학교가 기숙사로 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 기숙사로 사용하다가 법인해산으로 인하여 이를 기숙사로 사용하지 아니하고 있는 경우 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2014지0607

[주 문] OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.12.17. OOO 토지상에 건물 1,177.99㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 증축한 후지방세특례제한법제46조제1항의 규정에 따라 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 세무조사 결과 청구법인이 쟁점건물을 취득한 날부터 학교 기숙사 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 폐교 및 해산된 사실을 확인하고 쟁점건물은 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아, 그 취득가액 OOO을 2014.8.11. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건물의 취득일부터 2년이 경과하기 전에 교육부 정책에 따라 폐교 및 해산을 할 수 밖에 없으므로 이는 지방세특례제한법제42조 제1항 제1호의 규정에 따라 기숙사 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하며, 현재 쟁점건물은 청구법인과 설립자가 동일한 OOO으로 귀속되기 전 과도기 단계에 있으며, 귀속 후에는 교육 목적을 그대로 승계하여 학교 기숙사로 계속 사용할 계획이고, OOO의 기숙사로 사용하는 방안도 추진 중에 있으므로 지방세특례제한법제42조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당되지 아니함에도 처분청이 쟁점건물에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제42조 제1항에서 고등교육법제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 및 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 정당한 사유란 그 재산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당 사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 그 재산의 취득자가 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 그 재산을 해당 사업에 직접 사용하는 것이 지연되거나 포기한 경우에는 이에 해당되지 아니한다 할 것(대법원 2012.12.13. 선고 2011두1948 판결, 조심 2014지607, 2014.5.29., 같은 뜻임)으로서, 청구법인의 해산은 행정관청의 사용 금지·제한 등 불가피한 외부적 사유가 아닌 단순한 청구법인의 교육재정 악화 등 내부사정에 기인한 것이므로 청구법인의 경우 지방세특례제한법제42조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 학교 기숙사 용도로 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유로 보기는 어렵다 할 것이며, 또한, 청구법인은 2012.12.17. 쟁점건물을 취득한 후 2013.4.14. 재정난을 이유로 자진해서 학교 폐지 및 해산 인가 신청서를 교육부에 제출하여 2013.5.1. 교육부장관으로부터 학교 폐지 및 해산인가 통보를 받고, 2013.8.1. 학교를 폐교한 후 2014.2.28. 청구법인을 해산하였으며, 청구법인이 해산할 경우 청구법인의 정관 제5장 제37조에 따라 잔여재산은 현재 청구법인과 동일한 설립자의 학교법인 무열교육재산에 귀속하도록 규정하고 있고, 처분청 세무담당공무원이 2014.5.16. 쟁점건물의 사용 현황을 확인하고 작성한 출장복명서에는 학교 기숙사 용도로 사용하지 아니하고 공실 상태인 것으로 확인되는 점 등을 종합하면, 청구법인의 자진 폐교 및 해산은 쟁점건물을 학교 기숙사 용도에 직접 사용하기를 포기함과 다를 바 없으며, 청구법인은 폐교 및 해산과 동시에고등교육법에 의한 학교로서의 실체를 상실하고 기능을 수행할 수 없게 되었을 뿐만 아니라 쟁점건물은 더 이상 학교 기숙사 용도로 직접 사용이 불가능한 상태가 되어 다른 용도로 전환되었다고 보아야 할 것이므로 지방세특례제한법제42조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 학교 기숙사 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당된다고 할 것이고, 이 경우에는 정당한 사유 여부를 고려할 필요가 없이 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아야 하므로 이 건 취득세 등 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 기숙사로 사용하다가 법인해산으로 인하여 이를 기숙사로 사용하지 아니하고 있는 경우 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제42조(기숙사 등에 대한 감면) ① 고등교육법제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를, 해당 학교에 대하여는 주민세 재산분을 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2.해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2012.12.17. 지상 3층의 쟁점건물을 증축한 사실이 건축물대장에 의하여 확인되며, 고등교육법에 의한 학교의 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받은 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 1996.10.26. 고등교육을 실시할 목적으로 설립된 학교법인인 것으로 확인된다. (다) 처분청 담당공무원이 2014.5.16.과 2014.5.31. 쟁점건물에 대한 현지확인을 하고 작성한 출장복명서에는 쟁점건물이 기숙사로 사용되지 아니하고 폐쇄된 상태로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2013.4.14. 교육재정 악화 등을 이유로 학교 폐지 및 학교법인 해산 인가 신청서를 교육부장관에게 제출하였고, 교육부장관은 2013.5.1. 청구법인에게 학교 폐지 및 학교법인 해산인가 통보(사립대학제도과-855)를 하였으며, 그 내용에서 폐지사유를 “재정난으로 인하여 계속적인 학교운영이 불가능”으로, 학교폐지일은 2013.8.31.로, 법인해산일은 2014.2.28.로 하여 학교폐지 및 해산인가를 한 사실이 해산인가서 등에서 확인된다. (마) 청구법인은 2013.4.14. 정관을 개정하면서 그 정관 제5장 제37조를 “이 법인을 해산하였을 경우 잔여재산은 합병 및 파산의 경우를 제외하고는 관할청에 대한 청산 종결의 신고가 종료된 후 학교법인 OOO에 귀속된다.”고 개정한 것으로 청구법인의 정관에서 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 교육부의 정책에 따라 폐교를 하고 학교법인을 해산하게 된 것이므로 쟁점건물을 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당되고, 잔여재산이 설립자가 동일한 다른 학교법인에 귀속되어 계속하여 학교용으로 사용될 예정이므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하나, 지방세특례제한법제42조 제1항에서 고등교육법에 의한 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우나 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제한 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 쟁점건물을 취득한 후 이를 학생들을 위한 기숙사로 사용하였고, 처분청이 작성한 비과세·감면 사후조사서에서도 “2013.5.31. 조사에서는 기숙사로 사용하였으나 2014.5.16. 조사시에는 기숙사로 사용하지 아니한다”고 기재되어 있으며, 청구법인이 2013. 8.31.을 폐교일로 하여 해산인가를 받은 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점건물을 취득 이후에 당초 취득목적대로 학생들을 위한 기숙사로 사용하다가 학교 폐교로 인하여 사용을 중단한 것으로 보이고, 이 경우에는지방세특례제한법제42조 제1항 제1호가 아닌 제2호의 규정에 의하여 추징대상에 해당되는지 여부를 판단하여야 할 것으로서, 청구법인의 경우와 같이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득목적대로 사용하다가 사용을 중단한 것이 지방세특례제한법제42조 제1항 제2호에서 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2년 이상 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당된다고 볼 수 없다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점건물에 대하여 이를 학교용으로 2년 이상 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하여 추징요건이 성립된 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.