의사를 겸직하는 대학교수가 연구용역계약서상 연구책임자로 참여하고 지급받은 연구수당이 기타소득에 해당되는지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2015.9.11. 청구법인에게 한 원천징수세액(근로자: OOO) OOO원(2012년‧2013년 귀속)에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO OOO의 부속병원으로 제약회사 등과 임상시험연구용역계약을 체결하고, OOO 총장으로부터 겸직허가를 받아 청구법인에서 병원업무를 수행하고 있는 교수들이 연구책임자로 참여하여 임상시험을 수행한 것에 대하여 2012년 및 2013년 귀속 연구비를 지급하면서 근로소득으로 원천징수하여 신고납부하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 임상시험연구용역을 수행한 연구책임자 OOO(이하 “쟁점소득자”라 한다) 교수에게 지급한 연구비 2012년 귀속 OOO원, 2013년 귀속 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점연구비”라 한다)이 기타소득에 해당한다 하여 2015.7.7. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점연구비가 청구법인과 쟁점소득자의 고용관계에 의한 근로소득에 해당한다고 보아 2015.9.11. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점소득자는 OOO에 임용된 교원인바, ｢국가공무원법｣상 교육공무원 신분으로서 OOO와 근로계약을 체결하여 고용관계에 있고, 청구법인과는 고용관계 없이 교육목적사업을 수행하면서 부수적으로 환자의 진료를 통하여 진료수당만을 지급받는 관계에 있는바, 청구법인에서 부수적으로 수행하고 받는 진료수당에 대하여는 구분경리 규정 및 소득 지급 규정에 의거 진료수당을 청구법인이 지급하도록 규정하고 있으므로 근로소득으로 원천징수한 것일 뿐, 고용관계에 의한 근로소득과는 다른 것으로, 쟁점연구비를 기타소득으로 분류하는 것이 타당하다. 또한, 임상시험연구는 청구법인의 자체 연구관리비 규정에 따라 청구법인이 연구비를 관리하고 있으나 병원의 통제나 관여 없이 임상 교수들이 자발적으로 수행하는 연구이고, 절차상 교수 개개인이 직접 의뢰받아 먼저 승인한 후 병원과 계약이 이루어지며 의뢰 과정 등에서 병원장 및 기타 병원 직원은 관여하지 않으며, 학교와의 임용조건이나 근로계약상 업무의 범위에도 없는 사항인바, ｢소득세법｣ 제21조 제1항 제19호 및 같은 법 시행령 제41조 제12항에서 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 인적용역을 일시적으로 제공하고 받는 대가를 기타소득으로 규정하고 있고, 이에 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역이 포함된다고 규정하고 있으므로 쟁점연구비를 근로소득으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙에 위배된다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점소득자와 고용관계가 없다고 주장하나, ｢국립대학병원 설치법｣ 제16조 (겸직) 제1항 및 OOO 정관 제39조(겸직교원)의 관련 규정에 따라 OOO와 근로계약을 체결하고 청구법인에 겸직 발령 후, 진료용역을 제공하고 있는 형태로 해당 용역이 청구법인에서 이루어지고, 청구법인으로부터 진료에 대한 대가를 받고 있는 점 등을 고려하면 청구법인과 쟁점소득자 간에 고용관계가 없다고 할 수 없으며, 쟁점소득자가 2012년 1월부터 2013년 12월까지 청구법인으로부터 지급 받은 위험수당, 직급수당, 선택진료고정실적, 진료업무, 관리업무, 휴가비, 연구수당 등은 ｢소득세법｣ 제20조 제1항 근로를 제공함으로써 받는 급여로서 근로소득에 해당한다 할 것이다. 또한, 청구법인은 임상시험연구가 청구법인의 자체연구관리비 규정에 따라 청구법인이 연구비를 관리하고 병원의 통제나 관여 없이 임상교수들이 자발적으로 수행하는 연구라고 주장하나, ｢국립대학병원 설치법｣ 제8조 (사업) 대학병원은 ‘의학계 관련 연구’, ‘임상연구’, ‘진료사업’ 등을 규정하고 있으며, 임상연구계약서를 보면 OOO병원이 임상시험주관자로서 임상시험의 계획, 관리, 재정 및 배상책임에 대해 책임을 갖는 대학병원과의 계약이 이루어지고 있어 쟁점소득자의 임상시험연구용역은 청구법인의 고용관계에 의거 발생된 근로소득으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

