연구?인력개발준비금을 손금산입하였으나 추후 주주총회를 개최하여 적립한 경우 이를 손금으로 인정할 수 있는지 여부

[결정요지] 당초 신고시 준비금을 적립하지 아니하고 연구?인력개발준비금을 손금산입하였으나 추후 주주총회를 개최하여 적립한 경우 이를 손금으로 인정할 수 있는지 여부 [주 문] OOO세무서장이 2014.12.3. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원 의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2013사업연도 법인세를 신고하면서 연구․인력개발준비금 OOO원을 신고조정으로 손금산입하였으나, 이에 대한 이익잉여금 처분을 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이익잉여금 처분에 의한 준비금 적립을 하지 아니하고 연구․인력개발준비금을 신고조정으로 손금산입한 것을 확인하고 2014.8.7. 청구법인에 법인세 신고 해명 안내문을 발송하였고, 청구법인은 2014.8.20. 임시주주총회를 개최하여 연구․인력개발준비금에 대한 이익잉여금 처분을 의결한 후 2014.8.31. 2013사업연도 법인세를 수정신고하면서 이를 반영한 이익잉여금처분계산서를 제출하였다.
• 다. 처분청은 2014.12.3. 청구법인이 손금산입한 연구ㆍ인력개발준비금 OOO원을 손금부인하여 2013사업연도 법인세 OOO원을 청구법인에게 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) ｢조세특례제한법｣ 제9조 에서 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 금액을 손금한다고 규정하고 있고, ｢법인세법｣ 제61조 제1항 에서 준비금에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금이 적립금으로 적립되어 있는 경우에는 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이러한 규정의 취지는 조세정책적 목적으로 기업의 연구인력개발을 지원함에 있고 소요되는 자금 상당액을 준비금으로 손금산입하도록하여 조세 측면에서 지원 하면서 기업도 스스로 관련 자금을 사내에 적립하여 연구인력개발에 사용하도록 하는데 있음을 알 수 있다. 또한, 준비금의 손금산입 제도는 그 성격이 영구적인 조세면제 혜택을 부여하는 것이 아니고 조세정책 목적 달성의 필요에 의한 과세이연방식의 조세지원책인바, 이러한 취지에 비추어 볼 때 신고시에 절차상 미비가 있다 하더라도 그 내용이 당초의 지원 목적 달성에 미치는 중요성이나 그 영향 정도를 감안하여 합리적으로 조세지원의 중단여부가 결정되어야 할 것이다. 청구법인의 경우 신고시의 미비가 보완되고 연구인력개발에 필요한 자금의 타목적 전출이나 사외유출이 없는 가운데 당초의 연구인력개발이 차질없이 수행되고 있는바, 당초의 조세지원 목적에 근본적인 일탈이 있는 것으로 볼 수 없는 것임에도 처분청이 조세지원을 박탈하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 합리성을 결여한 지나친 처분이라 할 것이다.

(2) 조세심판원 선결정(국심 2003구3402, 2004.3.23. 및 국심 2001중2754, 2002.3.7., 같은 뜻임)에서도 당초 이익잉여금 처분시 준비금을 적립하지 아니하고 세무조정에 의하여 손금산입한 경우에 당해 준비금 상당액 이상의 이익잉여금이 사외유출되지 아니하고 타 용도로 사용된 사실 없이 이익잉여금으로 사내유보하고 있고 과세처분 전에 임시주주총회를 개최하여 동 준비금 상당액을 적립하는 것으로 하여 잉여금을 처분한 후 경정청구기한 내에 당초 내용을 수정하여 신고한 경우에는 적법하게 준비금을 적립한 것으로 보아 동 준비금은 당해 사업연도의 소득금액계산상 손금으로 인정함이 타당하다고 결정하였다.

(3) 처분청은 ｢국세기본법 시행령｣ 제29조 및 ｢법인세법 시행령｣ 제106조 를 근거로 청구법인의 수정신고를 부인하였으나, 처분청이 근거로 든 규정들을 살펴보면 모두가 과세표준 수정신고를 전제로 한 내용들로서, 그 취지는 과세자료의 통지 등으로 경정이 있을 것을 안 경우의 수정신고는 본래 의미의 자기시정의 경우가 아니므로 수정신고에 따르는 가산세 경감 등의 혜택을 배제하는 것인바, 이는 경정이 있을 것을 알고 수정신고를 하는 경우까지도 수정신고의 혜택을 부여한다면 불성실신고를 용인하는 결과가 되기 때문에 이를 방지하기 위한 것으로 보인다. 처분청은 청구인의 수정신고가 과세자료의 해명 통지 후에 이루어진 것이므로 수정신고를 인정할 수 없다고 하면서 그 근거로 조세법 해석의 엄격주의 원칙을 들고 있으나, 이는 사실관계와 법리에 맞지 않다. 청구법인의 수정신고는 당초 신고한 내용에서 부속서류의 일부 흠결을 보완하는 수정신고로 과세표준의 수정신고와 엄연히 다른 것이다. 준비금의 손금산입이 궁극적인 조세면제가 아닌 일시적인 과세이연 절차임을 감안할 때 그 과정에서 잉여금처분 누락이 일시 있었다고 하더라도 이는 조세회피 의도의 고의적인 것이 아닌 실무상 단순 착오임이 명백하다. 이러한 청구법인의 수정신고에 대하여 과세표준 수정신고와 동일시하여 수정신고를 부인하는 것은 사실관계와 관련 법규를 확대해석한 것으로 처분청이 주장하는 조세법 해석의 엄격주의 원칙에 반하는 것인바, 청구법인의 수정신고는 과세표준 수정신고가 아니므로 처분청이 주장하는 위 규정들이 적용될 여지가 없다.

