청구법인이 토지를 취득하면서 지급한 매입부가가치세, 취득 후에 지급한 지장물 등의 철거공사비 및 토양오염정화공사비가 토지의 취득가격에 포함되는지 여부

[주 문] OOO이 2013.5.16. 청구법인에게 한 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2007년 12월 27일부터 2011년 9월 30일까지 OOO로부터 취득한 OOO 토지와 관련하여 토지오염정화공사비로 지급한 금액 OOO원 중 매입부가가치세와 당해 토지상의 잔존시설물 및 지장물의 철거비용으로 지급한 금액을 취득가격에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2007.12.18.OOO 개발사업과 관련하여 사업대상지의 취득및 국제업무시설의 건설·분양 등 운영관리를 목적으로 OOO들이 컨소시엄을 구성하여 설립한 프로젝트금융투자회사로서, 2007.12.13. OOO와 토지매매 등에 대한 사업협약을 체결하고 2007.12.27.～2011.9.30. 사이에 총 5차에 거쳐 OOO 소유의 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 각 토지의 취득시기마다 처분청에 취득세 등을 신고납부하면서 구 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제3호의 규정에 따라 취득세 등의 100분의 50을 감면받은 세액으로 신고납부하였다.
• 나. OOO은 청구법인에 대한 세무조사결과 청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 오염토지 정화공사비 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다), 지급수수료 등 OOO원, OOO원을 과세표준에서 누락한 것으로 보아 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이러한 과세자료에 따라 2013.5.16. 청구법인에게 당해 과세표준 과소신고액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 세액에서 100분의 50을 감면한 OOO원을 부과하였다.
• 다. 청구법인이 이에 불복하여 2013.8.9. 이의신청을 제기하자 OOO은 토지 취득 이후에 발생한 건설자금이자 OOO원을 과세표준에 포함한 것은 잘못이라고 보아 이를 과세표준에서 제외하여 산정한 세액으로 경정하도록 하였고, 이러한 이의신청결정에 따라 처분청은 당초 부과처분을 OOO원으로 감액경정하였다.
• 라. 청구법인에 이에 불복하여 2014.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO와의 사업협약서에 따라 쟁점토지상의 잔존시설물(지상물)과 지장물(암반, 문화재, 토지오염원 등)이 존재하는 경우 이를 처리하여야 하며, 쟁점토지의 잔존시설물 및 지장물 중 토지오염원 이외의 지장물은 청구법인의 비용으로 처리하되, 토지 매매에 따른 OOO의 책임부담에 속하는 토지오염원은 OOO가 주관하여 그 조사업무를 수행할 업체를 선정하고 청구법인은 토지오염원 처리를 시행하되, 청구법인이 토지오염원과 관련한 비용 부담액 한도는 총 OOO원 이내이며 그 초과하는 비용은 OOO가 부담하는 것으로 약정하였다가, 2010년 12월 체결된 제2차 추가합의서에 의하여 청구법인이 부담하는 토양오염정화공사와 관련된 비용 부담액 한도가 OOO으로 증액되었다. 청구법인은 2010.6.25. 위의 약정에 따라 OOO과 ‘OOO 사업개발부지 OOO 철거 및 토양오염원 처리사업 용역계약’을 체결하였다가, 2011.7.15. 변경 계약을 체결하였으며 당해 공사는 ‘철거 및 폐기공사’와 ‘토양정화공사’로 구분하여 공사를 시행하는 것으로 구분되어 있고, 청구법인은 OOO과 체결한 계약 및 기성내역서를 토대로 쟁점비용을 철거 및 폐기물 처리공사와 토양정화공사로 분류하여 직접적으로 대응되는 비용을 배부하였고, 동 공사에 공통적으로 발생하는 비용은 각각의 도급금액 비율로 안분하여 배부하였으며, 이러한 비용과 쟁점비용에 포함된 부가가치세(매입세액불공제)를 모두 건설중인 자산으로 계상하였는바, 첫째, 지방세법 시행령제18조 제2항 제4호에서 부가가치세는 취득가액에 포함하지 아니하도록 규정하고 있으므로 매입세액 불공제액 등 모든 부가가치세액은 취득세 과세표준에서 제외된다고 판단(행정자치부 세정 13407-936, 2000.7.24.)