쟁점부담금 중 손금산입한 금액과 부담한 고지금액 간에 차이가 발생하는 등 청구법인이 확정된 채무와 다르게 손금산입한 사실이 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부담금의 손금귀속시기를 고지일로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
쟁점부담금 중 손금산입한 금액과 부담한 고지금액 간에 차이가 발생하는 등 청구법인이 확정된 채무와 다르게 손금산입한 사실이 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부담금의 손금귀속시기를 고지일로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 법인세법제43조에서 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도에 대하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하여 온 경우에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다고 명시하여 법인의 결산상 기업회계 기준에 따라 공정·타당하게 작성된 장부에 반영한 익금과 손금의 귀속사업연도를 인정하고 있는바, 쟁점부담금의 손금귀속시기는 청구법인이 기업회계기준에 따라 수익·비용대응의 원칙에 맞추어 전력판매 매출시기인 핵연료의 인출일이 쟁점부담금을 비용으로 계상한 시점에 해당한다. 또한, 법인세법 기본통칙 40-71…24 및 세법해석에서 ‘결산을 확정함에 있어 관련 수익이 실현되는 사업연도에 (조세를) 손비로 계상한 경우에는 이를 당해 사업연도의 손금으로 한다’라고 해석하고 있는바, 이는 수익(매출액)이 실현된 사업연도에 수익에 대응해서 관련 조세(비용)를 결산조정으로 장부에 계상한 경우에는 수익ㆍ비용대응의 원칙에 따라 조세를 그 매출액이 실현된 당해 사업연도의 손금으로 인정하겠다는 예외규정이고, 이는 납세자가 관련 비용을 결산에 반영하지 아니한 경우 고지일이 속하는 사업연도를 손금귀속시기로 하되, 납세자가 결산조정을 통하여 비용을 장부에 반영한 경우에는 수익·비용대응의 원칙에 따라 동 사업연도를 손금귀속시기로 인정하겠다는 것이다.
(2) 법인세법제40조 제1항에서는 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 하여 권리의무확정주의를 규정하고 있으며, 이에 대하여 대법원은 ‘익금이 확정된 날’의 의미와 관련하여, 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, ‘권리’가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙되었는지 여부는 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상，사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다고 판시(대법원 2011.9.29. 선고 2009두11157 판결)하고 있으며, 손익발생의 인식과 그 금액의 범위가 정해지면 그 발생된 기간에 배분하는 것이므로 손익의 발생이 인식되고 그 내용을 계수적으로 확정시킬 수 있다면 손비로 인정할 수 있다 할 것(조심 2015광982, 2015.6.25.)이므로 권리·의무의 실현가능성이 상당히 높고 그 내용을 계수적으로 확정시킬 수 있다면 이는 확정된 것으로 판단하여 관련된 익금과 손금을 인식할 수 있는 것이다. 처분청은 쟁점부담금의 산정과 관련한 OOO 고시내역이 복잡하여 사용후핵연료의 인출량이 확정되는 분기말에 쟁점부담금의 가액을 산출할 수 없다는 의견이나, 2008.12.31. 최초로 공고된 OOO 고시에서 부담금을 산정하는 계산식상 추정비용, 물가상승률, 물가반영기간, 할인율 및 할인기간을 명확하게 정해놓고 있었고, 최초 고시된 이후부터 청구법인은 사용후핵연료의 인출량이 확정되는 분기말에 쟁점부담금의 가액을 정확히 산출하여 장부상 비용으로 인식하였으며, 동 산정금액의 변동가능성은 없음에도 청구법인이 당시에 부담금의 가액을 산출하기 어려워 쟁점부담금의 가액이 확정된 것으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 사실과 다르다.
(3) 처분청은 2010년 과세전적부심사청구시 청구법인이 쟁점부담금의 손금귀속시기를 고지일이 속하는 사업연도로 주장하였다고 하나, 이는 청구법인에게 쟁점부담금을 고지하는 OOO이 설립되어 2009.1.1. 이전에 발생한 과거 1997년부터 2008년까지 핵연료인출량 전체에 대하여 일시에 소급하여 고지된 부담금에 대한 것으로 부담금의 산정방식이 2008.12.31. 후의 고시된 쟁점부담금과 비교할 수 없는 것이다. 따라서, 핵연료인출량이 확정되는 분기말에 정확한 부담금의 산정이 가능한 쟁점부담금을 분기말에 계속적으로 비용으로 인식하였으므로 청구법인의 비용인식 기준에 일관성이 존재하지 아니한다는 처분청의 의견은 사실과 다르다.
