처분청의 부가가치세 경정ㆍ고지에 따라 납부한 부가가치세에 대하여 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분의 당부

[참조결정] 조심2014관0106 / 조심2014관0282

[주 문] OOO세관장이 OOO청구법인에게 한 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서 발급거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은OOO기간동안 OOO(이하 “OOO”라 한다)산 OOO를 OOO(이하 “OOO”라 한다)을 경유하여 수입(수입신고번호 OOO건, 이하 “쟁점물품”이라 한다)하면서, 원산지증명서 및 선하증권 등을 제출하고관세법제73조 및대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정(이하 “한·아세안FTA”라 한다)에 따른 협정세율(0%)을 적용하여 수입신고하였으며, 통관지세관장은 이를 수리하였다.
• 나. 처분청은 OOO 쟁점물품의 원산지 서면조사를 실시한 결과, 쟁점물품이 OOO를 경유하여 운송되었음에도 ‘수출 당사국에서 발행한 통과선하증권’이 제출되지 아니하여 한·아세안 FTA 부속서3 부록1 제19조의 원산지 규정(이하 “원산지규정”이라 한다)에 충족되지 않는다고 보아, OOO 기본관세율(5%)을 적용하여 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지(이하 “쟁점경정처분”이라 한다)하였고, 이에 청구법인은 OOO 우리 원에 심판청구를 하면서 쟁점경정처분과 함께 청구법인이 OOO 납부한 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서의 발급에 대하여도 심판청구한바, OOO 우리 원은 수정수입세금계산서의 발급과 관련한 청구법인의 청구는 청구법인이 처분청에 수정수입세금계산서의 발급을 신청한 사실이 없으므로 불복청구의 대상이 없어 부적법한 청구에 해당한다고 보아 각하하였다.
• 다. 청구법인은 OOO 처분청에 수정수입세금계산서의 발급을 신청하였고, 처분청은 OOO 청구법인에게 신고오류에 대한 귀책사유가 있다고 보아 수정수입세금계산서의 발급을 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2013.7.26. 법률 제11944호로 개정되기 전의 부가가치세법 제35조는 수정수입세금계산서의 발급을 의무적으로 규정하고 있다가, 2013.7.26. 위 규정을 개정하여 일정한 경우에만 발급하도록 제한하면서 그 적용시기를 이미 수입물품에 대한 과세요건이 확정된 물품에 대하여도 적용하도록 하여 소급과세금지원칙을 위반하였고, 수입물품에 대하여 부과하는 내국세 등에 대하여는 관세법제4조에 따라 관세 징수의 내용과 절차를 따르도록 하고 있음에도 부가가치세법제35조의 개정과 관련한 부가가치세법부칙은 수정신고하거나 결정·경정에 대하여만 그 적용시기를 규정하고 있어 내용상 오류가 있으므로 이에 터잡은 처분청의 수정수입세금계산서 발급거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 관세법제119조 제1항에서는 