청구법인이 서울특별시로 전입 전에 취득하고 전입 이후 소유권이전등기를 경료한 경우 “본점 전입한 이후의 부동산등기”로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 토지거래 허가구역 내에 소재하는 OOO이후인 2012.3.16. 취득신고를 하면서 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 비과세 신청하여 취득세 등을 비과세받았다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 취득일은 잔금지급 완료일인 2010.4.5.로 쟁점토지의 기부채납협의 확정(2010.12.23.) 이전에 취득한 토지이므로 기부채납을 조건으로 취득한 토지로 볼 수 없어 비과세 대상이 아니라고 보았으며, 그 중 등록세는 청구법인의 본점이 대도시 내로 전입한 이후 5년 이내에 쟁점토지의 취득 등기를 하였으므로 중과대상에 해당한다고 보아 당초 비과세했던 세액에 등록세 중과세율을 적용하여 청구법인에게 2014.9.4. 취득세 및 등록세 등 OOO을 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.29. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 등록세 중과와 관련하여지방세법(2009.10.2. 법률 제9621호로 개정된 것, 이하 “구 지방세법”이라 한다) 제138조 제1항 제3호 및 지방세법 시행령제102조 제2항에 따르면 등록세 중과세 대상 부동산의 등기는ⅰ) 본점 등의 전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기 ⅱ) 법인 또는 지점 등이 전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기로 구분되어 명시하고 있어, 본점 전입 이전에 취득한 부동산은 취득용도구분(본점 등으로 사용여부)에 따라 중과여부를 결정하고, 전입 이후에 취득한 부동산은 전입일 이후 5년 이내에 취득하였는지 여부에 따른 부동산 취득일을 기준으로 중과여부를 결정하고 있는바, 쟁점토지는 청구법인이 OOO의 “전입 이전에 취득한 부동산”에 해당하며 “법인의 본점 등 사용목적 부동산”에 해당하지 않아 등록세 중과세대상에 해당하지 않는다. 따라서, 처분청이지방세법제138조 제1항 제3호 및 지방세법 시행령제102조 제2항을 적용할 때 과세요건인 “법인의 과밀억제권역내의 부동산 취득을 전제로 본점 등의 전입이전 취득과 전입이후의 취득을 기준으로 그 과세대상 여부를 판단하지 않고, 쟁점토지의 취득시기를지방세법제29조 제1항 제2호의 등록세 납세의무의 성립시기로 해석하여 쟁점토지가 본점 전입 이후 5년 이내에 취득한 부동산이라 하여 청구법인에게 등록세를 중과세한 처분은 부당하다. 나.처분청 의견 청구법인은 쟁점토지의 잔금지급 완료일이 2010.4.5.이므로 쟁점토지는 본점의 전입 전에 취득이 완료되었다고 주장하나, 본점 전입 이전의 부동산등기와 그 이후의 부동산등기를 구분하는 기준이 취득일이 아니라 등기일이라는 것은 구지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에서 확인되며, 구지방세법 시행령에서 ‘취득하는 부동산등기’라고 표현한 것은 중과대상 부동산등기의 범위를 매수·증여·교환·경락 등 취득을 전제로 하는 부동산등기로 한정하기 위한 것으로 ‘취득하는 부동산등기’라는 표현 뒤에 “채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기는 제외한다. 이하 이 조에서 같다.”라고 부기한 것이 이를 뒷받침하고, 또한 등록세의 납세의무 성립일은 등기·등록일이므로 본점 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기를 구분하는 기준은 부동산등기일로 보는 것이 타당하며, 청구법인이 본점을 대도시내로 전입(2010.11.3.)한 이후 쟁점토지에 대한 부동산등기(2012.3.20.)를 하였으므로 등록세를 중과세한 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단
• 가. 쟁점 청구법인의 본점이 대도시 내로 전입한 이후 5년 이내에 쟁점토지를 등기하였다고 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부 나.관련 법령

(1) 지방세법 (2009.10.2. 법률 제9621호로 개정된 것) 제29조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제111조(과세표준) ⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가액 또는 연부금액을 의한다.

1. 국가지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득 제112조(세율) ③수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다. 제138조(대도시 지역내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의법인의 설립과지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의전입에 따른부동산등기와그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령(2009.9.21. 대통령령 제21737호로 개정된 것) 제73조(취득의 시기등) ① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. 다.사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 처분청은 쟁점토지가 기부채납을 조건으로 취득한 토지가 아니라고 보아 취득세 등을 아래와 같이 추징하면서, 등록세는 청구법인의 본점이 대도시 내로 전입한 이후 5년 이내에 쟁점토지의 취득 등기를 하였으므로 중과대상에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하여 과세하였다. (나) 청구법인이 매도인 박OOO 외 6인으로부터 쟁점토지를 취득한 내역은 다음과 같다. (다) 청구법인은 2010.11.3. 법인본점을OOO으로 이전하였음이 법인등기부등본에 나타난다. (라) 청구법인은 2012.3.20., 2012.6.4. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 완료하였음이 등기부등본에 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구지방세법제29조 제1항 제2호에서 등록세의 납세의무 성립일은 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때라고 규정하고 있고, 같은 법 제138조 제1항 제3호에서 “본점 전입한 이후의 부동산등기”에 해당하는 등기를 하는 때에는 등록세를 중과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 “본점 전입 이후의 부동산등기”라 함은 “본점 전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다”고 규정하고 있는바, 청구법인의 경우에 2010.11.3. 본점을 대도시 내로 전입한 이후로부터 5년 이내인 2012.3.16. 쟁점토지에 대한 취득 등기를 하였으므로, 처분청이 청구법인에게 쟁점토지의 취득등기는 등록세 중과대상에 해당한다고 보아 등록세 등을 중과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.