(4) 청구법인이 운영중인 원자력발전소는 정부에서 관리하는 위험시설로 각 원자로 호기마다 설계수명이 엄격히(30년～40년) 정하여져 있고 OOO의 운영허가를 받아 일정기간 동안 가동한 후에 운전을 종료하게 하는바, 일정기간 운영이 허가된 원자로에서 발생하는 쟁점부담금을 청구법인과 같이 수익·비용대응의 원칙에 따라 계속적으로 각 분기말·연도말에 결산조정사항으로 손금으로 인식하지 아니하고 처분청의 의견에 따라 무조건 고지일로 손금귀속시기를 판단한다면 설계수명이 종료되는 연도말 수익에 대응되는 원가 성격의 쟁점부담금이 수익에 대응되어 비용처리되지 못하고 원자로의 운전이 종료된 후 손금을 인정받게 되는 상황이 발생하게 된다.
(1) 사용전핵연료(핵연료봉)를 원자로에 장전하고 3주기 동안 연소하여 에너지가 발생되는데, 1주기는 1년 6월 정도로 핵연료는 4년 6개월 동안 수익을 발생시키는 반면, 비용은 인출일(발생일)에 한꺼번에 손금으로 계상함으로써 수익․비용대응의 원칙에 부합하지 않는 회계처리를 하였다. 청구법인은 수익․비용대응의 원칙을 고려한 판례 및 유권해석 등 사례를 제시하면서 납세자가 관련 비용을 결산에 반영하지 않은 경우 고지일이 속하는 사업연도를 손금귀속시기로 하되 납세자가 결산조정을 통하여 비용을 장부에 반영한 경우에는 수익․비용대응의 원칙에 따라 동 사업연도를 손금귀속시기로 인정하는 것으로 해석하고 있으나, 청구법인은 2009년부터 2013년까지 수익은 매년 계상하는 반면 비용은 2013년말에 계상한 것으로 수익․비용대응의 원칙에 부합하지 아니한다. (2) 헌법재판소는 법인세법상 공과금을 ‘국가 또는 공공단체의 구성원에 대하여 강제부과되는 모든 공적 부담’으로 정의하고 있으며 (96헌법6, 1997.7.16.), 이 점에 관하여는 대법원 판례(89누5386, 1990.3.23.) 와 행정해석(국세청 법인46012-634, 1998.3.14.)도 같은 입장을 취하고 있는바, 부담금은부담금관리기본법에 따라 반대급부 없이 강제 징수되는 것으로법인세법상 손금에 해당하는 공과금에 해당되고, 정부에서 결정하는 부담금의 납부의무도 국세와 마찬가지로 부과처분일 즉, 고지일에 확정되는 것이 당연한 것이다. 그리고,국가회계법제11조 제1항의 하위법령인국가회계기준에 관한 규칙제29조 제2항 제5호는 부담금 수익의 경우 청구권이 확정되는 때에 그 확정된 금액을 수익으로 인식토록 하고 있어 부담금채권이 부과처분일인 고지일에 확정되었음이 명백하다고 할 것이므로 부담금 채무자인 청구법인 입장에서도 같은 날 부담금 채무가 확정된 것으로 보는 것이 정당한 회계처리인데도 분기말 기준으로 임의 처리한 것이다. 또한, 쟁점부담금에 관한 입법형식과 유사한 배출부과금을 납부하는 OOO과 OOO은 매년 1월말과 7월말까지 오염물질 배출량을 지방자치단체 녹색환경과에 자진신고하면 지방자치단체에서는 4월말과 10월말 납부기한으로 부과금을 고지하고 있고, 동 부과금에 대해서는 부과금의 고지일이 속하는 사업연도의 손금으로 계상하고 있다. (3) 청구법인은 방폐법 시행령 [별표2] ‘부담금의 산정기준’은 부담금을 ‘단위발생량당 소요비용(단가) × 분기별 발생량(수량)’으로 산정하도록 규정하고 있고, 가격변수에 해당하는 단위발생량당 소요비용은 ‘방사성폐기물 관리비용 및 사용후핵연료관리부담금 등의 산정기준에 관한 규정’에 고시되어 있는바, 동 소요비용은 부담금 고시에서 정한 기한(2015.6.25.)