쟁점토지의 취득이 특수관계인과의 거래에 해당하고 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 거래로 보아 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세를 부과한 처분의 당부

[참조결정] 조심2012지0133

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인OOO과 청구법인의 이사인 OOO(이하 “종전 소유자”라 한다)는 2003.4.10. OOO(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 매매계약을 체결한 후, 2011.6.8. 법원판결(무변론)을 통해 청구법인 명의로 소유권이전등기(2011.8.31.)를 하고, 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 2013.9.11. 세무조사를 통하여 이 사건 토지가 소득세법 제101조 제1항 규정에 따라 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 것으로 보아 그 시가표준액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 2014.1.17. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 청구법인은 이 사건 토지의 지목이 전인 상태로 취득한 것이고, 이후 수년간에 걸쳐 자본과 노력을 투자한 개발행위를 통해 공장용지로 지목이 변경되어 지가가 상승한 것으로, 처분청은 청구법인이 취득한 이 사건 토지의 지목이 실제적으로 전이라는 사실을 의도적으로 간과하면서 이 사건의 실질내용과 입증자료를 무시하고 오로지 이 사건 토지의 종전 소유자가 청구법인의 특수관계인이라는 사실과 취득일자에만 집착하여 관련법령을 자의적으로 해석하고 있으며, 또한, 법인장부는 기업회계기준에 따라 사실 그대로 작성·공표된 것으로서 사실상의 취득가액을 증명하는 방법으로 인정되어야 할 것이므로 이 사건 토지의 사실상의 취득가액을 OOO원으로 보는 것이 객관적이고 사실상의 근거에 의한 판단이라 할 것이며, 모든 정황상 청구법인은 이 사건 토지를 지목이 전인 상태로 취득한 것이 명확한 만큼, 취득시점에 이미 공장용지로 평가된 개별공시지가를 기준으로 부당행위계산 해당여부를 판단할 것이 아니라, 이 사건 토지의 매매계약 당시의 매매대금 및 지목(전)의 개별공시지가를 비교하여 판단하던가 아니면, 취득일을 기준으로 이 사건 토지가 공장용지로 변경되지 않고 전인 상태의 개별공시지가를 같은 조건의 주변토지와 비교·산정하여 사실상의 취득가액(OOO원)과 비교·판단하는 것이 객관적이고 사실상의 근거에 의한 합당한 판단이다. 한편, 청구법인은 공장설립에 따른 개발행위로 인해 지가상승으로 막대한 이득을 취한 것처럼 보이나, 다년간 수많은 난관을 극복하고 공장설립을 완료하여 직접 제조업을 영위함으로써 다소나마 지역사회에 기여하면서 성실히 세금을 납부하였는데도, 청구법인을 오히려 조세의 부담을 부당하게 감소시키기 위한 조세회피행위 즉, 부당행위를 한 것으로 결론내리는 처분청의 부과처분은 부당하므로 처분청의 과세처분은 모두 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 지방세법 시행령제20조 제2항 및 제11항에 따라 이 사건 토지의 취득시기는 법인장부로서 입증되는 사실상 잔금지급일 또는 잔금 지급일 이전에 등기를 한 경우에는 그 등기일이라 할 것인데, 청구법인은 OOO이 발급한 은행계좌거래내역 및 종전 소유자가 발급한 영수증 등의 정황만으로 그 매매대금 지급을 증명하고 있을 뿐, 여전히 법인장부로 입증되는 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없으므로 이 사건 토지의 등기일인 2011.8.31.이 취득일로 판단되며, 이 사건 토지에 대한 감정평가액 OOO원은 취득이전인 2004.3.8. 기준으로 조사한 감정평가액이므로 그 가액을 과세표준액으로 인정할 수 없다 할 것이므로, 상속세 및 증여세법제61조에 따른 시가인 이 사건 토지의 시가표준액 OOO원을 반영하였을 때, 신고가액 OOO원과의 차이가 OOO원 이상으로, 종전 소유자가 청구법인에게 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우로서 시가표준액과 신고금액의 차액이 OOO원 이상에 해당하는 이상, 이 사건 토지의 거래는지방세법제10조 제5항 및소득세법제101조 제1항에서 규정한 특수관계에 있는 자 간의 거래로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 거래에 해당된다고 할 것이므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 법인이 특수관계자로부터 공장용지를 저가 취득한 것으로 보아 당초 신고한 취득가액을 부인하고, 취득시점의 개별공시지가를 과세표준으로 하여취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령: <별지> 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 OOO을 본점 소재지로 하고, 제조, 도소매, 무역 등을 목적사업으로 하여 2003.3.14. 설립된 법인으로, 청구법인의 이사인 종전 소유자인 OOO는 2006.3.30. 중임되어 2011.8.10.까지 청구법인의 사내이사로 등재됨으로써 청구법인과 특수관계자인 사실이 확인된다.

