청구법인의 경비근무일지 등 확인서에 의하면 쟁점거래처 대표자가 직접 운송차량에 탑승하여 납품하였고, 다른업체로부터 수취한 세금계산서는 정상거래인 것으로 조사되었는바, 쟁점거래에 있어 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이므로 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음
청구법인의 경비근무일지 등 확인서에 의하면 쟁점거래처 대표자가 직접 운송차량에 탑승하여 납품하였고, 다른업체로부터 수취한 세금계산서는 정상거래인 것으로 조사되었는바, 쟁점거래에 있어 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이므로 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음
〔주문〕 OOO이 2015.1.6. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다. 〔이유〕
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서상 실제 공급자는 쟁점거래처로서 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다. (가) 쟁점거래처는 2004.7.28. 설립되어 OOO을 영위하는 법인사업자로서 OOO의 실질 사업자 OOO이 설립자이자 주주겸 사실상 대표자로서 청구법인은 제품 생산에 필요한 원자재를 매입하는 데 업무상 오래전부터 알고 지내던 OOO이 쟁점거래처의 주주 및 이사로서 청구법인의 본사 사무실을 찾아와 OOO 공장에서 나오는 OOO을 수입해서 납품하겠다고 제의해 옴에 따라 샘플을 검사한 후 쟁점거래처와 거래하게 된 것으로 쟁점거래는 쟁점거래처의 책임과 계산하에 거래한 것으로서 실제 공급자는 쟁점거래처이고, 이는 OOO이 2010. 1.7. 청구법인에 보낸 가격협상 문서, OOO에 입고시 작성된 거래명세표, 거래대금 지급내역, OOO 입고시 외부용역업체에서 파견한 경비근무자가 경비실에서 작성한 경비근무일지에 쟁점거래처가 입고한 것으로 기록되어 있는 사실 등으로 확인된다. (나) 처분청의 청구법인에 대한 1․2차 세무조사, 2011년 6월경 OOO의 세무조사 당시에도 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서는 정상 세금계산서로 인정한바 있고, OOO 근무일지상 쟁점거래처로부터 매입한 실물의 입고업체에 쟁점거래처가 기재되어 있으며, 탑승자란에 OOO이 기록되어 있고, OOO에서 쟁점거래처를 자료상으로 고발함에 따라 2011년 7월경 OOO 에 출석하여 조사받은 사실이 있어 OOO이 처분청 조사담당자에게 “ OOO 은 알지도 못하고, 청구법인이 어디 있는지도 모르며, 운송을 한 적이 없다”고 유선으로 진술한 내용은 명백한 거짓 진술에 해당되는데도 동 진술을 근거로 쟁점세금계산서의 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 처분청 주장은 타당하지 않다. (다) 사업자는 사업목적상 지역별로 별도 회사를 두거나 특정거래처 전담 회사를 별도로 두고 영업을 하고 있는 것이 현실로서 쟁점거래처와 거래시 거래물품이 OOO에서 상차된 것은 쟁점거래처의 주문에 따른 것으로 동 사실만으로 해당 거래의 실제 공급자를 OOO으로 볼 수는 없다.
(2) 설령, 쟁점세금계산서상 실제 공급자가 OOO이라고 하더라도 청구법인은 1978년에 설립되어 OOO 등을 생산하여 OOO 등에 납품하는 중소제조 법인으로서, 영업부장 OOO의 불법행위로 OOO에 발행한 매출세금계산서 외에는 지금까지 가짜 세금계산서를 수수한 사실이 없이 성실 납세하여 온 점, 청구법인은 OOO 제품 생산에 소요되는 원자재 구입을 물색하던 중 업무상 오래전부터 알고 지내던 OOO이 쟁점거래처의 주주 및 이사 자격으로 경기도 OOO에 소재한 본사사무실에 찾아와 OOO을 수입해서 납품하겠다고 제의받아 거래시작 전 샘플을 검사하고 쟁점거래처의 OOO의 지위, 사업자등록증, 사업장 등 제반 사항을 확인한 후 거래한 점, 쟁점거래처 OOO이 청구법인에 보낸 OOO에서 보는 바와 같이 시가로 거래하였고, 거래시마다 거래명세표, 세금계산서를 수수한 점, 경비실 근무자는 외부용역업체 파견근무자로서 경비수칙상 “있는 사실 그대로” 근무일지에 기록하였는 바, 그 근무일지에 쟁점거래처가 입고한 사실이 나타나고, 입고기사로 OOO로 되어 있는바, 청구법인 입장에서 쟁점거래처의 운반지시를 받고 입고한 것으로 볼 수밖에 없었던 점, 물건 하차시 주문과 일치하는지 수량 및 품질 등을 확인한 점, 매입절차가 이상 없이 완료된 후에 쟁점거래처의 은행계좌를 통해 매입대금을 지급한 점, 청구법인 입장에서 쟁점거래를 통해 매입한 물품의 상차지 등 그 이동경로까지 확인하기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점거래에 있어 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당한다.