(4) 청구법인이 법인세 신고 해명 안내문을 받은 이후에 준비금을 잉여금처분으로 적립하고 수정신고한 사실은 인정하나, 과세처분과 법인세 신고 해명 안내는 전혀 별개의 행정절차이므로 청구인이 준비금 상당액을 잉여금 처분한 시점이 과세처분 이후라는 처분청의 주장은 사실과 다르다. 처분이란 ｢행정심판법｣ 제2조 제1호 에서 행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 말한다고 정의하고 있는바, 청 구인의 수정신고는 어디까지나 과세처분을 받기 전에 이루어진 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 과세처분 전에 준비금 상당액을 이익잉여금 처분을 통하여 적립하고, 경정청구기한 내에 법인세 수정신고를 하였으므로 준비금을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 세법 적용에 있어 형식적 요건은 엄격히 적용되어야 하고, ｢법인세법 기본통칙｣ 61-98…1에서도 손금산입한 준비금이 이익잉여금 처분시 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 경우 손금으로 불인정한다고 명시하고 있으므로 이익잉여금 처분을 통한 준비금 적립은 준비금 손금계상의 필수적 요소로 판단되는바, 이익잉여금 처분을 통한 준비금 적립을 하지 아니한 경우는 준비금을 손금으로 인정할 수 없다.

(2) 청구법인은 과세처분 전 준비금 상당액이 이익잉여금 처분에 의해 적립되었다고 주장하나, 법인세 신고 해명 안내문은 과세처분 전 과세관청이 납세자 권리 보호를 위하여 납세자에게 해명 기회를 부여하는 것으로 이는 과세처분을 위한 사전절차인바, 법인세 신고 해명 안내문을 받아 경정이 있을 것을 미리 알게 됨으로써 자기 시정의 기회를 상실한 후에 행해진 청구법인의 준비금 적립은 과세처분 이전이 아닌 이후에 일어난 행위로 보아야 한다. 납세자의 과세자료 해명안내문 수령 이후의 수정신고에 대하여 ｢국세기본법 시행령｣ 제29조, ｢법인세법｣ 제106조 에서 과세관청의 처분에 의한 과세가 예상되는 시점에서 발생한 것으로 명시하고 있는바, 과세자료 해명 안내를 받은 이후에 이익잉여금 처분에 의해 준비금을 적립한 것이 과세처분 전에 이루어진 적법한 준비금의 적립이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 법인이 이익잉여금 처분에 의한 준비금 적립을 하지 아니하고 신고조정으로 연구․인력개발준비금을 손금산입한 후 과세관청의 안내문을 수령하고 임시주주총회에서 이익잉여금 처분에 의해 준비금을 적립한 경우 이를 손금산입 대상에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO국세청이 2014.8.7. 청구법인에 발송한 법인세 신고 관련 해명자료 제출 안내 문서(법인세분석과-1803)에 의하면 처분청은 청구법인이 2013사업연도에 연구ㆍ인력개발준비금OOO원을 손금산입하였으나 이에 대한 이익잉여금 처분내역이 확인되지 아니함에 따라 청구법인에게 연구ㆍ인력개발준비금 손금산입의 적정 여부를 검토하여 이익처분 당시 준비금 상당액을 적립하지 않은 경우에는 2014.8.31.까지 법인세를 수정신고하고, 당초 신고가 적정하다면 관련 증빙자료를 제출할 것을 통지한 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 임시주주총회 의사록에 의하면 청구법인은 2014.8.20. 전체 주주 1명(주식수 10,000주)이 임시주주총회에서 참석하여 2013사업연도 이익잉여금 처분시 적립하지 못한 연구ㆍ인력개발준비금 OOO원을 추가 적립하기로 의결한 것으로 나타난다. (다) 처분청의 심리자료에 의하면 청구법인은 2014.8.31. 연구ㆍ인력개발준비금 OOO원의 이익처분내역이 반영된 이익잉여금처분계산서를 첨부하여 법인세 수정신고서를 처분청에 제출한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 연구․인력개발준비금 제도의 취지는 연구 및 인력개발을 지원하기 위하여 조세를 이연시켜주는 것으로서 조세의 일실우려가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인은 당초 신고시 미적립한 연구․인력개발준비금 상당의 적립금을 임시주주총회를 개최하여 적립한 후 과세처분 전에 수정신고하였고, 그 전까지 배당 등 이익처분으로 사외유출되거나 타용도로 전환된 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 적법하게 준비금을 적립한 것으로 보아 청구법인이 당초 법인세 신고시 손금산입한 연구․인력개발준비금 OOO원을 2013사업연도 법인세의 소득금액계산상 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.