조세심판원 심판청구 법인세

쟁점변제금액은 실질상 청구법인의 외화차입비용으로 전액 손금에 해당한다는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심 2015구1823 선고일 2018-06-04 조세심판원
상세내용

[요지] 청구법인이 ◎◎◎◎와 작성한 매매계약서 및 거래내역으로 보아 쟁점거래는 쟁점주식의 양도거래로 보이는 점, 청구법인은 ◎◎◎◎로부터 보증수수료 명목으로 지급받은 금원을 초과하여 해외투자자들에게 변제하고 상환받지 못한 것으로 보아 적어도 선수령한 금액 초과분에 대하여 보증채무 대위변제로 인한 대손금에 해당하지 아니한 점, 처분청의 소득금액변동통지일에는 원천납세의무자의 소득실현이 이루어진 것이 분명한 이상 선수령한 보증대가를 초과한 금액에 대한 이 건 소득금액변동통지는 적법한 점, 처분청이 쟁점지급보증에 대하여 국세청 모형에 따라 산출한 지급보증수수료율에 근거하여 한 처분은 근거규정에 위배되는 것으로 보이지 아니한 점, 명예회장은 퇴직한 후 고문위촉 기간 중 실제 근로사실이 입증되지 아니하므로 쟁점보상금은 업무와 무관한 비용인 점, 쟁점공사비는 계약 등에 근거 없이 특수관계인에 대한 손실보전 등의 목적으로 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음. 다만, 쟁점변제금액 중 청구법인이 선수령한 금액은 대위변제로 인한 손실이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 이를 손금산입하여 그 과세표준, 세액 및 소득금액을 경정함이 타당함

전 문

[참조결정] 조심2015중1283 / 조심2012중3014 / 조심2014구3765 / 조심2013부4381

[주 문] OOO장이 2014.12.12. 청구법인에게 한 ＜별지1＞ 기재 2009～2012사업연도 법인세 OOO의 부과처분과 OOO의 기타소득으로 소득처분한 2012년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지 처분은,

1. 2011사업연도에 청구법인이 OOO를 대신하여 해외투자자들에게 변제한 OOO원 중 청구법인이 선수령한 OOO원 및 2009～2012사업연도에 청구법인이 OOO와 OOO에 간접비를 과다지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 손금불산입한 OOO원을 각 손금산입하여 그 과세표준 및 세액과 소득금액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.9.3.부터 2014.3.7.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 후 다음 (1)～(5)의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

(1) 청구법인은 2003년 당시 보유중인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 주식 OOO를 담보로 교환사채를 발행하여 해외에서 장기 저리로 자금을 조달하려 하였으나, 외국인 보유한도OOO 제한으로 인하여 위 OOO주식을 OOO으로 전환한 후 2003.8.20. 동 OOO(1주당 OOO, OOO주식 및 전환된 OOO을 구분하지 않고 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 청구법인의 금융자문회사인 OOO가 OOO에 설립한 법인인 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 양도하였다. OOO는 쟁점주식과 청구법인의 지급보증을 기초로 2003.8.20. 쟁점주식 시가의 OOO배 가액으로 해외투자자들(이하 “해외투자자①”이라 한다)에게 5년 만기 교환사채(이하 “1차 교환사채”라 한다)를 발행하여 OOO을 조달한 후 청구법인에게 전액 지급하였다. 한편, 청구법인은 기업회계 및 세무회계상 해당 교환사채를 직접 발행한 것(차입거래)으로 처리하였다가 기획재정부가 2008.4.28. 청구법인이 OOO에게 쟁점주식을 이전한 것을 차입거래가 아닌 양도거래로 보아야 한다는 유권해석(재법인-3, 2008.4.28., 이하 “쟁점예규해석”이라 한다)을 함에 따라 1차 교환사채 발행거래를 세무회계상 OOO에 대한 쟁점주식 양도거래OOO와 사채발행 보증거래(보증수수료 수입 OOO원)로 나누어 인식하는 내용으로 2003사업연도 법인세를 수정신고하였다(기업회계상으로는 기존의 차입거래로 한 회계처리를 유지함). 2008.8.20. 1차 교환사채의 만기가 도래하여 해외투자자①이 원금상환을 요청하자 OOO는 2008.8.19. 쟁점주식을 기초로 새로운 교환사채(이하 “2차 교환사채”라 한다)를 OOO원에 해외투자자들(이하 “해외투자자②”라 한다)에게 발행하여 2008.8.20. 1차 교환사채 대금 OOO원을 상환한 후 잔액 OOO을 보증수수료로 청구법인에게 지급하였다. 해외투자자②는 조기상환 청구권을 보유하고 있었는바, 이들의 약 OOO%가 2011년 8월 원금상환을 요청하자 OOO는 OOO가 OOO에 새로이 설립한 OOOⅡ에게 쟁점주식의 OOO%를 OOO원에 양도하였고, OOOⅡ는 동 주식을 기초로 새로운 교환사채(이하 “3차 교환사채”라 하고, 1․2차 교환사채와 합하여 “쟁점교환사채”라 한다)를 해외투자자들(이하 “해외투자자③”이라 한다)에게 OOO원에 발행하여 OOO원은 OOO에게 쟁점주식의 OOO%에 대한 양수대금으로 지급하고, 나머지 OOO원은 청구법인에게 지급보증수수료(청구법인은 쟁점교환사채로 인한 보증수수료로 총 OOO원을 계상함)로 지급하였다. OOO는 OOOⅡ로부터 지급받은 쟁점주식 OOO%의 양도대금 OOO원으로 해외투자자②에게 상환하고, 나머지 부족분에 대하여는 보증채무자인 청구법인이 OOOⅡ로부터 수령한 보증수수료 OOO원과청구법인의 자체 자금 OOO원을 합한 OOO원(OOO원으로 이하 “쟁점변제금액”이라 한다)을 OOO의 채권지급 대리인 금융계좌로 송금받아 변제하였다. 청구법인은 3차 교환사채를 자신이 발행한 것으로 보아 외화채무 차입거래로 회계처리하였으나, 세무회계상으로는 쟁점예규해석에 따라 3차 교환사채 발행대금 중 OOO원(OOOII 명의로 이전된 주식의 시가)을 제외한 OOO원을 OOOII에 대한 보증수수료 수입으로 처리하고, 2차 교환사채 OOO% 상환시 보증인으로서 해외투자자②에게 보전한 OOO원(쟁점변제금액)에 대하여 결산상 별도 손금처리 없이 기존의 세무조정 유보사항(외화평가손익 및 보증수수료 수익 등)과 상계하는 방식으로 손금산입하였다. 따라서 2011년 8월 2차 교환사채 OOO%의 변제와 관련하여 청구법인이 세무조정을 통해 손금산입한 세무상 유보금액인 쟁점변제금액을 보증채무 대위변제로 인한 대손금으로 보아 손금부인하고 동 금액을 청구법인이 OOO에게 분여한 이익(기타소득)으로 보아 소득금액변동통지를 하여야 한다.

(2) 청구법인이 2009～2012사업연도에 OOO(이하 “OOO”이라 한다), OOO(이하 “OOO”라 한다) 등 해외자회사 11곳에 제공한 지급보증용역(이하 “쟁점지급보증”이라 한다)의 대가로 수취한 지급보증수수료가 국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다)에 따른 정상가격에 미달하므로, 국세청이 자체 개발한 지급보증수수료 정상가격 산출 모형(이하 “국세청모형”이라 한다)에 따라 산정한 금액과의 차액 OOO원(사업연도별 세부내역은 ＜별지1＞ 참조)을 익금에 산입하여야 한다.

(3) 청구법인은 2009～2012사업연도 중 특수관계인인 OOO 및 OOO(이하 각 “OOO” 및 “OOO”이라 한다)으로부터 연구용역 등을 제공받고 그 대가로 위탁연구비를 산정하면서 간접비 지급기준을 높게 설정하여 비특수관계인(일반대학 및 일반연구기관)에게 지급하는 금액보다 높은 간접비를 지급하였는바, 과다지급한 간접비 금액 2009사업연도분 OOO원을 각 사업연도의 익금에 산입하여야 한다.

(4) 청구법인은 1993년 퇴임한 고 OOO 명예회장(이하 “명예회장”이라 한다)이 2011년 12월 사망하자 주주총회 결의를 통해 2012.4.2. 명예회장의 가족에게 특별공로금 OOO원(이하 “쟁점공로금”이라 한다)을 지급하고 근로소득으로 원천징수하였으나, 명예회장이 실제로 청구법인에 근로를 제공한 사실이 없고 퇴직 이후 청구법인에 기여한 공로가 없으며 정관 및 이사퇴직금규정에 지급대상과 범위 등에 관한 구체적인 기준이 정해져 있지 않으므로 쟁점공로금을 손금불산입하여야 한다.

(5) 청구법인은 2007년 12월 청구법인의 OOO OOO을 대체할 새로운 OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 건설하기 위해 특수관계인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 설계시공일괄입찰(수급인이 설계․설비조달․시공 등 제반 용역을 일괄공급하는 계약형태) 방식의 도급계약(공급가액은 OOO원이고, 이하 “쟁점도급계약”이라 한다)을 체결하였고, 이후 4차례의 계약 변경을 통해 OOO원의 공사대금을 증액조정OOO하였는바, 증액된 공사대금 중 OOO의 경우 당초 계약상 변경근거 없이 과다지급된 금액이므로 청구법인이 OOO에게 이익을 분여한 것으로 보아 익금에 산입(자산 과다계상분에 대한 감가상각비 OOO원은 손금불산입)하여야 한다. ＜표＞ 쟁점도급계약의 변경 내역 나.처분청은 이에 따라 2014.12.12. 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO원을 각 경정․고지하였고, 같은 날 청구법인에게 OOO를 귀속자(기타소득으로 소득처분)로 하여 2012년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지(청구법인은 이에 대해 2015.1.12. 원천세 OOO원을 신고․납부함)를 하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2015.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1)쟁점교환사채 관련 (1)-1 청구법인이 쟁점주식을 OOO에게 양도한 후 이를 기초로 쟁점교환사채를 발행하고 이에 대해 지급보증한 거래(이하 “쟁점사채거래”라 한다)는 ‘양도 및 지급보증 거래’가 아닌 ‘차입거래’로 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합할 뿐만 아니라, 실질적인 차입 주체는 청구법인이므로 쟁점변제금액은 청구법인의 외화차입비용으로서 전액 손금에 해당한다. (가) OOO는 국외 자문사인 OOO의 OOO 소재 사무실에 주소만 등록하여 별도의 사무실 및 직원이 없는 자본금 OOO의 형식상 법인으로, 그 주주․이사로 등재된 OOO 및 그 직원들은 청구법인의 쟁점교환사채 발행을 위해 선임된 대리인이며, OOO의 설립자인 OOO는 현지 법무법인이 회사 설립 대행을 위해 만든 명목상의 회사에 불과하고, 청구법인이 국내 자문사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)를 통해 OOO의 업무 진행을 지시하는 등 쟁점교환사채 발행을 진행하고 그 발행대금 전액도 청구법인에 귀속된바, OOO는 독자적인 의사결정의 주체가 아닌 도관에 불과하고, 쟁점사채거래는 청구법인이 쟁점주식을 담보로 해외에서 장기 저리로 자금을 차입한 거래로서 실질적인 차입 주체는 청구법인이다. (나)쟁점변제금액은 청구법인의 자금조달을 위해 쟁점교환사채 발행 당시 청구법인과 OOO 간에 체결된 계약에 따라 발생한 사업관련 비용이므로 전액 손금인정되어야 한다. 청구법인은 쟁점주식의 투자수익률 제고를 위해 OOO를 이용하여 쟁점교환사채를 발행하였고, 다량의 쟁점주식을 국내 주식시장에서 직접 매각할 경우 대량매각에 따른 주가 하락 및 가격할인 가능성 등을 고려하여 교환사채 발행방식을 선택하였으며, OOO로부터 수령한 쟁점교환사채 대금 전액을 청구법인의 사업과 직접 관련된 채무의 변제(사무라이본드 상환)와 자사주 매입을 위한 재원으로 사용하였다. 설령 OOO를 경제적 실체가 있는 법인으로 보더라도, OOO는 쟁점교환사채 발행으로 유입된 자금 전액을 청구법인에게 지급하는 대신 쟁점교환사채의 만기에 환율변동 등에 따른 추가부담 의무를 넘긴바, 비록 거래형식은 쟁점주식을 양도하고 지급보증한 것이지만 청구법인이 실질적인 상환의무를 부담하는 것을 전제로 양도대가 및 지급보증수수료 명목으로 수령한 금액 전액을 사용한 것이어서 OOO의 2차 교환사채 상환시(2011년 8월) 청구법인이 보전한 쟁점변제금액은 청구법인의 사업관련 비용으로 보아야 한다. (1)-2 쟁점사채거래에 있어 차입주체를 OOO로 보더라도 청구법인에게 민사상 구상권이 존재하지 않으므로, 쟁점변제금액은 손금불산입되는 보증채무 대위변제로 인한 대손금에 해당하지 않는다. (가) 청구법인은 상환의무 이행에 대한 대가로 OOO로부터 거액의 지급보증수수료를 받았고, 이로 인해 OOO는 쟁점교환사채 만기 추가부담 의무를 청구법인에게 넘겼는바, 지급보증수수료와 추가부담 의무는 대가관계에 있으므로 청구법인은 쟁점변제금액에 대해 별도로 구상권을 행사할 수 없다. 2003년 및 2008년 상환계약서 제3조의 보증료 규정에는 ‘보증인이 채권약정서와 보증채권에 따른 보증의무에 동의하고 비용계약서를 집행하는 것에 대한 대가’로 보증수수료를 지급한다고 하여 보증수수료가 보증 및 보증이행에 대한 대가임을 명확히 규정하고 있으며, 보증료 지불지시 내용OOO에도 ‘회사가 상환계약서의 특정 보증 의무를 맡는 것과 관련하여 OOO가 회사에 지급하기로 한 보증료’로 기재되어 있어 대가관계임을 명시하고 있다. (나) 이에 대해 처분청은 계약상 구상채권이 인정된다고 하면서 상환계약서상 보증채무에 대해서는 초과자산을 사용하여 상환할 의무가 있으므로 구상권이 존재한다는 의견이나, 상환계약서 제5조 (e)항은 ‘이 계약상 발행인의 모든 채무의 총액(클레임)은 항상 클레임 금액과 교환재산 등을 현금화한 순수익금 중 적은 금액으로 제한된다’고 하여 청구금액, 교환재산 및 기타담보물의 실현으로 얻은 순수익금 중 적은 것으로 한정하여 OOO의 상환의무에 한정을 두고 있었고 채권자들도 이를 인식하였는바, 계약 체결 당사자들 간에 쟁점주식 가치 상당액을 초과하는 부분은 청구법인이 직접 상환하기로 합의한 이상, 청구법인은 OOO에 대하여 실제 상환금액과 무관하게 구상권을 행사할 수 없다. (다) 처분청은 OOO가 청구법인에게 초과자산을 이용하여 상환하여야 하므로 구상권이 인정된다는 의견이나, 초과자산은 OOO의 총자산에서 수시로 발행된 보증채권(교환사채)과 관련된 교환재산(OOO)과 담보물을 뺀 것을 말하는바[상환계약서 제1조 (d)], OOO는 교환재산 이외의 재산이 없으므로 초과자산이 발생할 수가 없고, 초과자산이 나올 수 있는 경우는 주가가 상승하여 교환재산인 OOO의 가치가 사채상환금액 보다 높음에도 채권자들이 교환권을 행사하지 않는 경우인데 이러한 경우는 발생할 수 없는바, 구상권 행사 자체가 원천적으로 불가능하므로 계약상 구상권은 인정될 수 없다. (1)-3 쟁점변제금액OOO 중 최소한 청구법인이 보증수수료로 선수령한 OOO은 손금부인 대상에서 차감되어야 한다. (가) 청구법인이 2011년 8월에 2차 교환사채의 OOO% 상당액을 변제할 때 손금추인한 금액 중 쟁점수수료금액은 쟁점교환사채 상환시 발생할 지 모르는 손실을 보전하는 대가로 선수령한 금액으로 쟁점교환사채의 만기일에 그 권리의무가 확정되는바, 이를 수령한 시점에는 유보로 소득처분하여 사후관리하다가 쟁점교환사채 만기일에 손금산입되어야 한다. (나) 구상권은 출재한 금액에 한하고, 수탁보증인(주채무자의 부탁으로 보증인이 된 자)의 구상권은 자신의 출재로 주채무를 소멸하게 한 때 발생하는바(민법제441조 제1항), 청구법인은 OOO가 쟁점교환사채를 상환할 때 손실이 발생한다면 OOO를 대신하여 이를 보전해 주는 보증대가로 쟁점수수료금액을 지급받은 것이 분명한 이상, 청구법인의 출재로 채무를 소멸시킨 것이 아니며 보증대가로 선수령한 금액에 대하여는 구상권을 행사할 수 없다. 쟁점교환사채를 쟁점주식 가치의 OOO배로 할증발행하였다는 것은 향후 쟁점주식 가치보다 많은 금액을 상환할 것을 전제로 한 것이다. 이와 관련하여 처분청은 청구법인이 쟁점교환사채 발행 당시 OOO로부터 보증손실을 예상하고 손실보전 명목으로 보증수수료를 수취한 것이 아니라는 의견이나, 청구법인이 손실보전 의무를 부담하지 않는다면 OOO가 거액의 보증수수료를 지급할 이유가 없다. 처분청은 쟁점수수료금액을 차감한 금액을 청구법인의 구상권으로 한다는 내용이 계약서 등에 없다는 의견이나, 청구법인은 계약서상 당초 쟁점주식의 가치를 초과하는 부분에 대하여 부담하기로 하였으므로 청구법인의 구상권은 인정될 수 없고, 설령 구상권이 존재한다 하더라도 청구법인이 출재한 금액이 아닌 보증대가에 대해서는 법리상 구상권을 행사할 수 없다. 민법제443조는 수탁보증인이 사전구상권을 행사하여 주채무자가 보증인에게 배상하는 경우 주채무자는 자기를 면책하게 하거나 자기에게 담보를 제공할 것을 보증인에게 청구할 수 있다고 규정하고 있는데, 여기서 주채무자를 면책하게 하는 것은 ‘보증인으로 하여금 곧 변제하게 하고 또는 채무를 인수하게 함으로써 주채무자가 채무를 면하는 것’을 말하는바, OOO는 쟁점주식의 담보가치 내에서의 제한적인 채무만을 부담하고 나머지는 보증인인 청구법인이 부담하기로 하여 채무를 인수한 것으로 볼 수 있다. 따라서 OOO는 쟁점수수료금액에 대하여 사전구상을 받고 주채무자로서의 채무를 면하였으므로 쟁점수수료금액에 대해서는 구상권을 행사할 수 없어 손금부인 대상에서 제외되어야 한다. (1)-4 쟁점변제금액은 OOO에게 분여된 사실이 없으므로 OOO를 귀속자(기타소득)로 하여 소득금액변동통지한 처분은 위법하다. (가) 쟁점변제금액은 청구법인의 손금(차입부대비용)이므로 손금부인을 전제로 한 소득처분 대상금액은 존재하지 않는다. 설령 쟁점변제금액이 손금부인 대상이라 하더라도 사외로 유출된 것이 아니라고 보아야 할 특별한 사정이 있는 경우 기타소득으로 소득처분할 수 없는바(대법원 1988.3.22. 선고 86누587 판결), OOO는 쟁점교환사채 발행금액 중 쟁점주식의 가치 상당액을 한도로 채무 상환의무를 부담하고, 나머지 금액은 청구법인이 쟁점교환사채의 채권자들에게 직접 채무상환의무를 부담하기로 약정하였는바, 쟁점변제금액은 청구법인이 지급보증의무를 부담하여야 하는 해외투자자②에게 직접 지급된 것이지 도관에 불과한 OOO에 귀속된 것이 아니다. (나) OOO는 이미 청산하여 소멸하였으므로 OOO를 귀속자(기타소득)로 하여 소득금액변동통지한 처분은 위법하다. 청구법인(재무그룹 과장 OOO)은 2013.9.17. OOO주식 잔여분(약 OOO%)을 OOO에서 청구법인으로 이전할 것을 OOOOOO 및 OOO(OOO)에게 지시하였고, 2013년 9월 OOO에 해당 주식에 대한 증권취득신고서를 제출하였으며, 2013.11.8. OOO(OOO)에게 OOO 청산을 지시하였고, OOO는 2014.2.24. 주주총회를 통해 청산을 결의한 후 2014.3.27. 청산신고서를 제출하였으며, 2014.6.27. 법적으로 청산이 완료되었고, 이 건 소득금액변동통지 처분일은 2014년 12월인바, OOO는 처분일 전에 이미 청산이 완료되어 원천납세의무자가 존재하지 않으므로 청구법인의 원천징수의무가 인정될 수 없다. (다) 설령 쟁점변제금액이 OOO에게 귀속된 것으로 본다 하더라도, 청구법인이 OOO로부터 선수령한 보증수수료 수입인 쟁점수수료금액은 귀속자인 OOO가 먼저 부담한 금액이므로 소득처분 대상금액에서 차감함이 타당하다.

