청구법인은 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 지방자치단체출연 비영리법인으로서 청구법인이 제공하는 쟁점용역은 부가가치세 면세대상 연구용역에 포함되는 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점용역에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음
청구법인은 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 지방자치단체출연 비영리법인으로서 청구법인이 제공하는 쟁점용역은 부가가치세 면세대상 연구용역에 포함되는 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점용역에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음
OOO세무서장이 2015.1.2. 청구법인에게 한 부가가치세 2007년 제2기분 344,416,490원 및 2008년 제1기분 403,780,840원의 각 부과처분은 이를 취소한다.
31. 청구법인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시하여, 청구법인이 제공한 쟁점용역이 부가가치세 과세대상 거래임에도 부가가치세를 신고․납부하지 아니하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 청구법인은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역에 해당되므로 부가가치세 면세가 적용되어야 한다. (가) 청구법인에게 연구용역을 의뢰하는 출자출연기관인 OOO의 원가계산서상 예산수립내역에 의하면, 이윤 및 부가가치세를 제외한 가액, 즉, 청구법인의 간접운영비에 충당할 정도의 실비로만 용역계약이 이루어짐을 알 수 있고, 조사청이 출연기관인 OOO에서 수령한 “OOO 출연금의 성격 등에 대한 회신 공문에서도 실비수준의 용역발주를 한 사실이 명시적으로 나타난다. 또한, 지방자치단체는 지방연구원의 설립 및 운영에 드는 경비에 충당하기 위하여 출연금과 보조금을 운영재원으로 교부하고 있는 상태에서 굳이 수탁연구용역에 대하여 이윤을 포함하여 높은 용역대가를 지불하고 수의계약을 한다는 조사청의 의견은 받아들일 수 없다. (나) 조사청은 2007년～2013년 기간동안 청구법인의 경비 OOO원이 절감되었고, 이익이 발생하였다며 사례로 든 “OOO 공연문화도시 조성 종합계획 수립 학술연구용역”의 연구용역비 세부 산출내역서를 보면, 여비․회의비․유인물비․연구용재료비․조사비 및 외부위탁비 등 실제 투입된 집행경비는 청구법인의 소속 관리직원에 대한 인건비와 임차료, 전기료, 보험료 등 공통손금에 대한 내역이 제외되어 있으며, 수탁연구용역에 직접적으로 소요되는 순수 외부집행 필요경비인 직접비 성격만을 포함하고 있어 경비가 절감되었다는 의견은 사실과 다르고, 연구원의 성과상여금과 연구장려금 역시 청구법인에서는 비용을 구성하고 있으며, 이익은 종업원에게 귀속되는 분배금이 아닌 출연자 및 출자자에게 귀속되는 과실임에도 연구원들의 초과근무 및 성과에 대한 상여금을 이익으로 간주하여 판단하고 있는 오류를 범하고 있다. (다) 조사청은 2007년～2013년간의 수탁연구용역에 대한 세무상 영업이익을 계산한 결과 4개 사업연도에서 영업이익이 발생한 것으로 산출되었다는 의견이나, 영업이익이 발생하는 기간의 이익은 낮은 수준이고, 전체적으로는 누적영업손실을 계상하고 있는 것을 간과한 것이며, 또한 조사청에서 산출한 구분손익계산서와 별도로 법인세법 집행기준 113-0-2[비영리법인의 구분경리]에서 규정하고 있는 공통손금에 대한 안분기준인 수입금액에 비례하여 안분계산을 할 경우 영업손실의 규모는 더욱 커지고, 수탁연구과제에서 수익이 많이 남았다고 하더라도 연초에 계획된 예산의 범위를 벗어난 성과상여금의 지급이 이루어질 수 없으며, 수탁과제와 무관하게 연초의 예산에 편성된 성과상여금은 연구원들의 성과평가에 따라 대부분이 연구원들에게 지급되고 있다.
