[요지] 청구법인이 취득한 쟁점토지는지방세특례제한법제58조 제1항에서 규정한 벤처기업집적시설용 부동산으로서 취득세 면제 대상에 해당된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음
[요지] 청구법인이 취득한 쟁점토지는지방세특례제한법제58조 제1항에서 규정한 벤처기업집적시설용 부동산으로서 취득세 면제 대상에 해당된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO이 2014.7.8. 청구법인에게 한 취득세 등 환급 경정청구 거부 처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제58조【벤처기업 등에 대한 과세특례】①벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다.
(2) 지방세법(2010.12.27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제276조【산업단지 등에 대한 감면】③산업입지 및 개발에 관한 법률제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자,산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의한 사업시행자 및벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정하는 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지·벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제45조의13 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지·벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조【벤처기업집적시설의 지정 등】① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.
(4) 소프트웨어산업진흥법(2013.3.23. 법률 제11690호로 개정된 것) 제5조【소프트웨어진흥시설의 지정 등】① 미래창조과학부장관은 소프트웨어산업의 진흥을 위하여 소프트웨어진흥시설(이하 “진흥시설”이라 한다)을 지정하고, 자금 및 설비 제공 등 그 지원을 위하여 필요한 시책을 마련할 수 있다.
② 진흥시설로 지정받으려는 자(지방자치단체를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 지정을 신청하여야 한다.
(5) 소프트웨어산업진흥법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24442호로 개정된 것) 제3조【소프트웨어진흥시설의 지정 등】① 법 제5조의 규정에 의하여 소프트웨어진흥시설(이하 “진흥시설”이라 한다)의 지정을 받고자 하는 자는 미래창조과학부령이 정하는 신청서에 제2항의 지정요건을 갖추고 있음을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 미래창조과학부장관에게 제출하여야 한다.
③ 미래창조과학부장관은 진흥시설을 지정한 때에는 이를 공고하여야 한다.
(1) 처분청은 2013.2.14. 이 건 토지를 벤처기업집적시설용 부지로 매각하기로 결정하고, 2013.6.5. 우선협상대상자 모집 공고를 하면서 이 건 토지의 용도를벤처기업육성에 관한 특별법제19조에 따른 벤처기업집적시설로 제한하였다(OOO 공고 제2013-730호).
(2) 위 공고에 따르면 이 건 토지를 취득하는 자는 토지 취득 후 3년 이내에 벤처기업집적시설을 착공하여 6년 이내에 사용승인을 받아야 하고, 토지 취득 후 10년간 전매가 제한되며, 5년간 벤처기업집적시설을 유지하여야 할 뿐 아니라 그 유치업종도 IT융합·생명에너지·콘텐츠산업으로 제한되는 것으로 나타난다.
(3) 청구법인은 2013.9.17. OOO에소프트웨어산업진흥법제5조 제4항의 소프트웨어진흥시설이 “벤처기업집적시설”에 해당하는지 여부에 대하여 질의하였고, OOO는 2013.10.10. 소프트웨어진흥시설로 지정된 시설은 벤처기업집적시설에 해당된다고 회신하였으며, 처분청은 청구법인의 질의에 대하여 2013.10.25. 소프트웨어진흥시설의 지정은벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조에 따라 “벤처기업집적시설”로 지정된 것으로 간주되므로 소프트웨어진흥시설은 이 건 토지의 공급 용도 및 용도제한 조건을 충족한다고 회신하였다.
(4) 청구법인은 처분청의 질의회신에 따라 이 건 토지를 소프트웨어진흥시설로 개발하고자 2013.10.31. 이 건 토지의 매각에 입찰하였고, 처분청은 2013.11.18. 청구법인을 이 건 토지의 매각 관련 우선협상대상자로 선정하고 이와 같은 사실을 청구법인에게 통보하였다.
(5) 처분청과 청구법인은 2013.12.30. 이 건 토지 매매를 위한 벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 설치ㆍ운영협약 (이하 “이 건 협약”이라 한다) 및 이 건 토지 매매계약을 체결하였고 그 주요 내용은 아래와 같다. ＜벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 설치․운영협약서＞ 제1조(목적) 본 계약은 갑(OOO 처분청)이 을(청구법인)에게 공유재산 토지를 매각함으로써 벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 설치 운영하여 도시의 자족기능 강화, 시민 일자리 창출, 지역산업 발전 및 지역경제 활성화를 위하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제9조(건립 규모 및 형태) ① 을은벤처시설 육성에 관한 특별조치법또는 소프트웨어산업진흥법에 따른 벤처기업집적시설 또는 소프트웨어진흥시설 지정 승인을 받아야 한다. 제10조(건축공사 및 시설지정 용도) ② 을은벤처시설 육성에 관한 특별조치법또는소프트웨어산업진흥법에 따른 지정 용도인 벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 지정 요건을 갖춘 날부터 10년 이상 활용하여야 한다. 제11조(벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설의 건립․운영상의 준수사항) ① 을은 갑으로부터 대상토지를 매수하여벤처시설 육성에 관한 특별조치법또는소프트웨어산업진흥법이 정하는 바에 따라 적법하게 벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 및 이와 관련된 모든 시설물을 건립 운영하여야 하며, 동 법 시행령 및 시행규칙에 규정하고 있는 벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 지정 요건을 준수하여야 한다. 제15조(협약의 해지) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 “갑”은 본 협약을 해지할 수 있다.
