청구법인이「지방세특례제한법」제45조 제1항에서 규정하고 있는 학술연구단체에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 민법및문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙제4조의 규정에 의하여 설립된 법인으로서,매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제24조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제14조 제6항에 따라 매장문화재 조사기관으로 등록되었는바, 2014.1.28. OOO 근린생활시설(토지 661.1㎡, 건축물 2,368.79㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고,지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 OOO원을 신고 납부하였다. 나.청구법인은 2014.3.13. 청구법인이지방세특례제한법제45조 제1항에서 규정하고 있는 학술연구단체에 해당되어 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 면제되므로 기 납부한 취득세 등을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.4.15. 이를 거부통보하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)국가는청구법인에게 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제29조 제2항 및 같은 법 시행령 제32조 제3항에 따라 문화재의 조사, 보호, 홍보, 연구성과물 출판 및 전문인력 교육 등을 위탁하고 있고, 청구법인은 위 법령에 따라 문화재청의 관리·감독을 받고 있어 쟁점부동산도 문화재청의 요청에 따라 기본재산으로 편입신고를 하였으며, 문화관광부·문화재청 소관 비영리법인설립 및 감독에 관한 규칙 및 정관 제35조 제2항에 따라 법인해산시 잔여재산은 국가, 지방자치단체 등에 기증한다고 규정하고 있고, OOO에서도 청구법인을 학술연구단체로 인정하고 있으며, 민법제32조에 비추어 보아도 문화재 조사연구를 위한 학술재단에 해당하고 처분청에서도 쟁점부동산과 관련하여 고유목적사업을 수행하므로 교육연구 및 복지시설을 교육연구시설(연구소)로 용도변경을 허가하였고, 정관에도 OOO으로 명시하고 있다.

(2) 문화재보호법제2조 제1항에서 “문화재”를 “인위적이거나 자연적으로 형성된 국가적·민족적 또는 세계적 유산으로서 역사적·예술적·학술적 또는 경관적 가치가 큰 다음 각 호의 것”으로 정의하고 있는바, 청구법인은 유적조사를 통해 당시 살던 인류의 문화를 복원하고 재구성하는 학술연구를 하고 그 결과를 학술조사총서, 연구논문, 학술지에 기고하는 학술연구단체로 현장조사에서 출토된 유물을 보존처리 후 최소 2년 이상 국비 지원이 없는 상태에서 국가에 귀속하기 전까지 항온항습시설을 갖춘 수장시설에 임시로 보관한 후 OOO으로 이관하는 유물보관 관리업무를 하고 있으며, 공공입찰(중소기업제품구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령제2조의3 제2호)에서도 학술조사연구기관으로 인정하고 있다. 또한,매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제11조 제3항에 따라 문화재발굴조사를 허가받은 자 또는 해당공사 시행자가 경비를 부담하도록 되어 있어 이에 따라 청구법인은 조사비용을 허가받은 곳으로부터 수수하고 있으며, 문화재 조사보고서의 경우 단순한 일반용역보고서가 아니라 그 학술적 가치를 높이기 위해 2년 이상 연구하여 학술연구총서로 발간하고 도서관법제20조에 따라 국립중앙도서관, 국회도서관에 등록하고 있으며, 청구법인의 직원은 지원업무를 제외하고는 조사단장부터 모든 직원이 학술연구를 위해 관련학과(고고학, 역사학, 문화재학, 보존과학) 졸업자로 구성·배치되어 있다. (3)지방세 감면과 관련하여 청구법인과 동일한 업무를 수행하는 여타 문화재연구원들이 고유목적사업을 수행하기 위하여 최근 신축 및 구입한 건물에 대하여 이미 감면 혜택을 받은 바 있어 세정의 형평성이 요구되는바, 청구법인이 학술연구단체에 해당됨에도 불구하고 감면규정을 오해하여 한 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 학술연구단체의 정의에 대해서 지방세 관계법령에서 명백히 정의하고 있지 않으나, 학술진흥법에서 ‘학술이란 학문의 이론과 방법을 탐구하여 지식을 생산·발전시키고, 그 생산·발전된 지식을 발표하며 전달하는 학문의 모든 분야 및 과정을 말한다’라고 정의하고, ‘연구기관’으로는 국공립연구기관,정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률또는과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률에 따라 설립된 연구기관과 특정연구기관 육성법제2조에 따른 연구기관 또는 그 밖의 특별법에 따라 설립된 연구기관으로 규정하고, ‘학술단체’란 공익법인의 설립·운영에 관한 법률또는 민법에 따라 설립된 법인 중 학술활동을 목적으로 하는 법인과 비영리민간단체 지원법에 따라 등록된 단체 중 학술활동을 목적으로 하는 단체로 한정하고 있다. 