까지는 동일하게 적용되므로 단가는 매 분기말에 이미 확정되어 있고, 수량변수에 해당하는 사용후핵연료 발생량은 ‘원자력발전연료로 사용한 후 해당 분기에 원자로에서 인출한 사용후핵연료로 원자력발전사업자가 OOO에 제출한 사용후핵연료 발생량을 말한다’라고 규정하고 있으므로 분기말에 확정되었다고 주장하나, 가격변수에 해당하는 부담금 고시내용을 보면 2008.12.31. 지식경제부고시(제2008-호)로 고시된 후 2013.6.27. OOO에서 재고시(제2013-63호)되었고, 산정기준은 1차례 변동되었으며, 최초 고시내용은 물가상승률 및 할인율까지 감안해야 하므로 산정방식이 다소 복잡하여 청구법인이 분기말에 금액을 어떻게 산정했는지 알 수 없다. 설령, 가격변수에 해당하는 부담금을 고시내용대로 산정했다 하더라도 수량변수에 있어 발생량은 방폐법 제15조 제5항에 따라 원자력발전사업자는 분기별 사용후핵연료의 종류와 발생량을 기재한 자료를 매 분기가 끝난 후 15일 이내에 OOO에 제출하여야 하고, OOO는 같은 조 제1항에 의하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 부담금을 부과․징수하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 분기말에 발생량을 확정하였다고 해서 법인세법상 권리의무가 확정되는 것이 아니라 법인세법에서 말하는 권리의무는 금액이 확정되어야 하는 것으로 OOO에 제출된 발생량을 기준으로 행정청이 고지처분을 함으로써 비로소 금액이 확정되는 것이다. 따라서, 청구법인이 각 사업연도 4/4분기 발생량을 그 다음해 1월에 OOO에 공문으로 제출하고 있으므로 4/4분기말에 손금으로 계상한 부담금은 그 다음 해의 손금액으로 계상하는 것이 타당하다.
(4) 청구법인은 쟁점부담금의 부과처분이 행정청에서 부담금의 부과여부를 선택할 수 있는 재량권이 없고 부담금의 금액과 부과 여부는 방폐법과 관련 고시 등에서 일의적․확정적으로 정하고 있기 때문에 법령을 기계적으로 적용한 데 지나지 않는 기속행위라 할 것이므로 부담금은 부과고지에 의하여 확정된다고 볼 수 없다고 주장하나, 방폐법 제16조에서 ‘기금에서 방사성폐기물 관리시설을 건설하는 데 드는 비용을 충당하기 어려운 경우에는 제14조 및 제15조에도 불구하고 원자력발전사업자에게 관리비용 또는 부담금을 미리 납부하게 할 수 있다’라고 규정하고 있어 행정청의 재량행위가 전혀 없는 것으로 볼 수 없고, 2009.1.16. 고지한 OOO원은 청구법인의 발생량 통지여부와 관계 없이 방폐법 제16조에 의하여 OOO이 고지한 부담금으로 확인되고 있어, 결국 쟁점부담금은 부과고지에 의하여 확정되는 것임을 알 수 있다.
(5) 청구법인은 매년 일관되게 손금귀속시기를 적용함으로써 자의적으로 손익의 귀속시기를 변동시킨바 없으므로 청구법인의 부담금에 대한 손금산입시기에 대한 처리 관행을 배척할 이유가 없다고 주장하나, 청구법인은 원자력진흥법에 의거 납부하는 부담금에 대해서는 쟁점부담금과 다르게 고지일 기준으로 회계처리를 하고 있어 부담금에 대하여 일관된 회계처리를 하였다는 주장은 잘못된 것이다.