(3) 청구법인이 출연기관인 지방자치단체 등(기획재정부, OOO 및 기초단체 등)과 별도의 용역계약을 체결하여 수행하는 기본계획 수립용역, 발전종합계획 수립용역, 기초학술연구 용역, 실태분석 등의 쟁점용역은 공익을 목적으로 하는 학술연구단체가 공급하는 학술연구와 관련된 용역으로서 대법원 판례(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결)에서 제시하는 기존학술연구의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정⦁보완하기 위한 연구에 해당하므로 부가가치세 면제되어야 하는바, 지방자치단체가 운용하는 제도나 정책은 기존의 학술연구의 결과로 볼 수 있으며, 쟁점 용역들의 연구 필요성은 지방자치단체가 기존에 운영하고 있는 제도나 정책을 보다 효율적이고 효과적으로 개선시키기 위한 것이다. (가)지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 의거하여 설립한 청구법인의 쟁점용역인 수탁연구과제 중 기본계획 수립용역, 발전종합계획 수립용역, 기초학술연구 용역, 정책과제개발을 위한 실태분석 등은 사회과학 학술의 결과물인 기존의 제도나 정책에 대한 불합리한 관행, 제도를 개선시키고 보다 효율적이고 효과적인 정책을 종합적으로 수립하기 위한 연구로서 새로운 장기발전구상 및 정책수립과 관련되어 있으며 이를 통하여 시·도민의 삶의 질 향상과 지속가능하고 경쟁력 있는 지역창조에 기여하고 있다. (나) 청구법인이 수행하는 수탁연구과제 용역 중 기본계획 수립용역, 발전종합계획 수립용역, 기초학술연구 용역, 정책과제개발을 위한 실태분석 등이 조사청의 주장대로 설령 새로운 학술을 위하여 수행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 학술연구용역이 아니라 하더라도, 대법원 판례(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결)에서 판시하고 있는 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 학술연구와 관련된 연구용역의 범주에 해당되므로 부가가치세법제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1의2호의 규정에 의해 면세대상 학술연구용역에 해당한다.
(2) 청구법인은 2007년 이전부터 쟁점용역과 동일한 수탁연구용역을 제공하였고 2007년부터 2013년까지 수탁연구용역을 계속적․반복적으로 공급하였으므로 쟁점용역은 면세적용 대상인 일시적 공급에 해당되지 않고, 청구법인이 작성한 수탁용역계약 체결 후 계약금액과 동일한 금액으로 추정한 계약이행에 투입될 예산경비와 실제 투입된 경비를 비교한 결과 2007년～2013년간 경비 OOO원이 절감되었는바, 연도별 수탁연구과제가 없었다면 발생할 영업이익을 계산해 본 결과 2007년～2013년간 OOO원의 영업손실이 발생하였을 것이나 수탁연구과제를 수행하여 OOO원의 영업이익이 발생하였다. (가) 2007년～2013년간 수탁과제용역에 대한 세무상 영업이익을 계산한 결과 4개 사업연도에서 영업이익이 발생하였고, 2007년～2013년간 매년 전직원을 대상으로 성과에 따라 성과상여금 OOO원을 차등 지급하였다. (나) 수익사업에서 발생한 이익은 지방자치단체 출연금으로 보전하고도 모자라는 기관운영비에 충당되지만 기관운영비 충당 후에도 잔액이 계속적으로 발생하여 잉여금으로 적립하고 있고, 적립된 잉여금을 지방자치단체에 반환하지 않고 계속적으로 연구원의 기본재산으로 편입하고 있다. (다) 실비로 제공한 용역은 보조연구과제로 별도 구분하여 관리하고 있는 점 등으로 미루어 쟁점용역은 실비만을 받고 제공한 용역이 아니고 용역의뢰처로부터 이윤을 포함한 대가를 받고 제공한 것이다.
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제7조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 제12조【면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
13. 저술가․작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역
16. 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제37조 (2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정된 것)【종교․자선․학술․구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2008년 12월 31일까지 제공하는 것에 한한다) 제45조(2013.6.28. 대통령령 24638호로 전부 개정된 것)【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
2. 학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체(이하 "학술등 연구단체"라 한다)가 그 연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역 (3) 부가가치세법 시행규칙(2006.7.11. 재정경제부령 제513호로 개정된 것) 제11조의3【인적용역의 범위】
③ 영 제35조 제2호 라목에서 “재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. 제11조의5【종교․자선․학술․구호단체 등의 범위】
① 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교․자선․학술․구호․사회복지․교육․문화․예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.
