청구법인이 대표이사에게 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 과다지급분을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다

• 가. 청구법인은 2005.12.5.부터 항만하역업을 영위하는 법인으로 2013.7.16. 청구법 인의 전 대표이사인 OOO에게 OOO원(이하 “쟁점퇴직금”이라 한다)을 지 급하였다.
• 나. 처분청은 2015.5.18.부터 2015.6.16.까지 청구법인에 대한 정기통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점퇴직금을 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따른 퇴직금이 아니라고 보아 법인세법 시행령제44조 제4항 제2호의 규정을 적용하여 퇴직금한도액을 계산한 후 그 한도를 초과하여 지급한 퇴직금 OOO원을 손금불산입하고, 이 외 다른 조사내용을 반영하여 2015.7.8. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하고, 손금불산 입액을 OOO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 2005.12.5. 설립시부터 전 대표이사 OOO이 발행주식 OOO%를 소유하고 있는 사실상 1인 지배회사로서, 청구법인은 2006.3.28. 개최된 정기주주총회에서 임원보수한도는 퇴직금을 포함하여 OOO원으로 하는 내용의 안건을 승인한 후 매년 정기주주총회에서 임원보수한도를 정하는 안건을 상정하여 승인하는 한편, 2006년 3월경 ‘임원퇴직금지급규정’을 회사내규로 제정하고 2006.1.1.부터 소급하여 시행하였다. 위 임원퇴직금지급규정은 임원의 퇴직금 산정을 [평균임금(기준연봉월할액+업무추진비)×재임연수×지급률]로 하고, 지급률은 대표이사 의 경우 재임연수 1년에 대해 3.5개월분, 상무이사의 경우 재임연수 1년에 대해 1.5개월분으로 한다고 규정하고 있다. 비록, 주주총회의사록이 구비되어 있지 아니하여 청구법인의 임원퇴직금지급규정이 주주총회를 거쳤는지 여부를 확인할 수는 없으나, 위 규정은 당시 사실상 유일주주인 대표이사 OOO의 결재를 받아 제정․시행된 점, 사실상 1인 지배회사인 청구법인의 특성상 해당 주주의 의사대로 결의될 것이 명백히 예상되는 점, 임원퇴직금지급규정에 따라 산정된 임원퇴직금추계액과 보수를 합한 금액이 매년 정기주주총회에서 승인된 임원보수한도OOO 이내인 점 등에 비추어 유효한 임원퇴직금지급규정이 사전적으로 대표이사 퇴직 7년 6개월 전에 있었다고 보아야 할 것이다. 또한, 청구법인은 2006년 12월부터 임원퇴직금지급규정에 따라 산정한 임원퇴직금추계액을 포함하여 직원들의 퇴직금추계액을 퇴직연금불입액으로 적립하고, 이를 퇴직급여충당부채와 퇴직연금운용자산으로 재무상태표에 반영하였으며, 위 재무제표는 정기주주총회 결의에 의해 승인되고, 주식회사 OOO의 외주파트너사인 청구법인은 위 주주총회 결과를 주식회사 OOO에 보고하였다. 법인세법 시행령제44조에서 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여가 정관이나 정관의 위임을 받은 퇴직급여지급규정에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 초과금액은 손금에 산입하지 않도록 규정한 취지는 법인에 중대한 영향력을 행사하는 위치에 있는 임원이 퇴직하면서 법인으로부터 퇴직금을 과다하게 받는 것을 제한하기 위함인데, 청구법인의 임원에 대한 퇴직금 지급율은 대표이사 3.5배, 상무이사 1.5배로 사회통념이나 일반적인 상관행과 경제적 합리성 등에 비추어 과다하다고 보기 어렵다. 또한, 대법원 판례(2004.12.10. 선고 2004다25123 판결)에서도 ‘주식회사에 있어서 회사가 설립된 이후 총 주식을 한 사람이 소유하게 된 이 른바 1인 회사의 경우에는 그 주주가 유일한 주주로서 주주총회에 출석하면 전원 총회로서 성립하고 그 주주의 의사대로 결의가 될 것 임이 명백하므로 따로 총회소집절차가 필요 없고, 실제로 총회를 개최한 사실이 없었다 하더라도 그 1인 주주에 의하여 의결이 있었던 것으로 주주총회의사록이 작성되었다면 특별한 사정이 없는 한 그 내용의 결의가 있었던 것으로 볼 수 있다’고 판시한 점 등에 비추어 쟁점퇴직금 중 OOO원을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 불합리하므로 관련 세액인 OOO원을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청의견 2006년부터 매년 ‘임원보수한도 책정의 건’을 주주총회에서 의결하였다는 내용의 정기주주총회의사록은 당초 세무조사시 제출되지 아니한 서류로서, 공증도 되어 있지 아니하고 소급작성이 가능한 서류이므로 청구주장의 증빙으로 보기 어렵다. 설령, 위 정기주주총회의사록이 진본이라 할지라도, 상법제363조에 따라 청구법인은 160여명의 일반주주에게 주주총회 소집통지를 한 사실이 없고, 주주들이 위임장을 제출하거나 주주전원의 동의에 의한 서면결의가 이루어진 사실도 없으므로 이러한 의결을 유효하다고 보기 어렵다. 특히, 청구법인의 정관 제33조에서 ‘임원의 보수와 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회에서 결의하여 정한다’고 규정되어 있을 뿐, 퇴직급여지급규정을 따로 정하도록 위임하는 내용이 없고, 청구법인이 2006.1.1.부터 시행하였다고 주장하는 임원퇴직금지급규정은 전 대표이사 OOO이 개인적으로 정한 퇴직금지급규정에 불과하며, 대표이사 겸 대주주의 지위에 있던 OOO이 재임연수(1년)에 대해 지급률 3.5개월분으로 수령한 쟁점퇴직금은 다른 임원의 지급률 1.5개월분에 비하여 과도하다. 따라서, 청구법인의 퇴직금지급규정은 상법의 규정에 따른 적법한 절차에 따라 제정된 퇴직금지급규정이 아니므로 법인세법 시행령제44조 제5항에서 규정한 “정관에서 위임된 퇴직급여지급규정”이 아니라고 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 대표이사에게 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 과다지급분을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것) 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