심사청구, 심판청구의 대상을 구체적인 ‘처분’이 법률에 위반되는지 여부에 관한 것으로 한정하고 있으나, 그 처분의 근거가 된 법률이 소급과세금지원칙 등을 규정하고 있는 헌법에 위배되는지 여부에 대해서는 청구의 대상으로 삼고 있지 않고 헌법재판소는 현재까지 이 건 관련 법률이 헌법에 위배된다는 결정을 한 바가 없으므로, 근거법령이 위법함을 전제로 하는 청구법인의 주장은 이유 없다. 2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 부가가치세법제35조 제2항 및 2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 같은 법 시행령 제72조 제4항에서는 ‘세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우로서, 그 결정 또는 경정의 원인이 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등의 경우에만 수정수입세금계산서를 발급’하도록 규정하고 있다. 이 건 수정수입세금계산서의 발급거부처분의 근거가 된 청구법인에 대한 쟁점경정처분은 청구법인이 쟁점물품을 제3국을 경유하여 수입하였음에도 한·아세안 FTA 원산지증명 운영절차에 따라 직접운송간주요건 충족여부를 확인할 수 있는 ‘수출국 발행 통과선하증권’을 제출하지 않은 것에 따른 것으로 청구법인은 처분청의 2008년 기업심사 당시 청구법인이 제출한 8건 중 6건의 직접운송증빙자료를 인정하여 특혜적용이 적정하다는 결과통지를 하였고 이를 통해 통과선하증권 없이도 협정관세 적용이 가능하다고 판단하여 통과선하증권을 제출하지 않은 것이므로 청구법인의 귀책사유가 없다고 주장하고 있으나, 그러한 결과통지만으로 처분청이 ‘통과선하증권을 제출하지 않더라도 직접운송간주요건을 충족하여 협정세율 적용이 가능하다’는 견해 표명을 하였다 할 수 없고 제3국 경유물품에 대해 직접운송간주요건의 입증으로 통과선하증권을 반드시 제출하라고 규정한 법령에도 불구하고 청구법인이 통과선하증권 없이도 협정세율 적용이 가능하다고 오해한 데서 비롯된 것이므로 청구법인에게 귀책사유가 없음을 입증하였다 할 수 없으므로 이에 수정수입세금계산서의 발행을 거부한 처분은 적법‧타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 처분청의 부가가치세 경정·고지에 따라 납부한 부가가치세에 대하여 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인은 OOO기간동안 쟁점물품을 OOO를 경유하여 수입하였음에도 한·아세안 FTA 부속서3 부록1 제19조의 원산지 규정에 따라 ‘수출 당사국에서 발행한 통과선하증권’을 제출하지 아니하고 한·아세안 FTA 협정세율을 적용 받았고, 처분청은 OOO 쟁점물품의 원산지 서면조사를 실시하여 쟁점물품이 OOO를 경유하여 운송되었음에도 ‘수출 당사국에서 발행한 통과선하증권’이 제출되지 아니하여 원산지규정에 충족되지 않는다고 보아 OOO 협정세율 적용을 배제하여 쟁점경정처분을 하였고, 이에 청구법인은 쟁점경정처분에 따라 OOO 부가가치세를 납부하였음에도 처분청은 수정수입세금계산서를 발급하지 않았다.

