쟁점건물 임시사용승인 후 감액된 공사비를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2003.7.16. 설립된 주택재건축조합으로서OOO와 기부채납용 임대아파트(201세대)를 건축(공동주택 210,043,922㎡, 근린생활시설 3,208.610㎡, 이하 “이 건 재건축건물”이라 한다)하여 2011.9.29. 임시사용승인을 받고, 2011.11.9. 이 건 재건축건물 중 일반분양분 아파트와 상가(아래 <표1> 기재, 이하 “쟁점건물”이라 한다)에대하여 과세표준을 OOO으로 하여 지방세법(2011.12.31.법률 제11136호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 등의세율 및 지방세법제9조 제2항과지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것) 제33조 제1항의 비과세·감면조항을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO을 신고하였다.
• 나. 청구법인은 시공사인 OOO과 체결한 이 건 재건축건물 지분제 공사계약에 따라 임시사용승인 당시 쟁점건물 중 미분양된 아파트와 상가에 대해서는 예상된 일반분양수입을 공사비 항목으로 과세표준에 반영하였으나, 2013.6.30. 시공사가 미분양아파트의 일반분양수입이 감소될 것으로 예상하여 공사비 OOO을 감액하고 이에 대한 세금계산서 및 계산서를 청구법인에게 발행하였으므로 이를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 취지로 2013.9.2. 처분청에 경정청구(아래 <표2> 참조)를 하였고, 처분청은 2013.9.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.26. 이의신청을 거쳐 2014.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 시공사와 공사계약을 지분제로 체결하였으며, 그 계약조건에 따라 시공사는 아파트를 신축하여 조합원에게 제공하고 잔여 건축시설은 일반분양하여 공사비 및 사업경비로 충당하는 것인데, 이 건 재건축건물의 임시사용승인 당시 일부 아파트 및 상가가 미분양됨에 따라 시공사의 공사비는 임시사용승인시점에 일반분양수입이 확정되지 못하게 되므로 예상된 일반분양수입으로 공사비를 산출할 수 밖에 없었고 이를 근거로 최초 취득세 과세표준을 산정하였으나, 임사사용승인일 이후 시공사가 매분기 미분양아파트의 예상되는 분양수입을 추정하여 변동된 분양수입에 따른 공사비변동금액을 증액 또는 감액하여 청구법인에게 세금계산서 및 계산서를 발행하고 있으며, 이러한 사실이 세금계산서, 계산서 및 법인장부 등으로 객관적으로 확인이 된다면 감액된 공사비는 취득세 과세표준에서 제외되어야 하는 것인바, 청구법인이 2013.6.30. 시공사로부터 수취한 계산서 및 세금계산서상의 감액된 공사비 OOO은 취득세 과세표준에서 차감하는 것이 타당하므로 처분청이 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경우 쟁점건물을 시공사와 지분제 계약형태를 통해 취득하였고, 청구법인의 정관 제12조에서 시공사 선정시 사업비의 부담 등 사업시행 전반에 대한 내용을 시공사와 협의한 후 미리 총회의 인준을 받아 별도의 계약을 체결하며, 계약내용을 변경하는 경우에도 같다고 규정하고 있는 점, 청구법인의 정관 제32조에서는 준공시점은 물론 재건축사업 관련 일체의 공사비와 사업비에 관하여 회계연도에 맞춰 결산을 하도록 규정하고 있는 점, 통상 지분제 공사계약의 경우 결산시에는 준공시점에서 시공사가 시공사의 정산서를 조합에 제출하고 또한 조합에서는 조합대로 사업정산서를 만들어 조합과 시공사가 쌍방협의 조정하여 최종도급계약서 또는 정산합의서를 작성하고 취득신고 및 조합 총회에서 이에 대하여 밝히고 인준을 받는 점 등을 종합해 볼 때, 청구법인의 정관상 절차를 거쳐 시공사와 공사비 감액이 이루어진 것인지 확인할 수 있는 증거서류 및 이 건 재건축건물에 대한 공사비 전반을 파악할 수 있는 최종도급계약서 등 정산서류 없이 단순히 시공사가 발행한 계산서 및 세금계산서만으로는 그 세금계산서 등에 나타나는 감액된 공사비를 이 건 재건축건물 취득세 과세표준에서 제외할 수 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점건물의 임시사용승인 후 감액된 공사비를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO 외 549필지 지상에 공동주택 재건축을 목적으로 2000.3.29. 조합설립인가를 받고, 2003.7.16. 설립된 주택재건축조합이다. (나) 청구법인은 처분청으로부터 2006.6.30. 재건축시행인가를 받았고, 같은 해 10.19. 관리처분계획인가를 받았다. (다) 청구법인과 시공사인 OOO 사이에 2006.9.21. 