청구법인이 대도시 내로 사실상 본점을 전입하고 5년 이내에 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2007.4.3. OOO의 피혁 제조 및 판매업 부분이 물적분할되어 OOO 토지 401.3㎡ 및 그 지상 건축물 311.17㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 증여받아 취득한 후 이 건 부동산의 소유권이전등기를 하면서 이 건 부동산의 시가표준액OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법(2008.12.31. 법률 제9319호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 제2호에 따른 표준세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2008.12.24. 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산과 소도로를 사이에 두고 연접한 OOO 소재 건축물에 청구법인 OOO을 설치하고, 실제로는 사장실, 업무과, 경리과, 총무과 등을 설치한 후 본점업무를 수행한 사실을 확인하고, 이 건 부동산의 등기가 대도시 외의 법인이 대도시 내로 본점을 전입한 날부터 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 해당하는 것으로 보아 이 건 부동산의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제138조 제1항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO원을 2013.10.10. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.19. 이의신청을 거쳐 2014.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 주식회사 OOO에 본점을 두고 있던 중 2006.10.4. 주식회사 OOO를 흡수합병하고 상호를 주식회사 OOO로 변경한 후 2006.11.1. OOO의 피혁사업부분이 물적분할되어 설립된 법인으로 청구법인은 2007.4.3. 본점을 OOO로 이전하였다. 주식회사 OOO을 설치하였고, 본점 및 공장은 OOO에 피혁공장을 설립하여 2002년 10월부터 정상 조업에 들어감으로서 2003년 5월 목내동 공장을 폐쇄하고 전 직원이 동일자로 퇴사하여 본점소재지에는 창고만 있고 인적·물적 설비가 없는 상태가 되었고, 2003년 6월 이후 주식회사 OOO이 2006.10.4. 주식회사 OOO으로 명칭만 변경되었을 뿐이며, 2007.4.3. 청구법인의 OOO의 설치는 주식회사 OOO의 지점을 분할로 승계받아 지점사업자등록을 한 것에 불과한바, 주식회사 OOO에 공장을 설립하고 OOO 소재 공장을 폐쇄한 이후에는 주식회사 OOO 등의 OOO이 실질적인 본점의 역할을 수행하였으므로 물적분할로 승계한 청구법인 서울지점은 2003년 6월부터 실질적인 본점에 해당하는 것으로 보아야 한다. 이 건 부동산은 청구법인 OOO과 소도로를 사이에 두고 있고, 청구법인 OOO이 사무실 등으로 임차하여 사용하다가 증여를 받아 2008.12.22. 취득한 것이므로 실질적인 본점이전일인 2003년 6월 이후 5년이 경과된 후에 취득한 것이므로 처분청이 청구법인의 이 건 부동산 취득을 대도시 내로 본점을 전입한 후 5년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 중과세율을 적용한 등록세 등을 부과고지한 것은 부당하고, 분할등기일 현재 대도시 내에서 5년 이상 계속해서 사업을 영위한 내국법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 분할 시점만 한정하는 것이 아니라 분할신설법인이 설립된 이후 새로이 부동산을 취득하는 경우에도 중과세 대상에서 제외되는 것이므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 분할로 인하여 설립될 당시 주식회사 OOO이나 주식회사 OOO는 대도시 내에서 5년 이상 사업을 영위한 법인이 아니므로 청구법인은 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제6항의 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다는 규정을 적용할 수 없어 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대한 등록세는 중과세율 적용대상으로 보는 것이 타당하다. 청구법인의 지점등기 내용은 법인등기부상에 존재하지 않고, 사업자등록현황에만 있으며, 사업자등록증상 주식회사 OOO 이 2007.4.3. 개업한 것으로 나타나는바, 법인등기부등본상에 지점이 존재하지 아니하므로 합병과 분할에 따른 지점의 귀속 등 변동내역을 확인할 수 없고, 사업자등록증의 내용으로 보아서는 주식회사 OOO이 폐업되고, 청구법인의 OOO이 새로이 개업된 것으로 보는 것이 타당하므로 청구법인의 OOO은 주식회사 OOO의 승계라기 보다는 새로운 지점의 설치로 보는 것이 타당하다. 주식회사 OOO에 소재하는 본점 사무소를 폐업하고 OOO에서 본점 기능을 수행하였다고 주장하나, 이를 입증할 객관적인 자료가 제출된바 없고, 이를 인정한다 하더라도 2003.6.2.부터 5년 이내에 청구법인이 설립(2007.4.3.)되어 청구법인은 대도시 내에서 5년 이상 사업을 영위한 법인이 분할한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 대도시 내로 사실상 본점을 전입하고 5년 이내에 이 건 부동산을 취득하여 지방세법제138조 제1항 제3호에 따른 중과세율 적용대상인 것으로 보아 등록세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 법원행정처 등기정보중앙관리소에서 2013.12.16. 열람한 주식회사 OOO의 등기사항전부증명서에 의하면 주식회사 OOO은 1975.5.6. OOO를 본점소재지로 하고 피혁 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2006.10.4. 스포츠 마케팅업 등을 영위하는 주식회사 OOO를 흡수합병하였으며, 상호를 주식회사 OOO로 변경하는 등기를 하였고, 2006.11.1. OOO로 본점을 이전한 것으로 기재되어 있다. (나) 법원행정처 등기정보중앙관리소 전산운영책임관이 2013.12.16. 