적격분할에 따라 취득세가 감면된 토지를 그 사업에 사용하지 아니하고 매각한 것에 대하여 취득세를 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2012서4986

[주 문] OOO이 OOO 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 구(舊) 주식회사 OOO 설립, 이하 “분할전법인”이라 한다)의 OOO 등 사업부문 일체를 인적분할하여 OOO 설립된 법인으로서 분할시 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여조세특례제한법제120조 제1항 제6호에서 규정한 법인세법제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할(이하 “적격분할”이라 한다)에 의해 취득한 재산에 대한 취득세 면제를 신청하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 OOO 쟁점토지를 매각한 사실을 확인하고 분할신설법인인 청구법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계받은 사업을 계속하지 아니하였고, 쟁점토지가 비사업용토지라는 이유로 OOO 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제120조 제1항 제6호에서 적격분할에 따라 취득한재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 분할법인 등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 등법인세법제46조의3 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 설립당시 분할전법인으로부터 쟁점토지를 포함한 분할사업부문의 모든 자산·부채를 승계하는 등법인세법제46조 제2항에서 규정한 적격분할요건을 모두 충족하였고, 그에 따라 쟁점토지 등에 대한 취득세를 면제받았으며, 이후 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않아 사업을 폐지한 것으로 보는 등 같은 법 제46조의3 제3항에서 정한 취득세 추징요건 어느 것에도 해당하지 아니하므로 취득세 추징대상이 아니며, 처분청은 쟁점토지가 비사업용자산이라는 이유로 취득세 추징사유에 해당한다는 의견이나법인세법제46조 제2항의 적격분할요건을 충족한다면 그에 따라 취득하는 재산은 사업용·비사업용 구분에 관계없이 모두 취득세 면제대상OOO이고, 쟁점토지의 매각을 이유로 사업의 폐지라는 의견 또한 특정자산별로 이를 판단할 것이 아니라 처분된 특정자산의 가액이 승계한 전체 고정자산가액의 2분의 1 이상인지에 따라 판단OOO하여야 하므로 쟁점토지의 매각을 이유로 하여 청구법인에게 기 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 취소함이 마땅하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은당초 적격분할요건을 충족하였으므로 쟁점토지는 취득세 면제 대상이고, 양도한 쟁점토지의 가액이 분할전법인으로부터 승계한 전체 고정자산가액의 2분의 1에 현저하게 미달하여 취득세 추징사유에도 해당되지 않을 뿐 아니라 적격분할요건을 갖추고 취득하는 재산은 그것이 사업용·비사업용 구분에 관계없이 모두 취득세 면제 대상에 해당되므로 감면받은 취득세 추징처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 분할당시 적격분할 요건을 갖추어 취득세 면제대상이 되었다 하더라도 유예기간 내 감면토지 일부를 매각한 것은 사업용 자산으로 사용하지 않은 것이고, 이러한 자산에 대하여는 취득세를 감면할 수 없는 것인바,법인세법 시행령제49조 제1항 제1호와 같은 법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 및 제2호에서 부동산을 실제 사용하지 아니하더라도 업무에 직접 사용한 것으로 보기 위해서는 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하거나 매매용부동산을 유예기간 내에 양도하는 경우로 한정하고 있고, 유예기간 내에 토지를 천재지변, 민원발생 등으로 매각할 수밖에 없었던 정당한 사유 없이 건설에 착공하지 않고 매각한 것은 업무용으로 직접 사용하였다고 볼 수 없으며(헌법재판소 2008헌바66130, 2010.5.27.; 조심 2012서4986, 2013.2.26. 참조),법인세법 시행령제82조의2 제2항 제2호의 분할하는 사업부문의 자산은분할일 현재 3년 이상 계속하여사업을 경영한 사업부분이 직접 사용한 자산을 말하는 것이므로 쟁점토지는 이에 해당되지 않으며, 다음으로 청구법인은조세특례제한법제120조 제1항 제6호 및법인세법제46조 제2항의 요건을 갖춘 분할인 경우비사업용고정자산이라 할지라도 과세특례를 받을 수 있다고 주장하나법인세법제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입), 같은 법 시행령 제49조(업무와 관련 없는 자산의 범위 등), 같은 법 시행규칙 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위)에 해당하는 유예기간 내 매각재산에 대하여는 이를 적용할 수 없다 할 것인바, 쟁점토지의 취득원인이 된 기업분할시 청구법인이 제출한 자료에 따르면 육계가공 및 사료제조업 등 사업부문과 투자사업부문의 분리를 통해 사업부문별로 독립적인 경영 및 객관적인 성과평가를 가능케 하기 위해 책임경영체제를 확립하는 것이 분할의 목적인 것으로 되어 있음에도, 청구법인은 쟁점토지를 OOO 등의 목적을 위한 업무용 토지로 사용하기 위한 공장공사 착공 사실이 없었던 점, 또한 천재지변, 민원발생 등으로 매각할 수밖에 없었던 정당한 사유 없이 쟁점토지를 매각한 점 등을 미루어 볼 때 쟁점토지가 분할 사업목적과 관련이 없다고 할 수 있고 유예기간 내 매각하여 사업용 고정자산으로 인정할 수도 없으므로 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 적격분할에 따라 취득세가 감면된 토지를 그 사업에 사용하지아니하고 매각한 것에 대하여 취득세를 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 설립 및 쟁점부동산 취득 경위를 보면 다음과 같다. (가) 분할전법인은아래 <표1>과 같이 OOO 등사업부문과 투자사업부문을 분리하여 사업부문별로 독립적인 경영및 객관적 성과평가를 가능케 함으로써 책임경영체제를 확립할 목적으로 단순·인적분할방식으로 OOO 청구법인을 설립하였다. <표1> 법인분할 내용 (나) 분할시 분할대상부문에 대한 일체의 소극·적극 재산과 공법상의 권리·의무를 포함한 기타의 권리·의무 및 재산적 가치가 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등을 모두 포함)를 청구법인에게 귀속키로 하였으며, 그에 따라 재고자산·쟁점토지를 포함한 유형자산 등은 모두 청구법인에게 이전되었는바, OOO기준 분할 전·후 재무구조는 아래 <표2>와 같다. <표2> OOO 기준 분할 전·후 요약 재무구조 (다) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 OOO법인세법제46조 제2항의 적격분할요건을 갖추었다는 이유로조세특례제한법제120조 제1항 제6호의 적격분할에 따라 취득하는 재산에 대한 취득세 면제를 신청하였고, 처분청은 이에 대하여 취득세 등 OOO원을 감면하였다.

