 "관리위탁"이라 한다)할 수 있다.

⑦ 지방자치단체는 관리위탁을 받은 자에게 관리에 드는 경비를 지원할 수 있다. (3) 공유재산 및 물품 관리법 시행령 제20조 【수탁재산의 관리】

② 관리위탁 행정재산의 원형이 변경되는 대규모의 수리 또는 보수는 해당 지방자치단체가 직접 시행한다. 다만, 긴급한 경우에는 관리수탁자가 필요한 최소한의 조치를 한 후 지체없이 그 내용을 지방자치단체의 장에게 보고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 쟁 점공사를 OOO로부터 선지원받아 완료하였고, 2010년 제2기～2013년 제 2기 과세기간 중에 OOO 위탁사용료에서 OOO에게 상환할 쟁점공사 대금을 차감한 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 청구법인이 연간 위탁사용료 전액이 아닌 OOO 로부터 수취할 위탁사용료에서 공사비 상환액을 차감한 순수령액에 대하여 매출세금계산서를 발행한 것이 부당하다고 보아 이 건 처분을 한 사실이 나타난다.

(2) 청구법인은 OOO 연간 위탁사용료에서 OOO에게 상환할 쟁점공사 대금을 차감한 금액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발행하였는바, 상세 내역은 다음과 같다. <표> 청구법인의 세금계산서 발행 내역 (3)부가가치세법제29조에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 여기서 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 대가의 합계액으로 하는 것이므로 거래상대방 간에 주고 받을 금액을 상계하지 아니한 금액이라 할 것이다.

(4) 청구법인은공유재산 및 물품 관리법제27조 제7항에서 “지방자치단체는 관리위탁을 받은 자에게 관리에 드는 경비를 지원할 수 있다.”고 규정하고 있어 쟁점공사비를 위탁사용료에서 차감한 것은 법률에 근거한 처분이고, 같은 법 시행령 제20조 제2항 단서에서 “다만, 긴급한 경우에는 관리수탁자가 필요한 최소한의 조치를 한 후 지체없이 그 내용을 지방자치단체의 장에게 보고하여야 한다.”고 규정하고 있어 환경개선공사는 당시 OOO의 원활한 운영을 위한 긴급한 사안이므로 청구법인이 쟁점공사 대금을 차감한 금액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발행한 것은 정당하다고 주장하면서, 청구법인은 2007년 이후 쟁점공사비를 차감한 위탁사용료 납부대상금액을 공급가액으로 하여 신고․납부하였던 점에서 신뢰보호원칙에 위반되며, 처분청의 새로운 해석 이전의 거래에 대하여 과세하는 것은 소급과세금지원칙에도 반한다고 주장하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 법령상 근거로 제시하는공유재산 및 물품 관리법제27조 제7항은 공유재산을 관리․운영하는 수탁자의 경비지원에 관한 근거이지 쟁점공사비를 위탁수수료에서 차감하여 부가가치세를 신고하는 것에 대한 근거로 보이지 아니하 는 점, 청구법인이 위탁사용료 총액에서 쟁 점공사비 상환액만큼 감액하여 신고․납부한 것은 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행부가가치세법상 허용하지 아니하는 임의적 상 계처리로 보이는 점, 해당 과세기간 중 청구법인의 부가가치세 신고에 대하여 처분청이 어떠한 공적 견해를 표명한 사실이 없어 신뢰보호원칙 및 소급과세금지원칙에 반할 여지가 없는 것으로 판단되는 점 등에 비추어 처분청이 연간 위탁사용료 전액이 아닌 위탁사용료에서 공사비 상환액을 차감한 순수령액에 대하여 매출세금계산서를 발행한 것이 부당하다고 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.