(2) 쟁점지급보증에 대한 이 건 처분은 근거과세의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되고, 법적․경제적 합리성을 결여한 국세청모형을 적용하여 정상지급보증수수료율을 산정하는 것은 부당하다. (가) 처분청은 청구법인이 제출한 소명자료에 대한 충분한 검토 및 정상지급보증수수료의 산정근거 등에 대한 충분한 설명 없이 일방적으로 과세하였으므로 근거과세의 원칙에 위배된다. (나) 국세청모형은 전 세계 어느 나라에도 구체적인 입법례가 없는 새로운 방법으로 2013.2.15. 국조법 개정을 통해 정상지급보증수수료율 산정방식을 제정하면서 과거(2009～2012년) 쟁점지급보증에 소급적용하였으므로 소급과세금지의 원칙에 위배된다. (다) 지급보증수수료의 정상가격을 산정하기 위해서는 국조법 제5조에 따라 선순위의 정상가격 산출방법에 대한 검토를 통해 가장 합리적인 방법을 적용하고, 같은 법 시행령 제5조 및 제6조에 따른 비교가능성 검토를 하여야 하나, 처분청은 선순위 정상가격 산출방법에 대한 검토 없이 쟁점지급보증 당시 관련 법령에서 규정하고 있지 아니한 국세청모형에 따라 단순 추정된 신용등급별 가산금리 차이 전체를 청구법인이 수령하여야 하는 지급보증수수료로 간주하였을 뿐만 아니라, 국세청모형은 보증인과 피보증인 간에 존재하는 내재적인 보증 등 비재무적인 요소를 반영하지 않았고, 금융기관의 가산금리 산정방식을 제조업 법인에 적용함에 따라 비교가능성이 현저히 낮아 국조법상 정상가격원칙에 위배된다. 또한, 청구법인은 2013.2.15. 개정된 국조법상 보증용역 거래에 대한 기타의 합리적인 정상가격 산출방법에 따라 편익접근법 및 위험접근법에 따라 정상지급보증수수료율을 분석하고 문서화(검토보고서)하였는바, 분석결과 산출된 정상지급보증수수료율은 청구법인이 실제 적용한 지급보증수수료율과 유의한 차이가 없는 반면, 처분청이 적용한 지급보증수수료율과는 큰 차이를 보이므로 국세청모형에 따른 이 건 처분은 법적․경제적 합리성을 결여하여 위법․부당하다.

(3) 청구법인이 OOO 및 OOO에게 위탁한 연구용역은 청구법인의 철강금속 사업에 직접 적용가능한 실용화 기술에 관한 연구 및 핵심기술인 반면, 일반대학 및 일반연구기관에 위탁한 연구용역은 학술·이론적 기초 연구가 주를 이루는 것인바, 위탁한 연구용역에 본질적인 차이가 있고, 그 연구용역의 결과를 통하여 청구법인이 얻게 되는 기술적 성과 및 유․무형의 이익에 큰 차이가 있는바, 이러한 연구과제의 특성 차이를 합리적으로 고려하여 각각 다른 지급기준을 적용하여 간접비를 지급한 것에 부당성이 없다. (가) 핵심기술 중심의 연구를 수행한 OOO 및 OOO의 경우 그 성격에 맞게 지식경제부가 고시한 ‘엔지니어링사업대가 기준’을, 학술·이론적 기초 연구를 수행한 일반대학 및 일반연구기관의 경우 과학기술정보통신부가 고시한 ‘국가연구개발사업 간접비 계상기준’을 각 참조하여 ‘위탁연구비 산정기준’을 마련하여 운영하고 있고, 이 간접비 계상기준은 1990년대부터 일관되게 적용되었다. (나) OOO 및 OOO이 수행한 연구용역과 일반대학 및 일반연구기관이 수행한 연구용역은 연구수행 규모에 있어 상당한 차이가 있는바, 연구수행의 규모를 나타내는 직접비 지급 규모에서 OOO의 경우 일반대학의 약 OOO배, OOO의 경우 일반연구기관의 약 OOO배이다. 청구법인은 긴밀한 산학연 협력으로 OOO 및 OOO의 연구활동을 지원하였고, 이를 통하여 국내 철강산업이 세계최고 수준의 경쟁력을 확보한바, 쟁점연구용역은 국내 철강전문인력을 육성하는 한편, 철강 관련 신기술 연구개발을 통하여 국내 철강산업이 세계적인 경쟁력을 확보하는 데 기여한 국내 산학연 협력의 대표적 모범사례로서 일반 위탁연구용역과는 차별화될 필요가 있다. (다) 처분청은 과학기술정보통신부의 간접비 고시 중 실제 발생한 간접비 원가를 의미하는 ‘실사비율’이 아니라 실사비율 중에서 정부가 재정적인 이유로 최종 지급하는 간접비 지급률을 의미하는 ‘인정비율’을 OOO 및 OOO의 간접비 시가로 적용하여 이 건 처분을 하였으나, 설령 OOO 및 OOO에 지급한 간접비가 부당행위계산 부인 대상에 해당하더라도 과학기술정보통신부에서는 2009년부터 2012년까지 OOO 및 OOO의 평균 간접비 원가를 각각 OOO로 산정하고 있는바, 최소한 OOO 및 OOO이 실제 연구지원 과정에서 지출한 원가를 의미하는 ‘실사비율’을 기준으로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여야 한다.

(4) 명예회장에게 지급한 쟁점공로금은 손금부인 대상이 아니다. (가) 명예회장은 1968년 초대사장으로 취임하여 재직기간에 청구법인을 세계 6위의 철강사로 성장시키고, 2001년 6월 명예회장으로 복귀한 후에도 청구법인의 비상근(2001년 6월～2009년 10월) 또는 상근(2009년 11월～2011년 12월) 고문으로 직무를 수행하면서 청구법인의 발전에 기여한바, 재직 중 특별한 공로에 대하여 공로금을 지급하도록 하는 이사퇴직금규정 제5조에 따라 적어도 한 번의 보상이 필요하였고, 국내외 기업들의 퇴직금․공로금 지급사례를 보더라도 쟁점공로금은 지급규모가 과다하다고 할 수 없다. (나) 법인세법은 임원 등에 대한 자의적 상여금 지급으로 법인의 소득이 부당히 감소되는 것을 방지하기 위하여 정관 또는 주주총회 결의 등에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액에 한하여 손금산입을 허용하는바, 쟁점공로금은 청구법인의 정관 및 이사퇴직금규정에 근거하여 주주총회 결의로 적법하게 지급되었다. 더욱이 인적 구성의 폐쇄성으로 인하여 회사의 진정한 의사가 왜곡될 가능성이 있는 비상장회사와 달리 청구법인과 같은 상장회사의 주주총회 결의는 특정인에 의하여 왜곡되어 법인의 소득이 부당하게 감소될 가능성이 희박하다.

(5) 쟁점도급계약의 변경에 따라 증액된 공사대금OOO 중 일부인 쟁점공사비(물량변경으로 인한 OOO원, 소재비 증가로 인한 OOO원, 공기연장으로 인한 OOO원의 합계 OOO원)는 특수관계인에게 분여한 부당한 이익에 해당하지 않는다. (가) 처분청은 쟁점도급계약의 경우 설계시공일괄입찰 방식의 계약이어서 원칙적으로 계약금액 증액이 불가능하다는 의견이나, 판례(서울중앙지방법원 2009.8.27. 선고 2006가합1188 판결 등)는 설계시공일괄입찰 방식의 도급계약이라도 수급인의 책임 없는 사유로 발생한 공사내용의 변경 등으로 인하여 이루어진 설계변경사유 등의 경우 공사대금의 증액이 가능하다고 판시하고 있고, 쟁점도급계약 일반조건 제15조 제1항에서 ‘OOO과 청구법인이 합의한 사양, 시방서에 명기된 제작사양 및 시공지침 이외의 사항을 청구법인이 추가․삭제하여 설계도면 또는 기능상 변동을 초래하는 경우에는 계약금액을 조정할 수 있는 것’으로 정하고 있는바, 쟁점공사비는 청구법인의 요청 또는 불가피한 사유로 인한 것이므로 계약금액 증액은 정당하다. (나) 물량변경으로 인한 공사대금 증액(손금부인액 OOO원) 관련 처분청은 다른 물량변경과 달리 2011년 1월에 이루어진 물량변경 계약 OOO원에 대하여만 OOO의 환차손․일반관리비 증가를 물량변경의 형태로 비정상적으로 대체한 것으로 오인하였으나, OOO은 2010년 3월 청구법인에게 환차손․일반관리비 OOO원을 포함하여 공사비 증액을 요청하였다가 환차손․일반관리비는 계약상 근거가 없다는 회신에 따라 2010년 12월 다시 공사비 증액을 요청하면서 환차손․일반관리비는 철회하는 대신 당초 증액요청 이후 청구법인의 설계변경 요구로 증가된 물량 부분을 반영한 사실이 물량증가내역서, 구매주문서 등에서 확인된다. 한편, 처분청은 물량증가내역서와 구매주문서가 주문항목의 단순 나열에 불과하고 구체적 증빙자료도 없어 물량증가 여부가 확인되지 않는다는 의견이나, 구매주문서에는 수량․가격․인도조건․대금지급 등 매매계약의 중요 조건이 특정되어 있음은 물론, 양 당사자의 전자서명이 포함되어 있어 그 자체로 완전한 매매계약서의 역할을 하며, 청구법인은 기존 구매주문서 외에 각 품목별 증가된 물량의 상세 내역, 물량증가 요청 관련 이메일․회의록․설계도면 등을 포함하는 물량증가 상세내역 파일(10권)을 제출한바, 실제 물량증가가 있었음을 알 수 있다. (다)소재비 증가로 인한 공사대금 증액(손금부인액 OOO원) 관련 쟁점도급계약 체결 후 금융위기로 인한 원․달러 환율 급등으로 건설원자재 가격이 급등함에 따라 OOO 등이 공사 진행에 어려움을 겪게 되자, 상생경영 차원에서 ‘민간건설공사 표준도급계약 일반조건’ 제20조 및 ‘OOO공사 특별약관’ 제18조 등에 근거하여 소재비 상승분 중 일부(약 OOO%)를 증액하는 것으로 계약을 변경한 것이다. 처분청은 청구법인에게 지급의무 없는 소재비를 보전한 것이 부당하다는 의견이나, 청구법인은 특수관계 없는 다른 공급사들에도 OOO과 동일 수준으로 소재비를 증액하였으므로 부당성이 없다. (라)공기연장으로 인한 공사대금 증액(손금부인액 OOO원) 관련 청구법인은 글로벌 금융위기에 따른 경영악화 등으로 2009년 3월 비상경영대책 임원회의를 열어 사업전반의 투자시기를 재조정하면서 OOO 건설사업의 투자시기를 연기하였고, 공사연기로 인하여 OOO이 추가 부담할 총 OOO원의 설비보관비․노무비 등 경비는 ‘민간건설공사 표준도급계약 일반조건’ 제16조에 근거하여 공사대금으로 증액하였다. 처분청은 쟁점도급계약이 설비시공일괄계약으로 공사기간 연장에 대한 책임이 OOO에게 있다는 의견이나, 건설공사계약에서 시공자가 기간 내에 목적물을 완성하지 못한 경우 시공자는 지체상금을 부담하고, 반대로 발주자의 귀책사유이거나 불가항력 등 시공자의 책임 없는 사유로 공사기간이 연장되는 경우 발주자는 시공자에게 적절하게 공기를 연장하고 그 연장비용을 지급해 주어야 하며(서울중앙지방법원 2009.8.27. 선고 2006가합1188 판결, 같은 취지임), 건설산업기본법 제22조 제5항 제2호 등에서 계약 기간의 변경에 따른 부담을 일방에게 전가시키는 불공정 계약을 무효로 보고 있어, 이 건의 경우 청구법인의 내부사정으로 준공일정이 연기된 이상, 설령 계약변경이 없었더라도 청구법인은 당연히 민사상 채무불이행으로 인한 손해배상책임을 부담했을 것이다.