(6) 청구법인은 동일한 계정과목에 대해 2010년 국세청장에게 과세전적부심사청구를 제기하였는데, 부담금의 손익귀속시기는 고지일이 속하는 사업연도라고 주장하여 인정받은 사실이 있는바, 그 당시 쟁점은 2009.4.27. 고지된 사용후핵연료관리부담금을 관련법에 의거 2014년부터 2028년까지 15년간 분할납부하는 경우 손금귀속시기는 고지일인지 분할납부하는 각각의 사업연도인지에 관한 것으로 이 건과 사실관계가 다소 상이하지만, 결정요지는 ‘쟁점부담금의 납부의무가 납세고지일에 확정된 것으로 볼 수 있고, 분할납부 방식이라 하더라도 이미 확정된 납부의무를 변경하는 것이 아닌 점 등에 비추어 손금귀속시기는 고지일이 속하는 사업연도로 봄이 타당하다’고 결정하여 부담금의 납부의무 확정일을 납세고지일로 본 결정은 변함이 없다고 할 것이다.
(7) 기업회계존중의 원칙은 기업회계의 기준 또는 관행의 보충성이라는 전제 위에 인정되고 있는 것이어서, 손익의 귀속사업연도에 관하여법인세법등의 규정과 기업회계기준 등의 규정이 서로 상치하는 경우에는법인세법등의 규정을 우선하여 적용하되, 동 법 등의 규정이 결여되어 있는 부분에 한하여 보충적으로 기업회계의 기준 등의 적용을 허용하고 있는 것이다. 그런데,법인세법제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 ‘확정’되는 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 규정함으로써 손익의 귀속사업연도에 관하여 권리의무확정주의를 따르고 있고, 같은 법 시행령 제68조 내지 제71조에서 거래형태별 손익의 귀속사업연도에 관한 규정은 권리의무 확정주의를 구체적으로 예시한 것이라 할 것이므로, 당해 조항에서 예시하고 있지 않은 손익이라 할지라도 권리의무확정주의에 따라 손익의 귀속사업연도를 정하여야 한다. 그렇기에, 같은 취지에서 법인세법 시행령제71조 제7항은 ‘법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)·조세특례제한법및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다’라고 규정하는 한편, 같은 법 시행규칙 제36조를 통해 ‘영 제71조 제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 규정하고 있는 것이다. 따라서, 손익의 귀속시기에 관하여법인세법제40조 제1항에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금의 산입시기를 확정할 수 있다면, 세법에 대하여 보충적 성격을 갖고 있는 기업회계의 기준 또는 관행이 적용될 여지는 없다고 할 것이고, 다만 개별거래에 있어서 그 권리 또는 의무가 확정된 날의 판정이 쉽지 않은 점을 고려하여 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 것은 법인세법상 권리 또는 의무가 확정된 날을 해석 또는 판단함에 있어서 하나의 기준을 제공하는 데에 그 의미를 갖는다.
(1) 국세기본법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "공과금"이란국세징수법에서 규정하는 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세, 관세, 임시수입부가세, 지방세와 이에 관계되는 가산금 및 체납처분비를 제외한 것을 말한다. (2) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (3) 방사성폐기물 관리법 제15조【사용후핵연료관리부담금】① 산업통상자원부장관은 방사성폐기물 관리사업 중 사용후핵연료의 관리에 관한 사업을 원활하게 수행하기 위하여 원자력발전사업자에게 사용후핵연료의 종류ㆍ발생량, 단위발생량당 소요비용 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 산정된 사용후핵연료관리부담금(이하 "부담금"이라 한다)을 부과ㆍ징수한다.
② 산업통상자원부장관은 원자력발전사업자가 납부기한까지 부담금을 납부하지 아니하면 그 납부기한의 다음 날부터 납부일의 전날까지의 기간에 대하여 100분의 5를 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 가산금을 징수한다.
③ 산업통상자원부장관은 원자력발전사업자가 납부기한까지 부담금을 납부하지 아니하면 기간을 정하여 독촉을 하고, 그 지정된 기간에 부담금 및 제2항에 따른 가산금을 납부하지 아니하면 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 징수한 부담금 및 가산금은 기금에 귀속된다.
⑤ 원자력발전사업자는 분기별 사용후핵연료의 종류와 발생량을 기재한 자료를 매 분기가 끝난 후 15일 이내에 산업통상자원부장관에게 제출하여야 한다. 제16조【관리비용 또는 부담금의 선납】① 기금에서 방사성폐기물 관리시설을 건설하는 데에 드는 비용을 충당하기 어려운 경우에는 제14조 및 제15조에도 불구하고 원자력발전사업자에게 관리비용 또는 부담금을 미리 납부하게 할 수 있다.
