청구법인이 ?지방세특례제한법? 제78조에 따라 산업용 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 감면받고 분할신설법인에게 쟁점부동산을 승계한 후, 분할신설법인이 ?조세특례제한법? 제120조에 따른 취득세 면제요건인 ?법인세법?상의 적격분할의 사후관리요건을 충족하지 못하였다 하여 청구법인에게 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.1.21. OOO(공장용지, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하고, 지방세특례제한법(2011.3.29. 법률 제10470호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등의 신축 예정 부동산으로 하여 취득세 등을 감면을 받은 후, 2012.6.5. 법인분할을 통하여 쟁점토지를OOO에게 이전하였다.
• 나. 처분청은 OOO의 최대주주가 변동됨으로써 실질적으로 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 등에 해당한다고 보아 2014.6.9. 취득세 OOO(가산세 포함)을 청구법인에게 각각 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득하여 착공한 후, 건축중인 상태에서 법인분할에 따라 분할신설법인인 OOO에게 자산과 부채를 포괄승계하였는바, 쟁점토지에 산업용 건축물을 완공하여 정상적으로 사용하고 있는 점, 비록 건축물을 신축한 OOO의 주주가 분할로 받은 주식을 매각하여 적격분할 중 지분의 연속성 요건을 위배하여 과세특례를 받지 못하였다고 하더라도, 이로 인하여 인적분할을 통한 자산과 부채의 포괄승계 사실이 부인되는 것이 아니고, OOO의 주식 매각은 조세특례제한법상 적격분할 이후 사후관리요건에 대한 위반일 뿐, 지방세특례제한법 제78조에 따른 이 건 지방세 감면세액의 추징과는 다른 사안인 점, 매각이란 대금을 지급받고 부동산의 소유권을 양도하는 특정승계를 의미한다고 할 것이므로 법인분할에 따른 재산의 승계와는 달리 보아야 하는 점 등에 비추어 OOO 주주의 주식 양도를 실질적인 매각에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 인적분할을 통하여 분할신설법인에게 쟁점토지를 이전해 주었다 하더라도 추후 적격분할의 사후 관리요건인 주식소유의 연속성을 유지하지 못하였다면, 당초 분할에 따른 자산의 이전은 그 사업의 계속성 및 주주의 동질성이 인정되는 단순한 조직변경으로 볼 수 없는 것이라 할 것이고, 자산과 부채를 포괄승계하였다고 하더라도, 그 사업주체의 계속성이 유지되지 아니한 경우라면 지방세특례제한법 제78조 제4항 단서에 따른 그 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각‧증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 지방세특례제한법 제78조에 따라 산업용 쟁점토지에 대한 취득세 등을 감면받고 분할신설법인에 쟁점토지를 승계한 후, 분할신설법인이 조세특례제한법 제120조에 따른 취득세 면제요건인 법인세법상의 적격분할의 사후 관리요건을 충족하지 못하였다 하여 청구법인에게 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 쟁점토지를 2011.1.28. 매매를 원인으로 취득한 후, 산업용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 경우에 해당한다고 하여 취득세 등을 감면받았다. (나) 청구법인은 2012.6.5. 법인세법 제46조에 따른 법인분할로 쟁점토지를 분할신설법인인 OOO에게 이전하였고, OOO는 2013.1.14. 쟁점토지 지상에 연면적 17,713.1㎡의 건축물을 신축하였다. (다) OOO에게 매각하였는 바, 주식의 변동내역은 아래 ＜표＞와 같다. OOO (라) OOO는 2013.5.27. 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호 단서에 따라 감면받았던 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고납부하였다. (마) 처분청은 청구법인이 감면받은 쟁점토지에 대한 취득세 등은 지방세특례제한법 제78조 제4항의 규정에 따른 감면대상에 해당되지 아니한 것으로 보아, 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 2014.6.9. 부과고지하였다.

(2) 지방세특례제한법 제78조 제4항에 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법 제78조 제4항 단서에 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 추징요건으로 규정하면서 법인분할과 관련된 별도의 추징요건을 규정하지 아니하고 있고, ‘매각’이란 상대방에게 값을 받고 물건이나 권리 따위를 넘기는 특정승계를 의미하는 것으로, 법인분할에 따른 자산의 승계를 매각으로 보기는 어렵다 할 것이다. (나) 또한, 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호에 따른 특례규정은 형식적인 조직변경에 대한 조세부담의 경감을 통한 기업의 구조조정 촉진 및 경쟁력 강화에 그 입법취지가 있는 바, 산업단지 등의 사용 및 투자 활성화에 입법취지를 둔 지방세특례제한법 제78조 제4항의 추징요건에 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호 단서의 추징요건을 적용하는 것은 유추 또는 확장 해석으로 조세법률주의 원칙에 위배되는 측면이 있는 것으로 보인다. (다) 한편, 청구법인은 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 2011.1.21. 쟁점토지를 취득한 후, 쟁점토지상에 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하고 청구법인이 인적분할되어 설립된 OOO에게 2012.6.5. 쟁점토지의 소유권을 이전하여 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 신축용도로 사용할 수 없는 상태가 되었으므로, 지방세특례제한법 제78조 제4항의 단서의 전단 규정인 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보이나, 일반건축물대장에 의하면 청구법인은 OOO에게 쟁점토지를 이전하기 전인 2012.2.8. 쟁점토지상에 착공신고를 하였고, 적격분할에 의하여 청구법인으로부터 분할된 OOO 쟁점토지에 산업용 건축물을 신축하여 직접 사용하고 있으므로, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. (라) 따라서, 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니한 경우, 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 않고 매각한 경우 등에 해당하는 것으로 보아 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2011.3.29. 법률 제10470호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법(2012.1.26. 법률 제11241호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제5항의 세율을 적용하지 아니한다.

6. 법인세법 제46조 제2항 각 호(물적분할인 경우에는 같은 법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산. 다만, 법인세법 제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조 제3항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.

(3) 법인세법 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

• 가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것
• 나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.
• 다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제2항 제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 제46조의3(적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례) ③ 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 분할법인등으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면·세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2.대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우