  • 나. 처분청 의견 (1)쟁점교환사채 관련 (1)-1 쟁점사채거래는 ‘쟁점주식의 양도 및 지급보증 거래’이고, 차입 주체는 OOO이다. (가) 쟁점주식 매매계약서에 따라 2003.8.20. 청구법인이 OOO에게 쟁점주식을 양도하고 양도대금을 지급받음으로써 거래는 종료되었고, 이후 청구법인은 쟁점교환사채 발행 관련 지급보증약정을 한 보증인으로서 약정에 따라 보증채무를 이행(대위변제)하였다. (나) OOO는 주주명부, 임원명부 및 정관 등에서 확인되는 것과 같이 법적 실체가 있는 주식회사이다. 청구법인은 쟁점교환사채 발행 당시 증권거래법에 따라 자신을 발행주체로 하여 금융위원회(금융감독원)에 신고한 사실로 보더라도 쟁점교환사채의 실질적인 발행주체가 청구법인임을 알 수 있다고 주장하나, 청구법인이 제출한 서류에서 오히려 쟁점교환사채의 발행주체가 OOO이고, 청구법인은 보증기관에 해당함을 알 수 있다. 청구법인은 ‘매입계약서(Purchase Agreement, 2008.8.7.자)’에 계약주체가 청구법인과 OOO로 되어 있고, ‘투자설명서(offering circular)’의 내용 대부분이 청구법인에 관한 것이므로 청구법인이 2차 교환사채의 발행자라고 주장하나, 매입계약서 및 투자설명서에는 2차 교환사채의 발행자가 청구법인이라고 기재되어 있지 않고, 청구법인이 보증을 제공한다는 사실을 부인하는 내용도 없으며, 오히려 교환사채의 발행인이 OOO라는 것이 관련 서류에서 공통으로 확인된다. 청구법인은 해외투자자들이 청구법인을 교환사채의 발행자로 보고 청구법인에 자금을 대여한다는 인식하에 투자한 것이므로 쟁점교환사채의 차입주체를 청구법인으로 볼 수 있다고 주장하나, 해외투자자들은 쟁점주식에 의한 담보와 청구법인의 지급보증을 보고 쟁점교환사채에 투자한 것이지, 청구법인을 실질적인 차입자로 인식하였기 때문에 투자한 것이 아니며, 1․2차 교환사채의 발행 및 상환과 관련된 다수의 계약서 및 약정서 어디에도 청구법인이 교환사채의 발행자라는 내용이 없다. 청구법인은 OOO가 서류상의 회사로서 사채발행으로 인한 모든 손익이 청구법인에게 귀속되므로 실질과세의 원칙상 OOO는 쟁점교환사채의 발행자가 될 수 없다고 주장하나, OOO의 2003.8.12.자 ‘이사회 회의록’에 따르면, OOO의 이사 4인 전원이 직접 또는 대리인을 통하여 이사회에 참석하여 1차 교환사채 발행과 관련하여 만장일치로 관련 안건을 처리하였음이 확인되고, 위 회의록 15.1조항에서 “회사(OOO)가 본 문서를 승인하고 입력하는 것이 회사의 상업적 이익에 최선이다”라고 기재되어 있는 점으로 보아 사채발행으로 인한 모든 손익이 청구법인에게 귀속된다는 주장은 사실이 아니다. OOO 등은 조세회피목적이 아닌 외국인 주식소유 제한을 회피하기 위하여 해외에 적법하게 설립된 별도의 법적 실체이므로 이 건은 실질과세의 원칙이 적용될 사안이 아니며, 청구법인은 쟁점사채거래의 내용을 ‘양도 및 지급보증거래’로 보아 스스로 수정신고 및 경정청구를 통하여 법인세 등 OOO원을 환급받았으므로 법령 뿐만 아니라 실질적으로도 쟁점주식을 OOO에게 양도한 것으로 보아야 한다. (다) 대법원은 조세법의 적용에 있어서도 자회사에 의하여 이루어진 사채발행행위의 사법상의 효과를 무시하고 모회사를 사채의 실질적 채무자로 볼 수는 없다’고 판시(대법원 2000.9.29. 선고 97누18462 판결)하고 있는 반면, 청구법인이 제시한 판례(대법원 2009.3.12. 선고 2006두7904 판결)는 이 건과 사실관계가 달라 인용할 수 없다. (1)-2 쟁점변제금액(보증손실)은 법인세법제19조의2에서 규정하는 손금부인 대상 보증채무 대위변제손실에 해당한다. (가) 청구법인은 OOO가 발행한 사채대금 전액을 수령한 것이 아니라 OOO로부터 쟁점주식 양도대금 및 보증수수료를 수령한 것으로, OOO와 청구법인 간 상환계약서에는 ‘지급보증수수료’를 청구법인이 보증채무를 보증하기로 합의하고 경비계약을 체결한 대가로 규정하고 있을 뿐 ‘상환의무위험을 전액 인수하였다’는 사전합의약정은 존재하지 않으며, 오히려 ‘모든 보증지급은 보증인이 그것을 지급한 날부터 보증인에 대한 발행인의 채무로 간주되고, 청구법인이 OOO를 대신하여 정산하며 (교환사채)모집에 관계된 특정비용에 대하여 OOO에게 배상을 청구할 수 있다’는 상환계약서 약정에 따르면 청구법인의 보증지급시 OOO의 상환의무는 별개로 성립됨을 알 수 있으며, 청구법인의 비용정산시 OOO에게 배상을 구할 수 있는바, 청구법인이 보증수수료로 수령한 금원은 손실보전 명목으로 볼 수 없으므로 쟁점변제금액은 보증수수료의 대응비용이 될 수 없다. 청구법인이 보유자산(쟁점주식)을 양도한 이유는 쟁점주식의 투자수익율 제고를 위한 것이고 그 자금의 사용처도 자사주 매입재원 및 사무라이본드 상환자금에 활용하기 위한 것이어서 청구법인의 사업과 직접적인 관련성이 있다고 보기 어렵다. 즉, 청구법인이 채무보증을 영위하는 회사가 아닌 이상 채무보증이 청구법인의 영업에 있어 필요 불가결한 요소라고 보기 어렵고, 청구법인과 같은 철강제조회사의 영업에서 지급채무에 대한 채무보증이 사업목적상 반드시 필요하다고 볼 수 없다. (나) 청구법인의 OOO에 대한 민사상 구상채권이 인정되고, 쟁점변제금액은 법인세법제19조의2에 따라 손금불산입되는 대손금에 해당한다. 청구법인은 쟁점교환사채의 실질적인 주채무자가 청구법인이어서 OOO에 대한 민사상 구상채권이 인정될 수 없으므로 쟁점변제금액에 법인세법제19조의2의 대손금 손금불산입규정이 적용될 수 없다고 주장하나, 쟁점사채거래가 ‘쟁점주식의 양도 및 지급보증 거래’이고, OOO는 법적 실체가 있는 합법적 회사이며, 청구법인이 쟁점교환사채의 실질적인 주채무자라 할 수 없으므로 청구주장은 그 전제부터 잘못되었다. 청구법인은 OOO에 교환사채 발행에 대한 지급보증과 관련하여 무조건적인 채무보증 계약사실을 신고하면서 쟁점주식을 양도한 사실 및 OOO의 교환사채 발행시 지급보증을 제공하였다고 신고하였고, 청구법인과 OOO 및 관련인 간에 체결된 채권약정서, 상환계약서 등 각종 계약내용에 따르면, OOO가 교환사채를 발행하고 청구법인이 교환사채를 지급보증한 사실이 확인된다. 세무조사 과정에서 청구법인의 OOO 소속 OOO은 ‘교환사채의 구조상 청구법인이 보증자이기 때문에 보증액 수익을 받아야 하고, 구조에 따라 상환금액으로 바로 지불되었다’고 답변하였다. 청구법인은 ‘청구법인이 쟁점교환사채 발행가액 전액을 사용하였고, OOO가 원금총액의 OOO 상당액(할증발행액 전액)을 보증수수료로 청구법인에게 지급하였으므로 일반적인 채무보증(지급보증)과는 다르다’고 주장하나, 이는 계약상의 문제일 뿐 그 수수료율이 높다고 하여 보증수수료가 아니라고 할 수 없고 채무보증이 아니라고 부인할 충분한 사유가 되지 못한다. 청구법인은 사채의 발행대금 전액을 수령하는 조건으로 OOO가 향후 2차 교환사채 상환자금이 부족할 경우 주식의 가치를 초과하는 부분을 보전하여 주기로 합의한 것이므로 당초 구상권은 존재하지 않는다고 주장하나, 청구법인은 OOO가 발행한 사채대금 전액을 수령한 것이 아니라 OOO로부터 쟁점주식 양도대금 및 보증수수료를 수령하였을 뿐이고, 보증수수료 수령과 구상채권의 발생은 별개라는 점에서 당초 구상권이 존재하지 않는다는 주장은 이유 없다. 아울러, 청구법인이 2011.8.18. OOO(현 OOO)에서 OOO원을 OOO(OOO)로 송금하였는바 그 송금사유는 ‘교환사채 원리금 지급보증 대지급금(사유코드 695)’으로 기재되어 있는 점으로 볼 때, 구상채권이 명백히 존재함을 알 수 있다. 청구법인은 OOO와 체결한 상환계약서에 일반적인 보증계약에는 포함되는 구상권 행사에 관한 규정이 없다고 주장하나, 청구주장과 달리 2008.8.19. 체결된 ‘상환계약서’ 제2조에서 구상권 행사에 대하여 분명하게 규정하고 있다. 청구법인은 채권약정서, 상환계약서, 투자설명서에서 OOO의 상환의무를 ① 청구금액과 ② 교환재산 및 기타담보물의 실현으로 얻은 순수익금 중 적은 것으로 한정하여, OOO는 교환사채 발행금액 중 쟁점주식의 가치 상당액을 한도로 하여 채무상환의무를 부담하고, 나머지 금액은 청구법인이 교환사채 채권자들에게 직접 채무상환의무를 부담하기로 약정되어 있어 구상채권이 존재하지 않는다고 주장하나, 청구법인이 언급하는 ‘이 계약상 발행인의 모든 채무의 총액(클레임)은 항상 클레임 금액과 교환재산 등을 현금화한 순수익금 중 적은 금액으로 제한된다’는 ‘상환계약서’ 제5조 (e)항은 그 초과부분에 대하여 당초부터 발행인의 채무가 존재하지 않았다는 것이 아니라 OOO 가액을 초과하는 변제부족분 발생시 보증인이 보증채무를 이행할 것이라는 취지의 규정이지, 청구주장과 같이 그 초과부분에 대하여 당초부터 발행인의 채무가 존재하지 않는다는 의미는 아니다. 또한, ‘채권약정서’ 제101절(정의)에서 ‘보증(Guarantee)이란 본 약정서와 약정서 제13조에서 정한 채권에 의거한 발행인의 의무를 청구법인이 보증하는 것을 의미한다’고 규정하고, 제3조 제301절(소유권 및 조건)에서 ‘채권은 지급이라는 면에서 발행인의 무조건적이고 직접적인 지급채무로 구성된다’고 규정하고 있는 것과 같이 쟁점교환사채의 발행인인 OOO가 주채무자인 것이 명백하게 확인된다. (1)-3 청구법인이 1․2차 교환사채의 지급보증수수료로 수수한 합계 OOO원(쟁점수수료금액)은 쟁점변제금액에서 제외될 수 없다. 청구법인은 ‘쟁점수수료금액은 보증채무 이행의 대가로 선수령한 금액으로 민사상 구상채권이 존재하지 아니하므로 대위변제 손실금액에서 제외되어야 한다’고 주장하나, 1․2차 교환사채 발행시점에서는 향후 교환사채 상환시점의 쟁점주식 가액이 어떻게 변동될 것인지 알지 못한 상태였고, 사채 상환시점에서 결과적으로 OOO 가액이 사채발행금액 만큼 상승하지 못한 것이므로 사채 발행시점부터 청구법인이 보증손실을 예상하고 손실보전 명목으로 보증수수료를 수취하였다는 청구주장은 설득력이 없고, 청구법인이 선수령한 보증수수료가 향후 보증손실시 정산되는 금원이라거나 사채 상환시 청구법인이 보증채무 이행으로서 대위변제하는 금액에서 쟁점수수료금액을 차감한 금액을 청구법인의 구상권으로 한다는 계약 내용은 없다. 오히려 2차 교환사채 발행시 청구법인과 OOO 간에 체결된 2008.8.19.자 ‘상환계약서’ 제2조에서 ‘모든 보증지급은 보증인이 그것을 지급한 날부터 보증인에 대한 발행인의 채무로 간주되고 OOO를 대신하여 정산한다’고 하고 있으며, 비용계약서의 ‘(교환사채) 모집에 관계된 특정비용에 대하여 OOO에게 배상을 청구한다’고 하여 보증수수료 수령과는 별개로 청구법인의 보증지급(대위변제)시 이에 대한 OOO의 상환의무가 성립되는 것이고 청구법인의 비용정산시에도 OOO에게 배상을 구하는 것이므로, 결국 보증수수료로 수령한 쟁점변제금액은 손실보전 명목으로 수령한 것으로 볼 수 없다. 청구법인이 보증수수료를 수취한 시점에서 유보로 소득처분한 것은 위에서 본 바와 같이 ‘회계상 차입거래’로 처리하고 있어 사채상환시 회계와 세무처리를 일치시키기 위한 이유에서 비롯된 것일 뿐, 사채상환시의 대위변제손실 발생시 보증수수료 수취분을 차감하려는 의사를 가지고 유보처분 하였다고 할 수도 없다. 쟁점수수료금액을 포함한 쟁점변제금액을 손금불산입하는 것은 채무보증으로 인한 구상채권의 대손금에 해당하기 때문이고 법인세법제19조의2는 채무보증 자체를 제한하려는 입법취지가 있는 것인바, 구상채권 대손금 계산시 쟁점수수료금액을 차감하여 계산하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다. 청구법인은 ‘쟁점수수료금액은 청구법인의 출재로 인한 것이 아니므로 그 금액 범위내에서는 OOO에게 구상권을 행사할 수 없다’고 주장하나, OOO가 2차 교환사채의 OOO를 조기상환할 당시 청구법인은 실제로 OOO원을 출재하여 대위변제하였는바, 결국 쟁점수수료금액은 보증인인 청구법인의 출재로 인한 것으로 대위변제손실금액이라 할 것이므로 청구주장은 타당하지 않다. 청구법인은 ‘쟁점수수료금액은 실질적으로 민법상 사전구상을 받은 것과 같아 청구법인이 OOO에 대한 구상권을 행사할 수 없으므로 과세대상에서 제외되어야 한다’고 주장하나, 청구법인과 OOO 간 체결한 계약서 등에 사전구상권이라는 규정은 없고 보증수수료라고 규정되어 있을 뿐이다. 쟁점수수료금액의 경우 수탁보증인의 사전구상권의 법적 요건에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 청구법인도 인정하듯 OOO에게 사전구상권을 행사한 사실이 없고, 반대로 OOO가 자기를 면책하게 하거나 자기에게 담보를 제공할 것을 청구법인에게 청구한 적도 없으며, 배상할 금액을 공탁하거나 담보 제공으로 보증인인 청구법인을 면책하게 한 사실도 없는바, 쟁점수수료금액이 민법상 사전구상의 성격을 갖는다는 청구주장은 사실적으로나 법리적으로 타당하지 않다. (1)-4 쟁점변제금액을 OOO에게 ‘기타소득’으로 소득처분한 것은 정당하다. (가) 청구법인은 쟁점변제금액에 대하여 청구법인이 지급보증의무를 부담하여야 하는 해외투자자들에게 지급된 것이어서 동 금액이 귀속되지 않은 OOO에게 소득처분한 것이 잘못이라고 주장하나, 쟁점변제금액은 궁극적으로 OOO에게 귀속되었다 할 것이므로 청구주장은 이유 없다. 보증인이 지급보증으로 인하여 주채무자의 채무를 대위변제하게 되면 그 금액을 바로 사외유출로 보는 것이 아니라, 일단 주채무자에 대한 구상채권으로 계상한 뒤 대손금으로 처리하였을 때 이를 손금불산입하고 그 귀속자에 따라 소득처분을 하게 된다. 그런데, 쟁점변제금액은 2차 교환사채의 주채무자인 OOO에게 귀속되었고, 청구법인이 OOO에 대하여 구상권을 가지고 있음에도 이를 회수하기 위하여 어떠한 노력도 기울이지 않았다. 청구법인은 2차 교환사채 상환자금을 송금하면서 교환사채 투자자들에게 송금한 것이 아니라 부족액 전액을 OOO의 채권지급 대리인 계좌로 송금하였는바, 이러한 현금흐름에 의하더라도 OOO가 주채무자이고 청구법인은 보증채무자라는 것이 확인된다. ‘채권약정서’ 제3조 제301절(소유권 및 조건)에서도 ‘채권은 지급이라는 면에서 발행인의 무조건적이고 직접적인 지급채무로 구성된다’고 기재되어 있어 발행인인 OOO가 주채무자인 점이 명백하게 확인된다(다만, 그 청구에 있어서 순수익금으로 제한하고 있는 것은 그 초과부분에 대하여 당초부터 발행인의 채무가 존재하지 않았다는 것이 아니라 OOO 가액을 초과하는 변제 부족분 발생시 보증인이 변제할 것이라는 의미임). 2차 교환사채 발생시 청구법인과 OOO 간 체결된 2008.8.19.자 ‘상환계약서’ 제2조를 보면, ‘모든 보증지급은 보증인이 그것을 지급한 날부터 보증인에 대한 발행인의 채무로 간주’되고 발행인이 보증인에게 상환해야 할 채무는 ‘발행인과 보증인의 합의에 따라 현금이나 현물로 상환하지만, 그 합의를 못하면 초과자산을 사용하여 OOO OOO로 증명되는 OOO, 현금을 제외한 기타 자산, 현금의 순서로 상환한다’고 규정되어 있다. 즉, 청구법인은 OOO가 발행한 2차 교환사채 원금 등에 대하여 채무보증을 하였고, 모든 보증지급은 청구법인이 그것을 지급한 날부터 청구법인에 대한 OOO의 채무로 간주되므로 청구법인은 OOO에 대하여 구상권을 갖는다고 할 것이다. 청구법인은 대법원 판례(대법원 1988.3.22. 선고 86누587 판결)를 인용하면서 ‘손금부인 대상이라 하더라도 사외로 유출된 것이 아니라고 보아야 할 특별한 사정이 있는 경우에는 해당금액을 기타소득으로 소득처분할 수 없다’고 주장하나, 위 판례의 요지는 ‘매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 보아야 할 특별한 사정이 있다면 이를 대표이사에 대한 상여로 처분하여 근로소득세를 부과할 수는 없다’는 것으로 이 건과는 사실관계가 다르다. (나) 청구법인은 ‘소득금액변동통지 당시 납세의무자인 OOO는 청산으로 소멸하였으므로 소득금액변동통지는 위법하다’고 주장하나, 채무보증(독점규제 및 공정거래에 관한 법률제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등은 제외)으로 인하여 발생한 구상채권은 피보증회사의 청산 여부와 상관없이 손금에 산입할 수 없는 것인바(법인세과-42, 2010.1.12.), 쟁점변제금액(구상채권)은 설령 OOO가 청산되었다고 하더라도 손금불산입하여야 하는 것으로 법인세법제67조에 따라 사외유출된 소득의 귀속자인 OOO에게 소득처분(기타소득)하여야 한다. 소득금액변동통지서를 받은 날 이전에 그 처분소득의 귀속자인 법인이 청산되었다면 원천징수의무자에게 원천징수할 의무가 없는 것이지 소득금액변동통지 자체가 위법한 것은 아니며(법인세과-1999, 2008.8.13.), 소득처분과 관련한 법인세법에는 사외유출된 소득의 귀속자가 청산된 경우에는 소득처분하지 않는다는 명문규정 또한 없다. 이 건의 경우 OOO가 2차 교환사채의 주채무자이고, 청구법인이 2차 교환사채 부족액 전액을 OOO의 채권지급대리인 계좌로 송금한 사실 및 청구법인이 상환계약서(2008.8.19.) 제2조에 따라 OOO에 대하여 구상권을 갖게 되는 점으로 보아 결국 쟁점변제금액은 궁극적으로 OOO에 귀속되었다고 할 것이고, 판례(서울고등법원 2017.11.8. 선고 2017누35044 판결)에서도 소득귀속자가 분명한 경우 소득 귀속자가 사망하더라도 소득세 납세의무가 이미 성립하였으므로 원천징수의무가 소멸하는 것은 아니라고 보고 있는바, 쟁점변제금액을 OOO에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없다. (다) 청구법인이 보증수수료로 받은 OOO원(쟁점수수료금액)은 보증수수료 수취와 보증채무 대위변제를 별개로 보아 쟁점수수료금액을 대위변제금액에서 차감하지 않는 이상, 대위변제로 인한 구상채권 대손금으로 보아 기타소득으로 처분시에도 제외할 이유는 없다.