② 제1항에 따라 미리 납부하는 관리비용 또는 부담금의 최고 한도액, 초과 납부된 관리비용 또는 부담금의 정산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제18조【OOO의 설립】① 방사성폐기물 관리를 효율적으로 수행하기 위하여 OOO(이하 "공단"이라 한다)을 설립한다. (4) 방사성폐기물 관리법 시행령 제8조【사용후핵연료관리부담금의 산정기준 등】① 법 제15조제1항에 따른 사용후핵연료관리부담금(이하 "부담금"이라 한다)의 산정기준은 별표 2와 같다.
② 부담금의 산정기준에 대한 검토 및 변경에 관하여는 제5조 제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 "관리비용"은 "부담금"으로, "방사성폐기물 발생자"는 "원자력발전사업자"로 본다. 제9조【부담금의 납부시기 등】① 부담금은 분기별로 부과ㆍ징수한다.
② 산업통상자원부장관은 부담금을 부과ㆍ징수할 때에는 해당 분기에 발생한 사용후핵연료에 대한 부담금을 낼 것을 그 분기가 끝난 날부터 25일 이내에전기사업법제12조제1항제3호에 따른 원자력발전사업자(이하 "원자력발전사업자"라 한다)에게 고지하여야 한다.
③ 제2항에 따른 부담금의 납부고지는 내야 할 부담금의 금액, 그 산정 근거, 납부기한 및 납부 장소와 그 밖에 필요한 사항을 기재한 서면(전자문서를 포함한다)으로 하여야 한다.
④ 제3항에 따른 납부기한은 고지한 날부터 2개월 이내로 한다. 제11조【관리비용 또는 부담금의 선납】① 산업통상자원부장관은 법 제16조제1항에 따라 원자력발전사업자에게 관리비용 또는 부담금을 미리 내게 할 때에는 내야 하는 관리비용 또는 부담금의 금액, 그 산정 근거, 납부기한 및 납부 장소와 그 밖에 필요한 사항을 기재한 서면(전자문서를 포함한다)으로 고지하여야 한다.
② 제1항에 따른 관리비용 또는 부담금은 기금의 관리ㆍ운용 현황, 건설비용이 포함된 방사성폐기물 관리시설의 건설계획 등을 고려하여 원자력발전사업자와 협의를 거쳐 산정하되, 해당 방사성폐기물 관리시설의 건설에 소요될 것으로 예상되는 비용을 초과하여서는 아니 된다.
③ 산업통상자원부장관은 기금에서 방사성폐기물 관리시설의 건설비용에 충당한 금액과 미리 납부된 관리비용 또는 부담금을 합한 금액이 해당 방사성폐기물 관리시설의 건설비용을 초과하는 경우에는 그 초과분을 원자력발전사업자에게 반환하거나 원자력발전사업자가 원하는 경우에는 앞으로 낼 관리비용 또는 부담금과 상계(相計)할 수 있다. 이 경우 미리 납부된 날의 다음 날부터 반환하거나 상계하는 날까지의 기간에 대하여는 별표 3에서 정한 이자율에 따라 계산한 금액을 초과 납부된 관리비용 또는 부담금에 가산하여 반환하거나 상계하여야 한다.
