청구법인이 쟁점건물을 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 가산세를 포함하여 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2010.7.14. OOO를 증축한 후 취득신고를 하면서 쟁점건물이 청구법인의 고유업무인 농어민 관련사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 지방세법(2010.3.31.. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제266조 제2항의 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 세무조사결과 청구법인이 OOO을 2014.7.16. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1970년 농업협동조합법에 의하여 설립된 지역농업협동조합으로서 지역주민들과 관련된 신용사업, 경제사업 및 공제사업 등을 영위하고 있으며, 경제사업의 일환으로 기존에 운영중이던 OOO 매장면적이 협소하여 쟁점건물을 증축한 후 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았는데, 그 후 처분청이 쟁점건물을 청구법인의 고유업무에 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 건 부과처분을 하였는바, 첫째, 구 행정안전부장관은 청구법인과 같이 시군지역에 소재한 지역농업협동조합이 운영하는 OOO에 대하여 취득세 등의 면제대상이라고 해석(2012.8.24. 지방세운영과-27014호)하여 전국적으로 운영되고 있음에도 이에 반하여 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 지방세기본법제20조의 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분으로서 부당하며, 둘째, 청구법인이 운영하는 매장의 경우 생필품구매사업은 농업과 관련이 없는 생산자의 비중이 높으므로 농업협동조합의 고유목적사업과 관련성이 없다 하더라도, 농축산물 구매 및 판매사업은 농업인으로부터의 구매비율이 OOO인 점을 고려하면 이는 조합원을 위한 고유목적사업에 해당된다고 할 것이므로 이러한 사업에 공여되는 건축물 면적은 추징대상에서 제외하여야 할 것이므로 이 건 부과처분은 경정되어야 할 것이고, 셋째, 청구법인이 쟁점건물을 신축한 후 이를 고유업무에 사용하는 것으로 보아 감면신청을 하였고, 처분청에서도 이를 수용하여 감면을 하였음에도 그 후 이 건 취득세 등을 부과하면서 가산세를 가산하여 이 건 부과처분은 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점건물 중 농산물 구입 및 판매사업에 공여되는 부분은 청구법인의 고유업무에 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 운영하는 OOO가 소재한 지역의 인구분포나 지리적 여건 및 관광지 개발 등에 따라 언제든지 비조합원의 이용현황이 주가 될 수 있으므로 이를 고유목적에 사용한다고 보기에는 무리가 있다고 하겠으며, 조합원이 생산한 농산물의 판로와 유통의 원활화를 도모하기 위한 것이라는 농축산물 판매사업의 경우 청구법인이 운영하는 OOO등 농축산물 거래와 관련 없는 업체들이 기재되어 있으며 농업인으로부터 매입한 실적들도 농축산물을 거래로 판단할 수 있는 객관적인 증빙자료를 볼 수 없기에 농축산물매장이 청구법인의 고유목적사업으로 사용하고 있다고 보기 어렵다 할 것이므로 쟁점건물에 대하여 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① OOO에 대하여 종전의 유권해석사례에 반하여 감면대상에서 제외하는 것이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부