(3) 이 건 처분청의 1차 세무조사는 청구법인에 대하여 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 수수한 세금계산서의 적정성 여부에 관한 것으로서 쟁점세금계산서의 수수가 적정하다는 취지로 조사종결 하였고, 2차 세무조사 착수시 청구법인의 조사선정 사유로 쟁점세금계산서의 처리를 위한 것으로 되어 있는바, ｢국세기본법｣ 제81조의4 제2항 제1호 에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 한정되어야 하며, 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석하여야 할 것(대법원 2011.1. 27. 선고 2010두6083 판결)으로 이 건의 경우 쟁점거래처 관할세무서에서 뚜렷한 근거 없이 쟁점세금계산서를 자료상거래로 확정하여 조사청에 통보한 것으로, 통보받은 조사청은 탈루사실이 없다고 반송한 사실이 있는 등 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당된다고 볼 수 없는 점, 처분청의 1차 세무조사시 영업부장 OOO의 불법행위에 대한 매출 및 매입에 대한 자료상혐의를 조사하였는바, 청구법인과 쟁점거래처 간에 수수된 쟁점세금계산서의 적정 여부에 대한 조사가 불가능하였다고 볼 수 없어 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우에 해당하지 아니하는 점, ｢국세기본법｣ 제81조의4 제5호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제2호에서 “각종 과세자료의 처리를 위한 재조사”란 그 위임의 근거조항에 따라 각종 과세자료를 처리하는 과정에서 같은 법 제81조의4 제2항 제1호 내지 제4호에 유사한 경우에 한하여 재조사를 허용하는 근거조항으로 제한적으로 해석하여야 할 것인 점 등에 비추어 이 건 과세처분의 근거가 된 세무조사는 중복조사 예외사유에 해당하지 아니하여 중복조사에 해당되고, 이 건의 경우 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분으로 위법하다(대법원 2006.6.2. 선고 2004두12070 판결).
(4) 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있는 것(대법원 2009.5. 14. 선고 2006두17390 판결)으로 수사기관의 수사결과 또는 기타 증거에 의거 사기 또는 횡령에 의하여 재화가 편취된 사실이 객관적으로 확인되는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하여야 할 것(2001.11.30)인바, 이 건의 경우 OOO가 청구법인 OOO 제품을 횡령한 혐의로 기소되어 2012.12.28. 서울고등법원으로 확정판결(2012노1956) 받은 사실이 확인되어 OOO가 청구법인의 OOO 제품을 횡령하여 타인에게 불법으로 판매하여 청구법인이 회수한 대금(2009년 제2기 공급가액 OOO은 손해배상금 성격으로서 재화의 공급에 해당되지 아니하는데도 해당 부가가치세를 과다신고납부하였고, 이 건 처분청의 증액경정금액은 동 부가가치세 과다신고 납부세액 범위 내에 있으므로 이 건 처분청이 청구법인에게 경정․고지한 세액은 감액경정 되어야 한다.
(5) 세금계산서의 공급자가 사실과 다르다는 것과 매입처가 자료상이라는 사실을 거래 당시부터 인지하고 있었으면서 적극적으로 부정한 방법을 사용하여 세금계산서를 수취하고 매입세액을 신고하였다고 보기는 어려운 경우 일반과소신고가산세를 적용하는 것이 타당하다 할 것(조심 2014전4305, 2015.1.19 외 다수)이므로 이 건 청구법인은 거래 당시부터 쟁점거래처가 자료상이라는 사실을 전혀 인지하지 못한 채 적극적으로 부정한 방법으로 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 것으로 볼 수 없어 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다.
