미등기 고향주택을 보유하고 있는 청구인이 일반주택을 양도한 경우 「조세특례제한법」상 양도소득세 과세특례가 적용됨

OOO세무서장이 2014.11.6. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점일반주택”이라 한다)를 양도한 후, 2014.4.23. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 위 양도 당시 OOO부터 보유하고 있던 OOO 지상 주택(이하 “쟁점고향주택”이라 한다)이 조세특례제한법상 양도소득세 과세특례(제99조의4 제1항 제2호) 대상인 고향주택에 해당한다고 보아, 쟁점일반주택 관련 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라고 주장하며 2014.9.18. 경정청구를 제기하였고, 2014.10.16. 쟁점고향주택에 대한 소유권보존등기를 경료하였다.
• 다. 처분청은 쟁점고향주택은 미등기자산이므로 고향주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 없다고 보아 2014.11.6. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2014.12.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 “소득세법제104조 제3항에 따른 미등기양도자산에 대해서는 양도소득세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다”라고 규정한 조세특례제한법제129조 제2항에 따라 과세특례를 적용할 수 없다고 판단한 것으로 보이나, 소득세법제104조 제3항은 “미등기양도자산이란 자산을 취득한 자가 그 취득자산에 관한 등기를 아니하고 양도하는 것을 말한다”라고 정의하고 있는바, 조세특례제한법제129조 제2항은 미등기자산을 양도하는 경우에 비과세 규정의 적용을 배제하기 위한 것이고, 이 건과 같이 미등기 고향주택(쟁점고향주택)을 보유하고 있는 청구인이 쟁점일반주택을 양도한 경우에까지 양도소득세 과세특례를 배제하기 위한 것은 아닌바, 미등기 고향주택을 보유하고 있다는 이유만으로 과세특례를 적용하지 아니한 양도소득세 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청의견 국세청 예규OOO에 따르면, 조세특례제한법제99조의4 제1항 제1호의 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어서 해당 농어촌주택이 미등기자산에 해당하는 경우에는 과세특례가 적용되지 아니하는 것인바, 이러한 해석은 같은 항 제2호의 고향주택을 해석함에 있어서도 그대로 적용되는 것이므로 미등기 고향주택(쟁점고향주택)을 보유하고 있다는 이유로 과세특례를 적용하지 아니한 양도소득세 경정청구 거부처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 미등기 고향주택을 보유하고 있는 청구인이 일반주택을 양도한 경우 조세특례제한법상 양도소득세 과세특례의 적용 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2017년 12월 31일까지의 기간(이하 “농어촌주택 취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(괄호 생략)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)

2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “고향주택”이라 한다)

• 가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것 제129조【양도소득세의 감면 배제 등】②소득세법제104조 제3항에 따른 미등기양도자산에 대해서는 양도소득세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다. (2) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(괄호 생략)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(괄호 생략)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(괄호 생략)을 그 세액으로 한다.(후단 생략)

10. 미등기양도자산: 양도소득 과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다.(단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점고향주택의 건축물대장, 등기부등본 및 세금(취득세, 등록세) 납부 영수증 등을 제출하였고, 처분청은 쟁점고향주택이 조세특례제한법상 고향주택에 해당하는지 여부에 대해서는 다투지 않는 것으로 보인다.

(2) 대법원은 소득세법상 미등기양도자산 중과 규정의 입법취지와 관련하여, “소득세법제104조 제1항, 제3항에서 미등기양도자산에 대하여 양도소득세를 중과한다고 한 취지는 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전전매매하는 따위의 부동산투기 등을 억제 방지하려는 데 있다고 할 것”(대법원 2012.9.27. 선고 2010두23408 판결)이라고 판시한 바 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제104조와 조세특례제한법제129조에서의 미등기양도자산이란 미등기 상태로 양도한 자산에 대하여 양도소득세를 중과하기 위하여 규정한 것, 즉 미등기자산의 양도를 전제로 한 것이라고 판단되는바, 이 건과 같이 미등기 고향주택을 보유하면서 일반주택을 양도하는 경우에는 미등기자산을 양도한 사실이 없어 과세특례가 배제된다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 과세특례를 적용하지 않고 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.