되고, 둘째, 건축물이 있는 토지를 취득하여 토지만을 사용하기 위하여 그 건축물을 철거하는 과정에서 발생하는 기존 건축물의 철거비용, 폐기물 처리비용은 지목변경에 소요된 비용으로서, 당해 토지가 사실상 지목변경에 해당되는 경우만 지목변경에 따른 취득세 과세표준에 포함되며, 건축공사가 수반되는 지목변경의 경우에는 건축 등 원인이 되는 공사가 완료된 때(건축물의 사용승인서 교부일)를 취득시기로 보는 것이므로 쟁점비용 중 철거 및 폐기물 처리비용의 경우 이를 토지의 취득비용으로 볼 수 없다 할 것이고, 셋째, 토양오염정화공사비용의 경우 토양환경보전법제2조 제3호의 토양오염관리대상 시설에는 부지가 포함되며 위와 같은 부지를 양수한 자는 같은 법 제10조의4 제3호의 규정에 따라 오염원인자와 연대하여 배상하고 오염토양을 정화하도록 규정하고 있고, 토양환경보전법 시행규칙제1조의5에서 토양오염우려기준은 세 가지 지역으로 분류하여 각 지역별 오염물질의 범위를 규정하고 있으며, 쟁점토지는 OOO가 소유할 당시에는 OOO로서 토양오염우려기준 3지역으로 분류되고 있었으나, 청구법인은 도시개발사업자로서 쟁점토지를 OOO에서 대지로 지목을 변경하여야 하며 이는 토양오염우려기준 2지역으로 분류되어 2지역의 우려기준 이하로 쟁점토지를 정화할 의무가 발생하게 되었는바, 지방세법상 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 부담한 토지오염정화공사는 매도법인이 쟁점토지의 소유 또는 매매로 인한 비용 또는 수익의 조건 부담액이나 채무인수액이 아니라, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 OOO의 이전 및 원활한 OOO 개발사업 수행을 위한 토양환경보전법에 의한 공법상 책임분담에 따른 비용이고, 토양오염정화공사비에 포함된 환경영향평가와 관련된 비용의 경우에도 청구법인이 건축물이 있는 토지를 취득하여 토지만을 사용하기 위하여 그 건축물을 철거하는 과정에서 관할 지방자치단체의 요구로 토양정밀조사용역 및 오염토양반출정화용역을 제공받는 비용으로서 이와 같이 토지오염정화와 관련된 비용은 모두 쟁점토지의 지목변경과 관련된 비용이고 토지 취득 이후에 발생하는 비용에 해당된다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점비용을 쟁점토지의 취득가격에 해당되는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점비용이 취득세 과세표준에 포함되지 아니하는 비용에 해당된다고 주장하나, 지방세법 시행령제18조에 의하면, 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있고, 간접비용의 범위에는 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용, 할부 또는 연부 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료, 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비 수수료, 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액 등 이와 준하는 비용이라고 규정하고 있는 바, 토양오염 정화비용이란 토양환경보전법상 토양오염물질을 토양에 누출·유출시키거나 투기·방치함으로써 토양오염을 유발한 자 또는 토양오염관리대상시설을 양수한 자 등이 연대하여 피해가 발생하였을 때에는 그 피해를 배상하고 오염토양에 대해서는 토양정밀조사에서부터 생물학적 또는 물리적·화학적 처리 등의 방법으로 토양 중의 오염물질을 감소·제거하고자 토양 중의 오염물질에 의한 위해를 완화하는 토양정화 작업 및 이에 대한 검증 등 일련의 과정에서 발생하는 비용이라 할 것으로서 청구법인의 주장대로 이를 지목이 OOO인 쟁점토지를 개발사업용지(대지)로 지목변경 또는 건축물의 신축과 관련된 터파기 등의 공정에서 발생되는 비용으로 보기에는 무리가 있다 할 것이며, 청구법인은 2007.12.13. OOO와 토지매매 등에 대한 사업협약을 체결하면서 동 협약서 제12조 제4항에 “토지오염원은 프로젝트회사가 처리하되, 그 조사 등 토지오염원과 관련된 일체의 비용 등 부담은 총 OOO원의 한도 내에서 