5. 공익법인의 설립․운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 (5) 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률 제1조 【목적】 이 법은 지방자치단체출연 연구원의 설립․지원 및 육성과 체계적인 관리 및 책임경영에 관한 기본적인 사항을 규정함으로써, 연구원의 합리적 운영과 발전을 도모하여 지방자치제도의 개선과 지역발전 및 지방문화 창달에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조【정의】 이 법에서 “지방자치단체출연 연구원”이란 지방자치단체 등이 출연․보조하고, 연구를 주된 목적으로 수행하는 연구원을 말한다. 제13조【운영재원】
① 지방연구원은 다음 각 호의 재원으로 운영한다.
1. 제2항에 따른 출연금 및 보조금
2. 제14조에 따른 수익사업으로 생긴 수익금
② 지방자치단체는 지방연구원의 설립 및 운영에 드는 경비에 충당하기 위하여 지방연구원에 필요한 출연금 및 보조금을 예산의 범위에서 교부할 수 있다.
③ 지방연구원의 재산운영 및 관리에 필요한 사항은 조례로 정한다. 제14조【수익사업】 지방연구원은 필요한 경비를 조달하기 위하여 정관으로 정하는 바에 따라 수익사업을 할 수 있다.
(1) 청구법인과 조사청이 제출한 심리자료 및 국세청 전산자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO 지역발전에 관한 정책을 종합적으로 연구함으로써 시․도민의 삶의 질 향상과 지속가능하고 경쟁력 있는 지역창조에 기여하고자 민법제32조 등에 근거하여 1991.6.7. 설립된 비영리공익법인으로 정관 제4조 규정에 의한 고유업무는 아래와 같다. OOO (나) 청구법인은 연구직 55명, 상근임원 및 관리직 직원 10명을 포함하여 총 65명(정원 68명)이 근무를 하고 있고, 각 분야별 연구부와 연구심의위원회, 기획경영실, OOO평생교육진흥원으로 조직이 구성되어 있다. (다) 청구법인은 2007년～2013년까지의 과세기간 중 법인세에 대해 “이자소득만 있는 비영리법인”으로 이자소득금액과 원천납부세액을 신고하였고, 부가가치세는 신고․납부한 사실이 없다.
(2) 조사청이 2014.11.20.∼12. 31.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 확인한 사항은 아래와 같고, 부가가치세 등의 경정내역은 아래의 <표1>～<표3>과 같다. OOO (가) 정책연구과제(출연금) 1) 지방자치단체 출연금은 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률제13조(운영재원) 및 OOO 육성조례제3조(출연금)와 OOO 육성조례제3조(출연금)에 의거 매년 OOO로부터 지원되는 연구원 운영비 및 기본재산․청사건립 기금이다. 2) 정책연구과제를 미이행했을 경우 제재사항도, 출연금을 반납해야 할 의무도 없으며, 민법에서 규정하고 있는 동시이행의 항변권(제536조)과 채무자 위험부담주의(제537조)도 적용되지 않는다. 3) 출연금은 매년 12월에 예산 신청에 의거 지방자치단체장 승인과 지방의회의 예산안 심사를 거쳐 결정되나, 정책연구과제는 다음 해 1～2월 사이에 지방자치단체․지방의회․자문위원․전문가․시민의 제안 및 연구원 자체 발굴과제 등을 토대로 선정되고, 정책연구과제 결과물의 법적 소유권은 연구원에 있다.
4. 지방자치단체 출연금은 정책연구과제 용역제공에 따른 대가관계에 있다고 볼 수 없고, 용역 제공과 직접 관련 없는 출연금이며, 수익을 목적으로 용역을 제공한 것이 아니고 설립목적에 의한 고유업무를 수행한 것이므로 법인세법상 수익사업으로 볼 수 없고, 부가가치세 과세대상이 아니다. (나) 보조연구과제(보조금) 1) OOO 주관 포럼․세미나․워크샵․토론회 등의 행사 개최․진행 등을 대행하고 그에 소요되는 경비(연구원 내부 인건비는 제외)를 수령․지출한 후 정산하고 잔액은 전액 반납하였다. 2) 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 제공한 용역이 아니고, 수익성이 있거나 수익을 목적으로 제공한 용역도 아니므로 법인세법상 비수익사업이며, 영리를 목적으로 하지 아니하는 공익 목적 단체가 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역은 부가가치세 면세대상이다. (다) 수탁연구과제 1) 연구원 관련 법령 및 정관이 정하는 고유업무 범위내에서 시․도 및 시․군․구․기타 기관과 용역계약을 통해 수행하는 연구과제로서 연구원의 설립목적에 부합하는 과제인지, 지역발전에 도움이 되는 과제인지 등을 고려한 연구심의를 거쳐 과제를 선정한다.
