[요지] 이 건 제1토지는 지목변경으로 인하여 토지가액 증가액이 없는 것으로 보이므로 단지 공부상 지목변경으로 개별공시지가가 높아졌다는 이유만으로 이를 토지의 새로운 취득으로 간주 할 수 없으나, 이 건 제2토지의 경우는 지목변경으로 인하여 토지가액이 증가하였으므로 지목변경에 대한 취득세 납세의무가 있는 것으로 보는 것이 타당함
[요지] 이 건 제1토지는 지목변경으로 인하여 토지가액 증가액이 없는 것으로 보이므로 단지 공부상 지목변경으로 개별공시지가가 높아졌다는 이유만으로 이를 토지의 새로운 취득으로 간주 할 수 없으나, 이 건 제2토지의 경우는 지목변경으로 인하여 토지가액이 증가하였으므로 지목변경에 대한 취득세 납세의무가 있는 것으로 보는 것이 타당함
[참조결정] 조심2008지0957 / 조심2013지0563
[주 문] OOO이 2014.1.3. 청구인에게 한 OOO원의부과처분은
1. OOO에 대하여 한 취득세 등의 부과처분은 이를 취소하고,
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인이 이 건 제1토지를 취득할 당시 개별공시지가보다 높은 가격에 해당하는 매매금액을 지급하고 취득하였다 하더라도 이는 이 건 제1토지의 지목변경에 따른 취득과는 별도의 취득세 과세대상인 토지의 소유권을 취득한데 따른 것이므로,청구인이 당초 이 건 제1토지를 취득하면서 얼마를 지급하였는지는 토지의 지목변경에 따른 취득세 납세의 성립여부에 영향을 미치지 아니한다(조심 2008지0957, 2009.10.26., 같은 뜻임)할 것이다.
(2) 청구인은 1993년 이 건 제3토지상에 자동차정비 및 A/S센터를 신축(이하 “종전 건축물”이라 한다)할 당시 이 건 제1·2토지의 지목이 “답”에서 “잡종지”로 변경되는 과정에서 개발부담금과 취득세를 납부하였으므로 지목변경에 따른 취득세 부과처분은 부당하다고 주장하지만, 청구인이 납부하였다는 개발부담금은 이 건 제1·2토지가 아닌 이 건 제3토지에 대한 개발부담금을 납부한 것일 뿐만 아니라, 개발부담금을 납부하였다는 사실이 지목변경 취득세 납세의무에 영향을 미치는 것은 아니라 할 것이므로, 처분청이 이 건 제1·2토지의 지목이 변경에 대하여 취득세 등을 부과한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 처분청과 청구인이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인은 공부상 지목이 “답”인 이 건 제1토지를 2009.7.30. 청구외 주식회사 OOO로부터 OOO에 매매를 원인으로 취득하였으며, 취득 당시 1㎡당 개별공시지가는 OOO원(2009.1.1. 기준)인 사실이 확인된다. (나) 청구인이 2011.5.30. 주식회사 OOO 소유의 OOO 잡종지 OOO와 교환하여 취득한 이 건 제2토지(공장용지 OOO)는 당초 OOO 공장용지 OOO에서 분할된 토지로서 자동차 관련시설(서비스공장)의 부속토지로 사용되던 토지이며, 교환취득 가격은 OOO이고, 취득 당시 1㎡당 개별공시지가는 OOO원(2011.1.1. 기준)인 사실이 확인된다. (다) 청구인은 OOO (이 건 제3토지)상에 1993.8.3. 자동차 관련시설(정비공장) OOO(A동 2층, B동 1층 규모)를 신축하여 공장을 운영하다가 2012.7.20. 이를 멸실하였으며, 청구외 OOO는 2013.3.18. 이 건 제3토지상에 연면적 OOO 규모의 자동차영업소, 정비공장 및 사무실 등을 신축하였으며, 이에 따라 청구인은 2013.3.26. 이 건 제1·2토지를 이 건 제3토지로 합병한 후, 이 건 제1·2토지의 지목을 아래 <표>와 같이 “답”과 “공장용지”에서 “잡종지”로 변경한 사실이 제출된 자료에 의하여 확인된다. (라) 처분청은 2013.3.26. 이 건 제1·2토지의 지목이 변경되어 그 가액이 증가하였음에도 청구인이 취득세 등을 신고납부하지 아니한 것으로 보아 2014.1.3. 