(2) 청구법인의 법인장부 및 종전 소유자의 영수증 등을 보면, 이 사건 토지에 대하여 2003.4.10. 매매계약체결 후 2009.8.14.까지 총 OOO원을 종전 소유자에게 지급하였으며, 청구법인의 법인장부(임차보증금 계정)에는 ‘토지임차보증금 지급’으로 기장하였다.

(3) 청구법인은 종전 소유자를 상대로 소유권이전등기소송을 진행하였으며, 2011.4.13. OOO에서 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라는 내용의 무변론 판결OOO을 하였다.

(4) 청구법인은 위 무변론 판결에 따라 2011.8.31. 청구법인 명의로 소유권이전을 하였으며, 같은 날 법인장부상 임차보증금 계정을 토지계정으로 대체하여 기장하였다.

(5) 이 사건 토지의 ‘토지대장’상 지목을 보면, 2008.1.7. 전에서 공장용지로 변경되었으며, ㎡당 개별공시지가는 매매계약을 체결한 2003년에 OOO원이었다가 지목변경 후인 2008년 및 소유권이전등기를 한 2011년에는 각 OOO원으로 나타난다.

(6) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인이 2011.6.8. 사내이사인 종전 소유자로부터 이 사건 토지를 OOO원에 취득한 것으로 신고한데 대하여, 2011년 이 사건 토지의 공시지가가 OOO원인 사실을 확인하고, 이 사건 토지가 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 것으로 보아, 그 시가표준액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 기 납부한 금액을 차감한 취득세 등을 부과하였다.

(7) 청구법인이 이 사건 토지의 취득과 관련하여 제출한 자료를 보면, 다음과 같이 되어 있다. (가) 부동산 매매계약서를 보면, 청구법인은 2003.4.10. 종전 소유자와 이 사건 토지에 대하여 매매대금 OOO원으로 하고, 이 사건 토지 지상의 공장 신축에 따른 승인 절차에 따라 매매대금을 지불하는 조건으로 매매계약을 체결하였다. (나) 청구법인의 현금출납장과 OOO이 발급한 2004.4.1.부터 2009.8.31.까지의 청구법인 계좌에 대한 요구불거래내역 의뢰조회표 의 내용은 아래와 같고, 총 합계금액은 OOO원(위로금 등 제외 시: OOO원)이다. (다) 종전 소유자가 청구법인에게 발급한 이 사건 토지에 대한 영수증 내역을 보면, 아래와 같이 총 OOO원으로 나타난다. (라) OOO에서 발급한 감정평가서에 의하면, 이 사건 토지는 2004.3.8. 시점으로 조사한 감정평가액이 OOO원으로 확인된다. (마) 토지계정원장을 보면, 2011.8.31. 종전 소유자에 대한 임차보증금이 토지계정에 대체되면서 OOO원으로 기장되었다. (바) 이 사건 토지상의 공장설립 승인서(2012.12.21.)와 공장부지조성 개발행위 준공필증(2007.12.27.), 공장건축물 신축 사용승인서(2008.1.8.), 공장등록증명서(2008.2.19.)를 제출하였다.

(8) 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 토지의 취득가액을 매매대금인 OOO원으로 보아야 한다고 주장하나,지방세법제10조 제2항 및 제5항과 소득세법제101조 제1항 및 같은 법 시행령 제167조 제3항 제1호에서 거주자와 특수관계에 있는 자 간의 거래이고,시가와 그 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로서특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때에는 그거래가액을 부인하고 시가를 과세표준으로 하도록 규정하고 있는바, 이 사건 토지는 특수관계자인 종전 소유자가 청구법인에게시가(시가표준액 OOO원)보다 OOO원 이상 낮은 가격인 OOO원으로 양도한 경우에 해당하고, 청구법인이 이 사건 토지의 소유권이전등기에 대한 법원의 무변론 판결에 따라 2011.8.31. 청구법인 명의로 소유권이전등기 및 청구법인의 법인장부에 임차보증금 계정에서 토지계정으로 대체하여 기장한 사실 등으로 보아 이 사건 토지의 취득일을 2011.8.31.로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구법인이 신고한 거래가액(OOO원)을 부인하고, 취득 시점(2011.8.31.)의 지목(공장용지)에 따른 개별공시지가(시가표준액)를 시가로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012지133, 2012.3.14., 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.