프로젝트회사(납세법인)가 책임” 지도록 명시하였고, 이후 2009∼2010년 결산보고서(제3기∼제4기) 상에는 동 토지오염 정화비용을 OOO원 한도로 증액하여 납세법인이 책임지도록 약정하였는 바, 이는 지방세법 시행령제18조의 규정에 따라 ‘취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하여야 할 직접비용’에 해당하어 청구법인이 당사자 약정에 따라 취득자 조건 부담액에 해당되는 간접비용으로 보는 것이 타당하므로 이러한 비용을 취득가격에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 토지를 취득하면서 지급한 매입부가가치세와 매매계약 약정에 따라 취득 이후에 지급한 지장물 등의 철거공사비용 및 토양오염정화공사비용이 당해 토지의 취득가격에 포함되는지 여부
• 나. 관련 법령 등: 〈별지〉기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인이 처분청에 취득신고를 한 쟁점토지의 내역은 아래 〈표1〉과 같다. (나) 청구법인이 2007.12.27. OOO와 체결한 1차 토지의 매매계약서상 주요내용은 다음과 같다. 제2조 매매대금 및 지급방법 2.1본건 우선 매매대상 토지에 대한 대가인 매매대금은 OOO원으로 하고, 아래 표에 기재된 바와 같이 계약금 및 중도금, 잔금을 구분하여 지급한다. 제7조 잔존 지상물 및 지장물의 처리 사업대상지 내의 잔존시설물(지상물)과 지장물(암반, 문화재, 토지오염원 등)이 존재하는 경우, 사업협약서 제12조 제4항 및 제5항에 따라 처리한다. (다) OOO와 OOO 주식회사 외 OOO이 2007.12.13. OOO 개발사업과 관련하여 체결한 사업협약서의 관련내용은 다음과 같다. (라) 청구법인과 OOO는 2009.10.28. 1차 추가합의서를 작성하였고, 2010년 12월(날짜미상)에 제2차 추가합의서를 작성하였으며, 제2차 추가합의서에서 다음과 같은 약정한 내용이 나타난다. 제3조(토지매매대금납부의무보증 및 토지오염관련비용 부담한도) 제3차 토지매매계약, 제4-1차 토지매매계약, 제4-2차 토지매매계약과 관련하여 공사가 프로젝트회사에 대해 최초 사업협약서 제24조 제3항에 따라 컨소시엄 구성원들의 지분별 보증 또는 금융기관의 대출확약서 제출 등을 요구하지 않는 경우, 최초 사업협약서 제12조 제4항 라호에 규정된 OOO원의 한도는 제2차 토지매매계약서와 관련한 지급보증서 발급 수수료율을 감안하여 잠정적으로 OOO원으로 증액한다. 잠정적으로 증액된 상기 한도는 보증수수료율OOO, 분납이자 부리시기 및 분납이자율 추정자료에 의거하여 산정한 것으로서 장래 추정자료가 확정된 후에 정산하여 최종 한도를 확정하며, 만약 장래에 금융기관의 대출확약서가 제출된 경우에는 그 제출 이후의 기간을 공제하여 감액 조정한다. (마) 청구법인은 2007.12.18. 자본금을 OOO원으로 하여 법인설립등기를 하였다가 2008.3.26. 자본금을 OOO원으로 증자등기를 한 사실이 법인등기부 등본에서 확인된다. (바) 청구법인의 2009사업연도 재무제표에 대한 주석에서 우발채무와 관련하여 청구법인은 OOO와 체결한 사업협약서에 따라 매매대상토지의 토지오염원 처리와 관련된 일체의 비용을 총 OOO원의 한도내에서 청구법인이 책임지며 그 한도를 초과하는 일체의 비용은 OOO가 책임지도록 되어 있으며, 청구법인은 2009.12.31. 현재 장래에 지출된 것으로 예상되는 비용 부담액을 예측할 수 없어 충당부채로 계상하지 않았다는 내용이 기재되어 있다. (사) 청구법인은 2010.6.25. OOO과 ‘OOO 사업개발부지 OOO 철거 및 토양오염원 처리사업 용역’에 대한 도급계약을 체결하였으며 그 내용은 다음과 같고, 2011.7.15. 당초 계약금액을 OOO원으로 증액하는 변경계약을 체결한 것으로 제출된 계약서에서 나타난다. (아) OOO 주식회사가 2012.7.25. 청구법인에게 제출한 공사기성부분 검사원과 첨부된 기성내역서에 공사를 공통가설공사, 철거분양공사, 토목공사, 사전안전화공사, 토양세척공사, 유류오염토양 반출처리공사, 지하수공사, 폐기물공사, 토목분양공사, 기타분야공사로 구분하여 각 기성고 및 공사비를 산정한 내역이 나타난다. (자) 청구법인은 위의 공사와 관련하여 각 공정별로 아래 〈표2〉와 같이 관련 공사비를 안분하였다고 제시하고 있다.