(1) 청구법인이 제시한 쟁점거래처와 거래 당시 경비근무일지에 의하면 쟁점거래처의 입고차량 기사와 OOO 입고차량 기사와 중복되는 경우가 많고, 입고자가 쟁점거래처 OOO이라고 기재된 경우가 있으나 경비일지상 확인되는 해당 차량번호에 대해 차량등록원부를 조회한바 OOO으로 확인되었고, OOO에게 운송경위를 확인한 바, “화물운송업을 하는 고향동생 OOO(현재 차량매각 후 연락불가상태)가 본인이 운송의뢰를 받았으나 부득이하게 못가게 되었다고 대신 운송을 부탁하면서 상·하차 할 장소를 알려주어 경기도 OOO(상세장소는 기억 못함)으로 가서 OOO 등을 상차하여 청구법인에게 하차 인계해 주었으며, 운송비가 맞지 않아 2회 정도 갔고, 고가의 물건이라 청구법인에 인계시 정확한 수량 등을 확인하고 인계한 것으로 기억된다”고 진술하였고, 경비일지상 직접 운송자로 기재된 쟁점거래처 대표이사 OOO은 유선상 운송여부를 묻자 “본인은 계속 서울지역에만 있었으며 OOO은 알지도 못하고, 청구법인이 어디 있는지도 모르며, 직접 운송을 한 적이 없다”면서 세무서 방문요청에 나중에 연락하겠다고 진술하는 등 쟁점거래처 OOO은 청구법인을 방문한 사실이 없는 것으로 확인되는 점, 직접 운송을 담당한 OOO은 OOO로부터 운송의뢰를 받은 기사들이 OOO의 사업장소재지인 경기도 OOO 등을 상차하여 청구법인에 인계하였을 것으로 추정된다고 진술하는 등 쟁점거래처의 사업장 소재지OOO에서 상차한 사실은 없는 점 등에 비추어 OOO이 청구법인 영업부장 OOO로부터 무자료 매입 후 동 물건을 다시 청구법인에게 무자료 매출하고서는 이를 정상거래로 가장하기 위하여 쟁점거래처에 무자료판매 후 쟁점거래처가 청구법인에게 매출한 형식을 취한 것으로 판단되므로 쟁점세금계산서상 실제 공급자는 OOO로서 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) OOO 업종의 특성상 무자료거래가 빈번하고 자료상 사업자가 성행하는바, 선대로부터 30년 이상 계속하여 영위하고 있는 청구법인은 어떤 업체보다도 업종특성을 잘 알고 있는 것으로 보여지고, OOO의 경우 주식회사 OOO에서 10여년 이상 영업부장으로 근무하면서 해당분야에서 널리 이름이 알려진 자로 청구법인과도 여러 번의 거래관계로 본사에 방문한 적이 있고, 청구법인 창업주(현재대표이사의 아버지)가 능력을 높게 평가하여 스카웃 제의까지 하였던 적이 있고, 청구법인은 OOO이 실질적 대표자로 있는 OOO과도 거래가 있었음에도 불구하고 별다른 의심 없이 기존에 거래 실적이 없던 쟁점거래처 명의로 쟁점세금계산서를 수취한 점, OOO원에 이르는 고액거래임에도 쟁점거래처가 어디에 위치하여 무엇을 하는 법인인지 확인도 하지 아니한 점, 청구법인이 OOO을 대면하여 납품능력은 있는지 OOO 영위에 적합한 보관창고나 야적장 등은 갖추고 있는지를 확인하지 아니한 점, 쟁점거래처 사업장 소재지가 아닌 OOO에서 상차한 사유에 대해 명확히 확인하지 아니한 점, 쟁점거래처의 사업이력[2004년 OOO(주)로 개업하여 소규모 의약품 도소매업을 영위하다가 법인상호 정정 및 OOO 업종을 추가하여 매출급증 및 매입처가 전부 가공업체라는 사실 등]에 대해 충분히 확인하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점거래에 있어 청구법인이 선의의 거래당사자라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.
(3) OOO은 조사결과통지 전 청구법인에게 쟁점세금계산서 과세자료를 제외하고 조사종결한 것이라 충분히 사전설명을 하였고, 또한 쟁점세금계산서 자료는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 과세자료가 있는 경우에 해당되므로, 이 건 처분은 신의성실원칙 및 세무조사권 남용금지 원칙에 위배되지 아니한다.
(4) OOO의 세무조사 결과 OOO가 무자료 매출금액 전액을 당해 법인의 통장으로 입금하였음이 확인되고, 매출대금 중에서 달리 법인자금을 횡령한 사실이 발견되지 않고 있으며, 실매출처인 OOO 등에서도 동 매매가액을 거래가액으로 대부분 인정하고 있을 뿐만 아니라, 부가가치세 과세표준 확정에 필요한 유일한 실거래가액 관련 증빙은 OOO가 청구법인 통장으로 입금한 금액임이므로 OOO가 청구법인을 기망하여 특수관계 없는 OOO 등에 장부가액보다 저가에 판매하고 판매대금을 당해 법인의 통장으로 입금한 <표3>의 가액을 부가가치세 과세표준으로 확정하여 2009년 제2기 및 2010년 제1기 부가가치세를 결정한 것이어서 청구주장은 타당하지 않다.