3. “을”이 지정용 사용의무를 이행하지 않아 “갑”으로부터 시정명령을 받고도 이를 이행하지 아니한 때 -이하 생략- 2013.12.30. 갑: OOO 을: OOO ＜시유재산(토지) 매매계약서＞ 제1조(매매가격) 갑은 이 건 토지를 을에게 일금OOO정에 매각한다. 제2조(대금납부 및 소유권이전) ① 을은 본 계약 체결일에 제1조의 매매대금 중 금 OOO을 계약금으로 납부하고 나머지 잔금 OOO을 벤처기업집적(소프트웨어진흥)시설 설치․운영협약서 제6조에 따라 2013.12.31.까지 일괄 납부하는 방법으로 납부한다. (이하 생략) -이하 생략- 2013.12.30. 갑: OOO 을: OOO
(6) 청구법인이 2013.12.31. 이 건 토지를 취득한 후, 처분청은 이 건 협약 제9조에 따라 2014.1.8. 청구법인에게 소프트웨어진흥시설 지정서 제출을 요구하였고, 청구법인은 처분청의 요구에 따라 2014.2.3. OOO에 이 건 토지를 소재지로 한 소프트웨어진흥시설 지정 신청을 하였으며, OOO은 2014.2.14. 이 건 토지에 신축하는 건축물의 사용승인을 받은 날부터 6개월 이내에소프트웨어산업진흥법 시행령제3조 제2항의 요건을 갖출 것을 조건으로 하여 이 건 토지를 소프트웨어진흥시설로 지정하였다(제2014-1호).
(7) 청구법인은 2014.2.28. 처분청에 이 건 취득세 등 OOO을 신고․납부한 후, 2014.5.19. 이 건 토지를지방세특례제한법제58조 제1항에서 규정한 벤처기업집적시설용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 취득세 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.7.8. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (8)지방세특례제한법제58조 제1항에서벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하되, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 지정이 취소되거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다고 규정하고 있고,벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제1항은 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다고 규정하고 있으며,소프트웨어산업진흥법제5조 제1항에서 OOO은 소프트웨어산업의 진흥을 위하여 소프트웨어진흥시설(이하 “진흥시설”이라 한다)을 지정하고, 자금 및 설비 제공 등 그 지원을 위하여 필요한 시책을 마련할 수 있다고 규정하고 있다.
(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건 토지는 처분청이 벤처기업집적시설용으로 용도를 한정하여 청구법인에게 매각한 점, 처분청과 청구법인이 체결한 이 건 협약 제15조 제1호에서 청구법인이 이 건 토지를 지정용도(벤처기업집적시설)로 사용하지 않아 처분청으로부터 시정명령을 받고도 이를 이행하지 않은 경우 처분청은 이 건 협약을 해지할 수 있다고 규정하고 있으므로 청구법인의 경우 이 건 토지를 벤처기업집적시설의 용도로 사용할 수 밖에 없다고 보이는 점, 이 건 토지와 같이 취득 당시에 벤처기업집적시설용으로 사용용도가 제한된 토지의 경우 벤처기업집적시설용 부동산으로 보아 취득세를 면제한다고 하더라도 그 후 실제 사용 여부에 따라 면제한 취득세를 추징할 수 있는 점(대법원 2014.11.13. 선고 2014두35942 판결, 같은 뜻임),소프트웨어산업진흥법등 관련 법령의 규정을 보면 벤처기업집적시설을 취득하기 전에 벤처기업집적시설로 지정받는 것은 사실상 어렵다고 보이는 점,지방세특례제한법제58조 제1항은 벤처기업집적시설 등을 활성화하여 지역 경제를 발전시키고자 신설한 조항으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 이 건 토지는지방세특례제한법제58조 제1항에서 규정한 벤처기업집적시설용 부동산으로서 취득세 면제 대상에 해당된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세 기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.