(2) 국세청모형에 따라 산정된 지급보증수수료와 청구법인이 신고한 지급보증수수료의 차액을 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. (가) 국세청모형은 국조법 제5조 제1항에서 규정한 비교가능제3자가격방법을 기초로 하여 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 하도록 개발된 것인 반면, 청구법인이 사후 작성하여 제출한 이전가격보고서에는 구체적인 정상가격 산출방법의 근거가 없고, 일률적인 요율OOO을 적용하며, 정상가격 범위OOO도 비합리적으로 산출되는 등 신뢰성이 결여되었다 할 것이므로 국세청모형에 따라 과세한 이 건 처분이 근거과세의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. (나) 쟁점지급보증에 대하여 국세청모형에 따라 정상가격을 산출하는 것은 과거 세법 해석이나 관행을 변경한 것이 아니라 종전의 산출방법을 보다 구체화․명확화한 것이고, 처분청은 2007년 이후 ‘모회사의 지급보증으로 인한 자회사의 대출금리 절감분’을 정상가격으로 보아 합리적으로 신고하도록 안내하였으므로, 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. (다) 국세청모형은 비교가능제3자가격방법을 적용하였고 비교가능거래에서 구체적인 정상가격을 산정하는 방법으로 ‘편익접근법’을 사용하였으므로 기타 합리적인 방법을 적용하였음을 전제로 한 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. 또한, 국세청모형은 재무적모형의 한계를 극복하기 위해 다양한 방안으로 차이조정을 실시하였고, 이를 통해 비교가능제3자가격방법으로서 유사한 상황하에서의 정상요율을 산정한 것인바, 차이조정이나 비재무적 요소를 반영하지 아니하였음을 전제로 한 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(3) 청구법인이 특수관계인(OOO 및 OOO)에게 비특수관계인(일반대학 및 일반연구기관)과는 다른 간접비 지급기준을 적용하여 위탁연구비(간접비)를 지급한 행위는 경제적 합리성이 없어 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 OOO 및 OOO과 일반대학 및 일반연구기관이 수행한 연구용역의 질적 특성이 상이하다거나 OOO 및 OOO이 전문성과 인프라면에서 월등하다고 주장하나, 연구과제의 성격이나 주제면에서 실질적으로 차이가 없어 보이며, 국책과제 평가에서와 같이 청구법인의 위탁연구용역을 수행한 일반기관 중에서는 보유장비와 연구수준에서 OOO나 OOO보다 더 높이 평가받아 보다 많은 간접비 비율을 산정받은 기관들도 있다는 점에서 청구주장은 타당하지 않다. (나) 청구법인은 이 건 위탁연구비가 연구용역의 성격에 맞게 지식경제부장관이 고시한 ‘엔지니어링 사업대가 기준’에 따라 합리적으로 책정된 것이라고 주장하나, OOO 및 OOO과 일반대학 및 일반연구기관이 청구법인에게 위탁받아 수행하는 연구과제는 각 기관별로 수행 규모는 다르지만, 그 연구성격은 궁극적으로 청구법인의 철강업무와 관련하여 직ㆍ간접적으로 적용되는 과제물들로서 실질적으로 차이가 없다는 점에서 특수관계인에 대해서만 엔지니어링산업진흥법을 적용하여 엔지니어링 사업대가 기준인 ‘인건비의 OOO%’를 간접비 지급기준으로 설정한 것은 경제적 합리성이 없다. (다) 법인세법상 ‘시가’란 제3자 간에 형성된 객관적인 교환가격을 의미한다는 점에서 정부가 제3자에게 최종 지급하게 되는 간접비 지급률인 ‘인정비율’ 또는 인정비율을 근거로 계산되어진 연구용역비가 정부와 OOO 등 간에 형성된 객관적 교환가격(가치), 즉 ‘시가’라고 할 것이므로 실제 발생한 간접비 원가를 의미하는 ‘실사비율’을 시가로 보기는 어렵다.

(4) 명예회장에게 지급한 쟁점공로금은 손금부인 대상이다. (가) 청구법인은 명예회장이 청구법인을 퇴직(1993년 3월)한 후로 근로제공 사실이 없음에도 명예회장 사망(2011년 12월) 후인 2012.4.2. 쟁점공로금을 지급한바, 이는 업무무관비용으로 보아야 한다. 청구법인의 법률자문 의뢰에 대하여 2009.4.21. OOO가 ‘명예회장이 퇴임 후 2009년 4월경까지 실질적으로 상근역무 제공 및 급여의 지급이 없어 특별공로보상금을 줄 경우 민ㆍ형사상 배임문제와 세무상의 문제가 발생할 수 있고, 명예회장에게 특별공로금을 주기 위해서는 보수를 받는 상임고문으로 전환할 필요가 있다’는 취지의 의견을 회신하자 청구법인이 2009.11.1. 주주총회 등의 결의 없이 임의로 명예회장의 신분을 무보수 비상임고문에서 상임고문으로 조정한 점, 명예회장에 대한 2008년 귀속분 근로소득지급명세서를 2009년 7월경에서야 소급하여 사후신고한 점, 2009년 당시 명예회장은 83세로 고령이고 2001년경 수술을 받아 폐기능이 완전치 못하였던 점, 쟁점공로금의 실제 대상기간은 청구법인 비서실 직원(OOO)의 메모와 같이 명예회장이 근로를 제공한 적이 없는 1993년 3월경부터 2009년 11월경까지인 점, 청구법인이 세무조사 당시 명예회장의 실제 근로 여부 등을 확인할 수 있는 근거자료를 제출하지 못한 점 및 청구법인이 쟁점공로금에 대해서는 불복하면서도 2008년부터 2012년까지 명예회장에게 지급한 인건비 등 손금부인액 OOO원에 대하여는 불복청구를 하지 않고 바로 납부한 점 등으로 보아 명예회장이 퇴직한 이후에는 청구법인에게 실제로 근로를 제공한 적이 없다. 청구법인은 쟁점공로금이 업무와 무관하지 않다고 주장하면서 ‘명예회장 OOO 현장방문일정표’, ‘명예회장 주요 일일일정’, ‘명예회장 언론보도자료’, ‘명예회장 OOO 및 OOO 일정’ 등을 제출하였으나, 이들 자료는 세무조사 당시 제출되지 않은 것으로 사후에 만들어진 것으로 보일 뿐만 아니라, 대부분의 일정표가 관광과 만찬 위주로 되어 있거나 전 OOO 또는 청구법인 OOO 이사장으로서의 일정으로 보이는 등 청구법인의 업무와 관련성이 없는 것으로 보이고, 오히려 명예회장이 1993년 3월경 퇴임한 후 해외 체류(1993년∼1997년 5월), 국회의원 등 정치인으로서의 활동(1997년 6월∼2000년), 폐 수술 및 명예회장 재위촉(2001년), OOO 이사장 재임(2008년 6월∼2011년 12월) 등을 한 것에 비추어 명예회장이 청구법인에게 근로를 제공하였는지에 대한 합리적 의심을 사기에 충분한 정황이 된다. (나)쟁점공로금은 지급의무와 구체적인 지급규정이 없음에도 명예회장이 사망한 후에 그 상속인들에게 지급되었다. 청구법인 비서실 직원 OOO의 수첩에 적힌 메모와 OOO의 2009.4.21.자 의견서에서 확인되는 바와 같이 쟁점공로금은 명예회장이 실제 근로를 제공하지 않은 기간(1993년 3월경부터 2009년 11월경까지)에 대하여 임의지급한 것이어서 지급근거가 없으며, 청구법인의 직원인 OOO가 2012.7.2. 출력한 청구법인의 내부문서에도 청구법인이 이런 문제점을 인식하고 있었음이 확인된다. 청구법인은 ‘쟁점공로금을 정관 제46조, 제47조 및 이사퇴직금규정 제5조에 근거하여 주주총회 결의를 거쳐 명예회장의 상속인들에게 지급한 것’라고 주장하나, 명예회장이 이사퇴직금규정 제5조에서 규정하고 있는 ‘퇴직하는 사내이사’에는 해당된다고 보기 어렵고, 정관에 소위 특별공로금의 지급대상이나 금액 등 구체적 지급기준이 존재하지 않는다는 점에서 청구주장은 이유 없으며, 설령 이사회와 주주총회의 결의를 거쳤다고 하더라도 이는 청구법인이 배임문제를 해결하는 방안이 될 수는 있어도 실제 근로용역의 제공 유무 또는 업무무관경비 여부 등을 판단함에 있어 고려사항으로 보기는 어렵다. (다) 청구법인은 쟁점공로금이 소위 ‘전체 재직기간’의 공로에 대한 보상으로 적어도 한 번의 보상이 필요하였다고 주장하나, ‘전체 재직기간’에는 명예회장이 정치인 등으로 활동한 공백기간 8.3년과 실제 근로를 제공하지 않은 무보수 비상임고문 기간 8.5년 등 합계 16.8년이 포함되어 있고, 1993년 3월경 명예회장의 퇴임 후 20년이 경과한 상황에서 지급의무와 구체적 지급기준도 없이 공로금이란 명목으로 OOO원을 지급하는 행위를 ‘적어도 한 번의 보상이 필요하다’라는 이유만으로는 정당화되기 어렵고, 만일 명예회장이 퇴직 후 실제로 수많은 자문업무를 수행하면서 대내외적으로 핵심역할을 하였다면 청구법인은 그때마다 적법한 기준에 따라 대가를 지급하였을 것이다. 청구법인은 다른 기업의 퇴직금 또는 공로금을 지급한 사례에 비추어 쟁점공로금이 합리적인 수준이라고 주장하나, 쟁점공로금은 청구법인의 이사회퇴직금규정 제5조와 같이 퇴직금과는 명확히 구분되는 개념으로 그 비교대상에서부터 잘못이 있다. 또한, 법인세법상 손금귀속시기는 실지 근로를 제공한 기간인데, 명예회장의 청구법인에 대한 공로는 퇴임 전에 해당되는 것이고 퇴임 이후 쟁점공로금을 지급할 만한 공로는 없는바, 청구주장대로라면 쟁점공로금은 명예회장의 퇴직 당시(1993년)에 지급할 특별공로금을 사후 지급한 것이므로 2012사업연도 손금에 해당될 수 없다.

(5) 쟁점공사비OOO는 특수관계인에게 부당하게 이익을 분여한 행위이므로 손금부인대상이다. (가) 쟁점도급계약은 시공사인 OOO이 자신의 책임으로 설계와 시공을 일괄수행하고 목적물 완성 후 발주자인 청구법인에게 인도하는 설계시공일괄계약(OOO방식, 정액도급계약)으로 원칙적으로 계약금액 조정이 불가능하고, 쟁점도급계약 일반약관 제15조에서 예외적으로 ‘청구법인과 OOO이 합의한 사양, 시방서에 명기된 제작사양 및 시공지침 이외의 사항을 청구법인이 추가하거나 삭제하여 설계도면 또는 기능상 변동을 초래하는 경우’에 계약금액 조정이 가능한 것으로 규정하고 있어, 설계도면 또는 기능상 변동이 없는 단순한 물량변동 등의 경우에는 그 계약금액을 조정할 수 없는바, 청구법인이 OOO에게 쟁점공사비를 추가지급한 것은 특수관계인의 손실보전 등 목적으로 이루어진 비정상적 거래로서 공사대금 조정이 가능한 예외사유에 해당하지 않는다. (나) 물량변경으로 인한 공사대금 증액(손금부인액 OOO원) 관련

1. 쟁점도급계약 이후 원자재 가격 상승 등으로 인하여 예상되는 OOO의 대규모 손실을 보전하고, 청구법인과 OOO 두 법인의 부당행위로 인한 법인세 추징을 회피함과 동시에 OOO의 영업이익 감소로 인한 상장시 주식공모가 하락 방지 등을 위하여 법률 및 세무상 다각적인 검토를 거친 후 계약상 변경이 불가능한 일반관리비 및 환차손 등의 항목을 계약상 증액이 가능한 물량증가분에 포함하여 변칙적으로 공사비를 증액한 것이므로 물량증가분으로 추가 지급한 OOO원은 특수관계인에 대한 부당한 이익 분여에 해당한다.