발행한 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2007.4.3. OOO를 본점소재지로 하고 피혁 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2007.4.3. OOO로 본점 이전등기를 한 것으로 기재되어 있으며, 지점에 관한 사항은 등기되어 있지 아니한 것으로 확인된다. (다) 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등의 사업자등록증에 의하면 아래<표>와 같이 기재되어 있다. OOO (라) 법원행정처 등기정보중앙관리소 전산운영책임관이 2013.12.16. 발행한 이 건 부동산의 등기사항전부증명서에 의하면 이 건 부동산은 1977.11.17. 청구법인의 대표이사 최OOO 명의로 소유권이전등기되었고, 2008.12.22. 증여를 원인으로 2008.12.24. 청구법인 명의로 소유권이전등기된 것으로 기재되어 있다. (마) OOO이 2014.2.24. 발행한 주식회사 OOO의 고용보험·산재보험 보험관계 소멸통지서에 의하면 주식회사 OOO의 OOO의 사업장은 2003.6.2. 산재보험 및 고용보험의 보험관계가 소멸되었고, 그 사유는 폐업으로 기재되어 있다. (바) 처분청이 2013.8.5. 이 건 부동산에 현지출장한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면 청구법인은 2007.4.3. OOO를 본점소재지로 하여 설립되었고, 2007.4.3. 본점소재지를 OOO를 사업장소재지로 하여 청구법인 OOO을 조사한 바, 청구법인 직원 1인을 제외한 대표이사, 업무과·경리과·총무과 직원 9명이 법인설립(2007.4.3.) 직후부터 계속 OOO에서 근무하고 있는 것으로 확인되므로 청구법인의 사실상 본점은 청구법인 OOO인 것으로 보는 것이 타당하고, 청구법인은 대도시 내로 본점을 전입한 날부터 5년 이내인 2008.12.24. 이 건 부동산을 취득하였으므로 이 건 부동산의 등기는 등록세 중과세대상으로 판단됨으로 기재되어 있다. (사) 청구법인은 2008.12.22. 이 건 부동산을 증여받아 취득한 후 2008.12.24. 이 건 부동산을 등기하면서 이 건 부동산의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조 제1항 제2호에 따른 표준세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였다. (아) 처분청은 이 건 부동산의 등기가 대도시 외의 법인이 대도시 내로 본점을 전입한 날부터 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 해당하는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO원을 2013.10.10. 부과고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 지방세법제138조 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하면서 그 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제6항은 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할(법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 바, 청구법인 및 주식회사 OOO의 등기사항전부증명서에 의하면 주식회사 OOO에 법인 본점을 두고 있다가 2006.11.1. 대도시 지역인 OOO로 법인 본점을 전입한 후 2007.4.3. 주식회사 OOO의 피혁부분을 분할하여 청구법인을 설립한 것으로 나타나므로 청구법인은 대도시 내에서 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할로 설립한 것이 아니어서 지방세법 시행령 제102조 제6항에 따른 등록세 중과세 배제대상에 해당하지 아니하고, ② 처분청이 2013.8.5. 이 건 부동산에 현지출장한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면 청구법인의 등기부등본상 본점소재지는 OOO이나 청구법인의 대표이사 및 직원 대부분은 2007.4.3. 사업자등록을 한 청구법인 OOO에 근무하고 있는 것으로 기재되어 있어 청구법인 OOO이 청구법인의 사실상 본점으로 보이므로 청구법인은 2007.4.3. 본점을 대도시 외에서 대도시 내로 전입한 것으로 보는 것이 타당하고, 2007.4.3.부터 5년 이내인 2008.12.24. 이 건 부동산을 취득하였으므로 이 건 부동산의 등기에 대한 등록세는 중과세율 적용대상으로 보는 것이 타당하며, ③ 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제119조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제하고, 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제10호는 법인세법 제46조 제1항 각 호(물적분할의 경우에는 동 법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기를 규정하고 있으나, 청구법인은 이 건 부동산을 물적분할로 인하여 취득한 것이 아니라 물적분할로 인하여 설립된 후 취득한 것이므로 위 규정에 따른 등록세 등의 면제대상에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 부동산 등기는 청구법인이 대도시로 본점을 전입한 후 5년 이내에 행한 부동산 등기로서 등록세 중과세율 적용대상으로 보는 것이 타당하므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9319호로 개정되기 전의 것) 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시 외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제102조 [대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준] ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

⑥ 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.

⑦ 대도시안에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 "기존법인"이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다.

(3) 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제119조 [등록세의 면제등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. 10.법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기