• 가. 쟁 점 청구법인(대학부속병원)의 의사를 겸직하고 있는 대학교 교수가 연구용역계약서(임상시험)상 연구책임자로 참여하고 지급받은 연구수당이 100분의 80에 상당하는 금액이 필요경비로 인정되는 기타소득에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점소득자에게 지급한 연도별 급여내역은 아래 <표1>과 같고, 2011년부터 청구법인으로부터 기본급을 지급받은 내역이 없는 사유에 대하여 청구법인은 OOO 교수로 재직하면서 청구법인에 겸직하는 경우 원소속인 OOO가 기본급을 지급한다고 소명하고 있다. <표1> 쟁점소득자의 연도별 급여내역 (단위: 원) ◯◯◯

(2) OOO 및 청구법인의 겸직허가 관련 공문에 의하면, 청구법인은 2010.8.26. 쟁점소득자에 대하여 OOO에 겸직허가 요청을 하였고, OOO는 쟁점소득자에 대하여 2010.9.1. 청구법인 소화기내과에 겸직허가를 하였다.

(3) 청구법인은 쟁점연구비는 자체 위탁연구비관리지침 등에 따라 관리 되었으므로 ｢소득세법 시행령｣ 제41조 제12항 에 따라 기타소득에 해당된다고 주장하는바, 청구법인의 위탁연구비관리지침 주요내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 위탁연구비관리지침 주요내용 ◯◯◯

(4) 청구법인은 외부위탁 임상연구 수행 과정에서 연구수주가 의뢰기관과 책임연구원 간에 독립적으로 이루어지고 연구비의 수입과 지출에 대한 회계처리 및 정산은 자체 연구비관리규정인 청구법인의 위탁연구비관리지침에 따라 처리되며, 연구 과정 및 연구 결과에 대한 논문 작성 등에 따라 정산 후에도 인건비, 회의비 등 각종 경비가 발생하여 책임연구원의 연구수당에서 해당 비용이 지출된다고 주장하면서, 그 증빙으로 의뢰기관이 쟁점소득자에게 보낸 연구용역 제안 이메일 사본, 연구용역(임상시험)계약서 사본, 연구비 수입 및 지출 내역, 연구장비 구입을 위해 쟁점소득자가 청구법인에 지급한 비용에 대한 입금내역, 이에 따른 기부금영수증 및 청구법인의 기자재도입심의 자료 사본 등을 제출하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다. (가) 연구용역계약서 사본 및 연구비 수입 내역 등에 의하면, 쟁점소득자가 연구책임자로 참여한 2012～2013년 연구과제 내역 및 연구비는 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점소득자가 연구책임자로 참여한 연구과제 내역 및 연구비 (단위: 원) ◯◯◯ (나) 임상시험수행을 전문으로 하는 다국적 기업의 담당자가 쟁점소득자에게 보낸 이메일 사본을 보면, 동의서가 첨부된 임상시험의 제안, 연구개요 및 조사양식, 조사완료 감사 표시 등의 이메일을 순차적으로 쟁점소득자가 수신한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 연구용역(임상시험)계약서 사본을 보면, 계약당사자는 의뢰기관과 청구법인, 연구책임자는 쟁점소득자로 되어 있고, 연구비는 청구법인의 계좌로 지급하는 것으로 되어 있다. (라) 연구비 수입 및 지출 내역을 보면, 비정기적으로 의뢰기관으로부터 임상연구비수익이 발생하고 지속적으로 연구수당, 피험자교통비, 보조연구원 등의 인건비, 검사비 등의 명목으로 지출이 발생한 것으로 나타난다. (마) 쟁점소득자가 청구법인에 지급한 비용에 대한 입금내역, 이에 따른 기부금영수증 및 청구법인의 기자재도입심의 자료를 보면, 쟁점소득자는 2012.12.31. 청구법인의 계좌에 OOO원을 입금하였고, 청구법인은 2013년 2월 기자재도입심의위원회를 개최하여 기부금 수입처리를 통하여 간 섬유화 및 지방간 측정기를 도입하는 안을 승인하였으며, 청구법인은 쟁점소득자에게 OOO원에 대한 2012년 귀속 기부금영수증을 발급하였다.