2. 물량증가와 관련하여 청구법인이 제출한 ‘증액승인한 물량증가내역 명세, 구매주문서 및 물량변동 세부내역’ 등은 주문 항목을 단순 나열한 것에 불과하여 실질적인 설계변경으로 인한 물량증가가 있었는지 아니면 동일 품목의 가격상승에 따른 증액 지급인지 여부를 확인할 수 없으며, 게다가 청구법인은 변경 물량에 대한 세금계산서 발행내역, 변경계약서 등 구체적 증빙을 제출하지 아니한 반면, 오히려 청구법인이 세무조사 당시 제출한 2011년 1월경의 계약 변경 관련 물량증가분이 2009년 1월경의 계약 변경시 증액한 물량증가분과 유사한 점, 청구법인 내 OOO이 2011년 10월경 ‘경영위원회 부의사항으로 결정한 물량증가 금액은 외부용역결과인 OOO원보다 상당히 과다하고 그 지불근거도 미비’하다고 보고한 점 등에 비추어 실질적인 물량 증가가 있었다고 보기 어렵다. (다) 소재비 증가로 인한 공사대금 증액(손금부인액 OOO원) 관련 소재비 항목은 쟁점도급계약에 따라 OOO이 당초 계약금액 범위 내에서 충당해야 할 비용이고, 만일 원자재가격이 하락할 경우 청구법인이 소재비 감액을 요구할 수 없는 것과 마찬가지로 쟁점도급계약상 계약금액 변경이 불가한 항목인바, 청구법인이 소재비 증가분으로 공사대금 OOO원을 추가 지급한 행위는 특수관계인에 대한 부당한 이익 분여에 해당한다. 설령 청구주장과 같이 다른 공급사들과의 계약에서 OOO%를 증액한 사례가 있다 하더라도, 일반 하도급공사에서 OOO%를 증액하여 준 사안이 설계시공일괄계약인 쟁점도급계약과 동일하다고 볼 수 없고, 계약상 근거 없이 소재비 증가분에 대한 공사비를 특수관계인에게 지급함으로써 이익을 분여한 행위가 정당화 될 수 없다. (라) 공기연장으로 인한 공사대금 증액(손금부인액 OOO원) 관련 공사기간 연장은 ‘고도제한에 의한 공사중지’를 사유로 한 OOO의 요청에 의한 것이어서 이에 따른 책임은 청구법인이 아닌 OOO에게 있다 할 것이므로 공사기간 연장에 따른 비용 OOO원을 추가 지급한 행위는 특수관계인에 대한 부당한 이익 분여에 해당한다. 청구법인은 쟁점도급계약 변경이 없었더라도 민사상 채무불이행으로 인한 손해배상책임을 부담하였을 것이므로 계약 변경이 합리적이라고 주장하나, 쟁점도급계약 일반약관 제31조에 따라 OOO과 협의하여 대금지급을 연기할 수 있음에도 합의절차 없이 공사기간을 연장하고 추가 공사비를 지급한 것은 경제적 합리성이 있다고 볼 수 없으며, 설령 다른 공급사들에게도 공급기한 연장에 따른 추가비용을 지급하였다 하더라도 이러한 사실만으로 특수관계인 간 부당행위를 정당화 할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 쟁점교환사채 관련

① -1 쟁점변제금액OOO은 실질상 청구법인의 외화차입비용으로 전액 손금에 해당한다는 청구주장의 당부

① -2 설령 OOO를 쟁점사채거래의 차입 주체로 보더라도 쟁점변제금액은 법인세법상 손금부인 대상인 보증채무 대위변제로 인한 대손금이 아니라는 청구주장의 당부

① -3 쟁점변제금액 중 최소한 청구법인이 보증대가로 선수령한 쟁점수수료금액OOO은 손금부인 대상인 보증채무 대위변제로 인한 대손금이 아니라는 청구주장의 당부

① -4 쟁점변제금액은 OOO에게 분여된 사실이 없으므로 OOO를 귀속자(기타소득)로 하여 소득금액변동통지한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 해외자회사에 대한 지급보증대가로 수취한 수수료가 정상가격에 부합하지 않는 것으로 보아 익금산입하여 과세한 처분의 당부

③ 청구법인이 특수관계인인 OOO와 OOO에 지급한 위탁연구비(간접비)가 과다한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

④ 명예회장의 사후에 지급된 특별공로금을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

⑤ 계약상 근거없이 공사대금을 증액함으로써 특수관계인에게 이익을 부당하게 분여한 것으로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 (가) 쟁점교환사채는 발행인을 OOO로 하고, 보증인을 청구법인으로 하여 해외투자자들을 대상으로 발행된바, 발행인․보증인․투자자 등이 보유한 권리․의무 등 그 발행조건 등은 다음 ＜표＞와 같다. ＜표＞쟁점교환사채의 발행조건 등 (나) 청구법인이 제시한 증빙자료의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 OOO가 형식상 법인에 불과하고 쟁점사채거래로 인한 실질적인 차입 주체는 청구법인으로 쟁점변제금액은 실질상 청구법인의 외화차입에 따른 비용이라는 주장과 관련하여 OOO의 주주명부 및 이사명부, 2008.8.7.자 매입계약서(쟁점교환사채 매입계약서상 계약주체가 청구법인과 OOO 간 양자 규정으로 되어 있다고 주장하는 근거로, 청구법인과 해외투자자들 간에 작성됨) 및 2차 교환사채 관련 2008.8.7.자 투자설명서(청구법인의 OOO 매각대금 사용이 명시되어 있다는 주장의 근거) 등을 제출한바, OOO의 주주명부에는 OOO(청구법인은 이를 현지 법무법인이 회사 설립 대행을 위해 만든 명목상 회사라고 주장함)가 주주로 등재되어 있고, 그 주소지는 OOO으로 기재되어 있으며, 이사명부에는 OOO 등 4인(청구법이은 OOO의 직원들로서 쟁점교환사채 발행을 위해 선임되었을 뿐이라고 주장함)이 이사로 등재되어 있고 그 주소지는 모두 동일한 것으로 나타나고, 2008.8.7.자 매입계약서에는 발행인(OOO)과 회사(청구법인)는 연대하여 각 매수자에게 다음 사항(매입계약 관련)을 진술․보증․약속하는 것으로 되어 있으며, 2차 교환사채 관련 2008.8.7.자 투자설명서에는 발행인인 OOO에 관한 설명은 극히 일부이고, 정보의 대부분은 ‘회사’로 정의되는 청구법인에 관한 내용이며, 1차 교환사채 변제 후 남은 수익은 보증료로 청구법인에게 지급되고, 청구법인은 해당 수익을 ‘일반적인 기업목적’에 사용하는 것으로 기재되어 있다.

2. 청구법인은 상환의무 이행에 대한 대가로 OOO로부터 거액의 지급보증수수료를 받아 OOO가 청구법인에게 추가 부담의무를 넘겼고, 지급보증수수료와 추가 부담의무는 대가관계에 있어 청구법인이 쟁점변제금액에 대하여 별도로 구상권을 행사할 수 없다고 하면서, 지급보증수수료가 보증 및 보증 이행에 대한 거래하는 증빙으로 ‘보증인이 채권약정서와 보증채권에 따른 보증의무에 동의하고 비용계약서를 집행하는 것에 대한 대가로 보증수수료를 지급한다’고 되어 있는 상환계약서 제3조의 규정 등을 제시하는 한편, OOO가 쟁점주식의 가치 한도내에서만 교환사채 상환의무를 부담하며 OOO의 부담액을 초과하는 부분에 대하여는 청구법인이 상환의무를 부담하여 한다는 근거로 다음 ＜표＞와 같이 청구법인(보증인), OOO(발행인) 및 OOO(담보관리인) 간 작성되었다는 채권약정서(2003.8.20.)의 근거 규정 등을 제출하였다. ＜표＞채권약정서상 근거 규정 이와 관련하여 처분청은 ‘채권약정서’ 제3조 301절은 그 초과부분에 대하여 당초부터 발행인(OOO)의 채무가 존재하지 않았다는 것이 아니라 OOO 가액을 초과하는 변제부족분 발생시 보증인(청구법인)이 보증채무를 이행할 것이라는 취지의 규정이라는 의견이다.

3. 청구법인은 쟁점변제금액에 대하여 OOO를 소득귀속자로 한 소득금액변동통지가 2014.12.12. 있기 전에 OOO가 2014.3.27. 이미 청산되어 원천납세의무자가 존재하지 않는다는 주장과 관련하여, 2013.9.17. 청구법인의 재무그룹 과장 OOO이 OOO 잔여분OOO을 OOO에서 청구법인으로 이전할 것을 OOOOOO 및 OOO(OOO)에 지시한 이메일, 청구법인이 동 증권에 대한 취득사실을 2019년 9월 OOO에 신고한 증권취득신고서(취득사유: 구상권 행사), 2013.11.8. 청구법인(OOO)이 OOO(OOO)에 OOO의 청산을 지시한 이메일, OOO가 자발적 청산절차를 개시하기로 한 2014.2.24.자 OOO의 임시주주총회 의사록, “OOO는 2014.6.27. 해산하는 것으로 간주되어 해당 일자로 회사 등기부(Companies Register)에서 삭제될 것임을 증명한다”고 기재되어 있는 OOO의 보조법인 OOO이 2014.3.27. 발급한 증명서 등을 증빙자료로 제출하였다. (다) 처분청이 제시한 증빙자료의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 처분청은 OOO가 법적 실체가 있는 회사임을 입증하기 위한 증빙자료로, OOO의 정관(영업개시, 주식의 발행, 주주명부, 등록된 사무소, 총회, 이사, 회계감사 등에 관한 사항이 규정됨), OOO의 2003.8.12.자 이사회 회의록[OOO의 보통주 발행, 법률고문 임명, 회계연도 결정, OOO와의 이해의 충돌, 자금세탁방지절차의 결의, 2008년 만기의 교환사채 발행, 관리계약(OOO와 OOO 간 계약)의 체결, 비용계약(OOO와 청구법인 간 계약)의 체결, 금융자문계약(OOO와 OOO 간 계약)의 체결 등을 결의], OOO의 주주․임원 명부(OOO는 2003.8.5. OOO가 OOO에 설립한 자본금 OOO의 유한책임 주식회사로 정관을 갖추고 있고, 4명의 이사를 임명한 것으로 나타남) 등을 제출하였다.

2. 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점주식을 OOO에게 양도하였음을 입증하기 위한 증빙자료로, 쟁점주식에 관하여 OOO와 청구법인 간 2003.8.20. 체결된 ‘OOO OOO 매매 및 매수 계약’, 청구법인․OOO․대리인들 및 교환사채 매수자(골드만삭스 등 4곳) 간 2008.8.7. 체결된 매입계약서(청구법인은 OOO와의 2003.8.20.자 OOO 매입계약서에 따라 같은 날 OOO를 OOO에게 양도하였고, 채권약정서 조건에 따라 유가증권과 교환되는 그 OOO는 OOO가 소유한다고 명시되어 있음), OOO이 발급한 외국환(예치)증명서(쟁점주식 양도대금과 보증수수료가 분리되어 예치된 것으로 나타남), 쟁점주식 발행법인인 OOO의 2003년 실질주주명부(청구법인이 보유하던 OOO주가 양도된 것으로 표시되어 있음), 청구법인이 쟁점주식을 OOO에게 양도한 후 해당 사업연도에 주식처분손실 OOO원을 세무상 계상한 청구법인의 회계처리 내역 등을 제출하였다.

3. 처분청은 ‘청구법인과 OOO 간 체결된 상환계약서에는 일반적인 보증계약과는 달리 구상권 행사에 관한 규정이 없다’는 청구법인의 주장에 대하여 ‘청구법인이 OOO로부터 받은 보증수수료는 청구법인이 보증채무를 보증하기로 합의하고 경비계약을 체결한 대가에 불과하여 보증수수료 수령과는 별개로 청구법인이 대위변제시 구상권이 존재한다’고 반박하면서, 청구법인과 OOO 간 작성된 비용계약서·상환계약서 등을 입증자료로 제시한바, 비용계약서에는 “OOO가 청구법인에게 보증비를 지급하고, (청구법인의 보증채무 이행 관련) 상환의무를 갖고, 모집과 관련된 다른 비용을 지급할 것을 동의”하며, “청구법인은 OOO를 대신하여 정산하고 모집에 관계된 특정 비용에 대하여 OOO에게 배상하기를 바란다”고 되어 있고, 상환계약서 제2조 (b)에는 “모든 보증지급은 보증인이 그것을 지급한 날부터 보증인에 대한 발행인의 채무(상환채무)로 간주된다”는 내용 등이 기재되어 있다.

4. 처분청이 쟁점교환사채의 발행인인 OOO가 주채무자이고 청구법인은 보증인에 불과하다고 하면서 제출한 2008.8.19. 청구법인․OOO․OOO(담보관리인) 간 작성된 채권약정서에는, 제101절에서 ‘보증이란 본 약정서와 약정서 제13조에서 정한 채권에 의거한 발행인의 의무를 회사가 보증하는 것을 의미’한다고 되어 있고, 제301절에는 ‘채권은 지급이라는 면에서 발행인의 무조건적이고 직접적인 지급채무로 구성되며, 항상 발행인의 현재 및 향후의 직접적 및 무조건적인 채무에 특별한 우선순위 없이 균등한 채무로 구성되어 있다’고 기재되어 있으며, 2011.8.18. 청구법인이 OOO을 통하여 OOO(OOO)에 OOO원을 송금한 지급신청서에는 그 송금사유가 ‘교환사채 원리금 지급보증 대지급금’으로 기재되어 있다.

5. 처분청이 제출한 ‘OOO 교환사채 관련 세무처리 경과 및 세무처리방안’(청구법인이 2008년 작성) 등에 의하면, 청구법인은 기획재정부가 ‘양도거래’로 유권해석할 예정인 사실을 사전에 파악하고, 2008년 3월 법인세 정기신고와 관련하여 ‘교환사채 만기시 대위변제 발생액 손금부인 영향 고려 수정신고 여부 재판단’하는 것으로 처리방안을 보고하면서 2003～2007사업연도에 차입거래로 신고함에 따라 양도거래로 처리하는 경우보다 법인세 등 OOO원 초과납부 상태인 점을 고려하여 양도거래로 수정신고하는 방안(1안)과 질의취하 후 조사시 대응하는 방안(2안)을 놓고 검토하여 1안으로 결정하였고, 이후 청구법인은 2008년 4월 기획재정부로부터 세무상 ‘양도거래’에 해당한다는 유권해석(쟁점예규해석)을 받고 2008년 7월 처분청에 ‘쟁점주식은 매각처리OOO)하고, 교환사채 OOO원은 주식매각대금 OOO원과 보증수수료 수입 OOO원으로 처리’하는 수정신고서 및 경정청구서를 접수한 것으로 보인다. (라) 한편, 서울고등법원 판례(2017.11.8. 선고 2017누35044 판결)에서는 “과세관청이 사외유출된 익금가산액이 임원 또는 사용인에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 당해 법인에 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제1호 다목 소정의 ‘법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고, 당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로 소득의 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2008.4.24. 선고 2006두187 판결 등 참조).”, “소득세 납세의무의 성립은 그 확정 전에 이루어지는 것이 원칙이고, 일반적으로 조세채무는 과세요건을 충족하면 추상적으로 성립하며, 행정행위의 효과로 생기는 것이 아니므로 과세요건 사실이 충족되었다는 점을 납세의무자가 인식할 필요조차 없고, 조세채무가 성립한 이상 그 효과가 변경되지 아니하므로 소득처분 중 ‘사외유출 당시 이미 소득의 실현이 이루어진 것이 분명한 경우’에는 그때 곧바로 소득세 납세의무가 성립하였으므로 그 후의 사정은 소득세 납세의무에 영향을 미치지 아니한다.”, “대법원 1987.2.24. 선고 85누775 판결과 대법원 1992.7.14. 선고 92누4048 판결 등은, 사외유출 금액의 귀속이 불분명한 경우의 대표자 인정상여에 관한 것으로서 현실적으로 근로소득을 지급한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 인정상여 소득처분 시에 비로소 귀속 불분명 금액이 대표자의 상여로 의제되는 것이므로 이 건처럼 소득금액변동통지 이전에 소득이 현실적으로 지급되어 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 이미 성립한 사안에 관한 것으로서 이미 특정 과세연도에 귀속된 소득을 사후적으로 확인한 절차에 불과한 소득처분(대법원 2008.4.24. 선고 2006두187판결 참조)에 관하여 원용하기에 적절하지 아니하다.”고 하면서 원천징수의무의 성립 및 확정 이전에 소득의 귀속자(원천납세의무자)가 사망하였다 하더라도 이미 원천납세의무자의 납세의무는 성립되었으므로 원천징수의무자의 원천징수의무가 소멸하는 것은 아니라고 판시하고 있다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 세부 쟁점들에 대하여 살펴본다.

