[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.2012.9.28. 설립되어 2013.4.5. 벤처기업으로 확인받은 청구법인은2013.10.21. 및 2013.10.28. 자본금 증자등기(이하 “이 건 증자등기”라한다)와관련하여 지방세법(2013.12.26. 법률 제12118호로 개정되기전의 것) 제28조 제2항의 대도시내 법인 중과세율을 적용하여 산출한OOO원을 처분청에 각각 신고납부하였다. 나.청구법인은 2014.5.12. 이 건 증자등기는 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것, 이하 같다) 제119조 제2항제1호에 따른 등록면허세 면제대상에 해당한다고 주장하며 위 등록면허세 등의신고납부에 대한 경정청구를 하였으나,처분청은 2014.5.15. 이를 거부하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에따라 2013.4.5. 벤처기업임이 확인된 창업벤처중소기업으로서 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에 따라 벤처기업으로 확인 받은날로부터 4년 이내에 자본을 증가하는 때의 증자등기에 대하여는 등록면허세가 면제되므로 이 건 증자등기도 등록면허세 면제대상에 해당함에도 처분청이 동 조항에 대한 해석오류로 인하여 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 이 건 증자등기가 등록면허세 면제대상이 아니라고 해석할 경우 창업벤처중소기업에 대하여 창업중소기업보다 법인세,지방소득세, 취득세및 재산세 등의 감면범위를 더 크게 규정하고 있는같은 법의 입법취지에 역행하는 결과를 초래하고, 같은 법 제119조제2항 제1호는 법인설립 이후에 벤처기업으로 확인 받은 창업벤처중소기업에, 같은 항 제3호는 법인설립 전에 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업에 각각 적용하는 것으로 다만 같은 법 제2항 제1호의 경우, 창업일과 벤처기업으로 확인받은 날이 다른 경우 벤처기업으로 확인받은날을 기산일로 하여 4년의 기간을 계산하는 것으로서 법인설립 이후에벤처기업으로 확인 받은 창업벤처중소기업인청구법인이 벤처기업으로 확인 받은날부터 4년 이내에 자본을 증가한이 건 증자등기에대한 등록면허세는 당연히 면제되어야 함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 2011.1.1. 개정된 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에서창업중소기업의 법인설립등기에 대한 감면내용을 규정하고 있고,창업중소기업의 ‘창업일’을 규정하면서 아울러창업벤처중소기업에 대한 창업일을 규정하고 있을 뿐 창업중소기업의법인설립등기에 대한감면내용은 포함하고 있지 아니하며, 창업벤처중소기업의 설립등기에 대한 감면은 같은 항 제3호에서 별도로 규정하고있고, 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호 개정되기 전의 것,이하 구조세특례제한법이라 한다) 제119조 제3항 제1호에서 사업용부동산 등록세 면제를 규정하면서, 창업중소기업과 창업벤처중소기업에 대한 ‘창업일’에 대해 규정하고 있었으며, 같은 항 제2호에서는 창업중소기업의 설립등기와 증자등기에 대해 규정하고 있었고, 같은 항 제3호에서는창업벤처중소기업의 설립등기에 관하여 규정하고 있다가 2011.1.1.지방세법 분법 후 세목간소화 시행으로 등록세와 취득세가 취득세로통합됨에 따라 구조세특례제한법의 등록세 면제조항인 제119조 제3항 제1호가조세특례제한법 제120조 제3항으로 흡수되었는바, 구조세특례제한법 제119조 제3항과 조세특례제한법 제119조제3항을비교하여 볼 때,구조세특례제한법은제119조 제3항 제1호에서창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 사업용 재산에 대한 등록세 면제를규정하고 있었으나, 동 조항이조세특례제한법제120조 제3항으로 흡수되어, 바로 앞 조항인 제119조 제2항 제1호 창업중소기업의법인설립 등기와 증자에 대한 등록면허세 면제규정에서 ‘창업일’을 설명하면서 부득이하게 창업벤처중소기업의 ‘창업일’도 같이 설명한 것으로 보아야 하고, 만약 창업벤처중소기업의 증자등기에 대한 부분까지 면제코자하였다면 제3호에 별도 규정을 하는 것이 바람직할 것(안전행정부지방세운영과-387 2014.2.6. 질의회신 참조)으로 위와 같이 개정 전후를 비교해보면구조세특례제한법 제119조 제3항에서창업벤처중소기업의 증자등기는 등록세 면제대상이 아니었고,조세특례제한법 제119조 제3항에서도창업벤처중소기업이 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 등록면허세 면제를 명시한 규정은 없다고 보는 것이 타당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에서 창업벤처중소기업의 증자등기를 등록면허세 과세대상으로 규정하고 있는지 여부
- 나. 관련 법률: <별지> 기재
- 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을알 수있다. (가) 청구법인은 2012.9.28. 설립되었고, 2013.4.5. OOO으로부터 벤처기업 확인을 받았으며,2013.10.21. 및 2013.10.28.이 건증자등기와 관련한 등록면허세를 처분청에 신고납부하였다. (나) 안전행정부장관은 2014.2.6. OOO에게 창업벤처중소기업의 증자등기 등록면허세 면제여부에 대한 질의회신OOO을 하였고,동 회신에는 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호는 취득관련 등록세와 취득세를 취득세로, 취득무관 등록세와 면허세를 등록면허세로 통합하는 지방세 세목간소화에 따라 2010.12.27.법률 제10406호로 개정된 것으로, 개정 전에 창업벤처중소기업의 출자등기는 등록면허세 면제대상이 아니였으며, 법령개정시 창업벤처중소기업의 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 등록면허세를 면제하고자 한 취지는 아닌 것으로 보여지고, 동 조항의 괄호 중 창업벤처중소기업에 해당하는 부분은 ‘창업일’에 대한 규정으로 보아야 하므로 창업벤처중소기업의 증자등기에 대한 등록면허세를 면제할 수 없다고 판단된다고 기재되어있다. (2)이상의 관련 법률 및 사실관계를 종합하여 살펴본다. 조세특례제한법 제6조 제1항 및 제2항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업을 구분하여 규정하고 있으므로 같은 법 제119조 제2항제1호에서도 창업중소기업과 창업벤처중소기업을 구분하여 해석하여야 할 것으로 보이는 점, 동 조항의 괄호 내에서 창업벤처중소기업의 창업일을 규정하고 있으나, 동 조항은 창업중소기업의 법인설립등기의 범위에 대하여 규정하기 위한 조항으로 보이는 점, 동 조항은취득을 수반하는 등록세가 취득세로 통합되면서창업벤처중소기업의 설립일의 개념을 규정하고 있던 구조세특례제한법제119조 제2항제1호의 규정이 조세특례제한법 제120조제3항으로이관됨에 따라 같은 법 제119조 제2항 제1호에서구조세특례제한법제119조 제2항제1호에서 규정하고 있던창업벤처중소기업의 설립일에 대한 개념을 규정하고자 한 것으로 보이는 점,조세특례제한법제119조 제2항제1호를 개정하면서 창업벤처중소기업의 증자등기에 대하여 등록면허세 면제대상에 새로이 포함시키려는 취지는 아니었던 것으로 보이는 점등에 비추어청구법인의 주장을 받아들이기어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.