조특법 제132조의 규정은 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하는 규정으로서법인세법제59조의 별도규정이라고 보는 것이 타당하다 할 것‘이므로 최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제를 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자세액감면보다도 우선 적용하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당함
조특법 제132조의 규정은 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하는 규정으로서법인세법제59조의 별도규정이라고 보는 것이 타당하다 할 것‘이므로 최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제를 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자세액감면보다도 우선 적용하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당함
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청 심리자료에 의하여 확인되는 청구법인의 2009사업연도 법인세 신고시 공제감면 등 신고내역 및 처분청의 과세내역은 아래 <표>와 같다. <표> 신고․납부 및 과세 내역
(2) 청구법인은법인세법제59조에서 세액공제 및 세액감면이 동시에 적용되는 경우 “그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 ① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면, ② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제, ③ 이월공제가 인정되는 세액공제의 순서로 공제, 감면을 적용해야 한다고 규정하고 있으므로 적용순위에 관하여 다른 규정이 있는 경우에는 이를 적용할 수 없다 할 것인바, 처분청은 조특법 제132조는법인세법제59조에서 의미하는 ‘별도의 규정’에 해당하고, 동 규정은 창설규정이 아닌 과거의 공제, 감면 순서에 대한 취지를 확인하는 규정일 뿐이므로 해당 규정 신설 이전의 사업연도 역시 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제를 먼저 해야 한다는 점을 전제로 하고 있으나 이 건과 동일한 쟁점의 사건에 대한 법원(대법원 2012.6.14. 선고 2012두4173 판결)은 구 조특법 제132조는 법인세법제59조에 대한 ‘별도의 규정’이 될 수 없다 하여 처분청의 과세를 위법한 처분으로 판단한 바 있으며, 2010.1.1. 개정으로 신설된 조특법 제132조 제3항은 최저한세가 적용되는 감면부터 먼저 적용하도록 명시하였으나, 이 규정은 법원의 판결과 같이 과거의 공제․감면순서에 대한 확인규정이 아니라법인세법제59조가 정한 감면순서의 예외를 새로 정한 규정이고, 개정 당시 부칙 제2조 제1항에서 ‘2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있으므로 청구법인의 2009년 법인세에는 개정된 조특법 제132조 제3항이 적용될 수 없으므로 처분청이 당해 규정을 적용하는 것은 조세법률주의에 반하는 처분이므로 처분청이 조특법 제132조 제3항이 과거의 공제․감면순서에 대한 확인규정이라는 전제하에 과세한 이 건 처분은 위법한 처분이라고 주장한다.
(2) 처분청은 조특법이 조세정책적 목적에서 준비금, 특별상각, 익금불산입, 손금산입, 소득공제, 비과세, 세액감면 및 세액공제 등의 조세지원을 하고 있으며, 납세자가 중복하여 조세지원을 받게 되면 전혀 세금을 납부하지 아니하는 경우도 발생하여 과세형평과 국민개납주의에 배치되므로 감면 등의 종합한도인 최저한세 규정을 두고 있고,법인세법제132조 제1항에서는 최저한세 적용대상을 내국법인의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득으로 규정하고 있고, 최저한세는 조세특례 및 감면 등을 적용받은 후의 세액(감면 후의 세액)이 일정한 세액(최저한세)에 미달하는 경우에는 당해 미달하는 세액에 대하여는 조세특례 및 조세감면 등을 적용하지 아니하는 제도적 장치에 해당하며, 청구법인은 구 조특법 제132조가법인세법제59조의 ‘별도의 규정’에 해당하지 않는다고 주장하나, 조특법 제132조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 같은 법에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다”고 규정하고 있는데, 여기서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’라 함은 같은 법 시행령 제126조 제2항에 의거 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제, 세액면제 및 세액감면을 하지 아니한 법인세(별지 제3호 서식 122란의 차감세액)를 말하는 것이고, 최저한세가 적용되는 공제와 감면 등을 우선 적용하지 아니하면 국민개납주의에 의한 최저한세의 입법취지를 달성할 수 없게 되며, 법인세법 시행규칙별지 제3호 서식에도 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있고, 법인세 차감세액을 계산함에 있어서 최저한세 적용대상 공제감면세액이 있는 경우 반드시 최저한세를 한도로 하여 공제감면세액을 적용하게 되므로 최저한세 규정은 공제감면세액의 적용순위를법인세법과 달리 규정한 것인바, 2010.1.1. 조특법 제132조 제3항이 개정되기 전부터 최저한세 대상 공제감면세액을 최저한세 배제 공제감면세액보다 우선하여 적용하도록 되어있는법인세 시행규칙별지 제3호 서식이 시행되어 온 점, 구 조특법 제132조 제1항에 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세 배제 공제감면을 적용하기 전의 법인세로 규정하고 있는바 이는 최저한세 대상 공제감면을 우선 적용하여야 한다는 취지로 보이는 점 등을 고려할 때 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하고 있는 것이므로 당초 처분은 정당하다는 의견이다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2010.1.1. 조특법 제132조 제3항이 개정되기 이전부터 최저한세의 대상인 공제감면세액을 배제대상인 공제감면세액보다 우선하여서 적용하도록 규정되어 있는 법인세법 시행규칙별지 제3호의 서식이 시행된 점, 국세청의 2010년 개정세법 주요내용에는 2010.1.1. 개정된 조특법 제132조 제3항을 개정한 이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 해설하고 있는바, 이는 이미 시행이 되고 있던 사항에 대하여 법률에서 명확하게 한다는 취지의 확인적 규정으로 보이는 점 등에서 조특법 제132조의 규정은 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하는 규정으로서법인세법제59조의 별도규정이라고 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2011전3809, 2012.6.28., 조심2011중1049, 2013.4.26. 외 다수 같은 뜻임)이므로, 처분청이 ‘최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제를 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자세액감면보다도 우선 적용하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호 생략)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. (2) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다.(이하 후단 생략)
3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 [별지 제3호 서식]: 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 ※ 작성요령 공제감면세액㈀: 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호 서식(갑)]의 합계란의 금액(최저한세 적용대상 공제감면세액) 기재 공제감면세액㈁: 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호 서식(갑)]의 란의 금액(최저한세 적용제외 공제감면세액) 기재
(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비
2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액
3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 104조의18에 따른 세액공제금액 제144조【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제126조 【최저한세】② 법 제132조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 세액공제 등”이라 함은 법인세 감면 중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제·세액면제 및 감면을 말한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.