1. 먼저, 실질과세의 원칙에 따라 청구법인이 쟁점주식을 OOO에게 양도한 후 이를 기초로 쟁점교환사채를 발행한 거래가 양도거래가 아닌 차입거래로 볼 수 있는지에 관한 쟁점①-1에 대하여 보면, 청구법인은 OOO와 작성한 매매계약서에 따라 쟁점주식을 OOO에 양도한 후 양도대금을 지급받았고 대외적으로도 양도거래로서 공시가 이루어진 이상 이는 모두 사법상 유효한 계약에 따라 이루어진 것으로서 특별한 사정이 없는 한 사적자치의 원칙에 따라 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는 점, 쟁점주식 발행법인인 OOO의 실질주주명부에도 청구법인이 쟁점주식을 양도한 것으로 표시되어 있는 점, 해외투자자들이 청구법인의 지급보증을 기대하고 쟁점교환사채에 투자하였다는 이유로 보증인을 주채무자와 동일시 할 수는 없는 점, 쟁점교환사채 발행을 위하여 설립되어 존속한 OOO의 주주․임원 명부, 정관, 이사회 회의록 및 OOO와 청구법인 간의 비용계약·상환계약 등에 비추어 OOO를 단순한 도관으로 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점교환사채 발행 내용을 양도거래로 보아 수정신고 및 경정청구를 통하여 법인세를 환급받은 점 등에 비추어 쟁점거래는 쟁점주식의 양도거래로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

2. 다음으로, 쟁점사채거래에 있어 차입주체를 OOO로 보더라도 청구법인에게 민사상 구상권이 없는 것으로 보아 쟁점변제금액을 법인세법상 손금불산입되는 보증채무 대위변제로 인한 대손금으로 볼 수 있는지에 관한 쟁점①-2에 대하여 보면, 청구법인의 주장대로 상환계약서 등 관련 계약서에 청구법인의 구상채권 금액을 제한하는 취지의 규정은 확인되지만, 상환계약서 제2조 (b)에서 “모든 보증지급은 보증인이 그러한 지급을 한 날부터 보증인에 대한 발행인의 채무가 된다”고 하여 청구법인이 보증채무를 이행하면 OOO가 청구법인에게 이를 상환할 의무가 있음을 규정하고 있는 점, 청구법인은 OOO로부터 보증수수료 명목으로 지급받은 금원을 초과하여 해외투자자들에게 변제하고는 이를 OOO로부터 상환받지 못하여 결국은 구상채권 전액을 회수하지 못한 점 등에 비추어 적어도 청구법인이 선수령한 쟁점수수료금액인 OOO원을 초과하는 부분에 대하여 청구법인에게 구상채권 자체가 없다는 이유로 이를 보증채무 대위변제로 인한 대손금에 해당하지 않는 것으로 볼 수는 없다고 판단된다.

3. 또한, 청구법인에게 구상권이 존재한다고 하더라도 쟁점변제금액 OOO원 중 최소한 청구법인이 보증수수료 명목으로 선수령한 쟁점수수료금액인 OOO원이 손금불산입 대상에서 차감되어야 한다는 청구주장이 타당한지에 관한 쟁점①-3에 대하여 보면, 처분청은 위 보증수수료를 손실보전명목으로 수령한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 형식상으로는 청구법인이 쟁점교환사채의 지급보증대가로 수령한 것은 확인되지만, 청구법인이 손실보전 의무를 부담하지 않는다면 OOO가 거액의 보증수수료를 지급보증할 이유가 없고 원금 총액의 OOO%에 상당하는 OOO원을 지급한 것은 청구법인이 추후 OOO를 대신하여 교환사채를 상환할 때 재원으로 사용하기 위한 것으로 보이고, 실제로도 청구법인은 주식가치를 초과하여 받은 OOO원을 교환사채의 상환재원으로 사용한바, 이를 보증채무의 이행으로 보기는 어렵다 할 것인 점, 청구법인에게 구상권이 인정되더라도 그 범위는 보증인이 자신의 출재로 주채무를 소멸하게 한 경우라야만 구상권이 인정될 수 있고, 본인의 출재로 보증채무가 소멸한 경우가 아니라면 구상권이 인정되지 않는데(대법원 1962.5.10. 선고 4294민상1413 판결 등, 같은 뜻임), 위 OOO원은 청구법인이 OOO에게서 미리 지급받은 금액이므로 자신의 출재로 보증채무를 소멸하게 한 경우로 보기 어려우며, 민법 제442조 및 제443조에서 보증인이 미리 구상권을 행사할 수 있는 사전구상권을 행사하면 주채무자가 그 범위 안에서 면책되므로 이는 구상권의 범위에서 제외되는데, 청구법인이 OOO원의 보증수수료를 지급받아 이를 상환시 사용한 거래의 실질을 보았을 때 보증인인 청구법인이 사전구상을 받은 것으로 볼 수 있는 점, 법인세법상 손금부인되는 보증채무 대위변제로 인한 대손금에 해당하기 위해서는 대위변제로 인하여 손실이 발생하여야 하나 위 OOO원에 대하여는 청구법인이 대위변제로 인하여 손실을 입었다고 보기 어려운 점, OOO가 청구법인에 지급한 보증수수료에 상응하는 금액을 OOO로 하여금 해외금융기관에 예치하고 나중에 교환사채의 원금상환에 이용하게 한다면 청구법인의 보증수수료 수입은 발생하지 않게 되고, 추후 지급보증으로 인하여 부담하는 금액이 적어지게 되므로 과세대상이 아님은 명백한데, 이를 단지 청구법인이 수취하였다는 이유로 청구법인의 익금으로는 인정하면서 이를 반환한 금액은 손금산입을 거부한다면 이중과세로서 과세형평성에 문제가 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 선수령한 보증대가 OOO원은 손금부인 대상인 보증채무 대위변제 손실에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

4. 끝으로, 쟁점변제금액 중 청구법인이 선수령한 보증대가 OOO원을 초과하는 금액(쟁점①-3에서 청구법인이 OOO로부터 선수령한 보증대가 OOO원이 청구법인의 손금으로 인정됨에 따라 동 금액은 OOO의 기타소득 처분 대상이 아니므로 처분청이 쟁점변제금액에 대하여 2014.12.12. 청구법인에게 한 소득금액변동통지 처분의 소득금액에서도 자동적으로 제외됨)을 OOO의 기타소득으로 소득처분한 것이 타당하지에 관한 쟁점①-4에 대하여 보면, 쟁점①-1부터 쟁점①-3에서 쟁점거래를 양도거래로 보고 OOO원을 초과하는 금액에 대하여 청구법인의 구상권이 존재한다고 본 점, 위 (라)의 서울고등법원 판례(2017.11.8. 선고 2017누35044 판결)에서 ‘사외유출 당시 이미 소득의 실현이 이루어진 것이 분명한 경우(소득귀속자가 분명한 경우)에는 그 때 곧바로 소득세 납세의무가 성립하였으므로 그 후의 사정은 소득세 납세의무에 영향을 미치지 않는 것’으로 보고 있는바, 이 건의 경우 청구법인은 2011년 중에 OOO의 계좌관리인 계좌로 쟁점변제금액을 지급한 사실이 있어 OOO가 청산(2014.6.24.)되기 전인 2012.12.31.(청구법인의 결산확정일인 2012.3.31.이 속하는 연도의 말일) OOO의 기타소득에 대한 납세의무가 성립한 것으로 볼 수 있고(소득세법 시행령 제50조 제1항 제2호, 국세기본법 제21조 제1항 제1호), 처분청의 소득금액변동통지일인 2014.12.12.에는 이미 원천납세의무자인 OOO의 소득실현이 이루어진 것이 분명한 이상 이 건 소득금액변동통지는 적법하고, 비록 소득세 납부의무 성립 이후 OOO가 청산되었다 하더라도 쟁점변제금액 중 청구법인이 선수령한 보증대가 OOO원을 초과하는 금액에 대한 청구법인의 원천징수의무가 소멸하는 것은 아니라 할 것이므로 이 건 소득금액변동통지 당시 OOO가 이미 청산되어 청구법인에게 원천징수의무가 없다는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 (가) 처분청은 청구법인이 OOO 등 해외자회사 11곳에게 제공한 쟁점지급보증에 대하여 국조법 제4조 내지 제5조에 따라 청구법인이 적용한 지급보증요율OOO이 국세청모형에 의한 정상가격OOO에 미달하는 것으로 판단하여 다음 ＜표＞와 같이 정상요율을 기준으로 2009～2012사업연도 OOO원을 익금산입하였다. ＜표＞ 쟁점지급보증에 대한 소득조정금액 내역 (나) 청구법인은 해외자회사에 대한 쟁점지급보증에 대하여 자신이 적용한 지급보증요율이, 외부 신용평가전문기관인 OOO 신용평가 주식회사(이하 “OOO”라 한다)가 청구법인 및 해외자회사에 대한 신용등급을 평가한 후 국조법 시행령 제6조의2에서 규정하는 위험편익접근법을 사용하여 신용등급 차이에 따른 가산금리 차이, 신용등급별 부도율 및 회수율 등을 반영한 정상보증요율 범위에 대체로 포함되므로 처분청이 국세청모형에 의하여 일방적으로 과세처분한 것은 잘못이라고 주장하면서, 청구법인이 OOO에 의뢰하여 2013년 12월경 작성한 쟁점지급보증에 대한 이전가격검토보고서를 제출한바, 그 내용은 OOO의 청구법인 및 해외자회사에 대한 신용등급 평가결과 및 청구법인이 주장하는 정상보증요율OOO 등이 수록되어 있으며, 청구법인이 쟁점지급보증에 대하여 일률적으로 적용한 지급보증요율OOO은 대체로 정상보증요율의 범위에 포함되나, 그렇지 않은 경우(2009사업연도에 청구법인이 OOO에 지급보증한 거래에 대한 정상보증요율은 OOO%임)도 확인된다. (다) 처분청이 제출한 국세청 보도참고자료(2012.4.16.) 등에 의하면, 국세청 지급보증 정상가격 산출모형(국세청모형)의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 국세청모형은 신용정보회사나 금융기관에서 일반적으로 사용하고 있는 재무모형 개발방법론(재무제표를 기초로 재무비율을 산출하고 통계적 분석을 통해 신용등급 산출에 유의한 재무비율을 선택하여 활용하는 계량 모형)에 기초한 신용평가모형으로서 모‧자회사의 표준화된 신용등급에 대응되는 가산금리의 차이를 정상가격으로 산출하는 방법이며, 세부적으로는 모‧자회사의 직전 2개년도의 재무자료를 토대로 산출된 평가점수와 예상부도율(Probability of Default)을 근거로 신용등급과 가산금리를 산출하였다.

2. 국세청 지급보증 정상가격 산출방법은 재무모형 개발방법론을 사용하여 그 자체만으로도 합리적인 방법이라 할 수 있으나, 최대한 비교가능성을 높이기 위해 객관적인 방법으로 비재무적인 요소를 반영하고, 신용등급을 표준화하는 과정에서 발생할 수 있는 현실과의 괴리 등을 보완하기 위해 ① 보수적 관점에서 모․자회사의 신용등급을 각 1등급씩 상향 조정하고, ② 최저등급을 9등급(일반은행의 대출가능 최저등급수준)까지만 적용하여 정상수수료 상한선을 마련하였으며, ③ 정상수수료 수준을 평균수치 기준 상하구간 범위로 제시하고, ④ 차입은행으로부터 확인받은 실제 신용등급과 그에 따른 이자율차이를 지급보증 대가의 정상가격으로 신고하는 경우에는 그 자진신고자료를 인정하는 방안을 마련하여 정상가격 산출방법에 추가로 적용하였다. (라) 한편, 2013.2.15. 국조법 개정시 신설된 정상가격 산정방식을 2009～2012년 쟁점지급보증에 대하여 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반한다는 청구법인의 주장과 관련하여, 기획재정부에서 발간한 2013년 개정세법해설 책자에 따르면 종전에는 지급보증수수료의 정상가격 산정에 대한 별도 규정이 없이 국세청에서 자체 개발한 모형에 따라 정상가격을 산출하다가 2013.2.15. 대통령령 제24365호로 개정된 국조법 시행령 제6조의2 제3항에서 지급보증수수료에 대한 정상가격 산출방법으로 비용접근법, 편익접근법, 비용편익접근법을 규정하고, 제4항에서 국세청장이 정하는 방법(편익접근법)에 따라 산출된 수수료 등을 정상가격으로 간주하는 규정을 신설하면서 그 개정이유를 정상가격 산출방법의 명확화로 밝히고 있다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 세부 주장들에 대하여 살펴본다.

1. 우선, 청구법인은 청구법인이 제출한 소명자료에 대한 충분한 검토가 없었을 뿐만 아니라 정상지급보증수수료의 산정근거 등에 대한 충분한 설명이 없어 이 건 처분이 근거과세 원칙에 반한다고 주장하나, 청구법인은 이 건 심판청구시 사후적으로 작성된 이전가격검토보고서를 제출하였고, 지급보증수수료율을 일률적으로 적용OOO하였을 뿐만 아니라, 그 중 일부는 동 이전가격검토보고서상 정상보증료율 범위를 벗어난 것으로 확인되는 반면, 처분청은 청구법인 및 해외자회사의 재무자료 등을 근거로 하여 국세청모형에 따라 지급보증수수료에 대한 정상가격을 산출한 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 국세기본법상 근거과세의 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다(조심 2015중1283, 2016.3.16. 같은 뜻임).

2. 또한, 청구법인은 2013.2.15. 국조법 시행령 개정시 신설한 정상가격 산정방식을 2009～2012년 쟁점지급보증에 대하여 적용하는 것이 소급과세금지의 원칙에 반한다고 주장하나, 기획재정부에서 발간한 2013년 개정세법해설 책자에 따르면 2013.2.15. 대통령령 제24365호로 개정된 국조법 시행령 제6조의2 제4항으로 신설된 국세청모형에 따라 산출된 수수료를 정상가격으로 간주하는 규정에 대하여 종전부터 적용해오던 국세청모형에 따른 정상가격 산출방법을 규정하여 명확히 한 것으로 밝히고 있으므로, 처분청이 2009～2012년 쟁점지급보증에 대하여 국세청모형에 따라 산출한 지급보증수수료율과 청구법인이 신고한 지급보증수수료율의 차액에 상당하는 지급보증수수료를 익금산입하여 청구법인에게 한 이 건 처분은 국세기본법상 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 하기는 어렵다 할 것이다.

3. 그리고, 청구법인은 국세청모형이 법적․경제적 합리성을 결여하였으므로 이를 적용하여 과세한 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 국세청모형은 신용평가회사 및 금융기관이 일반적으로 사용하고 있는 재무모형 개발방법론에 기초한 것으로서 특수관계가 없는 제3자간의 매매거래, 국외특수관계인간 거래와 동종의 거래, 국외특수관계인간 거래와 거래단계․거래수량 기타 거래조건이 유사한 상황 하에서 이루어진 거래에서 성립된 가격을 반영할 수 있는 것으로 보이는 점, 국세청모형은 재무모형에 의한 정상대가 산출방법의 한계인 측정 불가능한 비재무적 요소를 반영하고자 보수적 관점에서 모․자회사의 신용등급을 각 1등급씩 상향 조정하고, 최저등급을 9등급까지만 적용하였으며, 정상수수료 수준을 상하 구간 범위 값으로 제시하여 탄력적으로 차이조정이 가능하도록 하였고, 주거래은행 등으로부터 확인받은 실제 신용등급과 그에 따른 이자율 차이를 수수료로 신고하는 경우에는 정상가격으로 인정한 점, 국세청이 청구법인 등 각 개별기업들에 대한 지급보증수수료 수정신고 안내시 개별기업의 당초 신고내용이 정당하다고 판단하는 경우와 기타 최적의 방법에 따라 수정신고할 경우에는 신고내용 검증을 위한 이전가격보고서 등의 근거서류를 수정신고기한까지 제출토록 한 점 등을 종합할 때, 국세청모형이 정상가격 산출과 관련하여 적정하지 아니한 모형이라거나 국제조세조정에 관한 법률의 규정에 위배된 것이라는 청구법인의 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012중3014, 2013.9.16. 등, 같은 뜻임).

(3) 쟁점③에 대하여 (가) 청구법인은 2009년～2012년에 특수관계인인 OOO와 OOO에 대하여 간접비 지급기준을 “인건비 × OOO%(2012년 한시적 OOO%)”로 설정한 후, 해당 지급기준을 초과하거나 근접한 금액을 간접비로 지급하였고, 비특수관계인인 일반대학과 일반연구기관에 대하여 간접비 지급기준을 “(인건비 + 직접비) × OOO%(2011년 이후 OOO%)”로 설정한 후 해당 지급기준에 미달한 금액[간접비 비율: 일반대학 OOO%(2012년), 일반연구기관 OOO%(2011년)]을 간접비로 지급하였으며, 이에 대하여 처분청은 OOO이 해당 대학 및 연구원에 대하여 회계연도별로 고시한 간접비 비율(인정비율)을 연구 간접비의 시가로 보고, 청구법인이 OOO와 OOO에게 실제 지급한 간접비와 위 시가로 본 금액의 차액을 과다지급액으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2009사업연도～2012사업연도 법인세를 과세하였다. ＜표＞ 간접비 요율[간접비/(인건비+직접비)] (나) 청구법인이 2009년～2012년 OOO 및 OOO에 지급한 위탁과제 연구비 지급현황과 처분청이 산정한 간접비 시가, 부당행위계산부인 금액 내역 등은 ＜별지3＞, ＜별지4＞와 같다. (다) 처분청은 청구법인이 비특수관계인에게 지급한 것에 비하여 특수관계인에게 상대적으로 높은 요율의 연구용역 간접비를 지급한 것은 그 실질이 지원금 성격이라고 하면서 그 근거자료로 청구법인 내부 보고서 및 용역보고서 등을 제출하였는바, 주요 보고서에 기재된 관련 내용은 다음과 같다.