(5) 사실과 다른 위장․가공세금계산서를 수수함으로써 위장․가공 거래에 대한 결제증빙이나 계약서 등을 실제 거래인 것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 부정행위에 해당한다 할 것(조심 2013서85, 2013.3.20.)인바, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로서 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기 어려운 이상, 처분청이 청구법인에게 부당과소신고가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
① 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서인지 여부
② 청구법인이 선의의 거래당사지인지 여부
③ 이 건 과세처분이 중복조사금지원칙에 위배된 처분인지 여부
④ 직원의 횡령으로 판매된 재화는 불법매출로서 부가가치세 과세대상이 아님에도 해당 세액을 신고납부 하였으므로 해당 세액 상당액은 이 건 증액경정된 세액 범위 내에서 감액경정 되어야 한다는 청구주장의 당부
⑤ 부당과소신고가산세 적용의 당부
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항
⑤ 제1항 및 제3항외에 세금계산서의 작성ㆍ교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 국세기본법 제47조의2【무신고가산세】② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령이 정하는 방법을 말한다. 이하 이 절에서 같다)으로 무신고한 과세표준(부가가치세의 경우에는 부가가치세법 제17조 및 제26조제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의3【과소신고가산세】① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "일반과소신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. <개정 2007.12.31>
1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미달한 때에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.
2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 차감한 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. (3) 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장
2. 허위증빙 또는 허위문서(이하 이 조에서 "허위증빙등"이라 한다)의 작성
3. 허위증빙등의 수취(허위임을 알고 수취한 경우에 한한다)
5. 재산을 은닉하거나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기 그 밖에 부정한 행위 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
3. ｢조세범 처벌절차법｣ 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.
(1) 이 건 과세경위는 다음과 같다. (가) 청구법인에 대한 1차 세무조사OOO
• 조사결과: 매출부문은 OOO의 불법행위로 발행된 세금계산서는 납품단가를 임의로 정하여 발행하게 한 것으로 실제 빼돌린 재화를 OOO에게 현저히 저가로 현금판매하고 그 대금을 청구법인에 입금한 것이므로 각 과세기간의 매출과세표준을 각 과세기간에 입금된 금액으로 조정하여 납부세액을 경정하였고, 매입부문의 경우 쟁점거래처를 포함한 OOO으로부터 수취한 세금계산서에 대해 검찰수사기록 및 회사가 제출한 소명자료, OOO 조사 등을 종합하여 모두 정당한 것으로 인정하였다. (나) OOO 관련업체에 대한 관할관청의 세무조사 내역은 다음과 같은바, 청구법인이 쟁점거래처를 제외한 OOO으로부터 수취한 세금계산서는 정상거래로 인정한 사실이 나타난다. (다) 처분청은 OOO으로부터 쟁점거래처 관련 과세자료를 통보받아 정상거래로 종결한 OOO 조사내용과 가공거래로 확정한 OOO의 조사결과가 상반된다는 사유로 2011.7.7. OOO에게 과세자료를 통보하였다. (라) 처분청으로부터 과세자료를 인계받은 OOO은 청구법인 전 영업부장 OOO을 횡령하여 무자료 매출한 업체 중 하나인 OOO이 무자료 매입한 횡령제품을 자신이 주주로 있는 쟁점거래처에 무자료 매출하였고, 쟁점거래처는 동 물량을 청구법인 OOO에 매출한 실물흐름을 제대로 파악하지 못하고 가공거래로 확정하였다며 2011.9.30. 