(2) 청구법인은 OOO 우리 원에 쟁점경정처분에 대하여 심판청구를 제기하면서 수정수입세금계산서 미발급에 대하여도 심판청구 하였고 OOO 우리 원은 쟁점경정처분에 대하여 ‘쟁점물품은 전 운송구간이 기재되어 있는 수출국에서 발급된 통과선하증권을 제출하여야만 협정관세 적용이 가능하다고 하겠으므로 처분청이 기본관세율을 적용한 처분에 잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단되나 처분청은 청구법인에 대하여 2008년도 심사당시 통과선하증권 제출의 유무에 관계없이 협정관세를 적용한 바 있고, 청구법인은 이에 따라 통과선하증권이 없어도 적하목록, 일반선하증권 등만으로도 협정관세가 적용되는 것으로 알았고 통관지세관장도 이를 인정하여 쟁점물품에 대하여 협정관세를 적용하였다는 점에서 협정관세율을 적용하여 수입신고한 이 건에 정당한 사유가 있으므로 가산세를 면제함이 타당하다고 판단하였고, 수정수입세금계산서 미발급에 대하여는 청구법인이 수정수입세금계산서 발급 신청을 한 사실이 없이 심판청구를 제기하였으므로 불복청구의 대상이 없어 부적법한 청구에 해당된다고 판단한 사실이 우리 원의 결정(조심 2014관106, 2014. 9.2. 및 조심 2014관282, 2014.10.29.)에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 OOO 처분청의 OOO부가가치세 OOO원의 부과처분에 대하여 OOO 이를 납부하였으므로 수정수입세금계산서를 발급해 줄 것을 요청하였고, 처분청은 청구법인의 수정수입세금계산서 요청에 대하여 2014.9.2. FTA 협정관세 위반과 관련 수정수입세금계산서는 수입자의 귀책사유가 없는 경우에만 발급할 수 있으므로 한·아세안FTA 등에서 정한 직접운송원칙 위반의 경우 운송관련 사항에 대한 적정여부에 대하여 수입자가 확인하여야 하므로 수입자의 귀책사유가 있다고 보아 수정수입세금계산서의 발급을 거부하였으며, 청구법인은 OOO 처분청에 ‘처분청의 부과처분에 대하여 조세심판원이 정당한 사유가 있으므로 가산세를 면제함이 타당하다고 판단’하였으므로 이를 검토하여 수정수입세금계산서를 발급해 줄 것을 요청하였으나, 처분청은 OOO 청구법인은 ‘가산세와 부가가치세는 세목과 법원을 달리하고, 개정 부가가치세법 부칙에서 법 개정 이후 수정·결정·경정분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 조세심판원 결정문에서 수입자에게 귀책사유가 있다고 인정하였고, 직접운송원칙위반의 경우 수입자에게 확인의무가 있는 점 등을 고려하여 수정수입세금계산서 발급은 불가’하고 ‘조세심판원의 결정은 관세,부가가치세 및 가산세 부과처분에 대한 심리만 진행하고, 수정수입세금계산서에 대한 청구는 각하하였으므로 가산세 취소와 수정수입세금계산서 발급은 무관하다’고 회신하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2013. 7.26. 법률 제11944호로 개정된 부가가치세법제35조 제2항 제2호 다목은 수정수입세금계산서 발급사유로 ‘수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우’를 규정하고 있고, 2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 같은 법 시행령 제72조 제4항 제2호는 ‘수입자의 귀책사유 없이 관세법등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성·제출되었음이 확인된 경우’를, 제3호는 ‘수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우’를 열거하고 있다. 이 건 청구법인이 납부한 부가가치세는 처분청의 쟁점경정처분에 따른 것이고 청구법인이 쟁점물품의 수입신고시 한·아세안FTA 협정세율을 적용하면서 원산지규정에 따른 통과선하증권을 제출하지 않은 것이 그 원인이라 할 것인데, 처분청이 청구법인에 대하여 2008년도 심사당시 통과선하증권 제출의 유무에 관계없이 협정관세를 적용한 바 있고, 이에 청구법인은 통과선하증권 없이 적하목록, 일반선하증권 등만으로 협정세율이 적용되는 것으로 알았으며 통관지세관장도 이를 인정하여 쟁점물품에 대하여 협정관세를 적용한 점, 이러한 사정 등을 고려하여 쟁점경정처분에 대하여 청구법인이 제기한 심판청구에 대하여 우리 원이 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 인정한 점 등에 비추어 청구법인이 자신의 귀책사유가 없음을 증명한 경우라 볼 수 있으므로 청구법인이 납부한 부가가치세에 해당하는 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로관세법제131조와국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법 (2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약에 따른 관세협력이사회나 관세법에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
• 나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
• 다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 (법률 제11944호, 2013.7.26.) 제2조 (수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례) 제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.

