청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 지식산업센터 설립승인을 받은 자에 해당하지 아니하여 쟁점부동산은 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[참조결정] 조심2013지0483

[주 문] OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.3.11. OOO을 2014.3.11. 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 이 건 부동산의 취득일 현재 이 건 토지에 신축될 지식산업센터 설립승인자의 명의가 청구법인 명의로 변경되지 아니한 사실을 확인하고, 청구법인이 취득세 등의 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 이 건 부동산에 대하여 기 감면한 취득세 OOO을 2014.4.15. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO는 지식산업센터를 설립하기 위하여 2010.8.9. 이 건 부동산에 지식산업센터 설립승인을 받았고, 청구법인은 2014.3.10. 처분청에 지식산업센터 설립승인에 대한 명의변경을 신청한 상태에서 그 다음날 이 건 토지를 취득하였으며, 지식산업센터 설립승인에 대한 명의변경을 신청한지 30일 이내인 2014.4.8. 명의변경이 완료되어 그 절차상 하자가 치유되었을 뿐만 아니라 지식산업센터에 대한 세제지원을 위한 감면 규정의 입법취지 등을 고려할 때 청구법인이 지식산업센터 설립승인을 받기 전에 이 건 토지를 취득하고그 이후 목적대로 사용하고 있다면 이 건 토지는 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 지식산업센터 설립승인을 받지 아니한 상태에서 지식산업센터 설립을 목적으로 이 건 부동산을 2014.3.11. 취득하고 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았으나, 2012.1.1. 지식산업센터의 감면규정이 서울특별시 시세감면 조례에서 지방세특례제한법으로 이관되면서 당초 ‘설립자’에 대한 취득세 등 감면요건이 ‘설립승인을 받은 자’로 변경되었고, 안전행정부장관이 ‘2012년 시행 지방세법령 적용요령’에서 “지식산업센터 설립자로서 설립승인을 받기 전에 취득하는 부동산은 취득세 감면대상으로 보지 않는 것이 타당하다고 해석한바 있으며, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것(대법원 2004.5.28. 선고, 2003두7392 판결 외 다수, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 해당하지 아니하므로 이 건 부동산은 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 지식산업센터 설립승인을 받은 자에 해당하지 아니하여 이 건 부동산은 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 등기사항 전부증명서에 의하면, 청구법인은 2011.8.31. 시행 및 시행대행업 등을 목적사업으로 하여 설립된 것으로 기재되어 있다. (나) 처분청이 OOO는 이 건 토지상에 지식산업센터의 설립승인을 받은 것으로 나타난다. (다) 양도인OOO, 양수인 청구법인 사이에 2014.2.23. 체결된 지식산업센터 설립승인 및 앙도양수계약서에 의하면, 청구법인은 이 건 토지상에 지식산업센터 설립승인 및 건축허가권 등 일체를 양수하는 것으로 기재되어 있다. (라) 처분청이 청구법인에게 보낸 건축관계자(건축주) 변경신고처리 알림 문서에 의하면, 이 건 토지상에 신축될 건축물의 건축주가 OOO에서 청구법인으로 변경된 것으로 기재되어 있다. (마) OOO에 매수하는 것으로 기재되어 있다. (바) 청구법인의 장부 계정별 원장(토지)에 의하면, 청구법인은 2014.3.11. 토지매입비OOO을 기장하였다. (사) 처분청이 2014.3.11. 발행한 부동산거래계약신고필증에 의하면, 청구법인은 2014.3.11. 이 건 토지의 잔금을 지급하여 취득한 것으로 기재되어 있다. (아) 청구법인은 2014.3.11. OOO을 2014.3.11. 신고납부하였다. (자) 청구법인이 처분청에 제출한 확인서에 의하면, 이 건 토지상에 신축예정인 지식산업센터와 관련하여 지식산업센터 설립신고를 필하지 못할 경우 감면세액 추가 납부 및 가산세가 부과됨을 통보받았음을 확인하며, 이에 감면세액 및 가산세 부과시 성실하게 납부할 것을 확인합니다라고 기재되어 있다. (차) 처분청이 청구법인에게 보낸 건축관계자(건축주) 변경신고처리 알림 문서에 의하면, 이 건 토지상에 신축될 건축물의 건축주가 청구법인에서 OOO로 변경된 것으로 기재되어 있다. (카) 처분청이 청구법인에게 보낸 지식산업센터 신설 변경승인 통지 문서에 의하면, 이 건 토지상에 신축될 지식산업센터의 설립승인 변경사항으로 당초 OOO에서 청구법인으로 변경된 것으로 기재되어 있다. (파) 처분청은 이 건 부동산의 취득일 현재 이 건 토지에 신축될 지식산업센터 설립승인자의 명의가 청구법인 명의로 변경되지 아니한 사실을 확인하고, 청구법인이 취득세 등의 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 이 건 부동산에 대하여 기 감면한 취득세OOO을 2014.4.15. 청구법인에게 부과고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법 제58조의2 제1항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 가목에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 등을 규정하고 있으며, 위 감면조항의 입법취지는 지식산업센터 신축용 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하여 지식산업센터의 신·증설을 촉진함에 있고, 지식산업센터용 부동산에 대한 취득세 등의 감면규정은지방세특례제한법 제58조의2의 규정이 신설되면서 위 조례의 규정이 삭제되고, 취득세 등의 감면대상자가 기존 조례의 “지식산업센터의 설립자”에서 “지식산업센터의 설립승인을 받은 자”로 수정되었다 하더라도 취득세 등의 감면대상을 축소하려고 지식산업센터의 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관한 것으로 보이지 아니하며, 위 조항 단서 가목에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 등에는 기 감면한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있어 지식산업센터의 설립승인을 받은 자를 지식산업센터의 설립자를 포함하는 것으로 해석하는 경우에도 입법취지에 반하여 취득세 등이 일실될 여지는 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 규정의 “지식산업센터의 설립승인을 받은 자”의 범위에는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자는 물론 설립승인을 받기 전이라 하더라도 토지를 취득한 후 설립승인을 받아 착공을 하려는 자도 포함되는 것으로 보는 것이 위 감면규정의 법문·입법취지 및 입법연혁상 타당하다고 할 것(조심 2013지483, 2015.6.30. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 당초 이 건 토지상에 지식산업센터 설립승인을 받은 OOO로부터 지식산업센터 설립승인 및 건축허가권을 2014.2.23. 양수하고, 2014.2.28. 이 건 토지상에 건축될 건축물의 건축주를 청구법인으로 변경한 후 2014.3.11. OOO가 지식산업센터 설립승인을 받은 이 건 토지를 취득하였으며, 2014.4.8. 지식산업센터 설립승인을 받은 자를 청구법인으로 변경한 사실이 처분청이 청구법인에게 보낸 지식산업센터 신설 변경승인 통지 문서 등에 의하여 확인되어 이 건 부동산은 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 부동산에 대하여 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1)지방세특례제한법(2014.5.28. 법률 제12686호로 개정되기 전의 것) 제58조의2 [지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