(2) 이상의 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 청구주장에 대하여 살펴본다. (가)지방세법 시행령제18조 제1항 본문에서 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 하며, 같은 항 제5호에서 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액을 간접비용으로 보도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제4호에서 부가가치세는 취득가격에 해당되지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 구 지방세법 시행령제82조의3 제1항에서는 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 말하는 '취득가격'에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이다(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결, 같은 뜻임). (다) 쟁점비용의 경우 쟁점토지상의 지장물 등의 철거비용과 토양오염정화공사비, 매입부가가치세로 구성되어 있고, 청구법인은 부가가치세는 법령상 제외하여야 할 비용이고, 나머지 공사비용의 경우에도 모두 취득 이후에 발생한 비용이므로 취득가격에서 제외되어야 한다고 주장하므로 이를 살피건대,

1. 공사도급계약서 등에서 쟁점비용에는 매입부가가치세가 포함되어 있는 것으로 나타나고, 지방세법 시행령제18조 제2항 제4호 및 구지방세법 시행령제82조의3 제1항 본문에서 취득가격에서 부가가치세를 제외하도록 명백히 규정하고 있으며, 당해 부가가치세가 매입세액공제를 받을 수 있는 부가가치세만 해당되는지 여부에 대하여 아무런 제한이 없으므로 취득세 과세대상 물건의 취득과 관련하여 지급한 매입부가가치세는 취득세 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

2. 다음으로 쟁점비용에 포함된 지장물 철거 등의 비용의 경우를 살피건대, OOO이었던 쟁점토지상에는 각종 OOO 시설물들이 건축되어 있었고, 청구법인은 토지개발 및 토양오염정화공사를 실시하기 위하여 이러한 시설물들을 철거하여야 하였으나, 이러한 비용은 쟁점토지의 취득 이후에 발생된 비용일 뿐만 아니라 당해 비용을 신축한 건축물의 신축비용이나 지목변경으로 보는 것은 별론으로 하고 쟁점토지를 취득하기 위한 대가로 지급한 금액으로 보기는 어렵다 하겠다.

3. 끝으로, 쟁점비용에 포함된 토양오염정화비용의 경우 OOO주식회사 외 OOO이컨소시엄을 구성하여 OOO와 ‘OOO 개발사업’에 대한 사업협약서를 체결하면서 매매대상토지의 지장물 중 토지매매에 따른 매도인 책임 부담에 속하는 토지오염원은 공사가 주관하여 그 조사업무를 수행할 업체를 선정하고 프로젝트회사가 그 토지오염원 처리를 실행하되, 그 조사처리 등 토지오염원과 관련된 일체의 비용 등 부담은 총 OOO원 한도 내에서 프로젝트회사가 책임지며 그 한도를 초과하는 일체의 비용 등 부담은 공사가 책임지도록 약정한 사실이 확인되고 있으므로 당해 비용은 토지의 취득 이전에 이미 지급원인이 발생되고 오염원인자인 OOO와 청구법인이 이러한 비용을 분담한 것이라 할 것이므로 비록 토양오염공사가 취득 이후에 이루어졌다 하여 이를 취득 이후에 지급원인이 발생되거나 확정된 비용이므로 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장은 인정할 수 없다 하겠다.

4. 따라서, 처분청이 쟁점비용 중 매입부가가치세와 지상의 지장물 철거비용을 쟁점토지의 취득비용으로 보아 취득세 등의 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.