과세자료를 OOO에게 반송하였다. (마) OOO의 자료반송을 받은 OOO은 OOO에 대한 OOO 조사 당시 쟁점거래처가 OOO으로부터 비철 167,608㎏, OOO을 무자료 매입한 것으로 확인하였으나, 이는 구체적인 증빙 없이 OOO의 진술에 의해 수량과 금액을 확정하였고, OOO은 쟁점거래처가 청구법인 OOO에 대한 매출세금계산서 발행을 정상거래로 가장하기 위하여 매출수량 167,608㎏과 일치시킨 것으로 허위진술에 불과하며, 쟁점거래처는 거짓세금계산서를 교부하여 실제 매입․매출 없이 부정 유통되는 비철을 정상거래로 위장하기 위하여 도용된 업체로 판단해 쟁점거래처가 청구법인 OOO에 대한 쟁점세금계산서 발행금액을 실물거래 없는 가공매출로 확정하여 2012.6.29. 처분청에 과세자료를 재 파생하였다. (바) 재 파생된 과세자료를 수취한 처분청은 2012.11.8. 과세자료를 OOO에게 재통보 인계하였다. (사) OOO은 청구법인에 대한 법인세 조사를 진행(2014.5.13.～2014.8.23., 1회 중지, 2010년 귀속)하면서 동 과세자료가 사실과 다른 매입세금계산서 수취에 해당되는지 여부에 대하여 OOO에 과세사실판단자문을 신청하였고, 검토결과 사실관계가 명확하게 규명되지 아니한 사안으로 심의제외로 결론지어 2014.8.27. 공문 통보하였다. (아) 처분청은 OOO이 청구법인 OOO에 납품하였으나, 세금계산서는 쟁점거래처 명의로 발행된 쟁점세금계산서를 수취하여 사실과 다른 매입세금계산서 수취에 해당된다 하여 매입세액을 불공제하여 2015.1.1. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정․고지하였다. (자) OOO의 쟁점거래처 조사종결 보고서의 주요내용은 다음과 같다.
(2) 국세통합전산망에 의하면 쟁점거래처의 업종추가 내역 및 부가가치세 신고내역은 다음 <표2>․<표3>과 같다.
(3) OOO은 업무상과실장물취득 혐의로 기소되어 2012.12.28. 서울고등법원에서 무죄를 선고(2012노1956 판결)받았는바, 판결서의 주요내용은 다음과 같다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래의 실지 공급자는 쟁점거래처로서 쟁점세금계산서는 정상 세금계산서라고 주장하나, 쟁점거래처는 2004년 개업하여 소규모 의약품 도소매업을 영위하 다가 쟁점거래 직전인 2009.7.6. 에 OOO 도소매업을 추가하였고, 매입한 OOO 을 보관창고나 야적장 등도 갖추고 있지 아니한 사실이 나타나는 점, 쟁점거래처의 쟁점거래에 대응되는 매입거래가 가공거래인 사실이 나타나는 점, 쟁점거래 운송을 담당한 기사들이 쟁점거래처가 납품한 물품의 상차지가 OOO 사업장 소재지 인근인 OOO으로 진술한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점거래는 OOO이 청구법인 영업부장 OOO로부터 OOO 제품을 무자료로 매입한 후 청구법인에게 정상거래로 판매하는 형식을 갖추기 위해 쟁점거래처를 활용한 것에 불과하고 그 실질 공급자는 OOO인 것으로 보이므로 쟁점세금계산서상 실질 공급자가 쟁점거래처라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점거래처와의 거래 후 수취한 쟁점세금계산서는 실제 공급자가 쟁점거래처이고, 설령 쟁점거래처가 실질 공급자가 아니라고 하더라도 청구법인은 쟁점거래처와의 거래에 있어 선의의 거래당사자라고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.
1. 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 시작하기에 앞서 쟁점거래처에 대한 OOO의 지위, 사업자등록증, 사업장 등 제반 사항을 확인하였다며 OOO의 명함, 쟁점거래처 사업자등록증 사본을 제시하였고, 2009.8.13.부터 거래를 시작으로 2010.1.11.까지 OOO 등 원자재를 시가로 구입하였고, 시가 구입 사실은 OOO이 2010.1.7. 청구법인에 보낸 가격협상 문서 사본을 제시하였는바, OOO는 내용이 기재되어 있으며, 원자재가 청구법인의 OOO에 입고시에는 거래명세표, 세금계산서와 일치하는지 확인하고 거래대금을 은행계좌를 통해 모두 지급하였다며 쟁점거래처 사명이 인쇄된 봉투, OOO 입고시 외부용역업체에서 파견한 경비근무자가 경비실에서 작성한 경비근무일지를 각 제시하였고, 동 근무일지에 쟁점거래처 OOO이 탑승한 것으로 되어 있으며, 용역업체 파견근무자로서 동 근무일지를 작성한 OOO의 확인서를 제시하였는바, “입출고시 있는 사실 그대로 기록관리하였고, 쟁점거래처 물품 입고시 탑승자에 기재된 자들은 사실을 기록한 것이다”라는 내용이다.
