청구법인의 설립을 대도시 내 기존법인의 분할에 의한 설립으로 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2011지0544

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2010.9.15. 취득한OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 학교법인인 청구법인이 학교용도에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였다.
• 나. 청구법인은 대도시 내 법인인 청구법인이 그 설립일부터 5년 이내에 소유권이전 등기한 이 건 토지를 그 취득일부터 3년 이내에 학교용도에 직접 사용하지 않았으므로 이 건 토지에 대한 등록세 등은 과세대상이라고 보아 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고 등록세 중과세율(1천분의 60, 표준세율의 3배)을 적용하여 산출한 OOO원을2013.10.15. 처분청에 신고·납부한 후, 2013.12.5. 이 건 토지의 등기는등록세 중과세대상인 대도시 내 법인의 부동산 등기에 해당되지 않는다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.1.23. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2006.11.8. OOO의 허가를 받아 대도시 내기존법인인 학교법인 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터분할·설립된 학교법인으로서 분할 설립 당시 OOO의교육용 기본재산 등 OOO원을 포함한 OOO의 인적·물적 자산을 그대로물려받았는바,청구법인의설립은지방세법(2010.3.31. 법률 제10022호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 대도시 내 법인 설립에해당하지 않는다.

(2) 또한 새로운 사무실을 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하던 사무실의 소속만 바꾸어 유지·존속시킨 경우에는 등록세 중과세 대상이 아니라는 대법원 판결(대법원 1993.5.25. 선고 92누12742 판결)과 기존의 법인을 분리하여 존속하거나 합쳐져 존속하는 경우로서 그로인한 새로운 인구유입이나 경제력 집중 유발이 높지 않음에도 등록세를중과세하는 위법하다는 대법원 판결(대법원 2004.9.24. 선고 2003두7293 판결) 등을 종합하여 볼 때, 대도시 내에서 설립한지 5년이 경과한기존법인인 OOO를 사실상 분할하여 설립된 청구법인의 경우에는 새로운 인구 유입이나 경제력 집중을 가져오지 않을 뿐만 아니라지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제102조 제6항에서 등록세 중과세 대상에서 배제하는 대도시 내 내국법인의 분할에 해당된다고 할 것인바 이 건 토지의 등기는 등록세 중과세 대상이 아니라고 할 것임에도 처분청이 청구법인의 등록세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 2006.11.8. OOO가 일정재산을 출연하여사립학교법제10조에 따라 설립된 법인으로서사립학교법은 학교법인의설립만을 규정하고 있을 뿐 학교법인의 분할에 대하여는 규정하고 있지아니하고,지방세법 시행령제102조 제6항에서 등록세 중과세 대상에서 제외하는 “법인의 분할” 이라 함은 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이법인세법 시행령제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 설립은지방세법 시행령제102조 제6항의 법인 분할에 해당되지 아니한다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 등록세 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인의 설립을 대도시 내 기존법인의 분할에 의한 설립으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10022호로 개정되기 전의 것) 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 가타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. (이하생략)

3. 대도시에서의 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 특별시 외의 지역에서 특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.

⑥ 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(법인세법 시행령제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.

(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제46조【분할평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제1항 제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

(4) 법인세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21972호로 개정된 것) 제82조【분할평가차익상당액의 손금산입】③ 법 제46조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것”이라 함은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것.다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에의하여 분할하는 것일 것

4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것

(5) 사립학교법 제10조【설립허가】① 학교법인을 설립하고자 하는 자는 일정한 재산을 출연하고, 다음 각 호의 사항을 기재한 정관을 작성하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육과학기술부장관의 허가를 받아야 한다. 이 경우 기술대학을 설치·경영하는 학교법인을 설립하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 미리 산업체가 일정한 재산을 출연하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 설치·경영하고자 하는 사립학교의 종류와 명칭 4.～9. (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO가초중등교육법에 따른 OOO를 운영할 수 없음에 따라 2006.11.8. OOO를 설치·운영하기 위하여 OOO을 주사무소로 하여 설립한 후, 2006.11.20. OOO의 설치·운영과 관련한 교육용 기본재산 OOO원 상당의 재산을 OOO로부터 증여받았다.

(2) 처분청은 청구법인이 2006.11.20. OOO로부터 증여받은 재산중 OOO에 대하여 청구법인이 학교용도에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 청구법인이 그 유예기간 이내에 학교용도에 직접 사용하지 않음에 따라 2011.4.5. 면제한 취득세와 등록세(대도시 법인 중과세율 적용) 등 OOO원을 청구법인에게부과·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를제기하였으며, 동 심판청구는 OOO 기각 결정되었다OOO.

(3) 청구법인은 2010.9.15. 이 건 토지를 OOO원에 취득한 후, 학교용도에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 처분청으로부터 등록세 등을 면제받았으나, 그 유예기간인 2013.9.15.까지 이 건토지를 학교용도에 직접 사용하지 못함에 따라 2013.10.15. 면제받은 취득세와 등록세(중과세) 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(4) 청구법인은 2013.12.5. 이 건 부동산 등기는지방세법 시행령제102조 제6항의 대도시 내 기존 법인의 분할로 설립된 청구법인이그 설립일부터 5년 이내에 한 것이므로 등록세 중과세 대상이 아니라고보아 청구법인이 2013.10.15. 신고·납부한 등록세(지방교육세 제외,이하 같다) OOO원 중 표준세율로 산출한 OOO원을 제외한OOO원은 환급되어야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를하였으나, 처분청은 2014.1.23. 청구법인의 설립은지방세법 시행령제102조제6항의 대도시 내 기존법인의 분할로 인한 설립이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인의 설립은사립학교법에 의한 것으로서지방세법 시행령제102조 제6항의 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이법인세법 시행령제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건에 따라 종전법인을 분할하여 설립한 것에 해당하지 않는 점, 청구법인과 같은 비영리법인이라고 하더라도 대도시 내 등록세 중과세 대상에 예외를 두고 있지 아니한 점, 이 건 토지와 현황이 사실상 동일한 OOO 등에 대한 등록세 중과세 처분 또한 적법한 것으로 확정된 점 등에 비추어 청구법인이 설립 후 5년 이내에 한 이 건 부동산 등기는 대도시 내 법인의 부동산 등기에 해당된다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.