④ 산업통상자원부장관은 미리 납부된 관리비용 또는 부담금 중 제3항에 따른 초과분을 제외한 관리비용 또는 부담금에 대하여는 원자력발전사업자가 앞으로 낼 관리비용 또는 부담금과 상계한다. 이 경우 미리 납부된 날의 다음 날부터 상계하는 날까지의 기간에 대하여 별표 3에서 정한 이자율에 따라 계산한 금액을 미리 납부된 관리비용 또는 부담금에 가산하여 상계하여야 한다. [별표 2] 부담금의 산정기준(제8조 제1항 관련)
1. 사용후핵연료의 종류 및 분기별 발생량 종류 단위 분기별 발생량 경수로 다발 원자력발전연료로 사용한 후 해당 분기에 원자로에서 인출한 사용후핵연료로서 법 제15조제5항에 따라 원자력발전사업자가 산업통상자원부장관에게 제출한 사용후핵연료 발생량을 말한다. 중수로 다발
다음 산식에 따라 계산한 금액을 부담금으로 한다. 부담금 = 단위발생량당 소요비용 × 분기별 발생량 ※ 단위발생량당 소요비용 = (미래사업비의 현재가치 - 부담금 적립잔액) × 1/미래사용후핵연료발생량의 현재가치
(1) 사용후핵연료의 특성에 관한 청구법인의 제출자료에 의하면, 다음 <표1>과 같은 내용이 나타난다. <표1>
(2) 쟁점부담금의 고지내역, 법인세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> (3) 처분청은 청구법인이 분기말에 발생량을 확정하였다고 해서 법인세법상 권리의무가 확정되는 것이 아니라 법인세법에서 말하는 권리의무는 금액이 확정되어야 하는 것으로 OOO에 제출된 발생량을 기준으로 행정청이 고지처분을 함으로써 비로소 금액이 확정된다는 의견이고, 가격변수에 해당하는 부담금 고시내역을 다음 <표3>과 같이 제시하였다. <표3>
(4) 청구법인이 2010.8.2. 국세청장에게 제기한 과세전적부심사청구에 대한 과세전적부심사결정서(국세청 적부 2010-, 2010.10.12.)의 주요내용은 다음 <표4>와 같다. <표4>
(5) 청구법인은, 원자력발전소가 정부에서 관리하는 위험시설로 각 원자로 호기마다 설계수명이 엄격히(30년～40년) 정하여져 있고 OOO의 운영허가를 받아 일정기간 동안 가동된 후 운전을 종료한다고 주장하면서 24곳의 원자력발전소 운전수명내역서를 제출하였다. (6) 법인세법 기본통칙40-71…24 제1항에서 ‘법인세법에 따라 손금으로 산입할 수 있는 조세는 국세기본법 시행령제10조의2 각 호 또는지방세법제30조 제1항 각 호의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어 관련 수익이 실현되는 사업연도에 손비로 계상한 경우에는 이를 당해 사업연도의 손금으로 한다’고 규정하고 있고, 국가회계기준에 관한 규칙제29조 제2항에서 비교환수익은 해당 수익에 대한 청구권이 발생하고 그 금액을 합리적으로 측정할 수 있을 때에 인식한다고 규정하고 있으며, 같은 항 제5호에서 부담금수익은 청구권 등이 확정된 때에 그 확정된 금액을 수익으로 인식한다고 규정하고 있다. 청구법인은 방사성폐기물관리기금 회계를 예산회계(현금주의, 세입세출회계)와 재무회계(발생주의, 재무제표)로 구분할 수 있고, 기금의 재무회계 인식기준은 국가회계기준에 따라 발생주의를 적용하는 것이 타당함에도 처분청이 쟁점부담금에 대하여 예산회계와 재무회계의 인식기준을 혼돈하여 고지일 기준의 예산회계를 적용하여 법인세를 과세하였다고 주장한다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제40조 제1항에서 권리의무확정주의에 따라 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속시기를 확정할 수 있다면 이에 의하고, 권리의무확정주의에 의하여 그 판단이 어려울 경우에 한하여 보충적․제한적으로 기업회계기준 및 관행을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바, 청구법인이 분기말에 핵연료 발생량을 측정하고 그에 따른 부담금액을 예측을 할 수 있다고 하여 부담금 납부의무가 확정되었다고 보기는 어렵고, 공단이 법령에 따라 부담금액을 결정하여 청구법인에게 고지하는 때에 비로소 그 의무의 실현가능성이 성숙․확정되어 쟁점부담금의 납부에 대한 청구권이 발생하는 점, 사용전핵연료의 경우 3주기(평균 4년 6개월 정도) 정도에 걸쳐 전력생산에 사용되어 수익을 발생시킴에도 청구법인은 핵연료 인출일이 속한 분기에 한꺼번에 손금으로 계상하였는바 이는 수익비용대응의 원칙에 따른 합리적인 회계처리로 보이지 아니하는 점, 쟁점부담금과 유사한 방식으로 청구법인에게 부과되는 ‘원자력연구개발비 부담금’은 고지일을 기준으로 손금으로 계상하고 있어 일관된 회계처리를 하고 있지도 아니한 점, 쟁점부담금 중 손금산입한 금액과 부담한 고지금액 간에 차이가 발생하는 등 청구법인이 확정된 채무와 다르게 손금산입한 사실이 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부담금의 손금귀속시기를 고지일로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.