현물출자에 의한 법인전환시 부동산의 양도가액을 과소신고하여「조세특례제한법」제32조의 이월과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO에서 ‘OOO’라는 상호로 제철설비업(이하 “개인사업장”이라 한다)을 영위하다가 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)로 전환하는 과정에서 2007.6.27. 취득한 위 토지 외 9필지 토지(23,939㎡) 및 2009.7.14. 지상에 신축한 건물(2,687.25㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고 9필지의 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 감정평가법인의 감정가액으로 평가하여 2009.7.28. 쟁점법인에게 현물출자하고, 2009.9.30. 법인전환에 따른 양도소득세(OOO원) 이월과세를 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. OOO국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점건물의 시가를 감정가액(OOO원)이 아니라 장부가액(OOO원)으로 보고 개인사업장의 순자산가액(OOO원)이 쟁점법인의 설립시 자본금(OOO원)을 초과함에 따라 양도소득세 이월과세요건을 충족하지 못한 것으로 지적하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점부동산에 대하여 양도소득세의 이월과세 적용을 배제하여 2015.4.9. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.7.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 상법제299조의2에서 설립시나 유상증자시 현물출자를 하고자 하는 경우 공인된 감정인의 감정결과를 법원에 보고하여 현물출자를 증명하도록 규정하고 있어서 쟁점건물에 대하여 주식회사 OOO의 감정가액(OOO원)으로 현물출자가액을 정당하게 확정하였고, 해당 평가액은 OOO지점이 OOO에게 의뢰하여 2009.8.11. 기준으로 평가한 OOO원과 비슷하며, 시가로 인정받기 위해서는 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격이어야 함에도 건축업자와의 일회적인 계약에 의한 신축금액을 시가로 보기에는 무리가 있고, 쟁점건물의 장부가액에는 토지로 분류되는 조성원가 OOO원과 기계장치비 OOO원이 포함되어 있어 장부가액을 시가로 보는 것은 타당하지 않으며, 쟁점건물의 장부가액은 다음 <표1>과 같이 평당 OOO원 정도로 일반적인 공장건축비가 평당 OOO원에 대비하여 1.67배에 해당하는 가액인데 반하여 감정가액은 평당 OOO원 정도로 제3자 간에 일반적으로 거래되는 가액과 유사하다. <표1> 장부가액과 감정가액 따라서, 쟁점건물의 양도가액을 감정가액인 OOO원으로 보는 것이 타당하므로 양도소득세의 이월과세 요건을 충족하였음에도 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점건물에 대한 시가가 불분명하므로 감정가액을 시가로 보아야 한다고 주장하나, 현물출자로 법인전환하여 양도소득세 이월과세를 적용할 때 사업용 고정자산의 양도가액은 법인전환일 당시의 실지거래가액에 의하고 실지거래가액이 불분명한 경우 법인세법상 시가, 감정가액, 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)상 평가한 가액의 순서대로 산정된 가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 하는 것인바, 쟁점건물은 2008.6.5. 착공되어 2009.7.3. 사용승인되었으며, 건물의 신축 및 부대비용 OOO원을 장부에 계상한 실지거래가액 즉, 시가가 존재하는 경우로 감정가액 또는 상증법을 적용하여 평가한 가액이 적용될 여지가 없고, 특히 2009.7.3. 사용승인 후 1개월 이내에 양도하면서 쟁점건물의 장부가액(OOO원) 대비 62.4% 수준인 감정가액(OOO원)을 양도가액으로 보아야 한다는 주장은 타당하지 않으며, 다음 <표2>와 같이 쟁점건물의 신축비용 중 토지조성과 관련된 비용(OOO원)이 포함되어 있으므로 이 금액은 토지원가로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세 신고시 쟁점건물의 신축비용으로 매입세액을 공제받아 장부에 반영하였음에도 토지조성비라는 주장은 인정할 수 없다. <표2> 쟁점건물의 신축비용 또한, 청구인은 쟁점건물의 장부가격이 평당 OOO원으로 일반적인 공장신축가격을 초과하여 부당하다고 주장하나, 공장의 시설내용 등에 따라 가격이 다를 수 있으므로 일률적으로 적용할 수 없는 것이며, 공장신축가액인 장부가액에 잘못이 있다는 점은 이를 주장하는 청구인이 공사내역서 등에 의하여 그 사정을 밝혀야 하나 그러한 증빙의 제시가 없으므로 청구주장을 인정할 수 없다. 따라서, 쟁점건물에 대한 양도가액을 감정가액이 아닌 법인전환일 이전 1개월 이내의 신축비용을 반영한 장부가액을 실지거래가액으로 보고 조세특례제한법제32조 제2항의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세의 이월과세 적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 현물출자에 의한 법인전환시 부동산의 양도가액을 과소신고한 것으로 보고 조세특례제한법제32조의 이월과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제28조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항 의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것. 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (3) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. (4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(소명) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2009.7.1. 현물출자를 통하여 법인전환한 쟁점법인의 2009.12.31.현재 주주별 출자내역은 아래 <표3>과 같고, 총발행주식수 720,000주, 액면가액 OOO원으로 설립시 자본금은 OOO원으로 나타난다. <표3> 주주별 출자내역

