청구법인이 발급한 쟁점영수증은 적법한 세금계산서에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 농민이 구입한 농업용 기자재에 대한 부가가치세 환급을 대행하는 환급대행법인으로 2014.1.27. 2013년 제2기 확정 부가 가치세 신고시 공급가액 OOO의 매출세금계산서 2,414매를 발급한 것으로 신고하면서, 그 중 OOO의 매출세금계산서 2,402매를 전자세금계산서 외의 주민등록번호 발급분으로 신고하였고, 주민등록번호 발급분 중 OOO에 대하여는 조세특례제한법 제105 조의2에 따라 부가가치세를 환급 받았다.
• 나. 처분청은 2014.7.10. “2013년 제2기 전자세금계산서 가산세 과소신고 자료”에 의하여 청구법인이 2014.1.22. 발급하여 같은 날 전송한 공급가액 OOO의 전자세금계산서 등에 대하여 “부가가치세 해명 자료 제출 안내”를 하였고, 청구법인은 2014.7.24. 처분청에 부가가치세 수정신고를 한 후, 2014.7.25. 전자세금계산서 미발급가산세 등 OOO을 납부하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 쟁점공급가액에 대한 부가가치세 환급신청이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 전자세금계산서에 의한 것으로 보아 2014.9.1. 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.29. 이의신청을 거쳐 2015.1.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농업협동조합법에 따른 지역농협으로서 농자재 판매와 농업인의 부가 가치세 환급을 동시에 수행하고 있고, 조합원인 농업인은 사업자에 해당되지 아니하여 농업인과 일반적인 거래를 하는 경우에는 매출명세서(영수증)를 출력하여 거래의 증빙으로 제공하며, 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 환급대상 품목에 해당하는 거래는 농업인의 주민등록번호로 세금계산서를 발행하고 이를 근거로 농업인의 부가가치세 환급업무를 대행하고 있는바, 부가가치세법 제32조 제1항 에서 세금계산서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금 계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다고 규정하면서, 동 조항의 각 호에서는 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 2. 공급 받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니 거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호, 3. 공급가액과 부가가치세액, 4. 작성 연월일 및 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항으로 규정하고 있으므로 청구 법인이 농업인 구매자의 주민등록번호와 과세금액, 부가가치세, 농협 사업 자등록번호 및 작성 연월일 등을 기재한 쟁점공급가액에 대한 영수증(이하 “쟁점영수 증”이라 한다)을 세금계산서 대용으로 동시에 발급하여 해당 농가에 수기 자료로 교부하였으므로 이러한 거래 현실을 감안한 다면 쟁점영수증은 동 조항에 따른 세금계산서로 보아야 할 것이고, 청구법인의 판매사업은 OOO의 경제사업 전산시스템에 의하여 관리되고 있으며, 동 전산시스템은 조합원의 부가가치세 환급대상품목에 대한 주민등록번호 세금계산서는 기간별로 자동으로 집계하여 전산적으로 발행하고 담당자가 매월 10일까지 전자세금계산서 발급명세서를 국세청에 전송하였는데 쟁점공급가액에 대한 세금계산서는 부가가치세 법에 의거 과세기간에 발행하였으나, 신규 계약직 담당자가 사전지식의 미흡 으로 2014.1.22. 국세청에 전자세금계산서를 전송한 것인바, 이는 과세 기간 내에 발행된 세금계산서를 지연 송부한 것에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로 쟁점공급가액에 대한 부가가치세는 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세청 예규(부가가치세과-1215, 2011.10.8)에서 세금계산서 또는 신용카드매출전표 등이 아닌 일반영수증에 의한 매입세액은 공제대상이 아니라고 하고 있는 바, 청구법인이 농어민 에게 발급한 쟁점영수증은 단지 영수증일 뿐 매입세액 공제대상이 아닐 뿐만 아니라 적법한 세금계산서라고 볼 수 없고, 전자세금계산서는 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하는 것이 원칙이며, 예외적으로 부가가치세법 제34조 제3항 의 경우에는 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있으므로 동 조항을 적용하더라도, 2013.10.1.부터 2013.10.31.까지의 공급에 대한 전자세금 계 산서 발급시기는 2013.11.10.이며, 2013.11.1.부터 2013.11.30.까지의 공급에 대한 전자세금계산서 발급시기는 2013.12.10.이고 2013.12.1.부터 2013.12.31. 까지의 공급에 대한 전자세금계산서 발급시기는 2014.1.10. 이나, 청구 법인은 위 3개월 거래분에 대한 전자세금계산서를 2014.1.22. 일괄 발급하였는바, 청구법인이 발급한 전자세금계산서는 발급시기가 지난 후에 발급한 것이므로 조세특례 제한법 제105조의2 제5항에서 규정하고 있는 재화의 공급시기가 속하는 과세 기간이 지난 후에 발급된 세금계산서에 해당하므로 청구법인의 주장을 받아 들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 발급한 쟁점영수증이 적법한 세금계산서에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제105조의2(농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례)

