청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 감면신청을 하여 취득세를 감면받았으나, 처분청이 감면대상이 아닌 것을 확인하고 신고불성실가산세를 포함한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.6.22. 법인설립 후 OOO 소재 토지 및 건축물(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 2012.7.16. 취득하고 2012.8.10. 처분청에 취득신고 시조세특례제한법제120조 제5항에서 규정하는 ‘사업의 양도양수로 인한 법인전환’에 따라 취득하는 부동산이라 하여 감면신청서를 제출함에 따라 시가표준액OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항에 의한 세율을 적용하여 산출한 취득세를 전액 면제받고, 그 면제세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다. 나.처분청은 2013.7.10. 세무조사 결과, 청구법인이조세특례제한법제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)와 같은 법 시행령 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)에서 규정한 “법인전환의 요건”을 충족하지 아니하여조세특례제한법제120조 제5항에 의한 취득세 감면대상이 아니라고 보아 면제된 취득세액OOO에서지방세특례제한법제38조 제1항에 따른 의료법인등에 대한 감면 세율(2%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원에서 기 납부한 농어촌특별세와 환급이자를 포함한 OOO원을 충당한 후의 세액 OOO원(가산세포함)을 2013.7.11. 청구법인에게 부과고지하였으며, 그 후 농어촌특별세에 대한 납부불성실가산세 OOO원을 부과취소하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.22. 이의신청을 거쳐 2013.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 취득세 신고기한 내에 취득세 신고세액을 OOO원으로 하여 취득세 신고의무를 이행하였으며, 다만, 착오로조세특례제한법제120조 제5항에 따른 감면신청을 하였으므로,지방세기본법제53조 및지방세법제21조에따른 취득세의 신고불성실 가산세는 처분청에서 산출한 세액인 OOO원에서 신고세액인 OOO원을 차감한 OOO원에 대하여 100분의 OOO을 적용한 금액인 OOO원만을 가산하는 것이 타당한바, 처분청이 부과처분한이 건 신고불성실가산세 OOO원중 OOO원을 초과한 OOO원은 부당한 처분이므로 이를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법제21조에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20에 해당하는 신고불성실가산세와 납부불성실 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있고, 취득세는 신고납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되는 것인바, 청구법인이 이 사건 부동산에 대한 취득신고 및 감면신청서를 제출하여 취득세 등을 면제받았으므로 청구법인이 신고한 취득세액은 0원이고, 이 후 감면요건을 충족하지 아니하여 납부하여야 할 취득세액은지방세특례제한법제38조 제1항에 따라의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 세율을 경감한OOO원이므로 그 부족세액인 OOO원에 대하여 신고불성실가산세를 산정한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 취득세 감면신고가 이루어진 후 감면대상이 아니라고 보아 추징 시 산출세액 전체에 대하여 신고납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령: <별지> 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2012.6.22. OOO을 주사무소로 하여 의료기관의 설치운영 등을 목적으로 설립된 비영리의료법인이다.

(2) 청구법인은 2012.7.16. 이 사건 부동산을 ‘사업포괄양도양수’로 하여 취득하고, 2012.8.10 처분청에 취득신고를 하면서 구조세특례제한법 제120조 제5항에서 규정한 ‘제32조에 따른 사업의 양도양수’에 따라 취득하는 사업용재산으로 취득신고 및 감면신청OOO을 하여 취득세를 면제받았다.

(3) 처분청은 이 사건 부동산의 취득이 구조세특례제한법제32조에 따른 사업의 양도양수에 따라 법인으로 전환하여 취득한 사업용재산이 아니므로 감면대상이 아니라고 보아, 추징대상으로 하면서 같은 법 제38조 제1항에 따른 의료법인 등에 대한 감면규정(세율 2%)을 적용하여 아래 <표>와 같이취득세 산출세액 등을 산정하였다.

(4) 위 관련법령과 사실관계 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은취득세 감면신청 시 감면받은 세액OOO을 산출세액OOO에서 차감하여 신고불성실가산세를 산정하는 것이 타당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (나) 지방세기본법제53조 및 지방세법제21조에서 취득세 신고세액이 산출세액보다 적을 때에는 그 산출세액 또는 부족세액에 OOO에 해당하는 금액을 신고불성실가산세로 하여 부과하도록 규정하고 있다. (다) 청구법인의 경우, 당초 이 사건 부동산에 대한 취득세 감면신청 시 100% 면제라고 하여감면세액을 OOO원으로 하고, 신고세액은 0원으로 신고하였는바, 처분청이 이 사건 부동산에 대한 취득세 추징 시 의료법인에 대한 감면규정을 적용하여 산정한 산출세액OOO을 본세로 하고,신고세액이 없는 것으로 하여 위 산출세액 전체를 부족신고세액으로 산정한 후 신고불성실가산세율OOO을 적용한 것은 적법하게 산정한 것으로서 달리 잘못이 없다고 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 신고불성실가산세를 적용하여 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.