체결한 OOO의 주요 내용은 아래와 같다. (라) 청구법인 정관의 주요 내용은 아래와 같다. (마)청구법인은 2011.9.29. 이 건 재건축건물에 대한 임시사용승인을받고, 2011.11.9. 쟁점건물 취득에 대하여 과세표준을OOO으로 하여 지방세법제11조 제1항 등의 세율 및 지방세법제9조 제2항과지방세특례제한법제33조 제1항의 비과세·감면조항을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO을 신고하였다. (바) 청구법인은 임시사용승인일 이후 시공사로부터 매분기말일자로 공사비에 대해 정산 계산서 및 세금계산서를 발행받고 있다며, 이를 경정청구의 근거서류로 제출하였고 그 내역은 아래와 같다. (사) 청구법인이 제출한 2013년도 외주공사비 계정별원장를 보면, 시공사가 발행한 위 계산서 및 세금계산서 내역이 법인장부에 반영되어 있는 것으로 확인된다. (아) 청구법인은 2013.9.2. 시공사가 미분양아파트의 일반분양수입이 감소될 것으로 예상하여 공사비OOO을 감액하고 이에 대한 세금계산서 및 계산서를 청구법인에게 2013.6.30. 발행하였으므로 이를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2013.9.27. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제10조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다고 규정하고, 제2항에서 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 제5항에서 법인장부상의 가액을 사실상의 취득가격으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인은 법인장부상의 공사비 등을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였고, 이러한 취득가액이 조작되었거나, 명백한 착오로 인하여 오기되었다고 볼 수 없으므로 적법하게 취득세 납세의무가 성립하였다 할 것이며, 적법하게 취득세 납세의무가 성립한이후에 계약당사자 간의 약정에 따라 취득가액을 변경하였다 하여 이미성립한 조세채권에 영향을 줄 수는 없다할 것이다. (나) 설령, 취득세 납세의무가 성립한 이후에 계약당사자 간의 약정에 따라 취득가액이 변경될 수 있다고 보더라도, 지방세법제10조 제5항에 의한 취득세 과세표준인 사실상의 취득가격은 같은 법 시행령 제18조에서 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용으로 규정하고 있는바, 청구법인과 시공사 간에 체결한 지분제 공사계약상 공사대금이 일반분양수입금액 등으로 확정되는 경우로써 쟁점건물의 임시사용승인 당시 일부 아파트 및 상가가 미분양되어시공사의 공사비를 확정할 수 없다고 한다면, 임시사용승인 이후 미분양된 아파트 등이 분양 완료되어 최종 공사비를 청구법인과 시공사 간에 정산할 수 있을 때에 이 건 재건축건물 취득을 위한 공사비용이 확정되는 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 이 건의 경우, 시공사가 미분양아파트의 일반분양수입이 감소될 것으로 예상하여 공사비OOO을 감액하고 이에 대한 세금계산서 및 계산서를 청구법인에게 발행한 것으로써, 청구법인과 시공사 간에 이 건 재건축건물에 대한 공사대금을 최종 확정하여 공사비를 정산한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 위 세금계산서 및 계산서상의 감액된 공급가액 OOO을 취득세 과세표준에서 제외하기 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법 제10조 [과세표준] ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 부동산 거래신고에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제6조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령 제18조 [취득가격의 범위 등] ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 전기사업법, 도시가스사업법, 집단에너지사업법, 그밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

(3) 지방세기본법 제51조 [경정 등의 청구] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 따라 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(4) 지방세기본법 시행령 제30조 [후발적 사유] 법 제51조 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정(更定)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우