1. 처분청이 제출한 OOO OOO 감사관의 보고서(2012.11.23.)에는 “청구법인이 지급하는 위탁과제 연구비는 일반대학에 비해 과다하여 특수관계자간 부당행위로 간주되어 법인세와 가산세가 추징될 위험이 있으므로 지급기준을 일반대학 수준으로 변경하고, 추가 지원액은 기부금으로 전환이 필요함”이라는 내용이 기재되어 있다.

2. 처분청이 제출한 OOO의 용역보고서(2012.12.21.)에는 “청구법인이 OOO에 지급하는 연구간접비가 OOO의 실제 연구간접비에 미달하는 수준에서 지급된다는 논리로 동 거래의 경제적 합리성을 설명하기에는 무리가 있는 것으로 판단되고, 청구법인은 연구간접비의 표준시가가 존재하지 않다고 하나 청구법인은 OOO가 아닌 일반대학에 대하여 인건비와 직접비 합계의 OOO%를 연구간접비로 지급하고 있는바, 과세관청에서는 이를 특수관계 없는 제3자와의 거래가격, 즉 시가로 간주할 가능성이 있다”는 내용이 기재되어 있다. (라) 청구법인은 OOO와 OOO, 일반대학과 일반연구기관에 대한 각 위탁연구비 간접비 산정 근거를 다음 ＜표＞와 같이 제출한바, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정에 따라 과학기술정보통신부장관이 고시한 “국가연구개발사업 기관별 계상기준”에 의하면, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정의 목적은 과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업의 기획‧관리‧평가 및 활용 등에 필요한 사항을 규정하는 것으로, “국가연구개발사업”이란 중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하고 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업을 말하며, 처분청이 OOO 및 OOO에 지급한 간접비의 산정근거로 제시한 “엔지니어링사업대가의 기준”은 엔지니어링기술진흥법제10조 제2항에 따라 산업통상부장관이 고시한 것이고, 그 목적은 엔지니어링사업의 대가의 기준을 정하는 것으로 “엔지니어링사업”이란 과학기술의 지식을 응용하여 수행하는 사업이나 시설물에 관한 연구, 기획, 타당성 조사, 설계, 분석, 자문, 지도 등을 수행하는 활동을 말한다. ＜표＞ 위탁연구비 산정 근거 (마) 청구법인은 OOO와 OOO에 대한 위탁연구용역과 일반대학과 일반연구기관의 위탁연구용역은 수행된 연구과제의 내용 자체에 차이가 있고, 연구수행 규모에 있어서도 상당한 차이가 있다고 하면서 OOO, OOO, 일반대학, 일반연구기관의 각 주요 연구과제 및 연구수행규모 비교 내역을 제출하였는바, 제출된 연구수행 규모 비교 내역에 의하면 평균직접비 기준으로 OOO는 일반대학에 비하여 약 OOO배, OOO은 일반연구기관에 비하여 약 OOO배의 연구수행 규모를 보이고 있다. (바) 이 건에 대한 OOO 과세전적부심사청구결정서(적부2014-0095, 2014.12.2.)에 의하면, 한국과학기술평가원은 “정부연구개발사업 간접원가 구성 요소 분석을 통한 간접비 계상기준 개선 방안 수립”(2013년 12월 작성)에서 OOO은 간접비 개념 및 관점을 ‘원가보상’으로 파악하고 있고, 미국의 경우 OOO%, OOO의 경우 OOO% 간접비 요율을 각 인정하는 것으로 조사하였다. (사) 청구법인은 OOO 및 OOO이 청구법인 외에 다른 기업으로부터 연구간접비를 지급받을 때에도 기업별 및 연구과제별로 OOO%의 간접비를 지급받아 왔다고 주장하면서 OOO가 다른 기업체로부터 위탁받은 연구과제 목록을 아래 ＜표＞와 같이 제시한바, 이에 따르면 OOO는 2008년부터 2014년까지 기간 중에 OOO, OOO 주식회사 등으로부터 총 16건의 4건의 연구용역을 위탁받았고, 그 연구비 중 간접비 요율은 OOO로 나타난다. ＜표＞ OOO의 기업체(청구법인 외) 수탁과제 위탁연구비 현황 (아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 특수관계인인 OOO, OOO에게 비특수관계인인 일반대학, 일반연구기관과는 다른 간접비 지급기준을 적용하여 연구용역 간접비를 부당하게 과다 지급하였으므로 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 의견이나, OOO 조사 결과 OOO의 경우 OOO% 수준, OOO의 경우 OOO%의 간접비 요율을 인정하는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제출한 OOO, OOO, 일반대학, 일반연구기관의 연구수행규모 비교 내역에 의하면 평균직접비 기준으로 OOO는 일반대학에 비하여 약 OOO배, OOO은 일반연구기관에 비하여 약 OOO배의 연구수행 규모를 보이고 있어 연구수행 규모에 있어서도 상당한 차이가 있는 점, OOO가 2008년부터 2014년까지의 기간 중에 특수관계에 있는 청구법인이 아닌 다른 기업들로부터 지급받은 간접비 요율OOO이 청구법인이 OOO에 지급한 간접비 요율OOO보다 오히려 높은 것으로 나타날 뿐만 아니라 OOO가 수행한 연구과제의 내용도 주로 철강산업과 직접 관련된 것으로 보이는 점, 청구법인이 OOO 및 OOO의 간접비요율 산정근거로 엔지니어링기술진흥법 제10조 제2항의 엔지니어링사업대가의 기준을 제시하고 있어 간접비요율이 임의 산정된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 적용한 간접비요율이 경제적 합리성을 현저히 결여하였다고 보기도 어렵다 할 것인바(조심 2014구3765, 2017.11.8., 같은 뜻임), 청구법인이 OOO 및 OOO에 지급한 연구용역 간접비에 대하여 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 (가) 청구법인은 쟁점보상금에 대하여 명예회장의 전체 재직기간(1968년 초대사장 취임부터 1993년 회장으로 퇴임한 기간, 2001년 명예회장 복귀 후 2011년 12월 사망시까지 비상임․상임 고문으로 재임한 기간) 중 공로에 대하여 이사퇴직금규정, 주주총회 의결 등 적법 절차에 따라 지급한 것으로 다른 기업들의 퇴직금․공로금 지급 사례에 비추어도 합리적인 수준이라고 주장하면서 다음과 같은 증빙자료를 제출한바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인이 제출한 명예회장 대우수준 조정(안)에 의하면, 청구법인은 명예회장의 신분을 ‘무보수 비상임고문’(명예회장)에서 상임고문(명예회장)으로 조정하여 2009년 11월부터 시행하였다.

2. 청구법인의 2012.2.23.자 이사회 의사록에 의하면, 청구법인은 명예회장이 재직기간 동안 청구법인의 발전에 기여한 대가로 쟁점공로금(직원 장기근무 명예퇴직 운영기준 제4조 준용)을 산정․지급하기로 의결하였다.

3. 청구법인이 기타 주주총회 목적사항으로 2012.2.23. 공시한 자료에 의하면, 청구법인은 주주총회에서 명예회장에게 OOO 신화의 주역임을 고려하여 직원 장기근무 명예퇴직금 지급기준을 준용하여 특별공로금을 지급하는 것으로 의결하였다.

4. 청구법인이 제출한 명예회장의 일정표 및 언론보도자료에 의하면, 명예회장은 2007년 OOO, OOO 등의 사업장을 방문하여 현지 철강사업 파트너들에게 사업협력을 당부한 것으로 나타난다.

5. 청구법인이 제출한 언론보도자료에는 다른 국내외 기업들의 퇴직금․공로금 지급사례(OOO OOO 명예회장 OOO원, OOO OOO 부회장 OOO원, OOO원, OOO원 등)가 나타난다. (나) 처분청은 청구법인이 이사퇴직금규정 등에 지급근거 없이 명예회장이 퇴직한 후 20년이 경과한 시점에 쟁점공로금을 임의로 지급하여 이를 업무무관경비로 보아야 하고, 청구법인도 사전에 OOO에 자문을 의뢰하여 내부검토한 결과 이러한 문제점을 인식하고 있었다는 의견과 관련하여 다음과 같은 증빙들을 제출하였다.

1. 조사청이 세무조사 당시 입수한 청구법인 비서실 직원 OOO의 수첩에 적힌 메모에 의하면, 쟁점공로금은 명예회장이 퇴직한 1993년 3월부터 비상근고문(명예회장)으로 보수를 지급받지 않은 2009년 11월까지의 16년 8개월에 대한 퇴직금 상당액으로 산정한 것으로 나타난다. ＜표＞청구법인 비서실 직원(OOO)의 수첩메모

2. 청구법인의 정관(2011.2.25. 개정) 제36조에는 이사의 보수와 성과금의 한도는 주주총회의 결의로써 정하며, 사내이사의 퇴지금은 주주총회에서 승인된 이사퇴직금규정에 의하여 지급하는 것으로 규정하고 있으며, 청구법인의 이사퇴직금규정(2012.3.16. 개정) 제5조 제1항에서는 퇴직하는 사내이사로서 재직 중 회사에 특별한 공로가 있는 자에 대하여는 제2조에 의한 퇴직금 이외에 특별공로금을 지급하는 것으로 규정하고 있고, 제2항에서는 전항에 의한 특별공로금은 주주총회의 의결을 얻어야 하는 것으로 규정하고 있다.

3. OOO가 2009.4.21. 작성한 ‘공로에 대한 보상방안 검토’에 의하면, OOO는 청구법인이 명예회장의 공로금 보상을 위하여 금원을 지급하는 것의 문제점(명예회장이 1993년 3월경 퇴임한 이후 16년이란 장기간이 경과한 상황에서 공로보상이란 명목으로 지급하는 금원을 ‘퇴직시점에 재직기간 중의 특별한 공로에 대하여 지급받는 퇴직위로금 또는 공로금’으로 보기 어렵고, 퇴임 이후 16년간 실질적으로 청구법인에게 상근역무제공 등이 없는 명예회장에게 공로보상이라는 명목하에 금원을 지급하는 것은 정당화되기 어려움), 명예회장의 공로보상과 관련한 금원 지급방법, 공로보상을 위한 적정 금액 등에 대한 검토 내용을 청구법인에게 제시한 것으로 나타난다.

4. 처분청은 청구법인이 OOO로부터 ‘공로에 대한 보상방안 검토’를 수령한 이후인 2009년 7월 명예회장의 2008년 귀속 근로소득에 대한 수정신고를 하였다고 주장하면서 관련 근로소득지급명세서를 제출하였다.

5. 청구법인의 직원인 OOO가 2012.7.2. 출력한 청구법인 내부문서에 의하면, OOO은 쟁점공로금에 대하여 ‘회사(청구법인)가 명예회장에게 지급한 특별공로금은 주주총회 결의에 의해서 지급되었지만, 이사퇴직금규정상의 특별공로금은 지급대상과 지급액의 범위 등에 관한 구체적인 사항이 규정되지 않은 상태임’, ‘기존 심판례에 따르면, 특별공로금 지급대상과 지급액의 범위 등에 대해 구체적으로 규정되지 않은 상태에서의 퇴직공로금의 지급은 임원퇴직금 지급규정에 근거하지 않은 지급으로 간주되어 근로소득으로 분류되고 손금부인될 리스크가 존재하는 것으로 판단됨’으로 검토한 내용이 나타난다.

6. 처분청이 제시한 의견 등에 의하면, 명예회장은 청구법인의 고문으로 위촉되어 있던 2008년부터 2012년까지의 기간 중 급여 및 법인카드비용 등으로 OOO원을 수취한 것으로 나타난다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공로금에 대하여 명예회장이 청구법인의 발전에 기여한 전체 재직기간의 공로에 대한 이사퇴직금규정 등에 따라 적법하게 지급한 것이라고 주장하나, 법인의 손금으로 인정받기 위한 임원의 퇴직금은 법인세법 시행령제44조에 의거 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여 지급기준에 따라 지급된 퇴직금이어야 하고, 정관에서 위임된 퇴직금지급규정은 당해 위임에 대한 임원퇴직금지급규정에 관한 의결내용 등이 정당하여야 하며, 당해 퇴직금 지급규정은 위임에 따른 임원 퇴직금 지급규정의 의결내용 등이 정당하고, 특정임원의 퇴직 시마다 퇴직금을 임의로 지급할 수 없는 일반적이고 구체적인 기준을 말하는 것인바(조심 2013부4381, 2013.12.10., 같은 뜻임), 청구법인은 명예회장이 1993년 퇴직한 후 2001년 6월부터 2011년 12월까지 청구법인의 고문(명예회장)으로 위촉된 기간 중에 청구법인을 위하여 실제 근로를 제공한 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인의 이사퇴직금규정에는 특별공로금 지급대상을 ‘퇴직하는 사내이사’로 규정하고 있어 명예회장(고문)은 특별공로금 지급대상으로 보기 어려운 점, 쟁점공로금은 명예회장이 퇴직한 날부터 20여년이 경과한 시점에 지급된 것일 뿐만 아니라 명예회장은 청구법인의 고문으로 위촉되어 있던 2008년부터 2012년까지의 기간 중 급여 및 법인카드비용 등으로 OOO원을 수취한 사실이 있어 거액의 쟁점공로금을 청구법인의 손금에 산입되는 인건비로도 보기 어려운 점, 청구법인 비서실 직원의 수첩메모 내용 등에 비추어 쟁점보상금은 명예회장의 사후에 상속인들에게 임의로 지급된 보상 성격의 금원에 가까워 보이는 점 등에 비추어 쟁점공로금을 업무무관 비용으로 보아 손금부인한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(5) 쟁점⑤에 대하여 (가) 청구법인이 제출한 증빙자료의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 쟁점도급계약의 구매계약서에 부속된 설비시공일괄계약 일반약관 제15조(설계변경) 제1항에서 매도인과 매수인이 합의한 사양, 시방서에 명기된 제작사양 및 시공지침 이외의 사항을 매수인이 추가하거나 삭제하여 설계도면 또는 기능상 변동을 초래하는 경우를 제외하고는 설계변경으로 인한 계약금액을 조정할 수 없는 것으로 규정하고, 제2항에서 설계도면 또는 기능상 변동이 없는 단순한 물량변동의 경우 그 계약금액을 조정할 수 없는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 물량증가로 인한 공사대금 OOO원의 증액이 청구법인의 설계변경 요구에 따라 이루어진 것이라고 하면서, 공사물량변동 내역서(미래지향적 설비구성, 생산성 향상, 설비안정성 증대, 친환경 설비, 현장근무 환경개선, 품질향상 등으로 구분됨), 계약변경상세내역서, 구매주문서(품명, 수량, 가격, 인도조건, 납기, 대금 등이 특정되고, 양 당사자의 전자서명이 포함되어 있음) 등을 증빙으로 제출하였다.

2. 청구법인은 금융위기로 인한 원자재 가격 급등에 따라 소재비 상승분 중 일부를 증액하는 것으로 계약을 변경하였다고 주장하면서, 2009년 1월 소재비 증가금액 내역(계약당시 대비 강재류․강관의 변동단가 OOO% 상승), 2011년 1월 소재비 증가금액 내역(계약당시 대비 배관류․형강류 등의 변동단가 OOO% 상승) 등을 증빙으로 제출하였다. 또한, 청구법인이 특수관계인인 OOO뿐만 아니라 특수관계 없는 다른 공급사들에 대해서도 OOO과 동일한 수준(약 OOO%)으로 소재비를 증액하였다고 주장하면서 2008년에 OOO 등에 소재비를 증가해 준 자료를 제출하였으나, 위 업체들이 OOO방식의 도급계약을 체결하였는지 여부는 확인되지 않는다.