(2) 상법(2010.6.10. 법률 제10366호로 개정된 것) 제363조(소집의 통지, 공고) ① 주주총회를 소집할 때에는 주주총회일의 2주 전에 각 주주에게 서면으로 통지를 발송하거나 각 주주의 동의를 받아 전자문서로 통지를 발송하여야 한다. 다만, 그 통지가 주주명부상 주주의 주소에 계속 3년간 도달하지 아니한 경우에는 회사는 해당 주주에게 총회의 소집을 통지하지 아니할 수 있다.

④ 제1항 및 제3항에도 불구하고 자본금 총액이 10억원 미만인 회사가 주주총회를 소집하는 경우에는 주주총회일의 10일 전에 각 주주에게 서면으로 통지를 발송하거나 각 주주의 동의를 받아 전자문서로 통지를 발송할 수 있고, 무기명식의 주권을 발행한 경우에는 주주총회일의 2주 전에 주주총회를 소집하는 뜻과 회의의 목적사항을 공고할 수 있다.

⑤ 자본금 총액이 10억원 미만인 회사는 주주 전원의 동의가 있을 경우에는 소집절차 없이 주주총회를 개최할 수 있고, 서면에 의한 결의로써 주주총회의 결의를 갈음할 수 있다. 결의의 목적사항에 대하여 주주 전원이 서면으로 동의를 한 때에는 서면에 의한 결의가 있는 것으로 본다.

⑥ 제5항의 서면에 의한 결의는 주주총회의 결의와 같은 효력이 있다. 제388조(이사의 보수) 이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다. (3) 법인세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제44조(퇴직급여의 손금불산입) ④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[ 소득세법 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.

⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 처분청은 2015.5.18.부터 2015.6.16.까지 청구법인에 대한 정기통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2013.7.16. 전 대표이사인 OOO에게 지급한 쟁점퇴직금을 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따른 퇴직금이 아니라고 보아 법인세법 시행령제44조 제4항 제2호의 규정을 적용하여 퇴직금한도액을 계산한 후 그 한도를 초과하여 지급한 퇴직금 OOO원을 손금불산입 하고, 이 외 다른 조사내용을 반영하여 2015.7.8. 청구법인에게 이 건 처분을 하였다.

(2) 청구법인의 정관(2005.12.5. OOO 공증, 등부 2005 제6040호) 제33조에는 ‘임원의 보수와 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회에서 결의하여 정한다’고 규정되어 있다.

(3) 청구법인이 조사당시 처분청에 제출한 확인서(2015년 6월)에는 전 대표이사 OOO에게 쟁점퇴직금을 지급하였고, 퇴직금지급에 관한 규정은 주주총회 혹은 주주총회의 위임을 받은 이사회에서 결의하거나 정관에서 위임을 받은 바가 없다고 기재되어 있다.

(4) 청구법인이 제시한 증빙자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 2006년 3월경 제정하였다고 제출한 임원퇴직금지급규정(시행일: 2006.1.1.)을 보면, 임원의 퇴직금 산정은 [평균임금(기준연봉월할액+업무추진비)×재임연수×지급률]로 하고, 지급기준은 재임연수 1년, 지급률은 사장은 3.5개월분, 상무이사는 1.5개월분으로 한다고 기재되어 있다. (나) 청구법인의 전 대표이사 OOO, OOO 전무(2006년에는 상무이사) 등이 날인한 사실확인서(2015년)에 의하면, 청구법인은 OOO에서 분사한 법인으로서, 2006년 3월까지 취업규칙, 인사규정, 임원 퇴직금지급규정 등을 제정하였고, 임원퇴직금지급규정은 OOO의 다른 외주파트너사(주식회사 OOO, 주식회사 OOO)의 지급률을 참조하였으며, 설립시 1인 주주회사이자 자본금 OOO원의 소규모 비상장회사인 관계로 상법상 절차를 엄격히 적용한 임시주주총회 개최나 의사록 작성을 소홀히 하였고, 등기이사도 OOO 1인이어서 모든 규정은 회사의 유일주주이자 이사인 OOO에게 보고하고 결재받아 제정․시행하였다고 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2006년부터 매년 임원보수한도를 퇴직금 포함 OOO원으로 한다는 내용의 안건을 상정하여 의결하였고, 심의결과를 주식회사 OOO에 보고하였으며, 임원퇴직금지급규정에 따라 산정한 임원퇴직금추계액과 임원급여를 합한 금액은 위 임원보수한도 이내이고, 임원퇴직금추계액 등을 포함한 금원을 퇴직연금불입액으로 산정하여 적립하였다고 주장하며, 정기주주총회의사록 8부(재무제표 승인과 임원보수한도 책정의 건이 포함됨), 정기주주총회 관련 보고자료, 임원퇴직금추계액 자료, 청구법인의 연금불입액 현황과 재무상태표 등을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 임원퇴직금지급규정에 의하여 쟁점퇴직금을 지급하였으므로 이를 전부 손금산입하여야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령 제44조는 정관에서 정하거나 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따른 퇴직금은 손금산입대상으로 규정하고 있고, 여기서 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이란 임원의 퇴직시마다 퇴직금을 임의로 지급 할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로서 당해 법인이 계속적이고 반복적으로 적용하여 온 규정을 말하는바, 청구법인의 정관에 퇴직급여로 지급할 금액이나 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준을 두고 있지 아니하고, 달리 주주총회 결의로 퇴직금지급규정을 제정한 사실도 확인되지 아니하며, 청구법인이 주주총회 결의로 정한 임원보수한도 등은 퇴직급여의 지급방법이나 시기 등을 정한 구체적인 지급기준에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.