창업벤처중소기업인 청구법인이「조세특례제한법」제119조 제2항 제1호에서 규정하는 등록면허세 면제대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2014지1240

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.8.22. 설립되어 2013.4.11. 벤처기업으로 확인받았고, 2013.7.5.부터 2013.10.10.까지의 기간동안에 자본금 증자등기(이하 “이 건 증자등기”라 한다)를 하면서 그에 대한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 신고납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 증자등기가 조세특례제한법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것, 이하 같다) 제119조 제2항 제1호에 따른 등록면허세 면제대상에 해당한다고 주장하며 2013.11.20. 경정청구를 하였으나 처분청은 2014.3.3. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에서 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업읜 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]에 대하여는 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는바, 이는 창업중소기업과 창업벤처기업의 법인설립 등기와 창업일부터 4년 이내에 증자등기에 대하여 등록면허세를 면제한다는 것으로 해석되고, 창업중소기업의 창업일은 법인설립 등기일이므로 만약 창업중소기업에 대하여만 설립등기 및 증자등기에 대한 등록면허세를 면제하려는 취지이었다면 위 괄호의 법문을 명시할 필요가 없었을 것이며, 2010.12.27. 법률 제10406호로 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호 개정시 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 4년 이내의 증자등기에 대하여 등록면허세를 면제하도록 규정한 것이 아니라 창업벤처중소기업의 창업일로 보는 날에 대하여 부연설명을 한 것이라면 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대한 취득세의 면제에 대하여 규정한 같은 법 제120조 제3항에서 부연설명을 하였을 것이고, 조세특례제한법 제119조 제2항 제3호의 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기에 대한 등록면허세의 면제규정은 창업벤처중소기업에 대하여 정의한 같은 법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업의 일부 형태로서 창업벤처중소기업의 설립등기에 대하여 등록면허세를 면제한다고 규정한 것이 아니므로 같은 법 제119조 제2항 제1호의 창업벤처중소기업에 대한 규정과 분리하여 해석하여야 하며, 2010.12.27. 위 조항이 개정되기 전에는 창업벤처중소기업의 증자등기는 등록면허세 면제대상이 아니었으나, 창업중소기업와 창업벤처중소기업 모두에게 설립시와 설립 이후 기술개발과 투자유치를 통하여 기업의 발전과 성장에 도움을 주려는 취지로 등록면허세 면제규정을 개정한 것으로 보이는 점 등에 비추어,법인을 설립한 이후에벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업인청구법인이 벤처기업으로 확인받은 날부터 4년 이내에 자본을 증가시킨이 건 증자등기에 대한 등록면허세는 면제되어야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당하다.
• 나. 처분청 의견 취득관련 등록세와 취득세를 취득세로, 취득무관 등록세와 면허세를 등록면허세로 통합하는 지방세 세목간소화에 맞추어 조세특례제한법 제119조 제3항이 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되었는바, 개정 전에 창업벤처중소기업의 출자등기는 등록면허세 면제대상이 아니었고, 창업벤처중소기업의 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 등록면허세를 면제하고자 위 법령의 개정이 이루어진 것이 아니며, 위 개정 전에는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 사업용 재산에 대한 등록세 면제 규정에서 창업벤처중소기업의 창업일을 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다고 설명하고 있었으나, 위 개정 후에는 창업중소기업의 법인설립 등기에 대한 등록면허세 면제 규정에서 이를 설명하고 있는데, 이는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 사업용 재산에 대한 취득세 면제규정이 등록면허세 면제규정 보다 뒤에 편제되고, 창업중소기업의 법인설립 등기일이 창업중소기업의 창업일이므로 창업중소기업의 법인설립 등기에 대한 등록면허세 면제규정에서 창업일을 설명하게 된 것으로 보여지며, 같은 법 제119조 제2항 제3호에서 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업의 법인설립 등기에 대한 등록면허세 면제에 대하여 규정하고 있는바, 창업벤처중소기업의 증자등기에 대해 등록면허세를 면제하고자 하였다면 동 호에서 규정하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호 괄호 중 창업벤처중소기업의 창업일에 관련된 부분은 ‘창업일’에 대한 규정으로 보아야 할 것이지 이를 창업벤처중소기업의 증자등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 규정으로 해석할 수는 없으므로, 이 건 증자등기에 대한 등록면허세를 면제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에서 창업벤처중소기업의 증자등기를 등록면허세 면제대상으로 규정한 것으로 볼 수 있는지 여부 나.관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 OOO에 본점을 두고 2012.8.22. 설립된 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2013.4.11. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 따라 벤처기업임을 확인받았다. (다) 청구법인은 2013.7.5.부터 2013.10.10.까지의 기간동안 이 건 증자등기를 하고 등록면허세 등의 합계 OOO을 신고납부하였다가, 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호에 따른 등록면허세 면제대상에 해당한다고 보아 경정청구를 하였으나 처분청은 이를 거부하였다.

(2) 이상의 관련 법률 및 사실관계 등을 종합하여 살피건대,조세특례제한법 제6조 제1항 및 제2항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업을 구분하여 규정하고 있으므로 같은 법 제119조 제2항 제1호에서도 창업중소기업과 창업벤처중소기업을 구분하여 해석하여야 할 것으로 보이는 점, 동 조항의 괄호 내에서 창업벤처중소기업의 창업일을 규정하고 있으나, 같은 조항은 등록면허세 면제대상인 창업중소기업의 법인설립 등기 및 증자하는 기간에 대하여 규정하기 위한 조항으로 보이는 점, 동 조항은 취득을 수반하는 등록세가 취득세로 통합되면서 창업벤처중소기업의 창업일의 개념을 규정하고 있던 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호의 규정이 2010.12.27. 개정시 같은 법 제120조 제3항으로 이관됨에 따라 같은 법 제119조 제2항 제1호에서 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호에서 규정하고 있던 창업벤처중소기업의 창업일에 대한 개념을 규정하고자 한 것으로 보이는 점, 위와 같이 조세특례제한법 제119조 제2항 제1호를 개정한 것이 창업벤처중소기업의 증자등기를 등록면허세 면제대상에 새로이 포함시키려는 취지는 아니었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 증자등기에 대하여 등록면허세를 면제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2014지1240, 2014.11.3., 같은 뜻임)고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1)지방세법(2013.12.26. 법률 제12118호로 개정되기전의 것) 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.

1. 등록을 하는 자 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 법인 등기

• 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2. 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율의 100분의 300으로 한다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나분사무소를 설치함에 따른 등기

(2) 조세특례제한법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2015년 12월 31일 이전에수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. 제119조(등록면허세의 면제 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다.

1. 2014년 12월 31일까지 창업하는창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]

2. 창업중소기업이 2014년 12월 31일까지 창업하는 경우 그 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소 변경으로 인한 등기

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 2014년 12월 31일까지 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기 제120조(취득세의 면제 등) ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(3) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제119조(등록면허세의 면제 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다.

1. 창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]

2. 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소 변경으로 인한 등기

3. 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제2조의2 제1항 제2호다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기 제120조(취득세의 면제 등)③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(4) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제 등) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록세를 면제한다. 다만 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기

2. 창업중소기업의 법인설립 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는출자액을 증가하는 경우를 포함한다) 2의2. 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소변경으로 인한 등기

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기