이 건 심판청구가 적법한 청구에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인들은 1994.10.6.～2008.6.27. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득한 후 취득신고를 하면서 쟁점주택이 국민주택규모를 초과하므로 농어촌특별세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 2013.7.2. 쟁점주택은 전용면적이 국민주택규모 이하인 것을 확인하고, 청구인들을 제외한 부과제척기간이 경과하지 아니한 납세자들에게는 직권으로 기납부한 농어촌특별세를 환급하였으나 청구인들의 경우에는 부과제척기간이 경과하였다는 사유로 이를 환급하지 아니함에 따라 청구인들은 2013.8.30. 경정청구를 하였고, 처분청은 2013.10.24. 이를 거부하는 통보를 하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.1.10. 이의신청을 거쳐 2014.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들은 쟁점주택을 취득할 당시 소유권이전 및 부동산 취득에 따른 세금납부를 하기 위한 절차로 처분청에 취득신고를 하였고, 취득신고 당시 처분청에서 쟁점주택의 전용면적이 건축물대장상 85㎡를 초과하므로 농어촌특별세 과세대상에 해당한다고 하여 청구인들은 농어촌특별세를 납부하였던 것으로서, 집합건축물대장은 1983년부터 작성되었고, 집합건축물대장이 작성되기 이전에 건축된 집합건축물은 가옥대장으로 관리되었으며, 가옥대장은 집합건축물에 대하여 현재의 집합건축물대장처럼 면적을 전용부분과 공용부분으로 구분하여 작성하지 아니하였고, 집합건축물대장을 작성하면서 가옥대장의 면적을 전용면적과 공용면적으로 구분하여 이기하는 과정에서 실제 면적과 맞지 않게 된 것이며, 쟁점주택과 같이 실제 전용면적과 건축물대장상의 전용면적이 차이가 나는 집합건축물에 대하여 OOO의 경우 건축물대장상의 전용면적이 아닌 실제 조사한 전용면적을 기준으로 그 면적이 85㎡이하인 경우 농어촌특별세를 비과세하고 있는 실정인데, 처분청은 과거부터 있었던 쟁점주택의 전용면적 차이에 따른 농어촌특별세 납부에 대한 이의신청에 대하여 공부상의 자료 및 실지조사에서 건축물대장상의 전용면적을 뒤집을 만한 자료가 정확하지 않음을 이유로 농어촌특별세 이의신청을 거부하고 건축물대장상의 전용면적을 기준으로 농어촌특별세를 부과하였다가 2013.5.15. 농어촌특별세에 대한 경정청구 접수를 받고 처분청 담당부서인 주택과에 전용면적 확인을 의뢰하여 국민주택규모에 해당된다는 사실을 확인하고 부과제척기간이 경과되지 아니한 주택에 대하여 농어촌특별세 직권 경정결정하였는 바, 우선, 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 소정의 수정신고제도는 국세기본법상의 경정청구제도와 같이 납세자의 권리를 보호한다는 취지에서 신고납부 후의 후발적 사유를 원인으로 한 수정신고를 인정한다는 것이므로 위의 규정에 의한 수정신고 사유를 해석함에 있어서는 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함함이 상당하다고 할 것으로서 신고납부 후의 특별한 사정변경으로 인하여 그 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유에 해당하여 지방세법제71조 제1항 소정의 감액수정신고를 할 수 있다고 할 것이고(대법원 2003.6.27 선고 2001두10639 판결 참조), 국세의 경우 경정청구는 과세표준신고서에 과세표준 또는 세액에 잘못이 있을 경우 하는 통상적 경정청구와 후발적 사유에 의하여 과세표준 또는 세액의 계산의 기초에 변동이 있을 경우에 하는 후발적 경정청구가 있는데, 지방세의 경우는 구 지방세법제71조에서 신고한 세액이 세법에 의하여 신고할 세액을 초과하여 감액하고자 하는 경우(감액수정신고)나 신고한 세액이 세법에 의하여 신고할 세액에 미달하여 증액하고자 하는 경우(증액수정신고)를 모두 규정하고 있고, 대법원 판결 등(대법원 2003.6.27 선고 2001두10639 판결, 서울행정법원 2009.11.13 선고 2009구합37111 판결)에서는 구 지방세법제71조에서의 감액수정신고 사유를 제한적, 열거적으로 규정이 아닌 예시적 규정으로 해석하고 있으며, 청구인들의 경우 농어촌특별세 세액계산의 근거가 된 쟁점주택의 면적이 직권으로 경정결정된 것은 과세관청에서 확인 관리하는 과세자료를 수정한 것으로 구 지방세법제71조 규정에 의하여 신고납부 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적 가액 등이 공사비의 정산 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우 내지, 신고납부 당시에 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산 할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우로서 수정신고 사유에 해당한다고 보아야 할 것이며, 다음으로, 지방세법제71조 제1항은 “ 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다.”고만 규정하고 있을 뿐 부과제척기간 이내에만 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있지 아니하며, 대법원 판결(대법원 2006.1.26. 선고 2005두 7006)에서 “국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 의하면, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는바, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다.”고 판결하고 있는 점에 비추어, 구 지방세법제71조에 따른 감액수정신고의 경우 국세의 후발적 경정청구의 제도와 같은 제도이므로 국세에서 법률 개정전(2008.1.1. 이전)부터 후발적 경정청구를 부과제척기간의 적용을 받지 않는 것으로 해석하고 있는 것과 동일하게 지방세의 경우에도 부과제척기간이 경과한 이후에도 감액수정신고를 할 수 있다고 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인들의 경우 신고납부한 날로부터 부과제척기간이 경과되었다는 사유로 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인들은 2013.8.30. 기 신고납부한 농어촌특별세에 대한 경정청구를 하였으나 경정청구제도는 2011.1.1. 최초로 납세의무가 성립하는 지방세부터 적용하는 것이므로, 청구인들이 경정청구제도가 시행되기 이전에 납세의무가 성립된 쟁점주택에 대하여 경정청구를 하여 이를 거부하는 통보를 받았다 하더라도 이는 심판청구의 대상이 되는 경정청구 거부처분에 해당된다고 볼 수 없고, 지방세 부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것으로서 지방세징수권 소멸시효와는 달리 기간의 중단이나 정지가 없고, 각 세목별 납세의무성립일로부터 부과제척기간인 5년의 기간이 경과하면 지방자치단체의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정 또는 경정도 할 수 없다고 할 것이며(대법원 2004.6.10. 선고 2003두1752 판결, 대법원 1996.5.10. 선고 93누4885 판결 참조), 수정신고사유를 과세요건 성립 후의 특별한 사정으로 불가피하게 변경할 수 밖에 없는 사유로 해석한다고 하더라도 보충적 의미의 수정신고제도의 취지상 수정신고가 무한정 허용되는 것으로 볼 수 없고, 지방세 부과의 제척기간이 조세법률관계의 조속한 안정을 위하여 과세권자의 부과권을 일정기간 동안만 존속하도록 하는 것이므로 제척기간 경과로 조세채권이 확정되었다면 이로써 납세의무는 확정되었기에 제척기간이 경과한 경우에는 수정신고도 할 수 없다고 할 것이므로, 청구인들이 부과제척기간이 경과하여 수정신고에 갈음하여 경정청구를 하였다 하더라도 이는 적법한 수정신고로 볼 수 없다 하겠으므로 이 건은 심판청구의 대상이 되는 처분이 있었다고 볼 수 없으므로 각하하는 것이 타당하다.

3. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 심판청구에 해당되는지 여부에 대하여 살펴본다.

• 가. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년 1의2. 상속을 원인으로 취득하는 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한까지 소득세, 법인세 또는 지방소비세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 그 밖의 경우에는 5년

② 다음 각 호의 경우에는 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정(更正決定)이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제8장에 따른 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 적합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약에 따른 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우 3.제51조 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우 제50조(수정신고) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 지방자치단체의 장이 지방세관계법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지는 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적을 때

2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과할 때

3. 그 밖에 특별징수의무자의 정산과정에서 누락 등이 발생하여 그 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액 등보다 적을 때 제51조(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 따라 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 지방세기본법 시행령 제30조(후발적 사유) 법 제51조 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정(更定)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우 부칙 (대통령령 제22585호, 2010.9.20.) 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제6조(경정청구의 후발적 사유 등에 관한 적용례) 제30조부터 제32조까지의 규정은 이 영 시행 후 최초로 법 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.

(3) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제30조의4(부과의 제척기간) ① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세, 법인세 또는 부가가치세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

② 다음 각 호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 이 법에 의한 이의신청·심사청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우 제71조(수정신고) ① 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다.(1997.8.30. 신설)

1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우

② 제1항의 규정에 의한 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 수정신고와 동시에 이를 납부하여야 하며, 초과납부세액이 발생한 경우에는 당해 지방자치단체의 장은 이를 즉시 환부하여야 한다. 이 경우 과소신고납부로 인한 가산세와 제46조의 규정에 의한 환부이자를 적용하지 아니한다.

③ 수정신고납부절차 등 필요한 사항은 행정안전부령으로 정한다.

(4) 농어촌특별세법 제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세

(5) 농어촌특별세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23603호로 개정되기 전의 것) 제4조(비과세) ④ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란 주택법 제2조 제3호의 규정에 따른 국민주택 규모(건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 의한 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지 (국가ㆍ지방자치단체 또는 한국토지주택공사법에 따라 설립된 한국토지주택공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지를 말한다.

• 나. 청구인들은 부과제척기간이 경과한 이후에도 구지방세법상의 감액수정신고를 할 수 있다고 주장하므로 이를 살펴보면,

(1) 구 지방세법제71조에서는신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 그 후 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우나 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우에는 해당 사유가 발생한 경우에는 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있을 뿐으로서, 당해 수정신고를 함에 있어서 감액수정신고가 가능하다고 하더라도 국세기본법에서와 같은 후발적 경정청구사유를 별도로 규정하고 있지 아니하며,

(2) 구 지방세법제30조의4 제1항에서는 일반적인 지방세에 관한 부과제척기간을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 이러한 부과제척기간을 적용함에 있어서 예외적으로 지방세법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우나 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 날로부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있으며, 이러한 규정은 지방세법에 의한 처분에 의하여 불복이 진행되는 경우 그 불복결과에 따라 이를 시정하는 한도내에서 적용될 수 있을 뿐이라고 보아야 할 것으로서,

(3) 이 건의 경우에 있어서 지방세법상 경정청구제도가 신설되기 이전에 취득세와 농어촌특별세 납세의무가 발생한 사건으로서 지방세법경정청구권이 인정되지 아니한 이상 국세와 같은 후발적 경정청구사유를 이유로 경정청구를 하거나 감액수정신고를 할 수는 없다 하겠고, 이미 지방세법상의 부과제척기간도 경과한 상태이므로 처분청이 청구인들의 감액수정신고에 갈음하여 한 경정청구를 거부하는 통보를 하였다 하여 이를 심판청구의 대상이 되는 처분이 있다고 볼 수는 없다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.