이 건 제1·2토지의 지목변경 후의 시가표준액OOO에서 지목변경 전의 시가표준액OOO을 차감한 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 청구인에게 부과·고지하였다. (2)청구인은 이 건 제1토지의 경우취득 당시 “답”에서 “잡종지”로 지목이 사실상 변경된 상태에서 개별공시지가OOO를 상회하는 가격OOO으로 이를 취득하였으므로 지목변경으로 인한 가액 증가가 없고, 이 건 제2토지의 경우 사실상 공장용 건축물의 부속토지로 이용되던 잡종지 상태의 토지를 취득한 것이므로 지목변경으로 인한 가액증가가 있는 것으로 보기 어렵다고 주장하는 반면, 처분청은공부상 지목이 “답”과 “공장용지”에서 “잡종지”로 변경되었을 뿐만 아니라 개별공시지가 또한 상승한 이상 지목변경 전·후의 시가표준액의 차액에 대하여 취득세를 부과하는 것은 적법하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 지방세법제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제10조 제3항에서는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 취득세 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제20조 제10항에서는 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있다. (나)위 규정을 종합하여 보면, 토지의 지목이 사실상 변경된 것을 취득세의 과세대상인 간주취득으로 보기 위해서는 우선 그 토지의 주된 사용목적 또는 용도에 따라 구분되는 지목이 사실상 변경되었을 뿐만 아니라 그로 인하여 가액이 증가되어야 할 것이므로, 토지의 지목이 이미 사실상 변경된 후에 토지를 취득한 것이라면 비록 취득 후 변경된 사실상의 지목에 맞게 공부상의 지목을 변경하였다고 할지라도 이로써 당해 토지소유자가 취득세 과세물건을 새로이 취득한 것으로 간주할 수 없고, 또한, 토지를 취득한 후 그 현상을 전혀 변경시키지 아니한 채 그대로 보유하고 있다가 그 공부상의 지목을 실질에 맞게 변경하였다고 할지라도 공부상의 지목이 변경되었다는 사유만으로 당해 토지 소유자가 그 변경 시점에서 취득세 과세물건을 새로이 취득한 것으로 취급할 수는 없다(대법원 1997.12.12. 선고 97누15807 판결 외 다수, 같은 뜻임)할 것이지만, 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가된 경우에는 이를 취득으로 보아 취득세 납세의무를 부담하는 것이고, 이 경우 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 지목변경 공사착공일 현재의 개별공시지가에서 지목변경 이후의 개별공시지가 차액을 기준으로 취득세를 부과하는 것이 타당하다 할 것이다. (다) 청구인의 이 건 제1토지의 경우, 청구인이 자동차 관련시설(정비공장)로 이용하던 이 건 제3토지와 연접한 짜투리의 토지로서 사실상 공장용지의 부속토지로 이용되던 토지로 보일 뿐만 아니라, 청구인이 2009.7.30. 이를 취득할 당시 개별공시지가OOO 보다 월등히 높은 가격OOO에 해당하는 매매가격OOO을 지급하고 이를 취득한 점 등에 비추어 청구인이 이 건 제1토지를 취득할 당시에는 그 사실상의 지목이 이미 “답”에서 “공장용지” 내지는 “잡종지”로 변경된 상태에서 이를 취득하였다고보는 것이 합리적이라 할 것인바, 재산가치의 증가가 없음에도 불구하고 단지 공부상 “답”이었을 때의 개별공시지가에 비해 지목을 “잡종지”로 변경하였을 때의 개별공시지가가 높아졌다는 이유만으로 이를 부동산의 새로운 취득으로 보아 취득세를 부과하는 것이 타당하다는 처분청의 주장은 실질과세의 원칙에도 반하는 것이라 할 것이므로(조심 2013지563, 2013.11.21. 외 다수, 같은 뜻임), 이 건 제1토지에 대하여 지목변경에 따른 취득세 등을 부과하는 것은 잘못으로 판단된다. (라) 이 건 제2토지의 경우, 2011.5.30. 청구인이 이를 교환으로 취득할 당시의 가액OOO이 개별공시지가OOO원(2012.1.1. 기준)에서 OOO원(2013.3.26.기준)으로 큰폭으로 상승한 점 등에 비추어 청구인이 이 건 제2토지를 취득할 당시에는 그 사실상 지목이 “공장용지”에서 “잡종지”로 변경된 상태에 있었다고 보기는 어려워 보이므로 처분청이 이 건 제2토지에 대하여 지목변경에 따른 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.