(2) 서울특별시 시세 감면조례(2012.3.15. 조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제12조(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(3) 산업집적화 및 공장설립에 관한 법률 제13조(공장설립등의 승인) ① 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설·증설 또는 업종변경(이하 "공장설립등"이라 한다)을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하며, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 제28조의2(지식산업센터의 설립 등) ① 지식산업센터의 설립승인, 인·허가등의 의제, 설립등의 승인에 대한 특례, 처리기준의 고시등, 설립등의 승인취소, 건축허가, 사용승인, 제조시설설치승인, 제조시설설치승인의 취소 및 협의에 관하여는 제13조, 제13조의2부터 제13조의5까지, 제14조, 제14조의2부터 제14조의4까지 및 제18조를 준용한다.

(4) 산업집적화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제19조(공장설립등의 승인절차) ① 공장설립등의 승인 또는 그 변경승인을 받으려는 자는 공장설립승인신청서에 산업통상자원부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다.

② 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따른 공장설립등의 승인신청 또는 변경승인신청을 받은 경우에는 그 신청이 법·이 영, 그 밖에 관계 법령에 적합한지를 검토하여 승인 여부를 결정하여야 한다.

③ 시장·군수 또는 구청장은 제2항에 따라 공장설립등의 승인 또는 변경승인을 한 경우에는 신청인에게 공장설립등의 승인서 또는 변경승인서를 교부하여야 한다.

⑤ 공장설립승인신청은 공장건설을 위한 건축허가신청 또는 건축신고 전에 하여야 한다.

⑥ 시장·군수 또는 구청장은 법 제13조 제1항에 따라 공장설립등의승인을 할 때 필요한 세부적인 기준을 정하여 이를 고시할 수 있다. 제36조(지식산업센터의 설립승인 등) ① 법 제28조의2에 따른 지식산업센터의 설립승인절차, 진입로에 대한 사도개설허가기준, 지식산업센터 설립 등의 협의, 지식산업센터 입주자의 제조시설설치승인과 그 취소사유 및 지식산업센터의 설립승인취소사유에 관하여는 제19조, 제19조의2, 제19조의5부터 제19조의7까지의 규정과 법 제13조의5를 준용한다.

(5) 산업집적화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제6조(공장설립 등의 승인신청 등) ① 공장설립등에 대한 승인을 받으려는 자는 별지 제5호서식의 공장설립등의 승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시장·군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다.

1. 별지 제2호의2 서식의 사업계획서

2. 제7조의3에 따른 서류(법 제13조의2 제1항 각 호에 따른 인·허가등의 의제를 받으려는 경우만 해당한다)

3. 타인 소유의 토지 및 건축물(기존 건축물이 있는 경우만 해당한다)을 사용하는 경우에는 그 사용권을 증명할 수 있는 서류

② 제1항에 따른 신청을 받은 시장·군수 또는 구청장은 전자정부법 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 토지 또는 건물(기존 건축물이 있는 경우만 해당한다)의 등기사항증명서를 확인하여야 한다.

③ 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따른 공장설립등의 승인신청을 받으면 그 신청을 받은 날부터 2일 이내에 민원사무처리에 관한 법률 시행령 제36조에 따른 실무종합심의회를 개최하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등 토지 관련 법령의 기준·요건 등을 충족하는지를 종합적으로 검토하여 그 신청을 받은 날부터 20일(공장설립등의 승인신청내용의 전부가 시장·군수 또는 구청장의 권한에 속하는 경우에는 14일, 제1항 제2호에 따른 의제처리가 필요하지 아니한 경우에는 7일) 이내에 승인 여부를 결정하고 신청인에게 별지 제5호서식의 공장설립등의 승인서를 발급하여야 한다.

④ 제1항에 따라 이전승인신청을 받은 시장·군수 또는 구청장은 이전하기 전 지역의 공장소재지를 관할하는 시장·군수 또는 구청장에게 기존 공장의 정상등록 여부를 확인한 후 이전승인을 하여야 한다. 산업단지의 관리기관이 법 제20조 제7항에 따라 이전승인이 의제되는 입주계약을 체결하는 경우에도 또한 같다. 제24조(지식산업센터의 설립승인신청서 등) ① 법 제28조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인 및 설립승인사항 변경 등에 관하여는 제6조 및 제7조를 준용한다. 다만, 지식산업센터의 설립승인신청서·설립변경승인신청서·설립승인서 및 설립변경승인서는 별지 제19호서식과 같다.