청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 이내에 정당한 사유없이 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 종교단체인 청구법인은 2009.8.13. OOO으로부터 OOO를 증여받았고, 2009.9.10. OOO㈜로부터 OOO(이하 이들 부동산을 모두 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후 쟁점부동산이지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다)제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에따라 종교단체가 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 비과세신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 비과세받았다.
• 나. 처분청은 2013.3.5. 현지 조사결과 청구법인이 쟁점부동산 중OOO와 그 지상건물 838.845㎡(이하 “쟁점공장용부동산”이라 하고, 세부내용은 아래〈표〉의 쟁점부동산 내역 및 이용현황과 같다)를 OOO(주)가 종교용이 아닌 공장으로 사용하고 있는 사실을 확인하고 쟁점공장용부동산의 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 OOO원을 2013.5.13. 청구법인에게 부과하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2014.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점부동산은 2009.1.12. OOO이 주택재개발정비구역OOO으로 고시한 지역내에 소재한 부동산으로서 OOO(주)는 쟁점부동산을 공장으로 사용하고 있었으며, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점부동산 중 공장이 이전된 관리동과 공장건물의 일부를 OOO로 사용하고 있는 상태이고, 쟁점공장용부동산은 공장이전이 지연되어 종교용으로 사용하지 못하고 있는 것으로서, OOO(주)는청구법인에게 쟁점부동산을 매각한 후 사업장을 OOO 일반산업단지로 이전하기 위하여 2010년 1월 부지공급 예비계약을 체결하고, 2010년 12월에 공장부지 매입을 완료하는 한편, 2010년 12월에 OOO 토지를 임차하여 제조장 건축허가를 받아 건축공사에 착공하여 2011년 5월에 제조장을 준공한 후 OOO(주)의 식품사업부를 이전하였고, OOO과 쟁점부동산에 소재한 공장을 이전할 것은 전제로 산업단지입주계약을 체결하고 공장이전을 추진중에 있는 상태인바, 청구법인은 종교단체로서 기증자가 예상치 못한 경영상 어려움으로 공장 이전이 지연되고 있음을 알면서 세금이 추징될 수 있다 하여 강제로 명도를 요청할 수 없어 불편함을 감수하고 쟁점부동산 중 일부는 종교용으로 사용하고 나머지 쟁점공장용부동산은 공장으로 함께 사용하고 있는 것이고, 쟁점부동산을 매도한 OOO(주)가 공장이전을 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 공장이전이 지연된 것이며, 대법원 판례(대법원 2002.9.4. 선고, 2001두229 판결 참조)에서 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 정당한 사유로 인정하고 있는 점에 비추어 청구법인의 경우에도 종전 소유자가 공장이전을 추진하였으나 시간적인 여유가 없어 공장이전이 지연됨에 따라 청구법인이 유예기간 이내에 쟁점부동산을 모두 종교용으로 사용하지 못한 것으로서 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것임에도, 처분청이 쟁점공장용부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점공장용부동산을 종교용에 사용하지 못한 것은 쟁점부동산의 매도자인 OOO(주)와 그 대주주인 OOO이 공장으로 사용하던 쟁점부동산의 공장을 이전함에 있어서 중대한 문제 발생함에 따라 공장 이전이 지연되었기 때문이므로 이는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있으나, 지방세법령에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 외부적인 사유와 부동산 취득자가 그 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부 및 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는 것으로서(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 매도자의 공장이전 지연으로 쟁점공장용부동산을 OOO(주)의 공장 등으로 사용토록 한 것이라고 하더라도 법령의 제한 등으로 쟁점부동산을 전부 유예기간 이내에 사용할 수 없는 사정이 있다거나, 청구법인이 쟁점부동산을 종교용도에 직접 사용하고자 정상적인 노력을 다하다가 불가피하게 유예기간을 넘긴 경우로 볼 수는 없다고 할 것이므로 정당한 사유가 있다는 청구주장은 인정할 수 없기 때문에 처분청이 쟁점공장용부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 증여 및 매매로 취득한 부동산을 유예기간 이내에 종교용으로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점부동산 중 일부는 OOO(주)의 대표이사이었던 OOO으로부터 증여받고, 일부는 OOO(주)로부터 매매로 취득한 사실에는 당사자간 다툼이 없다. (나) OOO(주)는 2010.2.25. OOO 토지에 대하여 임대인 명의로 건물 신축 등을 하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결한 것으로 부동산임대차계약서에서 나타난다. (다) OOO(주)는 위 토지상에 2011.1.27. 임대인 명의로 건축허가를 받고, 2011.5.24. 일반철골구조의 제조업소 건축물 152.76㎡를 신축한 사실이 건축물대장에서 나타난다. (라) OOO(주)는 2011.9.7. OOO에게 위 토지를 사업장소재지로 하여 식품제조·가공업을 영위하기 위한 영업신고를 한 사실이 영업신고증에서 확인된다. (마) OOO(주)는 2010.12.31. OOO와 OOO내의 토지인 OOO 1필지 공장용지 8,939㎡에 대하여 매매계약을 체결하고, 2011.4.4. OOO(주) 명의로 소유권 이전등기를 한 것으로 부동산등기부등본에서 나타난다. (바) OOO(주)는 2011.10.4. 산업단지입주계약신청을 한 것으로 입주계약신청서에서 나타난다. (사) 처분청은 2013.3.5. 쟁점부동산을 현지 조사한 후 작성한 출장복명서상 다음과 같은 조사내용이 나타난다. (아) OOO(주)는 2014.6.3. OOO 토지상에 건물 신축을 위한 건축허가를 받고 2014.6.27. 착공신고를 한 것으로 건축허가서 등에서 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 청구주장에 대하여 살펴본다. (가) 지방세법제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항 제1호의 규정을 종합하면, 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 위 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다. 이 때 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 비영리사업자가 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진진한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(대법원 2013.9.12. 선고, 2012두20311 판결, 같은 뜻임). (다) 청구법인의 경우를 보면, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하기 이전부터 쟁점부동산이 속한 지역은 주택재개발정비구역으로 지정되어 공장의 이전이 예정되어 있었으므로 종전에 쟁점부동산을 공장으로 사용하던 OOO(주)가 청구법인에게 쟁점부동산을 증여 및 매각하는 경우 쟁점부동산 상의 공장을 다른 곳으로 이전하여야 한다는 사실을 사전에 예측할 수 있었던 점, OOO(주)가 공장을 이전하기 위하여 2010년 1월에 OOO 내의 토지에 대하여 부지공급협약을 체결하였으나 당해 산업단지 조성공사가 2010년 6월경에 준공되었음에도 그 이후 이러한 토지에 공장을 이전하기 위한 준비공사를 하는 대신에 공장이전대상부지가 아닌 다른 토지OOO를 임대하여 제조장 건축공사를 진행한 점, 2011년 10월에 산업단지 입주계약을 체결하였으나 유예기간 3년으로부터 2년 이상이 경과할 무렵에서야 건축허가를 받고 착공신고를 하였으며 당해 건축허가가 지연된 특별한 외부적인 사유가 존재한다고 보이지 아니하는 점, 쟁점부동산의 매도인이나 증여자의 공장이전과 관련된 사정은 직접적으로 청구법인이 쟁점부동산을 종교용으로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부를 판단하는 것과는 별개의 사항으로 보아야 할 것으로서 청구법인이 유예기간 내에 쟁점부동산을 명도받아 사용하고자 진지한 노력을 다하였다고 볼 수 있는 노력이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 청구법인이 증여자 및 매도인의 사정만으로 쟁점부동산을 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 보인다. (라) 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.