그러나, 청구법인은 위 ‘연구기관’ 및 ‘학술단체’에 해당되지 않으며, 부가가치세법제26조 제1항 제15호, 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목 및 같은 법 시행규칙 제32조는 부가가치세가 면세되는 학술연구용역과 기술연구용역이란 새로운 학술 또는 기술개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역으로 정의하면서 문화재 지표조사 및 발굴용역에 대해서 부가가치세를 면세하지 아니하며, 중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령제2조의3은 학술연구 등의 용역계약을 비영리법인과 체결하는 경우에는 중소기업자와의 우선조달계약을 하지 아니할 수 있도록 한 예외규정으로써, 청구법인을 학술연구단체로 간주함이 아니라 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제24조 및 같은 법 시행령 제14조에 부합한 조사기관에 대하여 입찰자격을 부여한 것에 불과하다. (2)매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따르면, 건설공사의 시행자는 해당 건설공사 지역에 문화재가 매장·분포되어 있는지를 확인하기 위하여 사전에 매장문화재 지표조사를 하여야 하고, 지표조사 결과 매장문화재 유존지역에서 토목공사, 토지의 형질변경 또는 그 밖에 건설공사를 위하여 발굴조사를 선행하여야 하며, 지표조사 또는 발굴은민법제32조에 따라 설립된 비영리법인으로서 매장문화재 발굴 관련 사업의 목적으로 설립된 법인으로서 문화재청장에게 등록한 기관이 하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 이에 따라 문화재 조사기관으로서 건설공사의 시행자로부터 문화재 지표조사 및 발굴에 대한 조달청 공개경쟁입찰 내지 수의계약에 의한 용역을 제공한 것에 불과하며, 이는 2012년 및 2013년 수입금 계정별원장에서 확인이 되고 있다. 또한, 청구법인이 제출한 학술연구자료 현황OOO을 살펴보면, 6건의 논문 등재OOO에 불과하고, 학술조사보고는 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제15조에 의한 발굴조사 보고서로 확인되며, 학술대회도 발굴조사 발표회 및 전시회에 지나지 않으며, 청구법인의 조직·구성도 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 시행규칙제14조에서 규정한 조사요원별 자격기준, 조사기관의 등록기준 등에 부합하는 것으로, 학술연구를 목적으로 구성된 직원이 아님을 알 수 있다. (3)어느 단체가 학술연구단체에 해당하는지 여부는 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바, 청구법인은 민법및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙제4조 규정에 의하여 설립된 비영리재단법인으로서 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따른 문화재 조사기관으로 등록하고 문화재 지표조사 및 발굴에 대한 용역대금을 수입원으로 하여 그에 따른 발굴조사 보고서를 문화재청 등에 제출하는 것을 목적사업으로 하고 있으므로, 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 학술연구단체로 보지 아니한 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 지방세특례제한법제45조 제1항의 학술연구단체에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가)청구법인은 2008.10.22. 민족문화유산의 보호·보존, 조사·연구, 수장·전시 및 그 활용을 통해 민족문화를 전승·보급하고 새로운 문화 창조에 기여함을 목적으로 민법 및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙제4조의 규정에 의하여 설립된 법인이다. (나)청구법인은 2011.7.29. 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제24조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제14조 제6항에 따라 매장문화재 육상지표 및 발굴조사기관으로 등록하였다OOO. (다) 청구법인의 정관의 주요내용은 다음과 같다. (라) 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 시행규칙제14조는 조사기관의 종류를 육상발굴조사기관, 육상지표조사기관 등으로 구분하면서 육상발굴조사기관은 OOO을 인력기준으로 규정하고, 항온·항습 수장시설, 보존처리시설, 연구시설, 정리시설 등의 시설기준을 등록기준으로 함께 규정하고 있으며, 청구법인의 조직·구성 등은 위 기준에 부합하는 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 이 건 부동산의 1층 일반음식점 403.76㎡를 2016년 12월 31일까지 임대하였으며, 그 외 지하 1층, 지상 2층～지상 5층 1,776.4㎡는 목적사업에 직접 사용하고 있다. (바) 청구법인의 2012～2013년 주요 수입금 내역은 다음과 같다. (2)청구법인과 동일한 업무를 수행하는 여타 문화재연구원들이 최근 취득(신축 및 구입)한 부동산에 대하여 이미 감면혜택을 받았다는 청구법인의 주장에 대하여 관련 기관 등에 유선으로 확인한바, 부동산 취득시 취득세를 면제받은 사실이 있는 것으로 확인된다. (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여살피건대,지방세특례제한법에서는 ‘학술연구단체’에 대하여 구체적으로 정의를 하지 않고 있어 자의적인 해석 등을 방지하기 위한 엄격해석의 원칙이 필요할 것으로 보이는바,과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합되는 것이라 할 것(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결, 같은 뜻임)이나, 청구법인은학술진흥법상 ‘연구기관’ 또는 ‘학술단체’에 해당하는 것으로 보이지 않는 데다가, 문화재 조사기관으로서 건설공사 시행자의 요청을 받아 문화재 지표조사 및 발굴에 대한 용역을 제공하는 업무를 주로 하고 있다고 보이는 점, 제출된 청구법인의 장부 등에 나타난 청구법인의 주요 경비는 인건비 및 재료비 등으로 연구와 직접 관련된 것으로 보이는 비용이 적어 보이고 이러한 연구비 사용과 관련된 증빙자료 등도 제출되지 아니한 점 등에 비추어처분청이 청구법인을지방세특례제한법제45조 제1항에 따른 학술연구단체에 해당되지 않는다고 보아 이 건 경정청구를 거부한처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.