창업벤처중소기업인 청구법인이「조세특례제한법」제119조 제2항 제1호에서 규정하는 등록면허세 면제대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2011.6.2. 설립되었고 2012.5.8. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인받았으며, 2012.6.28.부터 2013.12.24.까지의 기간에 총 4건의 유상증자를 하고 이에 따른 등록면허세를 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에 따라 감면받았다.

• 나. 처분청은 2014.2.6. 안전행정부가 “조세특례제한법제119조 제2항 제1호는 창업벤처중소기업의 증자등기에 대한 등록면허세를 면제하는 규정이 아니며 괄호 중 창업벤처중소기업에 해당하는 부분은 창업일에 대한 규정으로 보아야 할 것”이라고 한 질의회신 결과에 따라 2014.6.10. 청구법인에게 OOO원을 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 2011.6.2. 설립되었고 2012.5.8. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인받았으며, OOO원을 증자하였고, 처분청은 2014.6.10. 위 증자에 대하여 창업벤처중소기업의 증자를 이유로 OOO원을 부과·고지하였다.

(2) 세법의 해석은 조세평등주의와 입법취지에 비추어 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석해야 하고 조세법률주의 원칙에 의하면 특별한 사정이 없는 한 세법의 해석적용은 법 문구대로 할 것을 요구하고 있으며 자의에 따른 해석을 금하고 있다. 즉, 문리해석을 원칙으로 하며 확장해석, 유추해석을 금하고 있다. 조세특례제한법제119조 제2항 제1호에는 창업중소기업의 법인설립등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]에 대하여는 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는바, 2014.12.31.까지 창업하는 창업벤처기업의 경우 벤처기업으로 확인받은 날로부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우의 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다는 것으로, 청구법인은 2011년 6월 창업하여 2012.5.8. 벤처기업으로 확인을 받았고, 그 확인받은 날로부터 4년 이내인 2012년 7월, 2013년 3월, 2013년 12월에 각 증자하였으므로 근거조문에서 요구하는 등록면허세 면제요건을 충족하고 있는데도 처분청이 청구법인에게 등록면허세를 부과한 이 건 과세처분은 조세특례제한법에 위반한 위법한 과세처분이다.(중소기업청도 창업벤처중소기업의 경우 위 요건 충족시 등록면허세를 면제한다는 내용으로 안내하고 있음)

• 나. 처분청 의견 (1)2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된조세특례제한법(이하 “개정후법률”이라 한다) 제119조 제2항은 각 호에 따라 등록면허세 면제규정을 열거한 조항으로 제1호는 창업중소기업의 법인설립등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]를 규정하며, 제3호는벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립등기를 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히, 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평에 부합(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결)된다는 점 등으로 볼 때, 개정후법률 제119조 제2항 제1호는 창업중소기업의 법인설립등기 및 증자등기에 대한 등록면허세를 면제하는 규정이며 괄호 중 창업벤처중소기업에 해당하는 부분은 ‘창업일’에 대한 규정으로 보아야 할 것이고, 제3호에서 창업벤처중소기업의 법인설립등기에 대한 등록면허세만 규정하고 있으며, 같은 법에서는 창업벤처중소기업의 증자등기에 대한 면제규정을 열거하고 있지 않다.

(2) 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 “개정전법률”이라 한다) 제119조 제3항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록세를 면제한다고 규정하면서, 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기를, 제2호에서 창업중소기업의 법인설립 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)를 규정하고 있다. 한편, 개정후법률 제119조 제2항은 창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다], 벤처기업 육성에 관한 특별 조치법 제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립등기 등에 대하여는 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는데, 위 관계법령은 취득관련 등록세와 취득세를 취득세로, 취득무관 등록세와 면허세를 등록면허세로 통합하는 지방세 세목간소화에 따라 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것으로, 개정전 창업벤처중소기업의 출자등기는 등록면허세 면제대상이 아니었고, 법령개정시 창업벤처중소기업의 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 등록면허세를 면제하고자 한 취지는 아니었으며, 단지 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 사업용 재산에 대한 취득세 면제규정(제120조 제3항)이 등록면허세 면제 규정(제119조 제2항)보다 뒤에 편제되어 창업벤처중소기업의 ‘창업일’은 창업중소기업의 창업일과 달라 부득이 개정후법률 제119조 제2항 제1호의 창업중소기업의 법인설립 등기에 대한 등록면허세 면제규정에서 창업벤처중소기업의 ‘창업일’을 미리 정의한 것으로 보이는바(안전행정부 지방세운영과-387, 2014.2.6.), 동 규정을 창업벤처중소기업의 증자등기에 대한 등록면허세 면제규정으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에서 창업벤처중소기업의 증자등기를 등록면허세 과세대상으로 규정하고 있는지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가)청구법인은 OOO에 본사를 두고 있으며, 2011.6.2. OOO라는 이름으로 사업을 개시하였고, 2012.5.8. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인받았다. (나) 안전행정부장관은 2014.2.6. OOO에게 창업벤처중소기업의 증자등기 등록면허세 면제여부에 대한 질의회신OOO을 하였고, 동 회신에는 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호는 취득관련 등록세와 취득세를 취득세로, 취득무관 등록세와 면허세를 등록면허세로 통합하는 지방세 세목간소화에 따라 2010.12.27.법률 제10406호로 개정된 것으로, 개정 전에 창업벤처중소기업의 출자등기는 등록면허세 면제대상이 아니였으며, 법령개정시 창업벤처중소기업의 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 등록면허세를 면제하고자 한 취지는 아닌 것으로 보여지고, 동 조항의 괄호 중 창업벤처중소기업에 해당하는 부분은 ‘창업일’에 대한 규정으로 보아야 하므로 창업벤처중소기업의 증자등기에 대한 등록면허세를 면제할 수 없다고 판단된다고 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2012.6.28.부터 2013.12.24.까지의 기간 동안 총 4건의 유상증자에 따른 등록면허세를 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에 의거 감면받았는데, 처분청은 위 안전행정부 질의회신에 따라 동 4건의 유상증자 건에 대해 2014.6.10. OOO원을 부과고지하였다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제6조 제1항 및 제2항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업을 구분하여 규정하고 있으므로 같은 법 제119조 제2항 제1호에서도 창업중소기업과 창업벤처중소기업을 구분하여 해석하여야 할 것으로 보이는 점, 동 조항의 괄호 내에서 창업벤처중소기업의 창업일을 규정하고 있으나, 동 조항은 창업중소기업의 법인설립등기의 범위에 대하여 규정하기 위한 조항으로 보이는 점, 동 조항은 취득을 수반하는 등록세가 취득세로 통합되면서 창업벤처중소기업의 설립일의 개념을 규정하고 있던 구조세특례제한법 제119조 제2항 제1호의 규정이 조세특례제한법 제120조 제3항으로 이관됨에 따라 같은 법 제119조 제2항 제1호에서 구조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에서 규정하고 있던 창업벤처중소기업의 설립일에 대한 개념을 규정하고자 한 것으로 보이는 점, 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호를 개정하면서 창업벤처중소기업의 증자등기에 대하여 등록면허세를 면제대상에 새로이 포함시키려는 취지는 아니었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.