① 다음 각 호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 "관할 세무서장"이라 한다)은 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자와 어민(이하 이 조에서 "농어민등"이라 한다)이 농업·임업 또는 어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제2조 제5호 에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당한다) 또는 직접 수입하는 기자재로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입 또는 수입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다.

1. 제3항에 따른 환급대행자를 통하여 환급을 신청하는 경우에는 환급대행자의 사업장 관할 세무서장

2. 제1호 외의 경우에는 해당 농어민등의 사업장 관할 세무서장

② 제1항에 따른 기자재를 공급하는 일반과세자는 그 기자재를 구입하는 농어민 등이 세금계산서의 발급을 요구하면 부가가치세법 제36조 에도 불구하고 세금계산서를 발급하여야 한다.

③ 제1항에 따라 환급을 받으려는 농어민은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자는 사업장 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청할 수 있다.

1. 농업협동조합법에 따른 조합

2. 수산업협동조합법에 따른 조합

3. 엽연초생산협동조합법에 따른 엽연초생산협동조합

④ 환급대행자는 환급을 신청한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 관할 세무서장에게 이를 알려야 한다.

1. 농어민이 아닌 것으로 판단되는 경우

2. 농어민의 경작면적, 시설규모 등을 고려할 때 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 환급을 신청한 것으로 판단되는 경우

⑤ 관할 세무서장은 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 환급받은 부가가치세액과 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 부가가치세로 추징한다.

1. 농어민이 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 기자재를 본래의 용도에 사용하지 아니하거나 농어민 외의 자에게 양도한 경우

2. 농어민이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 세금계산서에 의하여 부가 가치세를 환급받은 경우

• 가. 재화의 공급 없이 발급된 세금계산서
• 나. 재화를 공급한 사업장 외의 사업장 명의로 발급된 세금계산서
• 다. 재화의 공급 시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 세금계산서
• 라. 정당하게 발급된 세금계산서를 해당 농어민이 임의로 수정한 세금계산서
• 마. 그 밖에 사실과 다르게 적힌 대통령령으로 정하는 세금계산서

3. 농어민에 해당하지 아니하는 자가 제1항에 따른 부가가치세액을 환급받은 경우

(2) 부가가치세법(2014.12.23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것) 제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. 제34조(세금계산서 발급시기)

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요 일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호 까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 부가가치세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것) 제67조(세금계산서)

① 법 제32조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령 으로 정하는 고유번호"란 제12조 제2항에 따라 부여받는 고유번호를 말한다.

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

③ 사업자는 제73조 제5항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 비고란에 영수증 취소분이라고 적어야 한다.

④ 사업자는 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 기재사항과 그 밖에 필요하다고 인정되는 사항 및 국세청장에게 신고한 계산서임을 적은 계산서를 국세청장에게 신고한 후 발급할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 발급절차 및 보관요건, 신청절차, 제출형식 등에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다. 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

① 법 제32조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 고유번호"란 제12조 제2항에 따라 부여받는 고유번호를 말한다.

