청구법인이 사업양도ㆍ양수에 따라 취득한 부동산의 일부를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 다른 용도로 사용하였다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO외2필지 토지 1,828㎡ 및 지상건축물 2,125.72㎡ 중 건축물 323.4㎡(부속토지를 포함한다)를 임대한 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2011.3.22. 취득한OOO에 대하여조세특례제한법(2011.3.9. 법률 제10445호로 개정된 것, 이하 같다) 제32조 및 같은 법 120조 제5항의 법인전환에 따른 사업양도·양수를 원인으로 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 2년 이내인2011.9.19. 이 건 부동산 중 건축물 898.75㎡(부속토지를 포함하여 이하“쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사OOO(이하 “이 건 취득세등”이라 한다)을 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 협력업체인OOO이 쟁점부동산에 공장등록을 하였다는 사실만으로 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 다른용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 OOO의 공장으로 등록한 후 청구법인도 이 건 부동산 중 쟁점부동산을 제외한 나머지 면적을 공장 면적으로 하여 공장변경등록을 한 점, 쟁점부동산의 공장등록 취소 사유가 임대기간만료로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 다른 용도로 사용하였다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 사업양도·양수에 따라 취득한 부동산의 일부를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 다른 용도로 사용하였다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법(2011.3.9. 법률 제10445호로 개정된 것) 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. 제120조【취득세의 면제 등】⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011.3.23.OOO이고,목적사업은 자동차 부품가공업, 판금류 설계 및 제작업 등으로서 법인전환 당시 청구법인의 유형고정자산 현황 등은 아래와 같다. OOO

(2) 이 건 부동산의 토지1,828㎡중 공장용지는 1,797㎡이고, 나머지31㎡는 진입도로이며, 이 건 건축물 중 공장 764.76㎡(이하 “공장용건축물”이라 한다)는 건축물대장에 등재된 건축물이고, 나머지 임시창고1,360.96㎡는 처분청으로부터 존치허가를 받아 설치한 철파이프 구조의가설건축물이다.

(3) 청구법인과 OOO이 2011.9.19. 체결한 쟁점부동산의 전대(임대차)계약서를 보면, 임대계약 면적은 공장용 건축물 764.76㎡ 중 323.4.㎡(부속토지를 포함한다. 이하 같다)이고, 임대기간은 2011.9.19.부터 2012.9.18.까지 1년이며, 임대보증금 및 임대료는 무상인 것으로 나타난다. (4)OOO이 공장으로 등록한면적 323.4㎡를 제외한 441.36㎡로 변경 등록하였으며, 이 건 건축물 중 가설건축물은 당초부터 공장등록면적(제조·부대시설)에 포함되지 않은 것으로 나타난다. (5)OOO로이전하였다고 처분청에 공장등록 취소 신고를 하였고, 처분청 공장등록담당 부서는 처분청 세무담당부서에 이와 같은 사실을 통보한 것으로 보인다.

(6) 처분청은 2014년 5월 경 쟁점부동산의 사용 현황을 조사한 것으로 보이나, 2014.3.5. 쟁점부동산의 공장 등록이 말소됨에 따라 현지 조사가 아니라OOO 합하여 산출한 것으로 나타난다. (7)조세특례제한법제120조 제5항에서 같은 법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 공장 건축물 중 323.4㎡의 경우 그 취득일(사업양도·양수일)부터 2년 이내에 OOO에게 임대하였고 여기에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인은 위 323.4㎡의 임대차계약은 OOO의 요청에 따라 형식적인 것일 뿐 실제로는 임대하지 않았다고 주장하나, 처분청 공장등록부서의 공장등록 확인 등으로 보아 청구법인은 사실상 임대하였다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 OOO에게 공장용 건축물의일부를 임대하지 않았다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

(9) 다만, 처분청은 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 추징하면서 쟁점부동산의 실제 사용현황을 확인하지 아니하고 가설건축물 1,360.96㎡ 중575.35㎡(부속토지를 포함한다)를 쟁점부동산의 면적 898.75㎡에 포함한 것으로 보이는 점, 청구법인과 OOO이 체결한 임대차계약서에서 가설건축물의 임대차 관련 내용은 기재되지 않은 점, 처분청이 작성한 공장등록대장에도 OOO이 가설건축물의 일부를 임차한사실은 확인되지 않는 점 등에 비추어 OOO의 공장등록대장에서공장부지 면적이 이 건 토지 중 진입도로를 제외한 1,797㎡로 기재되어있다고 하더라도 그러한 사실만으로 처분청이 가설건축물 575.35㎡를 청구법인이 수호시그널에게 임대한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세 기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.