청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 1년 이내에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.7.10. OOO 제14조 제3항의 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2013.9.9. 쟁점토지에 현지 확인을 한 결과 청구법인이 유예기간 1년 이내에 정당한 사유없이 이를 취득목적대로 고유업무에 사용하지 아니하고 나대지 상태로 방치하고 있음을 확인하고 감면한 취득세의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지의 취득가격 OOO을 2013.9.17. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.13. 이의신청을 거쳐 2014. 5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO를 신축할 목적으로 정부의 보조금 지원을 받고자 2012.6.11. 처분청에 조사료유통사업자 지정신청을 하였으나 선정되지 못하였고, 2012.7.10. 및 2012.7.26. 쟁점토지를 취득한 후 2012.10.19. 기본설계를 확정하고 2013.1.28. OOO된 후, 2013.6.19. 건축허가를 신청하여 2013.10.11. 처분청으로부터 건축허가를 받고 2013.11.21. 시공사 선정 후 2013.11.18. 착공하여 2014.8.26. 사용승인을 받았는바, 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 1년 내에 건축공사에 착공하지는 못하였지만, 청구법인이 비영리법인으로서 토지의 취득이나 건축물의 신축 등을 위한 준비과정이 복잡하고 오랜 시간이 소요되는 점, 건축허가 신청에 대하여 처분청에서 진입도로의 위험성을 거론하며 보완을 요구하여 건축허가의 선행절차로서 개발행위변경허가를 받는데 5개월 이상의 기간이 소요된 점, OOO」제8조 제2항에 따르면 보조 지령 전에 시행한 공사에 대하여는 보조금을 교부하지 아니한다고 규정되어 있어 보조금 지원을 위한 요건을 충족하기 위하여 보조금 교부결정서를 통보(2013.11.6.)받을 때까지 공사 착공이 지연된 점 등을 감안하면, 청구법인은 쟁점토지상에 취득일부터 1년 내에 유통센타를 착공하기 위한 정상적인 노력을 기울여 왔으나 처분청의 보조금 지원기준 및 처분청의 건축허가 지연(4개월 소요) 등의 사유로 시간적인 여유가 없어 유예기간을 4개월 경과하여 건축공사에 착공한 것은 정당한 사유에 해당하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 처분청의 보조금 지원 기준을 준수하기 위하여 보조금 교부결정 후에 착공할 수밖에 없었다고 주장하나, 청구법인의 경우 처분청으로부터 정부 등의 자금으로 유통센타 신축 사업을 추진해 달라는 요구에 따라 쟁점토지를 취득한 것이 아니라, 2012.7.10. 및 2012.7.26. 농업용 창고신축을 목적으로 쟁점토지를 취득한 후에 유통센타 신축자금을 지원받기 위하여 선정 여부가 불확실한 상황에서 단순히 처분청에 보조금 지원신청을 하였다가 2013.6.4. 선정된 것에 불과하며, 그 선정 시기는 유예기간 만료일을 1개월 정도 남긴 시점이고, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 1년 내에 건축 공사에 착공하지 않으면 감면된 취득세 등이 추징된다는 사실을 알 수 있었던 점에 비추어 보면, 청구법인은 유예기간 경과 후에 교부될 정부 등의 보조금으로 유통센타 신축자금을 조달하기 위하여 착공을 서두르지 아니한 것으로 볼 수밖에 없고, 이는 청구법인의 경영상 판단에 의한 것으로써 법인 내부사정에 해당한다 할 것이다. 또한, 청구법인은 착공이 4개월 늦어진 것은 처분청의 건축허가 지연 때문이므로 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있고, 건축허가시 선행되어야 하는 개발행위 허가에 5개월 이상이 소요되어 청구법인의 건축허가 신청일로부터 4개월여 만에 허가된 것은 인정되지만, 처분청은 산지전용허가 및 농지전용허가, 도시계획심의 절차 등으로 동 기간이 소요되었다고 하고 있는 반면, 청구법인은 처분청의 귀책사유로 건축허가가 지연되었다는 등의 증거를 제시하지 못하는 이상, 단순히 건축허가에 4개월이 소요되었다는 사실만으로 유예기간 내 착공하지 못한 책임이 처분청에게 있다고 보기는 어렵고, 청구법인이 쟁점토지 상에 유통센타를 신축하는 데 있어 법률적 장애 사유나 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등이 있었다고 보이지 아니한 점 등을 감안하면, 청구법인이 외부적 장애사유 때문에 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 해당 사업에 사용하지 못한 것이라고 인정하기 어렵고, 보조금으로 건축공사 비용을 조달하고자 한 내부사정으로 착공이 지연된 것으로 보이므로 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것으로 처분청이 쟁점토지에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 사료창고를 신축할 목적으로 취득한 토지를 유예기간 이내에 취득 목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률 등