2. 사업상 독립적으로 지방자치단체 등과 용역계약을 체결하고 일정대가를 받고 계속적․반복적으로 연구용역을 제공하였고, 연구결과물의 법적 소유권은 계약 상대방에 있다. 3) 수탁연구과제 수익은 지방자치단체 출연금으로 보전하고도 부족한 연구원 운영비(내부 인건비 등)에 충당되었고, 충당 후에도 잔액이 계속적으로 발생하여 수익이 발생되었으므로 법인세법상 수익사업에 해당한다. 4) 연구내용이 정책계획수립, 타당성 조사, 평가용역 등으로 새로운 이론․방법 등의 학술연구를 하기 위하여 지방자치단체 등과 용역계약을 체결하고 그 결과를 보고한 것이라기보다는 개발된 분석기법 등을 응용 또는 이용하여 지방자치단체가 필요로 하는 연구용역을 제공하고 그 제공에 대한 대가를 받은 것이고, 지방자치단체는 이를 이용하여 정책결정의 기초자료로 이용하는 것에 불과하여 쟁점용역은 새로운 학술을 연구하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법 등에 관한 연구용역으로 볼 수 없으므로 부가가치세 과세대상 거래이다. 5) 수탁연구로 분류된 연구용역 중 24건 OOO원은 토론회 등의 실비보조용역(보조연구과제)으로 부가가치세 면세대상이다.
6. 수탁연구용역이 실비만을 받고 제공한 용역인지 여부에 대한 조사내용은 아래와 같다.
① 청구법인이 작성한 수탁용역계약 체결 후 계약금액과 동일한 금액으로 추정한 계약이행에 투입될 예산경비와 실제 투입된 경비를 비교한 결과 2007년～2013년간 경비 OOO원이 절감되었다.
② 연도별 수탁연구용역이 없었다면 발생할 영업이익을 계산한 결과 2007년～2013년간 OOO원의 영업손실이 발생하나, 수탁연구용역을 수행함으로 인하여 OOO원의 영업이익이 발생하였다.
③ 2007년～2013년간의 수탁연구용역에 대한 세무상 영업이익을 계산한 결과 4개 사업연도에서 영업이익이 발생하였다.
④ 2007년～2013년간 매년 전직원을 대상으로 성과에 따라 성과상여금 OOO원을 차등 지급하였다.
⑤ 수익사업에서 발생한 이익은 지방자치단체 출연금으로 보전하고도 모자라는 기관운영비에 충당되지만 기관운영비 충당 후에도 잔액이 계속적으로 발생하여 잉여금으로 적립하고 있고, 적립된 잉여금을 지방자치단체에 반환하지 않고 계속적으로 연구원의 기본재산으로 편입하고 있다.
⑥ 실비로 제공한 용역은 보조연구과제로 별도 구분하여 관리하고 있고, 쟁점용역은 실비만을 받고 제공한 것이 아니고 용역의뢰처로부터 이윤을 포함한 대가를 받고 제공한 것이다.
(3) 청구법인의 쟁점용역이 부가가치세 면세 대상인지 여부에 대한 2015.3.31.자 유권해석 질의에 대하여 기획재정부장관은 2015.9.7. “귀 질의와 같이 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 지방자치단체출연 연구원으로서 지역장기발전 구상 및 시책개발, 지역경제의 현안과제 연구 등을 고유업무로 하는 비영리법인이 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역에 대해서는 구 부가가치세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제45조 제2호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다”라고 회신하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점용역을 공급한 당시의 관련 법령인 부가가치세법제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의2에서 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역은 면세로 규정하고 있고, 청구법인은 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 지방자치단체출연 연구원으로서 지역장기발전 구상 및 시책개발, 지역경제의 현안과제 연구 등을 고유업무로 하는 비영리법인으로서 청구법인이 제공하는 쟁점용역은 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역 등으로 부가가치세 면세대상 연구용역에 포함되는 것인 점, 부가가치세법의 소관 및 유권해석 기관인 기획재정부장관은 쟁점용역이 부가가치세법 시행령제45조 제2호에 따라 부가가치세가 면제되는 것으로 회신(부가가치세제과-535, 2015.9.7.)한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점용역에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.