(2) 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 감정가액으로, 쟁점건물의 취득가액은 장부가액으로 하여 건물신축일(2009.7.14.)로부터 양도일(2009.7.28.)까지 단기간에 건물가액이 OOO원 감소된 것으로 신고하자, 처분청은 쟁점건물의 양도가액을 장부가액으로 하여 자본금(OOO원)이 순자산가액(OOO원)에 미달하여 양도소득세 이월과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 과세하였는바, 양도소득세 신고내용 및 경정내역은 다음 <표4>와 같다. <표4> 양도소득세 신고 및 경정내역

(3) 쟁점법인에 대한 OOO지사가 작성한 재산확인 감사보고서의 주요내용은 다음 <표5>와 같고, 감사보고서상 현물출자할 순자산가액의 내용은 다음 <표6>과 같으며, 쟁점부동산의 현물출자 자산합계표의 내용은 다음 <표7>과 같다. <표5> 재산확인 감사보고서 <표6> 요약대차대조표 및 현물출자할 순자산가액 <표7> 현물출자 자산합계표(합계만표시)

(4) 주식회사 OOO지사가 2009.7.17. 작성한 감정평가서 주요내용은 다음 <표8>과 같고, 감정평가표 외에 감정가액에 대한 세부적인 산출근거 등은 제시하지 않았다. <표8> 감정평가표

(5) 쟁점건물의 신축공사(2008.6.5. 착공, 2009.7.3. 준공)와 관련하여 쟁점법인과 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2008.5.19. 공사금액 OOO원으로 도급계약을 체결하였다가 2009.2.2. 공사금액을 OOO원으로 수정한 사실이 도급계약서에 나타나고, 청구인은 다음 <표9>와 같이 쟁점건물의 취득원가(장부가액) 중 OOO원은 부지조성원가로 토지의 원가를 잘못 분류한 것이라고 주장하면서 계정별원장, 매입세금계산서, 공사민원 관련 서류 등을 증빙으로 제시하였다. <표9> 쟁점건물의 취득원가(장부가액)

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물을 신축한 후 1개월 이내의 신축 및 조성비용인 OOO원을 장부가액으로 하여 개인사업장에 계상하고 있고, 장부가액에 대하여 부가가치세 신고시 매입세액 공제를 받은 것으로 보아 그 중 OOO원이 토지조성원가 등으로 분류된다는 청구주장을 받아들이기 곤란한 점, 이 건 양도 당시의 평가 관련 규정인 상증법상 시가로 볼 수 있는 감정가액을 2 이상의 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액으로 규정하고 있어서 이 건과 같은 1개 감정기관의 감정가액은 같은 법 제60조 제2항 후단의 시가로 인정되는 감정가액이 아닌 점, 쟁점건물의 감정가액인 OOO원이 장부가액(OOO원)의 62.4%에 불과하여 이를 건물의 가치를 객관적․합리적으로 반영한 시가로 인정하기 어려운 점, 청구인이 쟁점건물을 현물출자한 데 대하여 양도가액을 감정가액(OOO원)으로 하며, 취득가액을 장부가액(OOO원)으로 하여 신축일(2009.7.14.)부터 양도일(2009.7.28.)까지의 기간 동안 발생한 양도소득 OOO원을 축소신고한 것으로 보이는 점, 재산확인 감사보고서상 토목공사비가 별도로 계상되었고 부지조성비(OOO원)는 쟁점건물 건축에 부수되는 용역비로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점건물의 시가는 감정가액이 아니라 장부가액으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 쟁점건물의 장부가액 OOO원을 양도가액으로 볼 경우 개인사업장의 순자산가액이 OOO원임에도 쟁점법인의 자본금이 OOO원이므로조세특례제한법제32조 제2항의 자본금 요건을 충족하지 못하는 이상, 처분청이 현물출자에 의한 법인전환시 부동산의 양도가액을 과소신고한 것으로 보고 이월과세의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.