2. 쟁점거래처의 실질적인 OOO에 출두하여 작성한 “피의자신문조서”를 제시하였는바, OOO은 “쟁점거래처에서 청구법인에 매출한 부분을 가공으로 보는 것은 사실관계를 전혀 확인도 하지 않고 고발한 것으로 단지, 부국(매입처)에서 가공임이 확정되었다는 사실 전제하에 청구법인도 모두 가공거래라고 판단하여 고발한 것으로 보이는데, 중간에 OOO가 청구법인에서 OOO 상당의 비철을 횡령한 것으로 일부 가공거래처를 확보하여 쟁점거래처로 연결시켜준 것이 문제가 된 것이므로 OOO 등 가공거래처는 당연히 고발이 되어야겠지만, 정상적으로 물건을 매입 및 매출한 쟁점거래처는 고발될 사항이 절대 아니다”라고 진술한 것으로 되어 있다.
3. 쟁점거래처의 명의상 OOO 에 출두하여 진술한 ‘피의자심문조서’에 의하면 다음과 같이 진술한 것으로 되어 있다.
4. 처분청은 쟁점거래처 명의상 대표이사 OOO이 2011년 4월경 OOO에 출석하여 청구법인과의 거래에 대해 조사를 받은 사실이 있고, OOO의 자료상 고발로 2011년 7월 OOO에서 피의자신문조서를 받은 사실이 있음에도, 그 이후 OOO의 2차 세무조사 과정에서 “OOO은 알지도 못하고 청구법인이 어디 있는지도 모르며, 운송을 한 적이 없다”고 한 진술을 근거로 쟁점거래처가 실제 공급자가 아니라고 주장하나, 이는 그 이전 조사 경위 등에 비추어 명백한 거짓진술이라고 주장하였다.
5. 처분청이 청구법인을 ｢조세범처벌법｣ 위반혐의로 고발(사건번호 2015년 제29115호)한 데 대하여 OOO에서 청구법인에 발송한 ‘피의사건 처분결과 통지서’에는 증거불충분, 혐의없음으로 2012.7.7. 처분된 것으로 되어 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점거래시 공급자가 사실과 다르게 기재된 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 못하였다는 의견이나, 청구법인은 쟁점거래처와 거래시작 전에 샘플을 검사하고 OOO의 지위, 사업자등록증 등 제반사항을 확인하고, 거래시에 주문수량과 품질 등을 확인하여 세금계산서를 수수하면서 쟁점거래처의 은행계좌를 통해 매입대금을 입금한 점, 청구법인이 제시한 경비근무일지 사본 및 경비근무자 확인서에 의하면 쟁점거래처 대표이사인 OOO이 직접 운송차량에 탑승하여 납품한 사실이 나타나 쟁점거래처가 실질 공급자가 아닌 것으로 의심하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, OOO은 OOO에서 쟁점거래처를 자료상으로 고발함에 따라 2011년 7월경 OOO에 출석하여 조사받은 사실이 있음에도 이 건 처분청 조사담당자에게 “OOO은 알지도 못하고, 청구법인이 어디 있는지도 모르며, 운송을 한 적이 없다”고 유선으로 진술한 내용은 그 진술의 신빙성이 낮은 것으로 보이는 점, 청구법인은 OOO로부터 무자료로 매입한 물품을 일부 가공하여 납품하는 과정에서 OOO, 쟁점거래처를 통해 각 매입하였고, 쟁점거래처 이외의 업체로부터 수취한 세금계산서는 정상거래인 것으로 조사되었는바, 쟁점거래처에 대해서만 공급자가 사실과 다른 것으로 의심하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, OOO은 쟁점거래처의 이사로 등재되어 청구법인으로서는 쟁점거래처가 OOO 제품을 보유한 것으로 신뢰할 수 있었던 것으로 보이는 점, 이 건 청구법인이 매입한 OOO 제품은 일반적으로 무자료거래가 빈번한 비철에 비해 고가의 제품으로 OOO을 영위하는 사업자에게 통상 요구되는 수준의 주의의무를 기대하기는 어려운 점, 청구법인은 1978년에 설립되어 OOO으로서 쟁점거래 이외에 사실과 다른 세금계산서를 수수한 사실이 없는 점, 쟁점거래처 담당 OOO은 쟁점세금계산서 가공거래 혐의에 대해 “혐의없음”으로 처분한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점거래에 있어 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 쟁점거래 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(6) 쟁점③, 쟁점④, 쟁점⑤에 대하여는 쟁점②가 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.