쟁점건설비용이 청구법인의 사업과 관련이 없다고 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO(이하 “OOO”라 한다)에서 발전전기업을 영위하는 사업자로서 2011년 제2기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세기간에 발생한 OOO(이하 “OOO”라 한다) 건설비용(이하 “쟁점건설비용”이라 한다) 관련 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제하지 않고 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 청구법인은 이후 쟁점건설비용이 청구법인의 사업과 직접 관련되어 부가가치세 매입세액 공제대상이라고 보아 <붙임>과 같이 부가가치세 2011년 제2기분부터 2014년 제2기분 합계 OOO원을 환급하여 달라며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점건설비용이 청구법인의 사업과 관련이 없으므로 부가가치세 매입세액 공제대상이 아니라고 보아 2015.9.7. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 2009.1.1. OOO에게 중·저준위 방사성폐기물 관리사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 양도한 것은 사실이나, 원자력발전사업자인 청구법인은 방사성폐기물 관리법 제2조 제1호 소정의 방사성폐기물 발생자로서 쟁점건설비용이 청구법인의 사업과 관련이 없다고 보기 어려운 점, 재화의 무상공급, 즉 기부행위는 그 특성상 공급자(기부자)의 자발성이 전제되어야 하는바, 청구법인은 쟁점건설비용을 OOO의 결정에 따라 불가피하게 부담하였으므로 쟁점건설비용을 무상공급이나 기부로 보기 어려운 점, 청구법인이 OOO를 기부채납하기로 한 것은 OOO로부터 방사성폐기물 처분장 건설 인·허가를 얻기 위한 실질적인 조건이었던 점 등에 비추어 쟁점건설비용을 부가가치세 매입세액 공제대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 OOO를 건립하여 OOO에 기부하는 것은 쟁점사업과 관련이 있는바, 청구법인은 2009.1.1. OOO에게 쟁점사업을 양도하여 쟁점건설비용 발생 당시에는 동 사업을 수행하는 주체가 아니었던 점, 청구법인은 2015년 6월 동 센터를 OOO에 이전하면서 OOO로부터 기부영수증을 받기로 합의하였던 점 등에 비추어 OOO 건립은 청구법인의 사업과 직접 관련이 없다고 보는 것이 타당하므로 쟁점건설비용을 부가가치세 매입세액 공제대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점건설비용이 청구법인의 사업과 관련이 없다고 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(1) 부가가치세법 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 (2) 방사성폐기물 관리법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “방사성폐기물”이란 원자력안전법 제2조 제18호 에 따른 방사성폐기물을 말한다.

2. “방사성폐기물 관리”란 방사성폐기물을 발생시키는 자(이하 “방사성폐기물 발생자”로 한다)로부터 원자력안전법 제70조 제2항 에 따라 처분이 제한된 방사성폐기물을 인수하여 운반·저장·처리 및 처분하는 것과 이를 위한 모든 활동을 말한다. 제10조[방사성폐기물 관리사업자] 방사성폐기물 관리사업자는 제18조 제1항에 따른 OOO으로 한다. 제14조[방사성폐기물의 관리비용] ① 방사성폐기물 발생자는 방사성폐기물의 종류 및 발생량 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 산정된 방사성폐기물 관리에 드는 비용(이하 “관리비용”이라 한다)을 부담하여야 한다.(단서 생략)

② 방사성폐기물 발생자는 제13조 제1항에 따라 방사성폐기물을 방사성폐기물 관리사업자에게 인도할 때에는 해당 관리비용을 방사성폐기물 관리사업자에게 납부하여야 한다. (3) 방사성폐기물 관리법 시행령 제5조 [방사성폐기물 관리비용의 산정기준 등] ① 법 제14조 제1항에 따른 방사성폐기물 관리에 드는 비용(이하 “관리비용”이라 한다)의 산정기준은 별표 1과 같다. [별표1] 종 류 산정단위 계산식 중·저준위방사성폐기물 드럼 (1드럼 = 200리터) [ 공용설비 건설비 총관리시설 용량 ] + [ 처분설비 건설비 현 관리시설 용량 ] + [ 연간 운영비용 연간 반입량 ] + [ 드럼당 폐쇄비용 ] 방사성동위원소폐기물 리터 처리비용 + 처분비용 (4) 중ㆍ저준위 방사성폐기물 처분시설의 유치지역지원에 관한 특별법 제1조 [목적] 이 법은 중·저준위(中·底準位) 방사성폐기물 처분시설을 유치한 지역에 대한 지원체계를 마련하여 유치지역의 발전 및 주민의 생활 향상에 이바지함을 목적으로 한다. 제5조[유치지역지원계획의 수립] ① 산업통상자원부장관은 유치지역에 대한 지원을 효율적이고 체계적으로 수행하기 위하여 유치지역에 대한 지원계획(이하 “지원계획”이라 한다)을 수립하여야 한다. 이 경우 산업통상자원부장관은 해당 지원계획과 관련된 관계 중앙행정기관의 장, 유치지역을 관할하는 시장·군수 또는 구청장과 미리 협의하여야 한다. 제6조[유치지역지원 시행계획의 수립] ① 관계 중앙행정기관의 장은 지원계획을 시행하기 위하여 소관별로 유치지역지원 시행계획(괄호 생략)을 수립·시행하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙들을 작성된 시기별로 정리하면 다음과 같다. (가) ‘중·저준위방사성폐기물 처분시설 유치지역지원 시행계획서’(2007년 6월)에는 청구법인이 동 사업을 소관하는 것으로 기재되어 있고, 계획서의 주요내용은 아래와 같다. (나) 청구법인과 OOO이 작성한 ‘쟁점사업 양도·양수협약서’(2008.12.31.)에는 쟁점건설비용을 사후적으로 정산하도록 기재되어 있고, 협약서의 주요내용은 아래와 같다. (다) 청구법인과 OOO이 작성한 ‘쟁점사업 양도·양수협약서 추록’(2009.12.31.) 제16조에는 양자 사이에 협의가 이루어지지 않는 사항은 방사성폐기물관리사업의 주무부처의 결정에 따르도록 기재되어 있고, 이에 따라 OOO은 청구법인이 쟁점건설비용을 부담하도록 아래와 같은 내용의 ‘유치지역지원사업 이행 관련 협조 요청서’(2014.12.10.)를 보낸 것으로 확인된다. (라) 청구법인과 OOO가 작성한 ‘OOO 건립지원에 관한 업무협약서’(2015년 6월)에는 “OOO는 청구법인이 본건 사업을 완료한 즉시 청구법인에 본건 사업비 총액인 OOO원에 대한 기부영수증을 교부한다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점건설비용은 청구법인이 OOO에 쟁점사업을 양도한 후에 발생한 비용인바, 쟁점사업과 직접적으로 관련된 매출을 발생시킨 사실이 없는 청구법인이 이를 사업과 관련된 비용으로 보아 매입세액을 공제받는 것은 타당하지 않아 보이는 점, OOO의 요청에 따라 쟁점건설비용을 부담하였다는 이유만으로 관련 매입세액을 공제받아야 한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <붙임> 청구법인의 경정청구 내역