청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2010지0641 / 조심2014지0567

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.4.12. OOO외 1필지 농지(지목: 전) 2,444㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2013.5.9. 지방세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11762호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항에 따라 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2014.6.13. 이 건 토지에 대한 현지출장 조사를 실시한 후, 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 의료업의 용도로 직접 사용하지 아니하고 농지로 사용하고 것으로 보아 2014.9.17. 이 건 토지에 기 감면한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 토지는 농지로서 청구법인 명의로는 소유권이전등기를 할 수 없어 부득이 청구법인의 대표자 명의로 건축하기 위하여 개발행위허가, 건축허가 등을 받은 다음 청구법인 명의로 이전등기 및 건축주 명의변경을 하였는바, 이러한 과정에서 청구법인이 이 건 토지의 소유권을 이전받기까지 상당한 시일이 소요되었고, 연면적이 6,794.71㎡에 이르는 상당한 규모의 의료시설 신축을 위한 각종 허가, 설계 및 감리계약, 공사도급계약, 건설사의 부도, OOO의 화재 및 OOO 사건 등에 따른 안전설비 요건 강화 등으로 건축설계의 수정과 보완에 상당한 시일이 소요되어 부득이 2014.7.30.에 이르러서야 건축공사에 착공하게 된 것이므로 청구법인으로서는 건축공사의 착공을 위해 정상적인 노력을 다하였고, 이 건 토지의 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다 할 것이므로 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 지방세특례제한법 제38조 제1항 및 같은 법 제94조 제1호에서 말하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 본문에 규정된 의료법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 의료법인에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 의료법인이 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2013.6.13. 선고 2011두18441 판결, 같은 뜻임). (2)의료법인에 대한 취득세 면제규정의 입법취지가 비영리 의료업의 사회적 공공성을 강조한 조세정책적 차원에 있다고 하더라도, 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로서 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한해 일정 조건을 부여하여 감면하는 것으로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우에는 그 감면효력이 상실된다 할 것이고(조심 2010지641, 2011.5.17., 같은 뜻임), 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것으로, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다 할 것(대법원 2002.10.11 선고 2002두6491 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 이 건 토지에 의료시설을 건축하기 위하여 개발행위허가·건축허가·설계의 수정과 보완·공사계약 등의 과정은 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 준비과정에 해당될 뿐 의료시설에 직접 사용하고 있다고 할 수 없고, 이 건 토지의 취득과정에서 매도자와의 분규나 당초 도급계약한 건설사의 부도 등의 사유는 행정·법령상 장애·금지나 외부적 요인에도 해당하지 아니하며, 처분청의 이 건 토지에 대한 현장출장 시점(2014.6.13.)까지도 터파기 공사 등의 기초공사도 진행하지 하지 않고 있는 사실이 확인된 이상 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이이 건 토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 의료업의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 비영리 의료법인으로서 의료기관을 설치·운영하고 보건의료에 관한 연구개발 등을 통하여 국민보건향상에 이바지함을 목적으로 2011.2.22. 아래 <표1>과 같이 설립되었다. <표1> 청구법인 현황 OOO

(2) 청구법인의 대표이사 임OOO은 2011.9.3. 개인명의로 아래 <표2>와 같이 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으며, 매도인은 이 건 토지를 매수인이 원하는 목적대로 사용할 수 있도록 토지사용승낙서(사용기간: 영구)를 작성하여 교부하여 준 사실이 확인된다. <표2> 이 건 토지의 매매계약 체결 내역 OOO

(3) 청구법인의 대표이사 임OOO은 2012.11.21. 처분청으로부터 아래 <표3>과 같이 이 건 토지에 대한 개발행위(토지형질변경) 허가를 득하였으며, 2013.7.9. 명의자를 임OOO에서 청구법인으로 하는 개발행위(토지형질변경) 변경허가를 득한 사실이 확인된다. <표3> 이 건 토지의 개발행위(토지형질변경) 허가 내역 OOO

(4) 청구법인의 대표이사 임OOO은 2012.11.29. 이 건 토지상에 아래 <표4>와 같이 의료시설(요양병원) 건축허가를 득하였으며, 2013.7.25. 변경허가를 통해 건축주를 임OOO에서 청구법인으로 변경한 사실이 건축허가서 및 건축관계자변경신고필증 등에 의하여 확인된다. <표4> 이 건 토지의 의료시설(요양병원) 건축허가 내역 OOO

(5) 청구법인은 2013.4.12. 이 건 토지를 취득한 후, 2013.4.19. 건축물 설계계약OOO 및 건축공사 도급계약(주식회사 OOO)을 체결하였다.

(6) 청구법인은 2013.11.4. 처분청에 착공예정일자를 2014.11.29.로 하여 의료시설(요양병원) 건축물 착공 연기를 신청한 후, 2014.7.30. 착공신고서를 다시 제출한 사실이 확인된다.

(7) 처분청의 현지출장보고서(2014.6.13.)에 의하면, 이 건 토지는 고추·감자·상추·가지·콩 등이 재배되고 있고, 토지를 둘러싼 담장이 설치되어 있으며, 의료시설을 위한 착공 등 고유업무에 직접 사용하거나 사용하기 위한 어떠한 행위도 이루어지지 않고 있다고 복명하고 있고, 처분청이 촬영한 현장사진에 의하면, 이 건 토지는 농지로 이용되고 있는 사실이 확인된다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제38조 제1항 및 같은 법 제94조 제1호에 의하면, 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 위 규정에 의하여 유예기간(1년) 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2013.6.13. 선고 2011두18441 판결 외 다수, 같은 뜻임). (다) 살피건대, 청구법인은 이 건 토지상에 요양병원 신축을 위한 개발행위허가, 건축허가 등을 득하는데 상당한 시일이 소요되었고, 유예기간(1년) 내에 의료업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으므로 정당한 사유를 인정하여야 한다고 주장하나, 목적사업에 직접 사용되는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것을 의미하는 것으로서 청구법인과 같이 본격적인 건축공사에 착공하기 전의 개발행위(토지형질변경) 허가, 의료시설(요양병원) 건축허가, 건축물 설계계약 및 건축공사 도급계약 등은 목적사업에 사용하기 위한 준비과정에 불과한 것으로 보이는 점,청구법인은 유예기간(1년)이 경과할 때까지 의료업에 사용하기 위한 건축공사 등에 착공하지 아니하고 농지로 이용하고 있는 사실이 처분청의 출장복명서 및 현장사진 등에 의하여 확인되는 점,청구법인이 주장하는 사유(토지 취득 지연, 건설업자의 부도 등)는 법령상 제한이나 행정상 지연 등에 따른 외부적인 사유로 보기는 어려울 뿐만 아니라 청구법인이 의료업에 사용하기 위한 정상적이고진지한 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보기도 어려운 점(조심 2014지567, 2014.9.24. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 토지를 유예기간 내에 의료용에 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11762호로 일부개정 되기 전의 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조에 따라 설립된의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를2013년 12월 31일까지면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 지방세법 제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2013년 12월 31일까지 면제한다. 제94조(감면된 취득세의 추징)부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우