(1) 지방세특례제한법 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 제94조(감면된 세액의 추징 등) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.

(2) OOO 보조금 관리 조례 제8조(보조금등의 교부결정 통지) ① 시장은 보조금의 교부를 결정함에 있어서 제7조의 규정에 의한 조건을 부가한 경우에는 그 조건을 부가한 지령서를 보조금 교부신청자에게 발부한다.

② 보조 지령전에 시행한 공사 또는 사업에 대하여는 보조금을 교부하지 아니한다. 다만, 특별한 사정에 의하여 사전에 시장의 승인을 얻은 경우는 예외로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2012.7.10.과 2012.7.26. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득한 후 처분청에 농업용창고 부지로 감면신청하여 지방세특례제한법제14조 제3항 규정에 따라 취득세 등을 면제받았다. (나) 처분청 세무담당공무원이 2013.9.9. 쟁점토지에 현지 출장을 하여 확인한 후 작성한 출장복명서에 “출장일 현재 방치되어 있으므로 1년내 직접 미사용으로 추징대상”에 해당한다고 조사한 내용이 기재되어 있고, 첨부된 현장 사진을 보면 쟁점토지는 세무조사 당시 나대지 상태인 것으로 확인된다. (다) 청구법인이 쟁점토지상에 농업용 창고를 신축하기 위하여 추진한 사항이라고 제시한 자료는 아래 〈표〉와 같다. OOO (라) OOO에서 처분청 담당 공무원에게 건축허가 지연사유를 문의한바, ‘건축허가는 개발행위가 선행되어야 하며, 청구인이 건축허가 및 허가구획선 변경을 목적으로 2013.4.18. 개발행위변경 신청을 하였고 그 허가는 산지전용 및 농지전용 협의와 도시계획위원회의 재심의 절차를 거쳐야 하기 때문에 2013.4.18.부터 2013.10.2.까지 5개월 가량 소요되었다’는 개발행위 부서의 의견을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하되, 같은 법 제94조에서 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 위 규정에서의 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임). (다) 청구법인이 쟁점토지 중 2필지 토지는 유통센타를 신축하기 위한 부지로 나머지 2필지 토지 211㎡는 진입도로 부지로 사용하기 위하여 취득한 것으로 나타나며, 유통센타 건축부지로 사용하기 위하여 토지를 취득한 후 이를 고유업무에 사용하기 위한 전체적인 건축과정을 살피건대, 청구법인은 2012.7.10. 유통센타 건축부지로 사용할 토지를 취득한 후, 내부적인 건축설계 등의 과정을 거치다가 취득일부터 10개월이 경과한 2013.4.18. 건축허가의 사전 단계로서 개발행위변경허가 신청을 하고, 2013.6.19. 건축허가 신청을 하여 유예기간을 경과한 이후인 2013.10.2. 개발행위 변경허가를, 2013.10.11. 건축허가를 순차적으로 받아 건축공사에 착공하였으며, 청구법인은 이러한 건축과는 별개로 쟁점토지 취득일부터 8개월이 경과한 2013.3.18. 유통센타에 대한 보조금 지원신청을 하여 2013.6.4. 유통센타 보조금 지원대상자로 선정되었는바, 청구법인이 쟁점토지상에 유예기간 내에 건축공사를 진행하지 못한 주된 사유가 내부적인 절차지연과 보조금 지원대상자로 선정되어 보조금을 지원받기 위하여 건축과정을 지연한 것으로 보이고, 달리 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 장애사유가 있다고 보기 어려운 점에서 결국 청구법인의 내부적인 사정으로 유예기간내에 고유업무에 사용하지 못한 것으로 보인다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 정당한 사유없이 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.