(2) 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정되기 전의 것) 제35조(수입세금계산서) ① 관할 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 관할 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 이 경우 관할 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 관세법 제38조 및 같은 법 제46조에 따라 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 경우에 해당되어 관할 세관장이 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우

2. 부가가치세가 징수된 수입재화가 관세법 제106조에 따라 계약 내용과 다른 물품 등에 해당하여 관할 세관장이 부가가치세를 환급하는 경우 부칙(법률 제11873호, 2013.6.7.) 제15조 (세금계산서 발급 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 재화나 용역을 공급한 분 또는 재화를 수입한 분에 대하여 이 법 시행 후에 세금계산서를 발급하여야 하거나 발급할 수 있는 경우에는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

② 세관장은 관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항·제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다.

③ 제2항에도 불구하고 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고를 하는 경우에는 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

1. 관세법에 따른 품목분류의 사전심사에 따라 해당 물품에 적용할 품목분류를 변경한 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 관세법등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성·제출되었음이 확인된 경우

3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 부칙(대통령령 제24638호, 2013.6.28.) 제5조(수정한 수입세금계산서에 관한 적용례) 제72조제2항부터 제4항까지의 개정규정은 이 영 시행 후 세액을 수정신고하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.

(4) 관세법 제42조(가산세) ① 세관장은 제38조의3 제1항 또는 제4항에 따라 부족한 관세액을 징수할 때에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다. 다만, 잠정가격신고를 기초로 납세신고를 하고 이에 해당하는 세액을 납부한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 전부 또는 일부를 징수하지 아니한다.

1. 해당 부족세액의 100분의 10

2. 다음의 계산식을 적용하여 계산한 금액 해당 부족세액 × 당초 납부기한의 다음 날부터 수정신고일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사의 정기예금에 대하여 적용하는 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

② 제1항에도 불구하고 납세자가 부당한 방법(납세자가 관세의 과세표준 또는 세액계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 관세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법을 말한다)으로 과소신고한 경우에는 세관장은 해당 부족세액의 100분의 40에 상당하는 금액과 제1항제2호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다.

(5) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (이하 생략)

(6) 대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정 제5조 (원산지 규정) 이 협정의 적용대상이 되는 상품에 대하여 적용되는 원산지 규정 및 원산지 증명 운영절차는 부속서 3 및 그 부록에 규정된다.

(7) 한·아세안FTA 부속서 3 (원산지 규정) 이 협정 제5조에 따른 특혜관세대우에 적격한 상품의 원산지 결정에 다음 규정이 적용된다. 제9조 (직접운송)

1. 특혜 관세 대우는 이 부속서의 요건을 충족하고, 수출 당사국과 수입 당사국 영역간에 직접 운송된 상품에 적용된다.

2. 제1항의 규정에 불구하고, 상품이 수출 당사국 및 수입 당사국 영역이 아닌 하나 또는 그 이상의 경유하는 제3국을 경유하여 운송되더라도, 다음을 조건으로, 직접 운송된 것으로 간주한다.

• 가. 그 경유가 지리적 이유로 또는 오직 운송 요건에만 관련된 고려에 의하여 정당화될 것
• 나. 그 상품이 경유국에서 거래 또는 소비되지 아니하였을 것, 그리고
• 다. 그 상품이 하역, 재선적 또는 그 상품을 좋은 상태로 유지하는데 요구되는 공정 외의 어떠한 공정도 거치지 아니하였을 것

(8) 한·아세안FTA 부속서 3 부록1 (원산지 규정을 위한 원산지 증명 운영절차) 부속서 3의 이행 목적상 원산지증명서의 발급, 원산지 검증 그리고 그 밖의 관련된 행정사항에 관하여 다음의 운영절차 규정이 준수된다. 제9조 특혜관세대우의 신청 목적상, 수입자는 수입시에 원산지신고서와 증빙서류(즉 송장 그리고, 요구시 수출 당사국에서 발행된 통과선하증권)를 포함한 원산지증명서와 수출 당사국의 국내법령에 따라 요구되는 기타 서류를 수입 당사국의 관세당국에 제출하여야 한다. 제19조 원산지 규정에 관한 부속서 3 제9조의 이행 목적상, 수출 당사국과 수입 당사국의 영역이 아닌 하나 또는 그 이상의 중간 경유국의 영역을 통하여 운송이 이루어지는 경우, 다음의 각 호의 서류를 수입 당사국의 관련 정부당국에 제출하여야 한다.

• 가. 수출 당사국에서 발행한 통과선하증권
• 나. 원산지증명서 원본
• 다. 물품의 상업송장 원본의 부본
• 라. 그 밖에 부속서 3 제9조의 요건을 충족하였다는 증거인 증빙서류가 있는 경우 그 서류