전기오류수정손실로 회계처리한 개발비 등의 손금 귀속시기가 그 전 사업연도라 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO에서제조업(한약제제)를 주된 사업으로 영위하는 회사이다.
• 나. 청구법인은 2011년 재무제표에 대한 외부감사시 개발비 등 회계수정사항에 대하여 2009년과 2010년의 재무제표를 재작성하였고, OOO 위 회계수정사항을 반영하여 처분청에 2011사업연도 법인세에 대하여 경정청구를 하였으나, OOO 처분청은 손익귀속시기 불일치를 이유로 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 주식회사의 외부감사에 관한 법률(이하 “외감법”이라 한다)에 따라 2011년 재무제표에 대해 최초로 외부감사를 실시하였고, 과거 재무제표에 대한 전기오류수정손실로 OOO을 인식하면서 2009년 및 2010년의 재무제표를 수정하였다. 청구법인은 개발비는 무형고정자산으로 자산성이 없어 폐기된 것으로서 법인세법에 따르면 고정자산에 대한 감가상각비는 결산조정사항으로 장부에 반영하지 않으면 손금산입되지 않는바, 2011년 이익잉여금 감액을 통하여 장부에 반영함에 따라 2011년 세무조정을 통해 그 귀속을 밝혀야 하고, 개발비는 결산조정항목으로 장부에 반영하지 아니한 감가상각비는 2009년, 2010년 귀속으로 수정신고할 수 없으므로 이 건 경정청구는 받아들여져야 한다. 또한, 급여는 2010년 귀속분이나 당시 미지급하면서 이를 회계처리하지 않았고, 2011년에 이를 지급하면서 전기오류수정손실로 인식한 것이므로 권리의무확정주의에 근거하여 2011년 손금으로 인식하는 것이 타당하고, 국고보조금 등 수익은 세무조정 수정사항에 해당하므로 이 건 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법상 전기오류수정손익은 그 손익의 성격에 따라 권리·의무가 확정된 사업연도의 손익에 산입함이 원칙이고, 청구법인이 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금 또는 손금으로 산입한 경우는 당해 사업연도의 소득금액 계산상 익금불산입 또는 손금불산입하여야 하며, 당초의 귀속사업연도에 따라 처분청 에 국세기본법상 수정신고 또는 경정청구를 할 수 있다. 따라서, 청구법인은 이 건 전기오류수정손실에 대하여 그 손익의 귀속사업연도인 2009사업연도 또는 2010사업연도를 대상으로 경정청구하지 않고 2011사업연도를 대상으로 경정청구하였던바, 그 손익귀속시기가 일치하지 않고, 해당사업연도에 대하여는 경정청구일인 OOO 현재 국세기본법상의 경정청구기간(3년)을 이미 도과하였으므로 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 2011사업연도에 전기오류수정손실로 회계처리한 개발비 등에 대하여 이를 2011사업연도 이전 사업연도에 귀속되는 손금항목으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제20조[기업회계의 존중] 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사·결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다. 제45조2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 법인세법 제23조[감가상각비의 손금불산입] ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다. 제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (3) 법인세법 시행령 제43조[감가상각자산의 범위] ① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

• 바. 개발비: 상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(산업기술연구조합 육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 당초 법인세 신고내역 및 이 건 법인세 경정청구의 처분경위 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 외감법에 따라 2011년 재무제표에 대하여 최초로 외부감사를 실시하면서 2010년 및 2011년 재무제표상의 오류에 대해 전기오류수정손실 OOO을 인식하였으나 이와 관련 일부 세무조정을 누락하였다. (나) 청구법인은 2015.1.15. 위 전기오류수정손실 관련 추가 세무조정을 반영하여 처분청에 2011사업연도 법인세에 대해 경정청구하였고, 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역과 경정청구내역은 다음의 <표1>과 같다. <표1> 2011사업연도 법인세 신고내역 및 경정청구내역 (다) 처분청은 청구법인의 법인세 경정청구를 검토한 결과, 위 전기오류수정손실의 귀속이 2009년, 2010년에 해당하는 손실로서 경정청구기간이 이미 경과하였다는 이유로 이를 받아들이지 않았다.

(2) 청구법인이 제출한 청구이유서 및 관련 증빙의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 위 전기오류수정손실과 관련하여 누락한 법인세 세무조정내역은 아래의 <표2>와 같다. <표2> 2011사업연도 누락한 법인세 세무조정내역 (나) 청구법인이 제출한 2011사업연도에 대한 당초 세무조정과 경정청구시 세무조정 세부내역에 의하면, <표1>의 경정청구로 인한 과세표준 변동액 OOO과 <표2>의 전기오류수정손실에 대한 법인세 세무조정 누락액 OOO의 차이인 OOO은 위 전기오류수정손실 법인세 세무조정에 따라 파생되는 오류수정성격의 세무조정 등에 따른 것으로 되어 있다. (다) 청구법인이 제출한 2011년 감사보고서에 의하면, 청구법인은 당기 이전에 국고보조금의 상계표시, 유형자산, 무형자산의 과소상각 등으로 발생한 수정사항으로 인하여 자산·부채 및 당기순이익에 미치는 효과가 매우 중요하므로 비교목적으로 공시되는 전기재무제표를 재작성한 것으로 되어 있고, 무형자산 관련 개발활동비용 중 일정요건을 충족하는 미래 경제적 효익이 확실한 비용은 개발비의 과목으로 무형자산으로 처리하며 이외의 경우에는 경상개발비의 과목으로 제조원가 또는 판매관리비로 처리하는 것으로 되어 있다. (라) 청구법인이 제출한 2011사업연도 세무조정계산서에 의하면, 이익잉여금처분계산서상에 ‘전기오류수정손실’은 OOO으로 되어 있고, 경정청구 이전의 법인세 과세표준, 이월세액공제는 각 OOO, OOO이며, 경정청구시 법인세 과세표준, 이월결손금, 이월세액공제는 각 OOO, OOO, OOO으로 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 전기오류수정손실의 법인세법상 손익귀속시기가 2011년이므로 그 귀속시기를 2009년, 2010년으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 개발비 등의 전기오류수정손실의 손익귀속시기는 법인세법 제40조 에 규정된 권리의무확정주의에 의하여 발생한 날이 속하는 각 사업연도의 손금으로 귀속하는 것이 타당한 점, 청구법인이 전기오류수정손실로 인식한 자산성이 없는 개발비 및 급여 등은 감가상각비와 같이 세법상 결산조정항목에 해당하지 않는 점 등에 비추어 청구법인이 2011년에 이익잉여금의 감소로 회계처리한 전기오류수정손실의 법인세법상 손익귀속시기를 2009년, 2010년으로 보아 청구법인의 2011사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.