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

③ 사업자는 제73조 제5항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 비고란에 영수증 취소분이라고 적어야 한다.

④ 사업자는 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 기재사항과 그 밖에 필요하다고 인정되는 사항 및 국세청장에게 신고한 계산서임을 적은 계산서를 국세청장에게 신고한 후 발급할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 발급절차 및 보관요건, 신청절차, 제출형식 등에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 조세특례제한법 제105조의2 의 규정에 따른 환급 대행자로서 청구법인이 2014.1.27. 제출한 2013년 제2기 확정 부가 가치세 신고서 및 매출처별세금계산서합계표(갑)에 의하면 공급가액 OOO의 매출세금계산서 2,414매를 발급한 것으로 신고하였고, 그 중 공급가액 OOO의 매출세금계산서 2,402매를 전자세금계산서 외의 주민등록번호 발급분으로 신고한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2013.10.1.부터 2013.12.31.까지 출하용 골판지 OOO를 판매하고, 매출시마다 매출명세서OOO, 출고 증 (출납원보관용) 및 영수증(구매자용)으로 이루어진 쟁점영수증을 발급한 것으로 나타난다. (다) 농·어업용기자재 부가가치세 결정(경정)결의서 및 국세통합 시스템 상의 환급 상세 조회에 의하면 청구법인은 위 주민등록번호 발급분으로 신고한 공급가액 OOO 의 매출세금계산서 중 공급 가액 OOO의 매출세금계산서에 대하여 농어업용기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례 규정에 따라 농민을 대신하여 처분 청에 환급 신청한 사실과 이에 처분청은 2014.2.21. 청구법인에게 OOO을 환급한 것으로 나타난다. (라) 처분청의 2013년 제2기 전자세금계산서 가산세 과소신고 자료에 의하면 청구법인이 위 주민등록번호 발급분으로 신고한 공급 가액 OOO의 매출세금계산서 2,402매에 대하여 이 건 부가 가치세 과세기간이 지난 후인 2014.1.22. 전자세금계산서를 발급하여 같은 날 전송한 것으로 나타난다. (마) 처분청은 2014.7.10. 청구법인에게 부가가치세 해명자료 제출 안내를 하였고, 이에 청구법인은 2014.7.24. 전자세금계산서 미발급가산세 등에 대한 부가가치세 수정신고를 하여 2014.7.25. 부가가치세 OOO을 자진납부한 것으로 나타난다. (바) 처분청은 청구법인의 2013년 제4분기 농어업용기자재에 대한 부가 가치세의 환급 신청에 대하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 전자세금계산서에 의하여 부가가치세가 환급되었다고 보아 2014.9.1. 이 건 부가가치세를 청구법인에게 경정․고지하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점영 수증에 부가가치 세법 제32조 제1항, 같은 법 시행령 제67조 제1항 에서 규정하고 있는 사항이 기재되어 있다 하더라도 같은 법 시행규칙 제49조의 규정에 따른 별지 제14호 서식에 따른 세금계산서에 해당하지 아니하고, 같은 법 시행령 제67조 제4항에서 규정하고 있는 “국세청장 에게 신고한 계산서임을 적은 계산 서를 국세청장에게 신고한 후 발급”한 경우에 해당 하지 아니하므로 위 조항 에서 규정하고 있는 세금계산서라기보다는 영수 증에 불과한 것으로 보이므로 청구법인이 농업인 구매자에게 소정의 품목에 대하여 매출시마다 쟁점영수증을 발급하였다 하더라도 이를 세금계산서를 발급한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 2013년 제2분기에 재화의 거래가 이루 어진 쟁점공급가액에 대하여 청구법인이 재화의 공급 시기가 경과한 후인 2014.1.22. 일괄 적으로 전자세금계산서를 발급하여 조세특례제한법 제105조의2 제5항 제2호 다목에 해당하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 경정․고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.