(5) 청구법인에 근무하는 쟁점소득자는 2016.4.7. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 연구용역을 위해 외부 임상연구원, 연구간호사들로부터 제공받는 인적용역에 대한 공식적인 경비는 청구법인이 지급하지만 연구결과의 질을 높이기 위해 시행하는 교육, 연구모임 등에 소요되는 추가비용은 쟁점소득자가 수령한 쟁점연구비에서 지급되는 것이 현실이므로 쟁점연구비가 근로소득으로 구분될 경우 공제받지 못 하는 필요경비가 많아져 형평에 어긋난다는 취지로 의견진술을 하였다. (6) ｢소득세법｣ 제21조 제1항 제19호 다목 및 같은 법 시행령 제41조 제12항에서 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역에는 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역이 포함된다고 규정하고 있는바, 2010.12.30. 신설된 ｢소득세법 시행령｣ 제41조 제12항 (개정 당시는 제11항)에 대한 개정이유 주요내용에는 “교수의 연구용역 소득에 대한 과세기준이 불명확한 점을 보완하기 위하여 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 연구비를 관리하는 경우에는 교수가 제공하는 연구용역 소득은 기타소득으로 과세하도록 분명히 함”이라고 적시되어 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점소득자가 청구법인으로부터 지급받은 쟁점연구비가 고용관계에 의하여 발생한 근로소득이라는 의견이나, 청구법인은 자체 연구관리비 규정에 따라 쟁점소득자가 제공한 연구용역에 대한 연구비를 지급한 것으로 나타나고, 쟁점소득자가 지급받은 쟁점연구비의 연도별‧월별 지급액에 차이가 많아 근로소득과 같이 일정한 급여 형태가 아닌 용역계약에 따른 인적용역 소득으로 보 이며, 연구용역 의뢰기관이 쟁점소득자에게 보낸 연구용역 제안 이메일의 내용 등을 고려할 때 연구용역 계약의 진행 및 종료의 전 과정에서 청구법인의 통제나 간섭 없이 독립적인 형태를 띠고 있는 것으로 보이므로 쟁점연구비를 기타소득으로 보는 것이 관련 법령에 부합하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 연구비 지출 내역, 쟁점소득자가 연구장비를 구입하여 청구법인에 기부하고 기부금영수증을 발급받은 사실 등을 감안할 때 연구책임자에게 지급되는 연구비에서 부수적인 필요경비가 지출된다는 쟁점소득자의 진술에 신빙성이 있어 보이므로 쟁점연구비를 근로소득으로 구분할 경우 필요경비의 공제가 제한되어 불합리한 측면이 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구비를 근로소득으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다OOO.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

19. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인적용역(제15호부터 제17호까지의 규정을 적용받는 용역은 제외한다)을 일시적으로 제공하고 받는 대가

• 다. 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역
• 라. 그 밖에 고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받고 제공하는 용역 제37조(기타소득의 필요경비 계산) ② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다.

1. 제1항이 적용되는 경우

2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우 (2) 소득세법 시행령 제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

8. 기술수당·보건수당 및 연구수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 급여 제41조(기타소득의 범위 등) ⑫ 법 제21조 제1항 제19호 다목에 따른 용역에는 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역이 포함된다. 제87조(기타소득의 필요경비계산) 법 제37조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 100분의 80에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.

• 가. 생략
• 나. 법 제21조 제1항 제7호·제9호·제15호 및 제19호의 기타소득 (이하 생략) (3) 국립대학병원 설치법(2014.1.7. 법률 제12177호로 개정되기 전의 것) 제16조(겸직) ① 관련대학에 근무하는 교육공무원은 제8조의 사업을 하기 위하여 필요한 경우에 ｢국가공무원법｣ 제64조 에도 불구하고 대학병원에 겸직할 수 있다.

② 제1항에 따라 대학병원에 겸직하는 교육공무원의 직무 및 보수 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 교육공무원의 겸직은 원장의 요청에 따라 관련대학 총장이 허가한다. (4) 국립대학병원 설치법 시행령 제6조(겸직교원의 직무와 보수) ① 법 제16조 제1항에 따라 대학병원에 겸직하는 교육공무원(이하 "겸직교원"이라 한다)은 대학병원의 정관 및 각종 규정을 준수하고, 성실하게 병원업무를 수행하여야 한다.

② 대학병원을 설립한 국립대학(이하 "관련대학"이라 한다)의 총장은 ｢고등교육법 시행령｣ 제6조 에도 불구하고 제5조 제2항에 따른 직위에 보직된 겸직교원의 교수시간을 감축할 수 있다.

③ 겸직교원의 보수는 겸직교원의 원소속 기관에서 지급한다.

④ 대학병원은 겸직교원에게 정관 및 각종 규정에서 정하는 바에 따라 수당을 지급할 수 있다.