지식산업센터 설립 승인을 받아 이를 착공하고 분양공고를 한 이후 감면 규정이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 취득세를 면제할 수 있는지 여부

[주 문] OOO이 2013.10.22. 청구법인에게 한 취득세OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.6.28. OOO에 지식산업센터(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 신축하고, 2013.7.22. 처분청에 취득세 OOO, 지방교육세 OOO 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 신고하고 2013.7.25. 이를 납부하였다.
• 나. 청구법인은 2013.10.21. 쟁점건축물을 취득세 면제대상으로 보아 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.10.22. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 부칙 제6조는 부동산 취득시점에 불구하고 법 개정 이전에 원인행위를 이행한 자에 대한 신뢰보호를 위한 경과규정으로 보아야 하므로 위 부칙 “이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다”에서 “분양한 부동산”은 “분양공고한 부동산”으로 해석하여야 한다. 만약, “분양계약이 체결된 부동산”으로 제한하여 해석하게 된다면 청구법인과 같이 지식산업센터 설립자의 의지와는 무관하게 분양계약 체결의 지연 사유만으로 당초 개정 전 법령을 신뢰한 자에 대한 신의를 저버리게 됨은 물론 동일한 원인행위를 이행한 사업시행자간에 불공평을 초래하게 되는바, 이는 신뢰보호를 목적으로 하는 부칙의 기본 취지에도 반하는 해석으로 부당하다. 또한, 청구법인은 법령의 개정 전까지 장기간 유지되어 오던 OOO 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에 따라 부동산 취득세 면제를 위한 원인행위[지식산업센터의 설립 인허가(2010.10.7.), 착공(2010.12.10.), 분양공고(2010.12.17.)]를 이미 이행한바, 그 이후 2011.12.26. 감면조례의 개정으로 OOO 등에 대한 취득세 감면 규정이 삭제되었다고 하더라도 개정된 감면조례 부칙 제3조 제1항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”는 규정은 종전 조례에 의하면 취득세 면제대상이 되어야 할 부동산이 조례의 개정으로 그 대상에서 제외된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용한다는 특례규정이라고 보아야 할 것이므로 쟁점건축물에 대하여 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 OOO의 설립승인을 받은 자가 OOO를 신축하거나 증축하여 시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 OOO에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 그 부칙 제6조에서는 OOO의 설립승인을 받은 자가 OOO를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로, 개정된 지방세특례제한법 시행일인 2012.1.1. 현재를 기준으로 분양한 부동산에 한하여 부칙에서 정한 감면 적용특례를 적용하여야 할 것이며, 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에서 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 OOO의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하였다가 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2의 규정으로 변경되었고, 조세형평과 재정확충을 위하여 감면율을 축소하면서 사업시행자의 기득권 보호를 위하여 부칙에 감면 적용특례를 규정한 것이다. 또한, 구 OOO(지방세운영과-290, 2012.1.30.)의 2012년 시행 지방세법령 적용요령에서 “분양한 부동산”이란 “분양계약한 부동산”으로 해석하여 2011.12.31.까지 분양계약이 완료된 경우에 한정하여 종전 규정을 적용하도록 하였으므로, 쟁점건축물 중 2012.1.1. 이전에 분양계약이 안된 부분은 취득세 75% 감면대상에 해당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOO 설립 승인을 받아 이를 착공하고 분양공고를 한 이후 감면 규정이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 취득세를 면제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) OOO 설립 변경승인서에 의하면 2010.9.14. 주식회사 OOO에 대한 설립승인을 받은 후 2010.12.3. 청구법인으로 신청인 명의가 변경된 것으로 나타난다. (나) 처분청의 심리자료에 의하면 2010.10.7. 주식회사 OOO에 대한 건축허가를 받은 후 2010.12.2. 청구법인으로 건축주 명의가 변경된 것으로 나타난다. (다) 쟁점건축물의 집합건축물대장에 의하면 청구법인은 2010.12.10. 쟁점건축물을 착공한 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 항변서 등에 의하면 청구법인은 2010.12.16. OOO의 입주자 모집 공고안에 대하여 처분청으로부터 승인을 받았으며, 2010.10.17. OOO에 이를 공고한 것으로 나타난다. (마) 처분청의 심리자료에 의하면 쟁점건축물 중 청구법인이 2011.12.31. 이전에 분양계약을 체결한 공장 호수는 79개호(20,189.52㎡)이고, 2012.1.1. 이후 분양하였거나 분양할 공장 및 기숙사는 485개호(111,113.53㎡)로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 도세인 이 건 취득세와 관련하여 OOO는 OOO 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것)를 공포하였는바, 이는 OOO의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 경기도에서 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 관세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2011.12.26. OOO 도세 감면조례가 개정되기 전인 2010.12.2. 쟁점건축물에 대한 건축주를 청구법인 명의로 변경하고, 2010.12.3. OOO에 대한 설립승인을 청구법인 명의로 변경하였으며, 2010.12.10. 쟁점건축물을 착공하였을 뿐만 아니라 2010.12.17. 쟁점건축물에 대한 입주자 모집 공고안을 공고한 점, 당시 OOO 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에서 OOO의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있었기 때문에 청구법인은 장차 쟁점건축물에 대한 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였을 것이고 그 신뢰에는 청구법인의 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점, 처분청은 청구법인의 이 건 경정청구를 거부하여 쟁점건축물에 대한 취득세를 면제하지 아니함으로써 청구법인의 이익을 침해하였다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 신뢰보호를 위하여 쟁점건축물에 대한 취득세는 이를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제7조(OOO 등에 대한 감면) ① 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 OOO의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 OOO용으로 사용하던 부동산을 승계 취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2(OOO 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 OOO의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. OOO를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 OOO에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 부칙＜2011.12.31. 법률 제11138호＞ 제6조(OOO 등에 대한 감면 적용특례) 제58조의2 제1항에 따른 OOO의 설립승인을 받은 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 OOO를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다.