(2) 처분청의 과세이유 및 이에 대한 청구법인의 반박내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 그 업무에 사용하지 아니하고 OOO. 이를 OOO에 매각(가액: OOO원)한 사실을 확인하고, OOO 청구법인에게 ‘법인세법제46조 제2항 제3호의 규정에 의한 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계받은 사업을 계속하지 않았다’는 이유로 과세예고를 하였으나OOO, 청구법인은 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보기 위해서는 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하여야 하나(법인세법 시행령제80조의4) 쟁점토지의 가액(OOO원), 승계한 유형자산가액(OOO원) 등을 감안시 이에 해당하지 아니한 사실이 명백하다고 주장한다. (나) 한편, OOO는 처분청의 과세예고에 대하여 청구법인이 과세전적부심사청구를 하자 쟁점토지가 청구법인의 사업목적과 관련이 없어 사업용 고정자산이 아니라는 이유로 불채택 결정을 하였는바, 청구법인은 쟁점토지가 비사업용자산이라 하더라도 적격분할요건을 갖추고 법인을 분할하는 경우 분할하기 전 법인으로부터 취득하는 재산은 사업용·비사업용 구분없이 모두 취득세 면제대상이라는 구 행정자치부 유권해석OOO에도 반한다고 주장하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지가 비사업용토지라는 이유로 기 감면하였던 취득세 등을 추징하여 과세하였으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 점,조세특례제한법제120조 제1항 제6호에서 적격분할로 인하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세를 면제하되,법인세법제46조의3 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있고,법인세법제46조의3 제3항 각 호는 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 승계받은 사업을 폐지(승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니한 것을 말한다)하거나 분할법인의 지배주주가 분할신설법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우를 추징사유로 규정하고 있을 뿐 승계한 자산이 비사업용이라는 것을 추징사유로 규정하고 있지 않으며, 청구법인이 승계한 사업을 폐지한 것으로 볼 수 없는 등 위법인세법제46조의3 제3항 각 호에서 규정한 취득세 추징사유에 해당하지 아니하는 점, 더 나아가 청구법인이 적격분할(당초 처분청은 위법인세법제46조 제2항 제3호를 이유로 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속하지 않았다는 것을 과세이유로 하였으나 쟁점토지를 사용하지 아니한 것과 승계받은 사업을 계속하지 아니한 것은 무관한 것으로 보인다)이 아닌 분할로 인하여 쟁점토지를 취득하였다는 사실도 입증하지 못한 점 등에 비추어 쟁점토지는 취득세 추징대상이 아니라 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 취득세 추징대상으로 보아 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 6.법인세법제46조 제2항 각 호(물적분할인 경우에는 같은 법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산. 다만,법인세법제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.

(2) 법인세법 제27조(업무와 관련없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ① 내국법인이 분할 또는 분할합병으로 해산하는 경우(물적분할은 제외한다) 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1.·2. (생 략)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제2항 제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 제46조의3(적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례) ③ 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2.대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터받은 주식을 처분하는 경우

(3) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. 가.법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간중에 있는 부동산을 제외한다. 나.유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. 제82조의2(적격분할의 요건 등) ② 법 제46조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것"이란 다음 각 호의 요건을 갖추어 분할하는 것을 말한다. 1.분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

2. 분할하는사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서기획재정부령으로 정하는 것은 제외한다.

3. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것 제82조의4(적격분할 과세특례에 대한 사후관리) ③ 법 제46조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다.

⑦ 법 제46조의3 제3항 제1호에 따른 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업의 폐지 여부 판정 등에 관하여는 제80조의4 제8항을 준용한다. 제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

(4) 법인세법 시행규칙 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우

(5) 지방세법(2007.7.20. 법률 제8540호로 개정되기 전의 것) 제276조(산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.