② OOO로 사용하는 부동산 중 농축산물 구매 및 판매사업에 사용하는 부동산의 경우 고유업무에 사용하는 부동산에 해당하는지 여부

③ 가산세 부과처분이 적법한지 여부

• 나. 관련 법령 등: 〈별지〉기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2009.9.1. OOO을 증축한 후 당해 건물 전체의 용도를 문화 및 집회시설에서 근린생활시설로 변경한 사실이 건축물대장에서 확인된다. (나) 청구법인은 2010.8.9. 처분청에 쟁점건물에 대한 감면신청을 하면서, 첨부서류로 건축물대장, 사업계획서 등을 제출하였고, 사업계획서의 내용에서 OOO의 대형화를 위하여 쟁점건물을 증축하였다는 내용이 나타난다. (다) 처분청에서 2014.5.13. 청구법인의 과세전적부심사와 관련하여 현지 확인을 하고 작성한 출장복명서상을 조사내용을 보면, “청구법인의 경제사업 중 하나인 OOO를 발급하나 조합원과 비조합원의 구분없이 발급 가능하여 일반사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 보기 어렵다 하겠으므로 감면된 취득세의 부과는 타당하다고 판단된다”는 조사내용이 기재되어 있다. (라) 청구법인이 처분청에 제출한 조합원명부를 보면, 청구법인의 조합원은 총 1,178명인 것으로서 OOO 관내에 지역별로 거주하고 있는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 제출한 연도별 매출자료에서 전체 매출액 및 OOO 등과 관련된 매출실적은 아래 〈표〉와 같다. (바) 청구법인이 제출한 2010년 제2기～2011년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입․매출처별 세금계산서 합계표를 보면, 매출처의 경우 농어업인이 아닌 개인사업자나 법인과의 거래가 다수를 차지하고 있고, 매입처의 경우 다른 농협 등과의 매입거래가 다수를 차지하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 구 OOO에 대하여 취득세 감면대상에 해당된다는 질의회신을 한 것을 근거로 이 건 부과처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 지방세법제1조의3 제3항의 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 결처 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하여야 하고, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적건해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청의 상당기간의 불과세상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것인데, 행정안전부장관이 2010.8.16. 지방자치단체에 친서민 관련 지방세 지원 세부추진계획이라는 제목의 지침을 통보하면서 농협이 운영하는 생활편의시설에 대하여 감면하도록 통보하였으나, 이러한 통보는 행정기관 내부를 구속하는 효과는 있다 하더라도 대외적인 효과는 발생할 수 없으므로, 행정안전부장관의 질의회신사례 통보만으로 대외적으로 시군지역에 소재하는 OOO에 대하여 취득세 등을 감면하는 공식적인 견해표명이 있고, 이러한 견해표명에 따라 상당한 기간동안 비과세상태가 유지되어 비과세관행이 성립되었다고 보기는 어렵다고 하겠으므로, 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점건물 중 농축산물 구매 및 판매사업에 사용되는 부동산은 고유업무에 사용되는 부동산에 해당된다고 주장하나, 지방세특례제한법제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 농업협동조합법제5조 제3항에서는 ‘조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하지 못한다’고 규정하고 있으며, 여기서 금지하는 영리를 목적으로 하는 업무라 함은 조합 자체의 경제적 이윤을 얻기 위한 업무를 말하는 것으로서 이는 구성원인 조합원을 대상으로 하여 조합의 영리를 목적으로 사업을 하는 것과 조합원과 관계없는 사업경영으로 조합 자체의 영리를 도모하는 것을 금지하는 취지이므로, 조합이 조합원과 관계없이 조합 자체의 영리를 도모하는 사업을 경영하는 것은 위 법규를 위반한 것으로서 고유목적에 속하는 사업의 경영이라 할 수 없다 할 것인바(대법원 1998.4.28. 선고 97누7905 판결), 청구법인과 같은 OOO이 조합원을 위한 시설이라기 보다는 조합의 영리를 위한 시설에 해당된다고 보는 것이 타당하므로 이에 대한 청구주장도 인정하기 어렵다고 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이다(대법원 2008.2.1. 선고, 2007두2524 판결, 같은 뜻임). 이 건의 경우 취득세가 신고납부방식의 세목인 점에서 신고납부해태에 대한 1차적인 책임이 납세자에게 있다는 점에 비추어, 청구법인은 쟁점건물을 취득한 후 처분청에 감면신청을 하자 처분청이 이를 수용하였다 하더라도 이는 청구법인이 고유업무에 사용하겠다는 사업계획서를 신뢰하여 유예기간 이내에 고유업무에 사용할 것을 전제로 감면을 수용한 것으로서, 감면신청을 하여 처분청이 이를 수용하였다고 하여 청구법인이 쟁점건물에 대하여 유예기간 이내에 고유업무 이외의 사업에 사용하여 추징사유가 발생함에 따른 취득세 등을 신고납부기한내에 신고납부하지 아니한 정당한 사유로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〈별지〉관련 법령 등

(1) 쟁점① 관련 (가) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제1조2(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 쟁점② 관련 (가) 지방세법 제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면) ⑤농업협동조합법에 의하여 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (나) 농업협동조합법(2010.7.1. 법률 제9761호로 개정되기 전의 것) 제5조(최대봉사의 원칙) ① 조합과 중앙회는 그 업무에 있어서 조합원 또는 회원을 위하여 최대로 봉사하여야 한다.

② 조합과 중앙회는 일부 조합원 또는 일부 회원의 이익에 편중되는 업무를 하여서는 아니된다.

③ 조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다. 제13조(목적) 지역농업협동조합(이하 이 장에서 "지역농협"이라 한다)은 조합원의 농업생산성을 제고하고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술, 자금 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위향상을 증대함을 목적으로 한다. 제57조(사업) ① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.

2. 경제사업

• 가. 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업
• 나. 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업
• 다. 조합원이 생산한 농산물의 유통조절 및 비축사업
• 라. 조합원의 사업 또는 생활에 필요한 공동이용시설의 운영 및 기자재의 임대사업
• 마. 조합원의 노동력 또는 농촌의 부존자원을 활용한 가공사업·관광사업등 농외소득증대사업
• 바. 농지의 매매·임대차·교환의 중개
• 사. 위탁영농사업
• 아. 농업노동력의 알선 및 제공
• 자. 농촌형 주택보급등 농촌주택사업
• 차. 보관사업 제58조(비조합원의 사업 이용) ① 지역농협은 조합원이 이용하는 데에 지장이 없는 범위에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있다. 다만, 제57조 제1항 제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업은 제외한다)·바목·사목·차목, 제3호마목, 제5호가목·나목, 제7호 및 제10호의 사업 외의 사업에 대하여는 정관으로 정하는 바에 따라 비조합원의 이용을 제한할 수 있다.

② 조합원과 동일한 세대(世帶)에 속하는 사람, 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원이 지역농협의 사업을 이용하는 경우에는 그 지역농협의 조합원이 이용한 것으로 본다.

(3) 쟁점③관련 (가) 지방세법 제120조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다 제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세 제150조의2(신고 및 납부)③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.