연간 환산 매출액을 기준으로 중소기업 특별세액감면 비율을 산정한 처분의 당부

〔주문〕 심판청구를 기각한다 〔이유〕

• 가. 청구법인은 2012.7.1. OOO 등을 영위할 목적으로 설립된 법인(법인설립 전 청구법인의 OOO는 상호로 개인사업체를 운영하다가 2012.6.30. 폐업하고, 사업용 고정자산을 현물출자하여 청구법인으로 전환함)으로, 2012사업연도 법인세 신고시 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 소기업으로 보아 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 다목의 감면율 30%를 적용OOO하였다.
• 나. OOO은 2014.9.15.부터 2014.10.2.까지 처분청에 대한 정기종합감사를 실시한 결과, 청구법인의 2012사업연도 환산 연간 매출액이 OOO원 이상으로 소기업이 아니라고 보아 관련 감사처리결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 바목의 감면율 15%를 적용하여 청구법인이 적용한 감면율 30%와의 차액에 대하여 2014.12.5. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 조세특례제한법 시행규칙(2012.12.31. 기획재정부령 제309호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제4항에 따라 환산 연간 매출액을 기준으로 하여 청구법인이 소기업에 해당되지 않는다고 보았으나, 같은 법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제5항 단서의 소기업 배제기준의 매출액을 적용할 때, 같은 법 시행규칙 제2조 제4항의 환산 연간 매출액을 적용한다는 명문 규정이 없고, 소기업 규모를 규정한 같은 법 시행령 제6조 제5항에서 상시 종업원 수에 대하여는 명문화되어 있는 반면, 단서상의 OOO원 이상 매출액에 대하여는 명문화되어 있지 않고, 이와 같이 명문화되어 있지 않다면, 법인세법상의 매출액을 적용하여야 할 것이며, 법인세법 제43조 는 세법상 달리 정함이 없는 한 기업회계기준에 따라 소득금액을 계산하도록 규정하고 있으므로 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 단서의 소기업 배제기준의 매출액은 환산 연간 매출액이 아닌 기업회계기준상의 1개 사업연도의 매출액으로 보아야 한다. 또한, 처분청은 명문화된 법령이 없어 국세청 유권해석(서면법규과-568, 2014.6.2.)에 따라 환산 연간 매출액을 적용하였는데 이는 소급과세금지의 원칙에 위반되는 처분이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 환산 연매출액이 OOO원 이상으로 소기업에 해당되지 않는다고 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 중소기업에 대한 특별세액감면의 근거가 되는 조세특례제한법 제7조 및 같은 법 시행령 제6조에서 규정된 용어와 내용들은 그 규정들에서 달리 정한 내용이 없는 한, 중소기업의 범위에 관한 같은 법 시행령 제2조와 같은 법 시행규칙 제2조에 규정된 것과 같은 것이고, 같은 법 시행령 제6조 제5항 단서 규정에서의 매출액도 같은 법 시행령 제2조와 같은 법 시행규칙 제2조 제4항에서 정하는 매출액과 같은 것이므로 청구법인은 환산 연간 매출액이 OOO원 이상이어서 소기업에 해당되지 않아 조세특례제한법제7조 제1항 제2호 바목의 감면율 15%를 적용하여 과세한 처분은 정당하다. 한편, 청구법인은 이 건 과세처분이 소급과세금지의 원칙에 위반된다고 주장하나, 위 질의회신은 선언적․창설적 의미를 가진 해석이 아니므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 해당 사업연도 중 법인전환된 경우 중소기업 특별세액감면 적용과 관련하여 소기업 여부 판단시 법인전환후의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 매출액으로 하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인의 2012사업연도 수입금액이 OOO원이나, 2012.7.1. 개업하여 1년 단위로 환산하면 OOO원으로 소기업 기준인 OOO원을 초과한다. (나) 청구법인의 대표이사가 경영한 개인 사업체 OOO원이며, 법인의 2012사업연도 수입금액과 합산하면 OOO원으로, 연단위로 환산하지 않아도 사실상 청구법인의 2012사업연도 수입금액은 OOO원을 초과한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 단서의 소기업 배제기준의 매출액을 적용할 때, 같은 법 시행규칙 제2조 제4항의 환산 연간 매출액을 적용한다는 명문 규정이 없으므로 환산 연간 매출액이 아닌 기업회계기준상의 1개 사업연도의 매출액에 의하여야 하고, 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙에 위반된다고 주장하나, 처분청이 소기업 판단기준으로 적용한 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서는 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목, 같은 법 시행령 제2조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제6조 제5항 단서로 보아 상위법에서 위임한 근거가 있는 것으로 보이는 점, 중소기업기본법 시행령 제7조 제2항 제2호 에서도 해당 사업연도에 창업한 기업의 경우 매출액을 연간 매출액으로 환산하여 산정하도록 규정하고 있는 점, 이 건 처분이 관련 법령에 따라 이루어진 것으로 소급과세금지의 원칙을 위반하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 소기업에 해당하지 않는다고 보아 조세특례제한법제7조 제1항 제2호 바목의 감면율을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 마. 제조업

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30
• 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15 (3) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 제2조 제1항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 (4) 조세특례제한법 시행규칙(2012.12.31. 기획재정부령 제309호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. (5) 중소기업기본법 시행령 제7조(매출액) ② 제1항에 따른 매출액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다.

2. 직전 또는 해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 기업으로서 제1호에 해당하지 아니하는 기업: 다음 각 목의 구분에 따라 연간 매출액으로 환산하여 산정한 금액