3. 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 공기연장에 따른 비용 증가의 내역은 노무비 추가 발생에 따른 산재보험료, 안전관리비, 고용보험료 등 경비, OOO 및 협력업체 인건비 추가 발생액 및 설비 보관료 추가 발생액 등이고, 청구법인의 설비투자실에서 작성한 ‘프로젝트성 진행사업 투자시기 조정’(2009.10.27.자), 내부품의서 등에서 ‘청구법인은 2009년 금융위기 및 실물경기 침체에 따라 OOO 등 투자시기를 재조정하기로 함에 따라 총 76개 진행사업 중 33개 사업의 투자시기를 조정하면서, 신제강사업의 공기를 2010.9.30.까지로 3개월 연기한다’는 내용이 나타나지만, 청구법인이 OOO 외 다른 업체들에게도 공사기간 연장에 따라 공사비를 증액해 주었는지 여부는 확인되지 않는다. (나) 처분청이 제출한 과세근거 자료의 주요내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2007년 12월 OOO과 설비시공일괄계약을 체결한 후 2009년 1월 1차 계약변경시 총 OOO원의 공사비를 OOO에게 증액해주었는데, 그 계약변경 과정을 보면 2008년 11월 OOO은 OOO의 공사대금 증액을 요청하였으나 청구법인이 승인하지 않자, 2009년 1월 다시 항목 및 대금을 변경하여OOO의 공사대금 증액을 요청하여 승인받은바, 처분청은 물량증가분 OOO원은 손금인정해주고, 소재비 증가분 OOO원은 지급 근거가 없는 것으로 보아 손금부인하였다. 또한, 청구법인은 2010년 3월 OOO이 공사비 OOO원의 증액을 요청하자 물량증가, 소재비 증가, 공기연장을 포함하여 2010년 12월 OOO원의 공사비를 추가로 증액승인 및 지급한바, 처분청은 ① 2010년 3월 1차 증액 요청 때와 마찬가지로 소재비 증액분 OOO원은 지급근거가 없는 것으로 보고, ② 2010년 12월 OOO이 2차 증액 요청한 총액은 OOO원으로 1차 요청 시와 동일하나, OOO이 1차 증액 요청한 계약상 지급의무 없는 항목인 환차손과 일반관리비를 2차 증액 요청시 물량증가 증액분에 포함하여 재요청하였고, 청구법인은 이 중 OOO을 실질적인 물량 증가 없이 추가 지급한 것으로 보았으며, ③ 공사기간연장에 대한 책임은 설계시공 주체인 OOO에 있음에도 발주자인 청구법인이 공급기한연장에 따른 비용 증가분 OOO원을 부담한 것으로 보아 손금부인OOO하였다. ＜표＞ OOO원의 공사비 증액 내역

2. 처분청은 청구법인이 OOO 건설과 관련 OOO의 대규모 손실에 따른 기업가치 하락, OOO에 대한 손실 보전시 발생할 수 있는 법인세 추징 및 공정거래법상 과징금 등에 대비하기 위하여 다각적으로 검토서를 작성한바, 이는 쟁점도급계약 변경이 청구법인의 설계변경 요구에 따른 물량증가 등이 아니라 청구법인과 OOO의 법률적․세무적 위험을 최소화하면서 OOO에 보전해 줄 수 있는 손실액의 범위를 정하는데 있음을 보여준다고 하면서, 청구법인의 경영시너지실에서 2010.3.30. 작성한 ‘OOO사업 적자 보상 관련 이슈 검토’(계약상 특별히 명시되지 않은 소재비, 일반관리비 상승분 지원시 부당지원으로 세금 및 과징금 위험 발생, OOO사업 적자 보전 여부는 법적 위험보다 OOO의 기업공개 관련 기업가치 하락 방지 등 정책적인 판단으로 결정할 필요가 있다는 의견이 제시됨), 청구법인의 법무실에서 2010.4.2. 작성한 ‘OOO사업 손실 보전 관련 법률 이슈 검토’(OOO의 OOO 내외 손실액 보전 여부 판단기준을 정립하기 위하여 작성한 것으로, 쟁점도급계약 일반약관 제15조 등 비추어 계약금액 조정이 가능한 지, OOO 지원 여부에 따라 예상되는 문제점 등을 검토함), 청구법인의 OOO에서 2010.4.5. 작성한 ‘OOO OOO사업 손실보전 검토’(물량증가분 OOO원과 달리 소재비 상승분 등에 대하여는 계약상 보상 근거가 없다는 검토의견 제시), 청구법인의 OOO에서 2010.6.10. 작성한 ‘OOO사업 투자비증액 검토’(청구법인과 OOO은 법률적․세무적 관점에서 부당지원행위로 세금을 추징당하지 않는 적정보상범위가 어떤 수준인지 논의하였고, 당초 OOO이 OOO원의 공사대금 증액을 요청하였으나, 청구법인은 외부용역기관인 OOO의 검토결과를 반영하여 물량증가 OOO원을 보상가능 금액으로 보고 있음) 등을 제출하였다. 또한, 처분청은 청구법인이 제출한 물량증가 상세내역의 물량증가 품목이 2009년 1월 1차 변경계약(증액 OOO원)시 이미 증액지급한 물량증가 상세내역의 품목과 유사하여 OOO원에 상응하는 설계변경에 따른 물량증가가 있었는 것으로 볼 수 없다고 하면서, 청구법인의 ‘1차 및 4차 증액시 물량증가 상세내역 비교표’를 제시하는 한편, 처분청은 청구법인이 2010년 12월 4차 변경계약(증액 OOO)과 관련하여 과다지급한 물량증가 증액지급분이 부당행위계산 부인 대상임을 인지하고 있었던 것과 관련하여, 청구법인의 OOO에서 2011.10.26. 작성한 ‘OOO 투자사업에 대한 종합점검 결과(초안)’ 등을 제출한바, 여기에는 ‘물량증가분 OOO원은 외부용역결과인 OOO원보다 과대하며 지불근거도 미비하여 과대한 손실지원으로 보아 부당행위계산 부인 규정이 적용될 가능성이 높음’이라는 내용 등이 기재되어 있다.

3. 처분청은 공사기간 연장에 따라 추가 발생한 비용의 귀책사유가 청구법인이 아닌 OOO에 있음을 보여주는 증거로 청구법인의 OOO에서 2011.10.26. 작성한 ‘OOO 투자사업 점검 결과(보고)’를 제출한바, 당초 OOO 건설공사는 2008년 8월경 착공하여 2010년 8월에 준공하기로 예정되었으나, 2010년 3월부터 2010년 9월까지는 긴축재정실시로 인한 공사대금 납기연장을 위하여 청구법인이 요청한 것이고, 2010년 8월부터 2011년 3월까지는 고도제한조치로 인한 공사중지 기간으로 OOO에 귀책사유가 있으며, 2011년 2월 경영위원회에서 ‘2010년 8월부터 2011년 3월까지(실제 준공: 2011.3.30.)의 OOO 투자사업의 공기지연에 대한 책임으로 OOO에 지체상금 OOO원을 청구하기로 승인’한 내용 등이 나타난다. 또한, 청구법인이 긴축재정을 실시할 정도로 경영환경이 악화되어 납기가 임박한 OOO 공사기간을 연장하였다는 주장에 대하여, 처분청은 세무조사시 확보한 청구법인의 내부문서(OOO고도제한 대응방안)에서 고도제한으로 인하여 OOO 신설사업을 6개월 지연할 경우 OOO원의 손실이 발생할 것으로 판단한 점으로 볼 때, OOO원의 투자비 집행 연기를 위해 위와 같은 손실을 감수하고 공사기간을 연장하였다는 청구주장은 타당성이 없다는 의견이다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사비가 쟁점도급계약이 설계시공일괄계약(정액도급계약)이라 하더라도 청구법인의 요청에 따라 설계변경을 하면서 발생한 물량변경, 금융위기에 따른 원자재가격 급등에 따른 상생경영 차원의 소재비 증가분의 일부OOO 반영 및 청구법인의 투자시기 재조정 등에 따른 공사대금 증액이므로, 특수관계인에게 이익을 부당하게 분여한 것이 아니라고 주장하나, 쟁점도급계약은 시공자인 OOO이 자신의 책임으로 설계와 시공을 일괄수행하고 목적물 완성 후 발주자인 청구법인에게 인도하는 OOO방식의 설계시공일괄계약(정액도급계약)이어서 원칙적으로 계약금액 조정이 불가능하므로 청구법인이 OOO에게 공사대금을 추가 지급할 의무는 없는 것으로 보이는 점, 쟁점도급계약 일반약관에서 예외적인 계약금액 조정사유로 ‘청구법인의 요구에 따라 추가하거나 삭제하여 설계도면 또는 기능상 변동을 초래하는 경우’를 규정하고 있으나, 조사청이 세무조사 당시 확보한 청구법인의 각종 내부검토서를 보면 청구법인도 물량증가 등 계약변경으로 인한 공사대금 증액을 OOO에 대한 손실 지원방안으로 인식하고 있었던 것으로 보이는바, 청구법인이 제출한 물량변경 상세내역 등만으로는 2010년 12월 4차 변경계약시 물량증가가 객관적으로 입증되지 아니할 뿐만 아니라, 오히려 청구법인이 제출한 2010년 12월 4차 변경계약시 물량증가 상세내역의 물량증가 품목이 2009년 1월 1차 변경계약시 이미 증액지급한 물량증가분의 상세내역의 품목과 유사한 것으로 조사되어 실제 물량증가가 있었음이 분명하지 아니한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 특수관계 없는 다른 공급사들에 대해서도 OOO과 동일한 수준OOO으로 소재비를 증액한 것으로 보이기는 하나, 다른 공급사들의 경우에도 설계시공일괄계약(정액도급계약)을 체결한 것인지 확인되지 아니하여 쟁점도급계약과 동일시하기 곤란한 점, 공사기간 연장은 ‘고도제한에 의한 공사중지’를 사유로 한 OOO의 요청에 의한 것인바, 그로 인한 책임은 청구법인이 아닌 OOO에게 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점도급계약과 관련하여 OOO에 추가 지급한 쟁점공사비는 계약 등에 근거 없이 특수관계인에 대한 손실보전 등의 목적으로 지급한 것이라 할 것이다. 따라서 쟁점공사비가 청구법인의 요청에 따른 설계변경 등에 따른 것이므로 부당행위가 아니라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 각 사업연도별 익금(손금)산입액 및 고지세액 내역 ＜별지2＞ 관련 법령 【쟁점① 관련】 (1)국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2)법인세법 제4조(실질과세) ① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 "대손금"이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(독점규제 및 공정거래에 관한 법률제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권(求償債權) 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3)법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제19조의2(대손금의 손금불산입) ⑥ 법 제19조의2 제2항 제1호에서 “독점규제 및 공정거래에 관한 법률제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증을 말한다. 1.독점규제 및 공정거래에 관한 법률제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증

2. 제61조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 금융회사 등이 행한 채무보증

3. 법률에 따라 신용보증사업을 영위하는 법인이 행한 채무보증 4.대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률에 따른 위탁기업이 수탁기업협의회의 구성원인 수탁기업에 대하여 행한 채무보증

⑦ 법 제19조의2 제2항을 적용받는 채권의 처분손실은 손금에 산입하지 아니한다. (4)민법 제428조(보증채무의 내용) ① 보증인은 주채무자가 이행하지 아니하는 채무를 이행할 의무가 있다.

② 보증은 장래의 채무에 대하여도 할 수 있다. 제429조(보증채무의 범위) ① 보증채무는 주채무의 이자, 위약금, 손해배상 기타 주채무에 종속한 채무를 포함한다.

② 보증인은 그 보증채무에 관한 위약금 기타 손해배상액을 예정할 수 있다. 제441조(수탁보증인의 구상권) ① 주채무자의 부탁으로 보증인이 된 자가 과실없이 변제 기타의 출재로 주채무를 소멸하게 한 때에는 주채무자에 대하여 구상권이 있다.

② 제425조 제2항의 규정은 전항의 경우에 준용한다. 제442조(수탁보증인의 사전구상권) ① 주채무자의 부탁으로 보증인이 된 자는 다음 각호의 경우에 주채무자에 대하여 미리 구상권을 행사할 수 있다.

1. 보증인이 과실없이 채권자에게 변제할 재판을 받은 때

2. 주채무자가 파산선고를 받은 경우에 채권자가 파산재단에 가입하지 아니한 때

3. 채무의 이행기가 확정되지 아니하고 그 최장기도 확정할 수 없는 경우에 보증계약후 5년을 경과한 때

4. 채무의 이행기가 도래한 때

② 전항 제4호의 경우에는 보증계약후에 채권자가 주채무자에게 허여한 기한으로 보증인에게 대항하지 못한다. 제443조(주채무자의 면책청구) 전조의 규정에 의하여 주채무자가 보증인에게 배상하는 경우에 주채무자는 자기를 면책하게 하거나 자기에게 담보를 제공할 것을 보증인에게 청구할 수 있고 또는 배상할 금액을 공탁하거나 담보를 제공하거나 보증인을 면책하게 함으로써 그 배상의무를 면할 수 있다.

(5) 국세기본법 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 소득세․법인세: 과세기간이 끝나는 때. (단서규정 생략)

② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

1. 원천징수하는 소득세·법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때 제22조(납세의무의 확정) ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

(6) 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

20. 법인세법 제67조에 따라 기타소득으로 처분된 소득 제131조(이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례) ②법인세법 제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우: 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날 제135조(근로소득 원천징수시기에 대한 특례) ④법인세법 제67조에 따라 처분되는 상여에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조 제2항을 준용한다.

(7) 소득세법 시행령 제50조(기타소득 등의 수입시기) ① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

2. 법 제21조 제1항 제20호에 따른 기타소득: 그 법인의 해당 사업연도의 결산확정일 【쟁점② 관련】 (1)국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. (2)국제조세조정에 관한 법률 제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다. 제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조·판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법

② 제1항에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. (3)국제조세조정에 관한 법률 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24365호로 개정되기 전의 것) 제5조(정상가격 산출방법의 선택) ① 법 제5조 제1항에 따라 정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  • 가. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우
  • 나. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

2. 사용되는 자료의 확보·이용 가능성이 높을 것

3. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래를 비교하기 위하여 설정된 경제 여건, 경영 환경 등에 대한 가정(假定)이 현실에 부합하는 정도가 높을 것

4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 적을 것

5. 특수관계가 있는 자 간의 거래와 정상가격 산출방법의 적합성이 높을 것

② 제1항 제1호에 따라 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로 정하는 사항을 분석하여야 한다.

③ 제1항 제5호에 따라 적합성이 높은지를 평가하는 경우에는 특수관계 거래에서 가격·이윤 또는 거래순이익 중 어느 지표가 산출하기 쉬운지 여부, 특수관계 거래를 구별하는 요소가 거래되는 재화나 용역인지 또는 수행되는 기능의 특성인지 여부, 거래순이익률방법 적용 시 거래순이익률 지표와 영업활동의 상관관계 등에 관하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 분석하여야 한다.

⑤ 과세당국은 특수관계가 없는 자 간의 거래가 거래 당사자에 의하여 임의로 조작되어 정상적인 거래로 취급될 수 없는 경우에는 그 거래를 비교가능한 거래로 선택하지 아니할 수 있다. 제6조의2(용역거래의 경우 정상가격) ① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다.

1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것

2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것

3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. 이 경우 법 제5조 제1항 제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제4조 제2항 제1호 다목에 따른 거래순이익률방법인 경우에는 다음 각 목의 기준에 따라 산정한다.

  • 가. 발생한 원가에는 그 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것
  • 나. 용역 제공자가 그 용역을 수행하기 위하여 제3자에게 그 용역의 일부 또는 전부를 대행하여 수행할 것을 의뢰하고 대금을 한꺼번에 지급한 후 이에 대한 비용을 용역을 제공받는 자에게 재청구하는 경우 용역 제공자는 자신이 그 용역과 관련하여 직접 수행한 활동으로부터 발생한 원가에 대해서만 통상의 이윤을 더할 것. 다만, 용역의 내용과 거래 상황 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관·비치하고 있을 것

② 제1항에도 불구하고 용역을 제공받는 자가 제공받는 용역과 같은 용역을 다른 특수관계인이 자체적으로 수행하고 있거나 특수관계가 없는 자가 다른 특수관계인을 위하여 제공하고 있는 경우에는 제1항에 따른 용역거래로 보지 아니한다. 다만, 사업 및 조직구조의 개편, 구조조정 및 경영의사 결정의 오류를 줄이는 등의 합리적인 사유로 일시적으로 중복된 용역을 제공하는 경우에는 제1항에 따른 용역거래로 본다. (4)국제조세조정에 관한 법률 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24365호로 개정된 것) 제6조의2(용역거래의 경우 정상가격) ③ 거주자와 국외특수관계인 간 지급보증 용역거래의 가격에 대한 정상가격 산출방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다.

1. 보증인의 예상 위험과 비용을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

2. 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

3. 보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

④ 제3항을 적용할 때 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 지급보증 용역거래에 대한 가격으로 적용한 경우에는 이를 정상가격으로 본다.

2. 제3항 제2호의 방법으로서 국세청장이 정하는 바에 따라 산출한 수수료의 금액

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 예상 위험 및 비용의 산출과 기대편익 등에 관한 구체적인 사항은 기획재정부령으로 정한다. 【쟁점③ 관련】 (1)법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2)법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 【쟁점④ 관련】 (1)법인세법 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 (2)법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제44조(퇴직급여의 손금불산입) ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다. 【쟁점⑤ 관련】 (1)법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2)법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ＜별지3＞ 2009년～2012년 청구법인이 OOO에 지급한 위탁과제 연구비와 처분청의 부당행위계산부인 금액 등 ＜별지4＞ 2009년～2012년 청구법인이 OOO에 지급한 위탁과제 연구비와 처분청의 부당행위계산부인 금액 등

원본 출처 (국세법령정보시스템)