쟁점부동산이 「조세특례제한법」 제120조 제3항에 따라 추징대상이 되었다 하더라도 동시에「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족하므로 이 건 취득세 등을 추징한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2013지0815

[주 문] OOO이 2014.4.10. 청구법인에게 한 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO 토지 5,658㎡ 및 그 지상 건축물 4,021.55㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항의 규정(창업중소기업의 사업용 재산)에 따라 취득세 등을 <표1>과 같이 감면받았다.
• 나. 처분청은 이 건 부동산에 대한 감면사후실태 조사 결과 청구법인이 이 건 부동산 중 토지 2,066.9㎡ 및 그 지상 건축물 1,469.08㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 임대한 사실을 확인하고, 쟁점부동산에 대하여 기 감면한OOO원(가산세 포함)을 2014.4.10. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 액정보호글라스 및 전기전자제품을 생산하는 중소기업으로서 사업 활성화를 기대하고 이 건 부동산을 취득하였으나, 사업이 불투명하여 공장 일부를 가동할 수 없는 상태에 이르자 부득이하게 이를 임대하였음에도 기 감면된 세액을 추징하는 것은 부당하다. (2)아울러, 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 선택적으로 감면신청을 할 수 있는 것인바, 이 건 부동산은 창업중소기업에 대한 감면(조세특례제한법제120조 제3항)과 산업단지 등에 대한 감면(지방세특례제한법제78조 제4항) 요건 모두를 충족하므로 창업중소기업에 대한 감면을 산업단지 등에 대한 감면으로 변경하여 취득세를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조세특례제한법제120조 제3항의 규정에 의한 창업중소기업의 사업용 재산의 취득에 따라 취득세를 감면 받았고, 그에 따라 추징사유가 발생하였기 때문에 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따른 산업단지 등에 대한 감면으로 변경은 불가하다 할 것이므로(행정안전부 지방세운영과-4924, 2011.10.24., 같은 뜻), 조세특례제한법제120조 제3항의 추징 규정에 따라 임대 중인 쟁점부동산에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업자가 취득한 부동산이 2가지 감면요건을 동시에 충족하는 경우 하나의 감면요건이 추징대상에 해당되더라도 나머지 감면요건을 충족하는 경우 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2012.11.16. 전자제품, 영상, 음향 및 통신장비 제조, 판매업, 전자, 통신, 악세사리제조 등을 목적으로 창업하였으며, 액정평판디스플레이제조업(26211)을 주업으로 하고 있다. (나) 청구법인은 2013.1.29. 토지를 취득한 후, 2013.8.7.과 2013.9.9. 토지상에 건축물을 신축(증축)하여 취득하였으며, 청구법인은 이 건 부동산을 <표2>와 같이 취득하는 과정에서 조세특례제한법제120조 제3항에 따라 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당하는 것으로 취득세 등을 감면 신청하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다. (다) 이 건 부동산은 일반공업지역과 국가산업단지인 OOO에 소재하고 있는 사실이 토지이용계획서 등에 의하여 확인된다. (라) 청구법인은 쟁점부동산을 아래 <표3>과 같이 임대하였다. (마) 쟁점부동산의 임차인의 사업자등록 및 법인세법 시행규칙별지 제51호 서식에 따른 “중소기업 등 기준검토표” 등에 의하면, 임차인들은 모두 중소기업 요건에 “적합”한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니하고 이를 임대하였으므로 기 감면한 취득세 등을 추징한 것은 적법하다고 주장하고 있는 반면, 청구법인은 쟁점부동산을 임대하였다고 하더라도 지방세특례제한법제78조 제4항에 따른 감면 요건을 여전히 충족하고 있으므로 취득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법제120조 제3항에서 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 지방세특례제한법제78조 제4항에서는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. (나) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 2013.3.28. 선고 2012두27213 판결, 같은 뜻임) (다) 지방세특례제한법제78조 제4항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 안에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 이 경우 공장용 건축물을 중소기업자에게 임대하려는 자 또한 취득세 면제 대상에 포함하도록 규정하고 있는바, 이 건 부동산은 산업입지 및 개발에 관한 법률의 규정에 의한 국가산업단지인 OOO에 소재하고 있고, 청구법인은 쟁점부동산을 중소기업자에게 임대하고 있는 사실이 임대차계약서, 사업자등록증 등에 의하여 확인되는 이상 쟁점부동산의 임대 여부와 관계없이 지방세특례제한법제78조 제4항의 감면 요건을 충족하고 있다 할 것이므로, 청구법인이 당초 쟁점부동산에 대하여 조세특례제한법제120조 제3항의 창업중소기업 감면대상으로 감면신청을 하였다 하더라도 쟁점부동산이 동시에 지방세특례제한법제78조 제4항의 산업단지에 대한 감면요건을 충족하고 있으므로 이러한 감면규정의 적용을 배제할 수는 없다고 보아야 할 것이다(조심 2013지815, 2014.2.6., 같은 뜻임). (라) 따라서, 처분청이 이러한 지방세특례제한법제78조 제4항의 감면규정 적용을 배제한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.